云南省一株CRF01_AE/B/C独特重组毒株近全长基因序列分析

目的分析云南省新发现的1个HIV-1独特型重组毒株的基因结构和重组特点。方法在云南省2016年HIV基因型耐药检测样本中,发现1例患者体内HIV-1毒株pol区存在重组片段,运用RT-PCR的方法分两段扩增病毒近全长基因组并测定序列。使用RIP、jpHMM和SimPlot3.5软件进行重组分析,同时采用MEGA6.06软件共同构建Neighbor-joining系统进化树对该毒株的同源关系进行分析。结果共获得长度为8 590 bp的HIV-1近全长基因序列,断点分析表明该序列由CRF01_AE、B和C亚型片段组成,其中CRF01_AE作为骨架,插入B和C亚型片段,对应HIV-1 HXB2的位置分别是791~1 171为CRF01_AE,1 172~2 652为C,2 653~2 977为B,2 978~9 380为CRF01_AE。结论云南省近年来发现了部分由CRF01_AE、B和C亚型交叉重组形成的新型毒株,而本研究发现的这个毒株重组模式复杂,提示我们应密切监测流行趋势变化,这对于了解当前HIV-1流行情况和变化趋势具有重要意义。

北京市一例HIV-1独特型重组毒株近全长基因组特征分析

目的分析北京市献血人群筛查中发现的1例HIV-1独特型重组毒株的基因结构和重组特点。方法基于2018年北京市血液筛查时发现的1例HIV核酸阳性抗体阴性的样本,提取病毒RNA并逆转录为cDNA,用近末端稀释法分两段扩增病毒近全长基因组并测定序列。运用RIP、jpHMM和SimPlot3.5软件进行重组分析,同时采用MEGA7软件构建Neighbor-joining系统进化树对该毒株的同源关系进行分析。结果共获得长度为8792 bp的HIV-1近全长基因序列,分析表明该序列由CRF01_AE和CRF07_BC重组片段组成。与Los Alamos HIV Database(www.hiv.lanl.gov/content/index)中收录的全长序列相比该毒株具有3个独特的重组断点,分4个重组片段,分别是ICRF01_AE(790~6035,HXB2),IICRF07_BC(6036~8586,HXB2),IIICRF01_AE(8587~8828,HXB2)和IVCRF07_BC(8829~9411,HXB2)。其中ICRF01_AE区域属于CRF01_AE的C4簇;IICRF07_BC区域属于CRF07_BC的CRF07BC_N簇。结论1例参与献血的HIV核酸阳性而抗体阴性的感染者携带的毒株具有新型独特的重组模式,提示需要加强监测献血人群中HIV毒株的流行情况,为保障安全用血提供科学数据。