2009年云南省柯萨奇病毒B5：分离株A210／KM／09全基因序列分析

目的分析柯萨奇病毒B5（CVB5）云南分离株A210／K2~I／09全基因序列及其遗传特性。方法设计针对CVB5引物，提取病毒RNA，RT-PCR扩增和产物直接测序获得序列，利用Mega4．1、RDP3和SimPlot3．5．1软件分析全基因序列。结果CVB5A210／KM／09全基因组核苷酸序列长度为7372bp，编码含2185个氨基酸残基的多聚蛋白；A210／KM／09全基因组核苷酸及所推导的氨基酸与CVB5／CCl0／10同源性最高，其同源性分别为92．5％和97.3％；而与其他CVB5毒株如17Y、19CSF、20CSF、1954／85／US、2000／CSF／KOR、03001N、CoxB5／Henard2010、CVB5／SD／09和Faulkner核苷酸和氨基酸同源性分别为80．1％～92．5％和95．0％～97.3％；A210／KM／09与其他CVB5毒株的各区段核苷酸和氨基酸同源性分别为75.3％～96.3％和85．3％～100．O％，其中与VP3、3D区段核苷酸的同源性最低。基于CVB5全长VPl基因序：列进行种系进化分析，可将CVB5分为A、B、C和D4个基因型，其中C基因型可再分为C1～C4基因亚型，D基因型可再分为D1～D4基因亚型。中国CVB5流行株主要聚集在C4基因亚型，国外流行株主要聚集在D1、C2亚型。结论A210／KM／09分离株为C4基因型。

柯萨奇病毒B3 KM06／2009株全基因组测序及其序列分析

目的分析柯萨奇病毒B3（CVB3）KM06／2009全基因序列，并对其分子变异、进化特点和毒力特征进行分析。方法设计针对CVB3引物，提取病毒RNA，RT-PCR扩增和产物直接测序获得序列。利用Mega4．1、RDP3和SimPlot3．5．1等软件分析全基因序列。结果CVB3KM06／2009病毒株全基因组全长7401bp个核苷酸（nt），5’端和3’端分别为743nt和100nt的非编码区，5’和3’非编码区间为一个6558nt长的开放读码框，编码一个含2185个氨基酸的多聚蛋白，编码区内未见核苷酸的插入或缺失。与GenBank库中CVB3Nancy原型株比较，其全基因组序列核苷酸同源性为81．4％，氨基酸同源性为95．7％；与无心肌毒力的临床分离株CVB3GA比较，其全基因组序列核苷酸同源性为80．7％，氨基酸同源性为96．4％；与历史同期国内临床分离株Beijing0811、SSM、GZ0803株比较，整个基因组的核苷酸同源性分别为98．1％、89．7％和88．4％，氨基酸同源性分别为99．4％、98．1％和98．1％。基于全基因组和全长VP1核酸序列的进化树图均显示，CVB3病毒株具有明显的时空聚簇分布特征。CVB3心肌毒力相关区域5’非编码区颈环结构1／RNA二级折叠结构分析结果表明，CVB3KM06／2009病毒株具有明显的心肌毒力倾向。结论基于基因分子生物信息学分析，与CVB3临床分离株比较，KM06／2009病毒株具有明显的心肌毒力倾向。