为了阐明藜麦CqGAI基因密码子使用特性,克隆获得藜麦CqGAI基因序列,运用CodonW、SPSS软件及EMBOSS在线程序分析藜麦CqGAI基因密码子使用偏好性,并与25种植物的GAI基因进行中性绘图、ENC分析和奇偶偏好偏差性分析。结果表明,藜麦CqGAI基...为了阐明藜麦CqGAI基因密码子使用特性,克隆获得藜麦CqGAI基因序列,运用CodonW、SPSS软件及EMBOSS在线程序分析藜麦CqGAI基因密码子使用偏好性,并与25种植物的GAI基因进行中性绘图、ENC分析和奇偶偏好偏差性分析。结果表明,藜麦CqGAI基因编码序列(coding sequence,CDS)全长1 782 bp,编码593个氨基酸,包含DELLA基因家族特有结构域DELLA、TVHYNP、NLS、VHIID、LHR、RVER;CqGAI基因能够迅速响应赤霉素(gibberellins,GA),在GA信号通路中起关键作用;密码子偏好性分析显示,CqGAI基因的有效密码子数(effective number of codon,ENC)、密码子适应指数(codon adaptation index, CAI)及GC含量分别为54.14、0.21和46.18%,密码子偏好性较弱,偏好以A/T结尾,有27个高频密码子。聚类分析表明,藜麦CqGAI基因与石竹目植物的亲缘关系较近。碱基组成与相关性分析发现,CqGAI基因密码子偏好性受碱基突变和选择效应影响。密码子使用频率表明,大肠杆菌与酵母菌均适用于藜麦CqGAI基因异源表达,拟南芥、烟草、甜菜均可作为藜麦CqGAI基因功能分析的遗传转化受体。以上研究结果为进一步研究藜麦CqGAI基因功能和异源表达提供了重要参考。展开更多
为了解我国河北省牛梨形虫的种类、感染率、遗传进化及季节流行性情况,本研究共收集河北省7个地级市的牛血液样品564份,以提取的牛全血液基因组DNA为模板,采用套式PCR对牛梨形虫18S r RNA基因进行扩增检测,并鉴定虫种,选取10份不同地区...为了解我国河北省牛梨形虫的种类、感染率、遗传进化及季节流行性情况,本研究共收集河北省7个地级市的牛血液样品564份,以提取的牛全血液基因组DNA为模板,采用套式PCR对牛梨形虫18S r RNA基因进行扩增检测,并鉴定虫种,选取10份不同地区牛犁形虫阳性样品测序,并构建其18S r RNA基因系统进化树分析其遗传进化特征。结果显示,我国河北省牛梨形虫总感染率为18.6%(105/564),其中张家口地区牛梨形虫感染率最高,为83.3%(20/24),极显著高于河北省其他地区(P<0.01),唐山、沧州、石家庄及承德的牛梨形虫感染率分别为27.4%(32/117)、22.1%(17/77)、25.0%(20/80)和19.0%(16/84),秦皇岛和衡水地区牛梨形虫感染率为0。感染梨形虫的虫种主要为双芽巴贝斯虫、牛巴贝斯虫和瑟氏泰勒虫,感染率最高的为双芽巴贝斯虫(12.2%,69/564)。18S r RNA基因的进化树分析结果显示,10份牛梨形虫18S r RNA基因均呈地区性聚集;统计学分析结果显示,8月份河北省牛梨形虫感染率最高(29.7%),显著高于其他月份(P<0.05),4月~8月间牛梨形虫感染率呈逐渐上升的趋势,8月份达到顶峰后感染率逐渐下降。本研究首次对河北省牛梨形虫进行了流行病学调查,并分析了其遗传进化特征,结果表明河北省存在牛梨形虫的感染,尤其是张家口地区,该地区应在夏季应加强对牛梨形虫的重点防控。本研究为河北省牛梨形虫的防制提供了科学依据。展开更多
为了探明导致某养猪场中仔猪腹泻的病原,本试验将患病仔猪样本处理并提取核酸后进行病毒宏基因组测序,对测序结果进行序列比对分析和遗传进化分析,并对样本核酸进行PCR检测验证。结果显示,RNA样本中只注释到A型流感病毒(H1N1和H3N2),读...为了探明导致某养猪场中仔猪腹泻的病原,本试验将患病仔猪样本处理并提取核酸后进行病毒宏基因组测序,对测序结果进行序列比对分析和遗传进化分析,并对样本核酸进行PCR检测验证。结果显示,RNA样本中只注释到A型流感病毒(H1N1和H3N2),读数比为6.8%,未发现其他猪病相关RNA病毒。DNA样本注释到的病毒主要为猪博卡病毒(PBoV),读数比为34.5%,命名为PBoV-SDPD-2022;其余猪病相关病毒包括猪巨细胞病毒、猪乳腺腺病毒和猪细环病毒,读数比均小于1.0%。基于全基因组、NS 1基因和VP 1基因构建的系统发育进化树均显示,PBoV-SDPD-2022与参考毒株PBoV3_VIRES_HuB01_C1处于同一分支,属于PBoV G3群。与21株参考毒株相比,PBoV-SDPD-2022 NS1蛋白的编码基因核苷酸和氨基酸序列同源性分别为49.6%~97.2%和38.5%~95.3%;VP1蛋白的编码基因核苷酸和氨基酸序列同源性分别为47.9%~97.9%和34.8%~98.8%;NP1蛋白的编码基因核苷酸和氨基酸序列同源性分别为35.2%~98.5%和26.9%~97.4%。与G3群参考毒株相比,PBoV-SDPD-2022 NS1蛋白在第654位点处有1个氨基酸的缺失;VP1蛋白在第151、152位点处有2个氨基酸的插入,且包含基序YLGPF(VPl aa 18~22)和HDLAY(VP1 aa 41~45);NP1蛋白在第15、16、35、36、212位点处发生氨基酸的缺失,在第95位点处有1个氨基酸的插入。PCR检测证实样本核酸为PBoV阳性。结果表明,导致该养猪场仔猪腹泻的优势病原是G3群PBoV。本试验有助于进一步了解我国PBoV基因组序列特征,并为未来PBoV流行病学调查提供了参考依据。展开更多
文摘为了阐明藜麦CqGAI基因密码子使用特性,克隆获得藜麦CqGAI基因序列,运用CodonW、SPSS软件及EMBOSS在线程序分析藜麦CqGAI基因密码子使用偏好性,并与25种植物的GAI基因进行中性绘图、ENC分析和奇偶偏好偏差性分析。结果表明,藜麦CqGAI基因编码序列(coding sequence,CDS)全长1 782 bp,编码593个氨基酸,包含DELLA基因家族特有结构域DELLA、TVHYNP、NLS、VHIID、LHR、RVER;CqGAI基因能够迅速响应赤霉素(gibberellins,GA),在GA信号通路中起关键作用;密码子偏好性分析显示,CqGAI基因的有效密码子数(effective number of codon,ENC)、密码子适应指数(codon adaptation index, CAI)及GC含量分别为54.14、0.21和46.18%,密码子偏好性较弱,偏好以A/T结尾,有27个高频密码子。聚类分析表明,藜麦CqGAI基因与石竹目植物的亲缘关系较近。碱基组成与相关性分析发现,CqGAI基因密码子偏好性受碱基突变和选择效应影响。密码子使用频率表明,大肠杆菌与酵母菌均适用于藜麦CqGAI基因异源表达,拟南芥、烟草、甜菜均可作为藜麦CqGAI基因功能分析的遗传转化受体。以上研究结果为进一步研究藜麦CqGAI基因功能和异源表达提供了重要参考。
文摘为了解我国河北省牛梨形虫的种类、感染率、遗传进化及季节流行性情况,本研究共收集河北省7个地级市的牛血液样品564份,以提取的牛全血液基因组DNA为模板,采用套式PCR对牛梨形虫18S r RNA基因进行扩增检测,并鉴定虫种,选取10份不同地区牛犁形虫阳性样品测序,并构建其18S r RNA基因系统进化树分析其遗传进化特征。结果显示,我国河北省牛梨形虫总感染率为18.6%(105/564),其中张家口地区牛梨形虫感染率最高,为83.3%(20/24),极显著高于河北省其他地区(P<0.01),唐山、沧州、石家庄及承德的牛梨形虫感染率分别为27.4%(32/117)、22.1%(17/77)、25.0%(20/80)和19.0%(16/84),秦皇岛和衡水地区牛梨形虫感染率为0。感染梨形虫的虫种主要为双芽巴贝斯虫、牛巴贝斯虫和瑟氏泰勒虫,感染率最高的为双芽巴贝斯虫(12.2%,69/564)。18S r RNA基因的进化树分析结果显示,10份牛梨形虫18S r RNA基因均呈地区性聚集;统计学分析结果显示,8月份河北省牛梨形虫感染率最高(29.7%),显著高于其他月份(P<0.05),4月~8月间牛梨形虫感染率呈逐渐上升的趋势,8月份达到顶峰后感染率逐渐下降。本研究首次对河北省牛梨形虫进行了流行病学调查,并分析了其遗传进化特征,结果表明河北省存在牛梨形虫的感染,尤其是张家口地区,该地区应在夏季应加强对牛梨形虫的重点防控。本研究为河北省牛梨形虫的防制提供了科学依据。
文摘为了探明导致某养猪场中仔猪腹泻的病原,本试验将患病仔猪样本处理并提取核酸后进行病毒宏基因组测序,对测序结果进行序列比对分析和遗传进化分析,并对样本核酸进行PCR检测验证。结果显示,RNA样本中只注释到A型流感病毒(H1N1和H3N2),读数比为6.8%,未发现其他猪病相关RNA病毒。DNA样本注释到的病毒主要为猪博卡病毒(PBoV),读数比为34.5%,命名为PBoV-SDPD-2022;其余猪病相关病毒包括猪巨细胞病毒、猪乳腺腺病毒和猪细环病毒,读数比均小于1.0%。基于全基因组、NS 1基因和VP 1基因构建的系统发育进化树均显示,PBoV-SDPD-2022与参考毒株PBoV3_VIRES_HuB01_C1处于同一分支,属于PBoV G3群。与21株参考毒株相比,PBoV-SDPD-2022 NS1蛋白的编码基因核苷酸和氨基酸序列同源性分别为49.6%~97.2%和38.5%~95.3%;VP1蛋白的编码基因核苷酸和氨基酸序列同源性分别为47.9%~97.9%和34.8%~98.8%;NP1蛋白的编码基因核苷酸和氨基酸序列同源性分别为35.2%~98.5%和26.9%~97.4%。与G3群参考毒株相比,PBoV-SDPD-2022 NS1蛋白在第654位点处有1个氨基酸的缺失;VP1蛋白在第151、152位点处有2个氨基酸的插入,且包含基序YLGPF(VPl aa 18~22)和HDLAY(VP1 aa 41~45);NP1蛋白在第15、16、35、36、212位点处发生氨基酸的缺失,在第95位点处有1个氨基酸的插入。PCR检测证实样本核酸为PBoV阳性。结果表明,导致该养猪场仔猪腹泻的优势病原是G3群PBoV。本试验有助于进一步了解我国PBoV基因组序列特征,并为未来PBoV流行病学调查提供了参考依据。
