凤鲚两群体线粒体细胞色素b基因片断多态性及进化特征

为研究凤鲚（Coilia mystus）的长江群体和珠江群体的遗传多态性、遗传关系及进化特征,使用线粒体DNA（mitochondrial DNA,mtDNA）的细胞色素b（cytochrome b,cytb）基因片断序列进行分析.在该基因片断上共检测到44个变异位点,总变异率为11.5%.凤鲚长江群体内部的遗传距离为0.3%～1.0%,珠江群体内部的遗传距离为0.5%～0.8%,长江群体与珠江群体之间的遗传距离为9.4%～10.9%.这2个群体具有完全不相同的单倍型,其中长江群体5个个体中共检测到5种不同的单倍型,单倍型多样性指数为1.000,核苷酸多样性指数为0.677%;珠江群体5个个体中共检测到4种单倍型,单倍型多样性指数和核苷酸多样性指数分别为0.900和0.573%.对两者序列的自然选择检验分析表明,自然选择在两者差异形成过程中起重要的作用.[中国水产科学,2006,13（3）：337-343]

在线课程的进化特征及主流模式分析

随着全球开放教育运动的不断发展,中国高等教育领域的在线教育也迎来了大发展。文章首先归纳了在线课程的四大类别和19个要素,总结出大规模开放背景下在线课程的六大进化特征。随后,文章分析了中国高等教育在线课程的三种主流模式,包括讲座型在线课程(公开课)、教师引领型在线课程(共享课)和个人自主学习型在线课程(MOOC课程)。最后,文章从课程定位、特征要素、内容组织方式等三个角度,对这三种模式进行了对比分析。文章的研究,期待能推动在线课程的发展,并为课程设计与开发人员提供参考。

秀丽白虾精子结构及生殖进化特征

用透射电镜技术研究了秀丽白虾精子的形态结构 ,结果表明 :秀丽白虾精子属无鞭毛、单棘型精子。其外形呈图钉样 ,由主体部和棘突构成。主体部包括帽状体、细胞质带和精核。帽状体由约 2 0根辐射状排列的纤丝组成 ,纤丝具横纹。其凸面延伸成棘突 ,棘突内纤丝是帽状体内纤丝的延续 ,亦具横纹。凹面包裹细胞质和精核。细胞质退化 ,无细胞器。精核为非浓缩型 ,核膜不完整。核质呈丝状 。

电商生态系统中卖家服务商的进化特征研究:以淘宝平台为例

本文根据淘宝在线订购卖家服务市场的数据,以电商生态系统的"寄生种群"即卖家服务商为研究对象,分析大淘宝电商生态系统的进化特征。研究表明,在线订购类卖家服务商发展迅速,种群规模不断增长,开始占据更多的生态位空间。卖家服务产品数量呈现周期性波动特征,移动电商将催生新的卖家服务。未来应挖掘淘宝生态系统中未被发现的细分市场,进行差异化服务创新,布局移动电商,拓展新的生态位空间。

云南黄毛草莓的nrDNA ITS和cpDNA psbA-trnH序列分子鉴定及进化特征分析

【目的】利用核糖体DNA(nrDNA)ITS序列和叶绿体DNA(cpDNA)psbA-trnH序列对云南不同地理区域的黄毛草莓进行分子鉴定,并分析不同地理居群间的分子进化及地理分布特征,为黄毛草莓种质鉴定、保护及开发利用提供理论依据。【方法】以云南省12个不同地理区域的黄毛草莓居群样品为材料,PCR扩增其ITS和psbA-trnH序列,并进行双向测序及序列合并,分别基于ITS和psbA-trnH序列及二者合并序列构建系统发育进化树。最后利用DnaSP 5.10对ITS和psbA-trnH序列进行核苷酸多样性(π)及单倍型数目、类型和多样性(Hd)分析,并对黄毛草莓居群进行中性检验及分子进化特征分析。【结果】基于ITS和psbA-trnH序列的聚类分析结果均显示,12个不同地理区域的黄毛草莓居群样品均与GenBank数据库中下载的黄毛草莓聚在一个分支上,分支自展值均大于阈值(75%),表明这两种序列均可用于黄毛草莓种质的分子鉴定。基于二者合并序列的聚类分析结果与上述结果基本一致,但分支自展值达99%,表明该聚类分析结果更可靠。不同地理区域的黄毛草莓ITS序列间的遗传距离为0~0.014,排序为迪庆州>昆明市>文山州,psbA-trnH序列间的遗传距离为0~0.025,排序为昆明市>迪庆州>文山州,推测ITS和psbA-trnH序列均能显示黄毛草莓居群遗传分化与地理分布格局的相关性。ITS序列长度为668 bp,变异位点百分率为1.8%,共有8种单倍型,Hd和π分别为0.894±0.078和0.006,以昆明市黄毛草莓样品的单倍型最多,为4种;psbA-trnH序列有203 bp,变异位点百分率为2.5%,psbA-trnH序列共有5种单倍型,Hd和π分别为0.788±0.090和0.009,以昆明市黄毛草莓样品单倍型最多,为3种,表明两种序列的单倍型均呈现地理分布格局。黄毛草莓ITS和psbA-trnH序列的中性检验Tajima’s D值分别为-0.673和0.227(P>0.1),表明云南省12个不同地理区域的黄毛草莓居群保持稳定状态,在截至目前的历史时间内不存在扩张。【结论】从云南不同地理区域采集的样品均为黄毛草莓。ITS序列和psbA-trnH序列均可作为黄毛草莓的DNA条形码,二者的合并序列更能准确鉴定黄毛草莓种,适用于黄毛草莓分子谱系地理学研究。

线粒体ND4-ND4L基因在黑腹果蝇种组中的进化特征

本实验对黑腹果蝇种组(melanogaster species group)中8个种亚组33个样品两个线粒体基因ND4和ND4L进行了测序,并分析了ND4基因的序列差异和碱基替换特点,发现近缘物种中存在很明显的转换倾向,而在远缘物种中由于重复替换导致转换数处于饱和状态,我们的实验数据证实了线粒体基因较核基因有较快的进化速度。最后根据D.melanogaster与D.yakuba的遗传距离推算了8个种亚组的分化时间,ananassae种亚组最先分化,然后依次是montium,melanogaster,fic-sphila,eugracilis,elegans,suzukii和takahashii最后分化。

长沙市2016-2023年A(H1N1)pdm09流感病毒血凝素基因进化特征

目的 分析2016-2023年度长沙市A(H1N1)pdm09流感病毒的血凝素(hemagglutinin, HA)基因特征,了解HA基因遗传进化趋势和氨基酸突变情况,为新形势下流感疫情的防控、流感疫苗筛选提供科学依据。方法 无特定病原(specific pathogen free, SPF)鸡胚分离法获得2016-2023年长沙市的A(H1N1)pdm09流感病毒毒株,使用Illumina公司的MiSeq对其进行二代测序测定。借助DNAStar中MegAlign软件分析HA基因的同源性,构建进化树使用Molecular Evolutionary Genetics Analysis version 11(MEGA11)软件中的Neighbor Joining(NJ)法进行。结果 2016-2023年长沙市的A(H1N1)pdm09流感病毒HA基因同源性为94.8%~99.9%,HA基因同源性逐年降低。2016-2023年度长沙市A(H1N1)pdm09分离株与WHO疫苗推荐株同源性为96.8%~99.0%,流感分离株与疫苗推荐株匹配性相对较好。长沙市的A(H1N1)pdm09流感病毒HA基因进化树显示其在6B分支中进化出多个不同分支,目前已进化到6B.1A.5a.2a分支。HA 4个抗原决定簇氨基酸位点不断发生变异,目前4个抗原决定簇中的15个抗原位点氨基酸发生突变,分离株在2023年新出现的A186T抗原变异位点近期值得关注。受体结合位点在130环相对保守,220环零星发生氨基酸变异,190环氨基酸变异位点是否日趋稳定还需加强监测。以A/California/07/2009(CY121680)为参考株,近年来长沙市大部分A(HlNl)pdm09分离株增加了162 NQTY糖基化位点,减少了276 NTTC糖基化位点,目前这2个位点的糖基化变异日趋稳定。结论 长沙市A(H1N1)pdm09病毒HA基因不断进化变异,提示病毒有逃逸免疫反应可能,我们应持续加强流感监测。

诺如病毒进化特征及疫苗研究进展

诺如病毒是急性非细菌性肠胃炎的主要病原体,在全球范围内呈持续散发和季节性暴发的流行趋势,对人类健康以及全球公共卫生事业造成威胁。由于该病毒不能体外培养,且缺少有效的动物模型,至今尚无相关疫苗和抗病毒药物上市。诺如病毒基因的多样性及持续的进化为疾病防控体系带来了极大困扰,因而诺如病毒进化形式和趋势研究对于该病毒的防控具有重要意义。本文总结了诺如病毒两种主要的进化形式及其在不同基因型进化过程中的差异及作用,分析了病毒、宿主及环境等多种因素影响诺如病毒进化的相关研究进展,并对诺如病毒疫苗的研发现状进行综述。

泉州地区2014-2017年活禽相关外环境禽流感病毒监测及遗传进化特征

目的分析泉州地区2014—2017年活禽相关外环境中H5、H7、H9亚型禽流感病毒的分布情况和分子生物学特点,为本地区人感染禽流感的防控和预警提供参考依据。方法采集泉州地区活禽监测场所标本,采用实时荧光定量PCR方法检测甲型流感病毒以及H5、H7、H9亚型禽流感病毒,然后对检测结果进行统计学分析;并对4株代表性H7N9禽流感病毒毒株的HA和NA基因进行核苷酸序列测定和同源性分析,用DNAstar和MEGA7.0软件进行序列分析。结果外环境标本甲型流感病毒核酸阳性率为29.04%(377/1289),其中H5、H7、H9亚型的阳性率分别为3.80%、13.34%、12.02%。各监测年份中,H7N9阳性率均高于其它亚型,其中2017年最高(21.88%)。不同类型标本中,案板的H7N9阳性率最高(65.4%)、污水次之(59.3%)、禽类饮水最低(29.6%)。采集场所中,最高的是农贸市场(61.7%)和活禽交易市场(52.8%)。对4株H7N9病毒的HA和NA基因序列分析显示,外环境和人源病毒分别属于珠江三角洲和长江三角洲谱系。HA蛋白的裂解位点均为PKGR/G,没有发生高致病性突变;NA蛋白292位氨基酸都为R,没有出现奥司他韦耐药突变;PB2蛋白中,627位氨基酸从E突变为了K,526位和701位氨基酸没有出现突变。结论泉州地区活禽相关外环境存在H7N9禽流感病毒污染,特别是农贸市场和活禽交易市场是人感染H7N9亚型的高风险场所,需要加强监测。

闽西地区猪流行性腹泻病毒M基因遗传进化及分子结构特征分析

为了解2015—2017年闽西地区猪流行性腹泻病毒(PEDV)遗传进化规律,本研究收集了闽西地区12份PEDV阳性样品,对其M基因进行RT-PCR扩增,克隆至p MD18-T载体测序,并与国内外已知参考毒株序列进行比对及遗传进化分析。结果表明,12株闽西毒株M基因氨基酸序列同源性为100.0%;遗传进化分析表明,12株闽西毒株与经典毒株CV777、2010年前中国分离毒株LCZ、以及韩国毒株SM98、virulent DR13的亲缘性较远,而与2010年后国内分离毒株以及2013年美国分离毒株亲缘关系最近,说明闽西PEDV毒株属于目前国内外流行毒株。分子结构特征分析表明,PEDV M基因具备高度保守的特性,可以作为设计疫苗的候选基因。

云南边境禽流感H5N1亚型病毒血凝素基因进化特征分析

目的：认识2003年～2008年期间云南边境禽流感H5N1亚型病毒血凝素（HA）基因的进化特征。方法：2003年～2008年期间在云南边境采集境外禽类样品380份,经H5/N1亚型特异性多重RT-PCR检测,对阳性样品中H5N1病毒HA基因进行RT-PCR扩增,克隆至pMD18-T载体测序,并与国内外已知参考毒株序列进行比对及系统发育分析。结果：多重RT-PCR检出18份阳性样品,阳性率4.74%;14份代表性病毒样品HA基因核苷酸和氨基酸序列同源性介于93.1%～99.3%、90.5%～99.1%;HA裂解位点序列存在4种不同排列方式,均具有高致病性禽流感病毒分子结构特征;系统发育分析表明阳性样品可划分为5个不同进化分枝（1、2.4、2.3.2、2.3.4、7）。结论：2003年～2008年期间云南边境境外H5N1亚型病毒间具有遗传差异,进化分枝2.3.4毒株已成为当地流行的优势毒株。

母婴人群隐匿性乙型肝炎病毒感染及病毒株进化特征分析

目的了解母婴匹配人群隐匿性HBV感染（OBI）及显性和隐匿性病毒株S基因的变异。方法基础调查时随访135对母婴，填写调查表及采血样，采用ELISA检测HBsAg，Real—timePCR测定病毒载量，PCR扩增HBVS基因并进行进化分析。结果共采集母血94份，其子女血样101份，OBI感染率分别为10．0％和2．0％，母亲显著高于其子女；显性和隐匿性病毒株病毒载量中位数分别为399．9IU／ml和247．6IU／ml，两者差异无统计学意义；OBI病毒株有1株为B基因型、adw血清型，其余7株均为C基因型、adr血清型；显性HBV感染病毒株有15株为B基因型、adw血清型，其余8株为C基因型、adr血清型；OBI病毒株中C基因型比例显著高于显性HBV病毒株。结论母婴人群存在一定比例的OBI，应重视其预防。

2014-2016年四川省B型流感病毒全基因组进化特征分析

目的了解2014-2016年四川省B型流感病毒的流行特点，明确流行株与国际疫苗株的匹配情况及流感病毒全基因组进化特征。方法选取2014-2016年四川省分离的29株B型流感病毒，全基因组测序后完成序列拼接，采用Bioedit、MEGA5．0软件对各基因片段进行系统发育分析及分子特征分析。结果2014-2015年以Yamagata系流感病毒为主，2016年以Victoria系流感病毒为主。全基因组分析表明，29株B型流感毒株中有5株发生了B／Yamagata系血凝素（hemagglutinin，HA）和B／Victoria系神经氨酸酶（neuraminidase，NA）间的重配；B／Yamagata系HA氨基酸序列与国际疫苗株B／Massachusetts／2／2012相比，进化树上group1分支毒株突变较多，所分析的15株病毒株均发生K58R、A118P、N126K、S1601、N176Y等14处氨基酸突变；2016年的11株Victoria系毒株与毒株B／Brisbane／60／2008相比，EA基因主要有2个氨基酸位点发生了共有突变（1127V、N139D）。本研究中的29株分离株均未发生NA蛋白酶活性位点及耐药位点的突变。结论2014-2016年四川省B型流感病毒两系交替流行，29株分离株中的5株出现BY／BV系间神经氨酸酶基因的重配，会导致抗原转变使疫苗失去保护效果，双组分的B型流感疫苗可能更为有效；NA重要的氨基酸位点相对保守。

新型冠状病毒变异株VOC 202012/01的全球早期传播与刺突蛋白进化特征分析

新型冠状病毒(SARS-CoV-2)自2019年底流行至今,已进化出多个不同的亚型或分支并在全球共同传播。2020年12月14日,英国报道了一种新的SARS-CoV-2 variants of concern 202012/01(VOC 202012/01)变异株,其刺突(spike,S)蛋白累积了10个氨基酸突变,传播力增强。为分析SARS-CoV-2 VOC 202012/01变异株的全球传播与进化规律,本研究对截至到2020年12月31日的GISAID数据库中符合VOC 202012/01变异株特征的全基因组序列进行了时空分布及S蛋白进化特征分析。结果表明,VOC 202012/01变异株自2020年9月20日于英国首次出现后,在英国境内迅速蔓延,毒株数量逐月增多,并逐步扩散到全球4个大洲22个国家。在2020年9~12月传播期间,VOC 202012/01变异株的S蛋白除10个特征性位点稳定突变以外,均呈随机突变,仅有2个氨基酸突变位点存在于50条以上的序列中,行成小的分支。本文初步阐明了SARS-CoV-2 VOC 202012/01变异株的在全球早期流行中的传播与S蛋白的进化特征,为我国应对VOC 202012/01变异株的监测与防控提供科学依据。

文心兰miR168分子进化特性及其对软腐病侵染的响应模式

【目的】探究文心兰miR168的分子进化特性,揭示文心兰miR168a及其候选靶基因响应软腐病菌侵染的表达模式。【方法】以文心兰miRNA文库、转录组数据库及miRbase数据库获取的植物miR168前体和成熟体序列为研究对象,利用生物信息学方法对其进行系统进化树构建、保守性分析、前体二级结构分析及靶基因预测;通过PCR技术克隆文心兰miR168a前体,采用qRT-PCR技术分析miR168a及其候选靶基因在文心兰不同组织(根、叶、假鳞茎)和感染软腐病(0,12,24,36和48 h)不同时间的表达模式。【结果】植物miR168序列保守性较高,来源于miR168前体的5p臂保守性高于3p臂,miR168前体分歧较大,茎序列的保守性高于环序列;从文心兰中克隆得到93 bp miR168a前体序列,包含21 nt miR168a成熟体序列。进化分析表明,物种亲缘关系对其前体和成熟体序列的形成影响较小;二级结构显示,文心兰miR168a前体能形成典型的发卡结构,其成熟体位于前体的5p臂;随着软腐病侵染时间延长,文心兰miR168a与其候选靶标RNA剪切复合体核心蛋白(AGO1)、RPM1互作蛋白(RIN4)、羧酸酯酶(CXE8)的表达趋势基本呈负相关,而与其候选靶标RNA解旋酶(PRH47A)、泛素羧基末端水解酶(UCH)的表达趋势呈正相关,说明可能存在其他miR168家族成员或miRNAs同时调控。【结论】文心兰miR168与其他植物miR168进化上兼具保守性和特异性,miR168a上调表达可能会增强文心兰的抗病性。

特征进化的汽车造型设计方法

基于造型特征和汽车造型特征线的概念,提出一种基于特征进化的汽车造型设计方法。以奥迪A6为例进行仿真,初步结果显示这一方法的可行性和应用潜力。

基于特征进化的混合遗传算法

对于遗传算法存在早熟性收敛和收敛速度慢等问题,可通过保护存在于种群中的最小诱导模式和属于收敛优化解或全局最优解的有效基因块,得到有效的改善。通过对种群中个体之间关系分析,建立特征保护策略及特征进化算子,由此改进的混合遗传算法具有较高的收敛速度,并能收敛于规模小于2 000个城市的旅行商问题全局最优解。

植物的个体发育与特征进化

本文在几年野外观察和室内实验得到的资料基础上,阐明植物特征进化寓于植物个体发育中。特征A至A′的变化,并不表明控A特征的遗传结构被取缔,而是被封闭不表达。

两株人H7N9禽流感病毒的全基因组测序及分子特征分析

【目的】对两株从轻症病例和重症死亡病例中分离的人H7N9禽流感病毒进行全基因组测序,研究其来源、基因组特征以及相互间的分子差异,旨在了解毒株的遗传进化特征与其致病性及其所致疾病临床类型的关系,为进一步阐明H7N9禽流感病毒的致病机制提供科学依据。【方法】选取两株从轻症病例和重症死亡病例中分离的H7N9禽流感病毒进行全基因组序列测定;运用生物信息学软件比较分析两株病毒的遗传进化关系、基因组特征、受体结合位点、宿主特异性位点及致病相关位点等重要分子特征;从禽流感共享数据(GISAID)下载2013年至2014年10月轻症和重症病例的病毒分离株序列,分析致病相关关键位点差异,并分析这些变异与其致病性及所致疾病临床类型的关系。【结果】这两株H7N9禽流感病毒的HA、NA和M基因来源于2013年华东地区流行的H7N9禽流感病毒,NP、NS、PA、PB1和PB2基因来源于2013年在广东地区禽类中流行的H9N2禽流感病毒;H7N9禽流感病毒PA蛋白L336M和PB1蛋白I368V的突变率随流行时间的延长而逐渐上升,并存在地区差异;两株病毒各基因核苷酸同源性达到99.2%以上,氨基酸同源性在99.5%以上,但各基因节段存在个别氨基酸的差异,其中HA受体结合位点存在一个关键氨基酸的差异(226L和226 Q),宿主特异性位点存在两个关键氨基酸的差异(PB2-591L和PB2-591Q,PB2-627E和PB2-627K),毒力位点存在两个关键氨基酸差异(PA-353R和PA-353K,PB2-627E和PB2-627K);M2均发生了S31N突变;潜在糖基化位点均相对保守;2013年至2014年10月报道的重症病例病毒分离株PB2蛋白E627K突变率高于轻症病例分离株。【结论】两株来自不同临床类型的H7N9禽流感病毒是一种新的重组病毒,是由华东地区流行的人H7N9禽流感病毒和在广东地区禽类中流行的H9N2禽流感病毒基因重组而来;H7N9禽流感病毒的某些致病相关的关键氨基酸位点在流行的过程中不断发生变异,必须密切监测毒株的变异动向;两株致病力不同的病毒各基因节段虽然同源性较高,但存在关键氨基酸位点的差异,其中PB2蛋白627位氨基酸位点的差异可能对病毒的致病性起重要作用,与所致疾病临床类型相关。

高等植物线粒体基因组进化分析

线粒体是进行呼吸代谢、为生命活动提供能量的细胞器;其基因组相对独立于核基因组,表现为半自主遗传特性。植物线粒体基因组较大,基因组重排、重复序列重组,以及基因获得/缺失/转移/重复等频繁发生,很大程度影响其基因的正常功能行使;同时,也增加了研究其基因功能及其基因组进化的难度。新一代测序技术降低了测序成本,数据库中测序基因组数据激增。其中,也包括大量已获得的植物细胞器——线粒体和叶绿体的基因组序列。本文使用公用数据库的线粒体基因组序列,通过对高等植物线粒体DNA序列、结构、功能基因丢失/迁入、DNA片段水平转移、重复序列及RNA编辑等方面比较分析,试图从某些侧面揭示植物线粒体基因组复杂的进化特征与过程,为解析植物线粒体基因组的进化、探讨细胞质雄性不育机制提供新证据。