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东北地区不同宿主NDV分离株的系统发育进化分析 被引量:3
1
作者 刘文斌 崔尚金 +1 位作者 刘立奎 张洪英 《中国兽医杂志》 CAS 北大核心 2005年第7期3-6,共4页
本研究针对我国东北地区获得高免新城疫(Newcastledisease,ND)抗体鸡群仍然发生ND的情况,对所分离的18株鸡源新城疫病毒(Newcastlediseasevirus,NDV)和1株鸽源NDV的融合蛋白(F)基因(532bp或280bp)高变区片段进行扩增、克隆和测序(GenBan... 本研究针对我国东北地区获得高免新城疫(Newcastledisease,ND)抗体鸡群仍然发生ND的情况,对所分离的18株鸡源新城疫病毒(Newcastlediseasevirus,NDV)和1株鸽源NDV的融合蛋白(F)基因(532bp或280bp)高变区片段进行扩增、克隆和测序(GenBank序列号:AY208680-AY208698)。结果表明,各分离毒株之间核苷酸同源性为83.1%~100%。各分离株间的氨基酸同源性为85.5%~100%。系统进化树分析表明,JL-12、HLJ-3与V4株同属于基因型;HLJ-4、JL-14为基因型,其余15株均为基因型。可见目前东北地区ND的流行是由三种不同基因型毒株,老的基因型、型,新的型所引发,但以基因型为主要流行株,这与我国其他地区和世界其他国家的ND流行情况相一致。 展开更多
关键词 NDV F基因 分子流行病学 系统发育进化
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奶牛附红细胞体16SrRNA基因的克隆测序及系统发育进化树的建立 被引量:1
2
作者 陈明 黄维义 +3 位作者 张为宇 李莉萍 韦家周 周春明 《黑龙江畜牧兽医》 CAS 北大核心 2006年第3期8-10,共3页
为了从分子水平上证实奶牛附红细胞体的存在及研究其分类学地位,利用原核生物16S rRNA基因通用引物对分离纯化的疑似奶牛附红细胞体进行16S rRNA基因的PCR扩增及克隆测序。结果扩增出长约1.5 kb的目的片段,测序结果表明:目的片段长度为1... 为了从分子水平上证实奶牛附红细胞体的存在及研究其分类学地位,利用原核生物16S rRNA基因通用引物对分离纯化的疑似奶牛附红细胞体进行16S rRNA基因的PCR扩增及克隆测序。结果扩增出长约1.5 kb的目的片段,测序结果表明:目的片段长度为1 439 bp,其核苷酸序列与国外已发表的牛温氏附红细胞体(E.wenyoni)的16SrRNA基因片段同源性高达97.1%,暂称为中国广西株(E.wenyoniCGX)。系统发育进化树显示:E.wenyoni和其他血营养菌在系统进化关系上组成了一个大的进化分支,与支原体科、支原体属的病原最接近(75%),而与立克次体科的病原较远(55%)。分析结果支持了Nei mark等和Messick等提出的将这类血营养菌划归支原体科、支原体属的建议。 展开更多
关键词 牛温氏附红细胞体 16S RRNA 克隆 系统发育进化
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东北地区不同宿主NDV的分离鉴定与系统发育进化分析 被引量:4
3
作者 刘文斌 崔尚金 +2 位作者 李秀云 刘立奎 张洪英 《畜禽业》 2006年第1期26-30,共5页
针对我国东北地区获得高免新城疫(NewcastleDisease,ND)抗体鸡群仍然发生新城疫(ND)的情况,应用分子流行病学技术,对所分离的18株鸡源新城疫病毒(NewcastleDiseaseVirus,NDV)和1株鸽源NDV进行系统发育进化分析。将NDV分离株通过差速离... 针对我国东北地区获得高免新城疫(NewcastleDisease,ND)抗体鸡群仍然发生新城疫(ND)的情况,应用分子流行病学技术,对所分离的18株鸡源新城疫病毒(NewcastleDiseaseVirus,NDV)和1株鸽源NDV进行系统发育进化分析。将NDV分离株通过差速离心纯化,以SDS-蛋白酶K(或Trizol法)提取病毒RNA,RT-PCR扩增其融合蛋白(F)基因532bp或280bp关键片断,经回收克隆到pMD18-T载体上进行核苷酸序列测定(GenBank序列号:AY208680-AY208698)。核苷酸和氨基酸序列进行同源性比较,结果表明各毒株之间核苷酸同源性为83.1%~100%,氨基酸同源性为85.5%~100%;系统发育进化树分析显示,其中JL-12、HLJ-3为弱毒株,与疫苗株V4同属于基因Ⅰ型;其余17株均为强毒株,其中HLJ-4、JL-14为Ⅵ型,其余15株均为基因Ⅶ型,由此可见东北地区目前新城疫的流行是由3种不同基因型的NDV毒珠(Ⅰ型、Ⅵ型、Ⅶ型)所发,但以基因Ⅶ型为主,这与我国其他地区和世界上其他国家ND的流行情况趋于一致。 展开更多
关键词 NDV F基因 分子流行病学 系统发育进化
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《被子植物系统发育与进化》书评
4
作者 陈士超 《自然杂志》 CAS 2023年第5期F0003-F0003,共1页
《被子植物系统发育与进化》(修订版)是一部高度整合最新学术成果的权威专著,由多位植物学家精心合作完成,堪称当今植物进化领域的珍宝。该书汇集了有关被子植物起源、演化和分类的最新研究成果,为读者提供了全面洞察这个重要而复杂生... 《被子植物系统发育与进化》(修订版)是一部高度整合最新学术成果的权威专著,由多位植物学家精心合作完成,堪称当今植物进化领域的珍宝。该书汇集了有关被子植物起源、演化和分类的最新研究成果,为读者提供了全面洞察这个重要而复杂生物类群的难得契机。 展开更多
关键词 植物进化 被子植物 系统发育进化 最新学术成果 生物类群 最新研究成果
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泸县沼水蛙16SrRNA基因克隆与系统发育分析 被引量:2
5
作者 熊荣川 田应洲 +1 位作者 李松 陈红 《六盘水师范学院学报》 2013年第5期38-42,共5页
对采于四川省泸县地区的沼水蛙(Hylaranaguentheri)线粒体16SrRNA基因进行扩增测序。经3对扩增引物分别扩增及测序获得长度为550bp、300bp、1000bp核苷酸序列,拼接后序列长度1601bp。核苷酸相似性分析表明,序列与Genbank公布的福建... 对采于四川省泸县地区的沼水蛙(Hylaranaguentheri)线粒体16SrRNA基因进行扩增测序。经3对扩增引物分别扩增及测序获得长度为550bp、300bp、1000bp核苷酸序列,拼接后序列长度1601bp。核苷酸相似性分析表明,序列与Genbank公布的福建的沼水蛙线粒体16SrRNA基因(KF185060)核苷酸序列相似性最高(99.8%);与越南地区沼水蛙的16S序列相似性也较高(99%~99.7%),无明显种间差异,从遗传上证明沼水蛙为广布物种。同时,与亲源关系较近的水蛙类代表物种构建的系统发育树显示。所有沼水蛙聚为一支系,然后与Ranalateralis互为姊妹群。本文同时也对水蛙类的系统发育关系做了初步讨论。 展开更多
关键词 沼水蛙 16SrRNA 克隆 系统发育进化
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罗非鱼海豚链球菌16S rRNA基因的序列测定和系统进化分析 被引量:40
6
作者 甘西 陈明 +6 位作者 余晓丽 李莉萍 陈汉忠 徐增辉 雷爱莹 梁万文 黄维义 《水产学报》 CAS CSCD 北大核心 2007年第5期618-623,共6页
为了从分子水平上对1株致病性罗非鱼链球菌进行分类学鉴定,利用原核生物16SrRNA基因通用引物对分离纯化的罗非鱼致病性链球菌进行16S rRNA基因的克隆及序列分析。结果扩增出长约1.5 kp目的片段,测序得到1条长度为1 447 bp核苷酸序列。... 为了从分子水平上对1株致病性罗非鱼链球菌进行分类学鉴定,利用原核生物16SrRNA基因通用引物对分离纯化的罗非鱼致病性链球菌进行16S rRNA基因的克隆及序列分析。结果扩增出长约1.5 kp目的片段,测序得到1条长度为1 447 bp核苷酸序列。核苷酸相似性分析表明,序列与NCB I公布的海豚链球菌(Streptococcus iniae,S.iniae)SCCF5L菌株16SrRNA基因核苷酸序列相似性最高(99.4%),暂称为中国广西株(S.iniae-CGX)。同时,亲源关系较近的S.iniae、S.difficilis和S.agalactiae代表菌株构建的系统发育进化树显示,所得菌株与S.iniae代表菌株组成同一进化分支,与S.agalactiae代表菌株组成的另一进化分支距离较近(95.5%),而与S.difficilis代表菌株组成的进化分支距离较远(92.3%)。上述研究证实,本试验从发病罗非鱼脑组织分离到的致病性链球菌为海豚链球菌。 展开更多
关键词 罗非鱼 海豚链球菌 16S RRNA 克隆 系统发育进化
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广西毛葡萄产区野生葡萄酒酵母种群分布与系统进化分析 被引量:8
7
作者 杨莹 管敬喜 +3 位作者 谢林君 张劲 文仁德 成果 《南方农业学报》 CAS CSCD 北大核心 2016年第7期1123-1128,共6页
【目的】对广西毛葡萄产区野生葡萄酒相关酵母菌的种类进行鉴定及分布研究,明确毛葡萄产区主要酵母种类及分布规律,为当地酿酒酵母资源的开发利用打下基础。【方法】从葡萄果实表面和果实自然发酵汁中分离、纯化野生葡萄酒相关酵母,利... 【目的】对广西毛葡萄产区野生葡萄酒相关酵母菌的种类进行鉴定及分布研究,明确毛葡萄产区主要酵母种类及分布规律,为当地酿酒酵母资源的开发利用打下基础。【方法】从葡萄果实表面和果实自然发酵汁中分离、纯化野生葡萄酒相关酵母,利用WL培养基对分离获得的酵母菌株进行分类,从每一类型中选取代表菌株进行26S r DNA基因测序鉴定并进行系统进化分析。【结果】从葡萄果实表面及自然发酵汁中共分离获得180株酵母菌株,根据菌株在WL培养基上的颜色及菌落形态差异将180株酵母菌归为5类。26S r DNA基因序列分析结果表明,20株代表菌株分属于6个属9个种,分别为:汉逊酵母属的Hanseniaspora thailandica、H.opuntiae、H.occidentalis和H.guilliermondii;毕赤酵母属的Pichia pastoris;伊萨酵母属的Issatchenkia terricola;酿酒酵母属的Saccharomyces cerevisiae;Saturnispora属的S.diversa和红酵母属(Rhodutorula,未鉴定到种)。葡萄汁自然发酵过程中由H.thailandica启动发酵,随后出现H.thailandica、H.opuntiae、H.occidentalis、H.guilliermondii和S.diversa,最后由S.cerevisiae逐渐主导并控制发酵。【结论】在广西都安县毛葡萄产区生态环境中存在6个属9个种的葡萄酒相关酵母菌,其中H.guilliermondii是毛葡萄果表优势酵母菌种;在毛葡萄自然发酵汁中存在汉逊酵母的4个不同种及S.diversa和S.cerevisiae,随着发酵环境的变化此消彼长。 展开更多
关键词 毛葡萄 葡萄酒相关酵母 种群分布 系统发育进化 广西都安县
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黄喉拟水龟松鼠葡萄球菌16S rDNA的序列测定和系统进化分析 被引量:10
8
作者 黄国秋 童桂香 +3 位作者 黎小正 韦信贤 吴祥庆 庞燕飞 《广西农业科学》 CSCD 2009年第9期1234-1238,共5页
从患病的黄喉拟水龟肝脏、肾脏分离到1株葡萄球菌(YL081101),经人工感染实验证实其为该病的病原菌。为了从分子水平上对其进行分类学鉴定,采用扩增细菌16S rDNA的通用引物对该菌的16S rDNA进行PCR扩增、克隆及序列分析。结果扩增出长约1... 从患病的黄喉拟水龟肝脏、肾脏分离到1株葡萄球菌(YL081101),经人工感染实验证实其为该病的病原菌。为了从分子水平上对其进行分类学鉴定,采用扩增细菌16S rDNA的通用引物对该菌的16S rDNA进行PCR扩增、克隆及序列分析。结果扩增出长约1.5kp的目的片段,测序得到1条长度为1515 bp的核苷酸序列(GenBank登录号GQ261178)。核苷酸相似性分析表明,所得序列与GenBank公布的松鼠葡萄球菌(Staphylococcus sciuri,S.sciuri)CTSP9菌株16S rDNA核苷酸序列相似性最高(99.9%)。同时,用与该序列相关性较高的S.sciuri及常造成动物葡萄球菌病的S.aureus、S.aureus subsp.anaerobius、S.gallinarum、S.hyicus代表菌株构建的系统发育进化树显示,菌株YL081101与S.sciuri代表株聚为一簇。上述研究证实,分离菌株YL081101为松鼠葡萄球菌。 展开更多
关键词 黄喉拟水龟 松鼠葡萄球菌 16S RDNA 序列测定 系统发育进化
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罗非鱼海豚链球菌16s rRNA基因的序列测定和系统进化分析 被引量:5
9
作者 甘西 陈明 +6 位作者 余晓丽 李莉萍 陈汉忠 徐增辉 雷爱莹 梁万文 黄维义 《广西水产科技》 2006年第4期8-14,共7页
为了从分子水平上对~株来源于发病罗非鱼的链球菌进行分类学鉴定,本研究利用原核生物16srRNA基因通用引物对该菌株进行了16srRNA基因的克隆及序列分析。结果扩增出长约1.5kbp目的片段,测序得到一条长度为1447bp核苷酸序列。核苷酸... 为了从分子水平上对~株来源于发病罗非鱼的链球菌进行分类学鉴定,本研究利用原核生物16srRNA基因通用引物对该菌株进行了16srRNA基因的克隆及序列分析。结果扩增出长约1.5kbp目的片段,测序得到一条长度为1447bp核苷酸序列。核苷酸同源性分析表明,该序列与NCBI公布的海豚链球菌(Streptococcus iniae,s.iniae)SCCF5L菌株16srRNA基因核苷酸序列同源性最高(99.496),暂称为中国广西株(S.iniae-CGX)。同时,亲源关系较近的S.iniae、S.difficile和S,agalaciate代表菌株构建的系统发育进化树显示,该菌株与S.iniae代表菌株组成同一进化分支,与s.agalaciate代表菌株组成的另一进化分支距离较近(95.596),而与S.difficile代表菌株组成的进化分支距离较远(92.3%)。本研究证实,从发病罗非鱼脑组织分离得到的致病性链球菌为海豚链球菌。 展开更多
关键词 罗非鱼 海豚链球菌 16s RRNA 克隆 系统发育进化
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植物内生固氮菌系统发育进化新进展 被引量:10
10
作者 黄淑芬 郜晨 +2 位作者 刘丽辉 谭志远 彭桂香 《微生物学通报》 CAS CSCD 北大核心 2018年第1期181-190,共10页
在植物内生固氮菌系统发育进化关系研究中,常用的方法有形态学与蛋白质水平法、数值分类和自动化鉴定法、化学分类法、分子遗传学方法等。本文简要介绍了常用方法的关键技术,并归纳了它们的优缺点。生物学的研究进入基因组时代后,随着... 在植物内生固氮菌系统发育进化关系研究中,常用的方法有形态学与蛋白质水平法、数值分类和自动化鉴定法、化学分类法、分子遗传学方法等。本文简要介绍了常用方法的关键技术,并归纳了它们的优缺点。生物学的研究进入基因组时代后,随着高通量DNA测序技术在微生物学领域应用的迅速发展,全基因组测序被应用到微生物系统发育进化研究中,然而目前并未发现对已测全基因组序列的植物内生固氮菌进行系统总结。本文在对已测序植物内生固氮菌进行归纳的基础上,又详细研究了基于基因组数据的几种具有代表性的新方法(ANI分析法、最大唯一匹配指数法、核心基因组分析、组分矢量法、基因流动性分析),并结合目前系统发育进化研究常用方法,对植物内生固氮菌系统发育进化研究趋势进行总结和展望,旨在使植物内生固氮菌的系统发育进化关系研究在精确度、可靠性等方面有所突破。 展开更多
关键词 内生固氮菌 系统发育进化 高通量测序 基因组分析方法
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一株H3N2亚型犬流感病毒的分离与进化分析 被引量:4
11
作者 王晓丽 毕振威 +5 位作者 王永山 潘群兴 欧阳伟 夏兴霞 诸玉梅 董晨红 《中国动物传染病学报》 CAS 北大核心 2015年第2期32-40,共9页
2012年从南京市某宠物医院采集的20份犬鼻拭子中分离到1株犬流感病毒(Canine influenza virus,CIV),命名为A/Canine/Nanjing/11/2012(H3N2).该病毒分离株的血凝素(hemagglutinin,HA)效价为28,鸡胚半数感染量(median embryoinfect... 2012年从南京市某宠物医院采集的20份犬鼻拭子中分离到1株犬流感病毒(Canine influenza virus,CIV),命名为A/Canine/Nanjing/11/2012(H3N2).该病毒分离株的血凝素(hemagglutinin,HA)效价为28,鸡胚半数感染量(median embryoinfective dose,EID50)和最小致死量平均死亡时间(mean death time,MDT)分别为10-7.60/0.1 mL和69.6h/10-4.血凝素(HA)基因、神经氨酸酶(neuraminidase,NA)基因和核蛋白(necleoprotein,NP)基因的系统发育进化树均显示该分离株CIV位于禽流感病毒(Avian influenza virus,AIV)亚群中,并与H3N2亚型CIV辽宁分离株和黑龙江分离株位于同一分支上,具有最近的亲缘关系(HA基因的同源性为99.5%~99.6%,NA基因的同源性为99.0%~99.2%,NP基因的同源性为99.1%~99.3%).氨基酸序列分析显示,该病毒分离株与其他犬流感病毒分离株的HA、NA和NP氨基酸序列存在个别位点的突变. 展开更多
关键词 犬流感病毒 H3N2亚型 分离 变异 系统发育进化
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DNA测序在苔藓植物系统学研究中的应用 被引量:1
12
作者 李鹏勃 吴玉环 《贵州师范大学学报(自然科学版)》 CAS 2010年第4期41-45,共5页
DNA序列分析技术是近年来兴起的研究植物系统发生的常用方法,由于其快速、高效、准确等优点,因而近年来在苔藓植物系统发育与进化研究中应用的越来越广泛。简要介绍了苔藓植物形态分类学所面临的一些问题和分子系统学研究常用的DNA序列... DNA序列分析技术是近年来兴起的研究植物系统发生的常用方法,由于其快速、高效、准确等优点,因而近年来在苔藓植物系统发育与进化研究中应用的越来越广泛。简要介绍了苔藓植物形态分类学所面临的一些问题和分子系统学研究常用的DNA序列分析方法,并将近年来该方法在苔藓植物分子系统学研究中的应用做了概述。 展开更多
关键词 苔藓植物 DNA测序 分子系统 DNA条形码 系统发育进化
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巴拉圭地区传统发酵乳制品中乳酸菌的分离鉴定 被引量:1
13
作者 苏馨 袁婧 +2 位作者 柳青 郭琳 刘文俊 《乳业科学与技术》 2020年第6期1-6,共6页
为获得更加丰富的乳酸菌资源,系统研究巴拉圭地区传统乳制品中乳酸菌的生物多样性,采用传统纯培养方法结合16S rRNA基因序列分析技术和系统发育进化关系分析技术对巴拉圭地区传统乳制品中乳酸菌进行分离纯化和种属鉴定。结果表明,来自... 为获得更加丰富的乳酸菌资源,系统研究巴拉圭地区传统乳制品中乳酸菌的生物多样性,采用传统纯培养方法结合16S rRNA基因序列分析技术和系统发育进化关系分析技术对巴拉圭地区传统乳制品中乳酸菌进行分离纯化和种属鉴定。结果表明,来自巴拉圭地区的8份传统乳制品中共分离得到79株乳酸菌,分属于4个属、7个种,其中乳酸乳球菌(Lactococcus lactis)为巴拉圭地区传统发酵乳中的优势菌种,占总分离菌株的68.35%。 展开更多
关键词 巴拉圭 统发酵乳 乳酸菌 16S rRNA 纯培养 系统发育进化关系
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我国部分地区NDV的分子流行病学研究 被引量:101
14
作者 曹殿军 郭鑫 +4 位作者 梁荣 闫丽辉 刘培欣 闵平 陈杰 《中国预防兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2001年第1期29-32,共4页
本研究根据新城疫病毒 (NDV)F基因编码区 1_374位核苷酸序列计算其遗传距离并绘制了NDV的系统发育进化树 ,将 6 8株NDV分为 9个基因型 (30株为国内分离株 ) ,其中Ⅰ~Ⅵ是早已存在的老基因型 ,Ⅶ、Ⅷ、Ⅸ为新发现的基因型 ,特别是Ⅸ为... 本研究根据新城疫病毒 (NDV)F基因编码区 1_374位核苷酸序列计算其遗传距离并绘制了NDV的系统发育进化树 ,将 6 8株NDV分为 9个基因型 (30株为国内分离株 ) ,其中Ⅰ~Ⅵ是早已存在的老基因型 ,Ⅶ、Ⅷ、Ⅸ为新发现的基因型 ,特别是Ⅸ为我国特有的基因型 (F48E9、M3、HLJ_3、HeB_1P和NM_5 )。 1997~ 1999年在我国云南、广西、甘肃、陕西、新疆等地分离的YN_1P、GX_3、H1、H2、P1、GX_1、GX_2、GS_2、GS_3、SHX_2、SHX_3、SHX_6、SHX_7、XJ_2和 1991年分离的HuB_1均属于Ⅶ基因型 ,该基因型的病毒是 90年代以来引起新城疫发生的主要病原。根据遗传距离和分离年代可将此基因型进一步划分为 5个基因亚型 ,分别是Ⅶa、Ⅶb、Ⅶc、Ⅶd和Ⅶe。此外HuN_1/ 98、HLJ_4/ 95和HeH_1P属一个老的基因Ⅵ ,1979~ 1985年分离自青海的QH_1、QH_2、QH_4属于一个新的基因型—Ⅷ型。可见在我国新城疫的流行是极其复杂的 ,既有老基因型的危险 (Ⅰ~Ⅵ ) ,又有新基因型 (Ⅶ )的流行 ,更有我国独特Ⅷ和Ⅸ基因型潜伏。 展开更多
关键词 新城疫病毒 F基因 系统发育进化 分子流行病学 中国
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新城疫病毒F48E9株及东北地区流行株F基因遗传变异分析 被引量:21
15
作者 曹殿军 苑纯秀 +3 位作者 郭鑫 闵平 孔宪刚 卢景良 《中国兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2000年第2期117-120,共4页
采用异硫氰酸胍 /酚 /氯仿抽提一步法 ,提取新城疫病毒 ( NDV) F4 8E9株及 2个东北地区分离株 DB3、DB5基因组 RNA,并以其为模板经反转录合成 F基因 c DNA第 1链 ,再利用 PCR技术分段扩增出 F基因的c DNA。F4 8E9、DB3和 DB5株 F基因的 ... 采用异硫氰酸胍 /酚 /氯仿抽提一步法 ,提取新城疫病毒 ( NDV) F4 8E9株及 2个东北地区分离株 DB3、DB5基因组 RNA,并以其为模板经反转录合成 F基因 c DNA第 1链 ,再利用 PCR技术分段扩增出 F基因的c DNA。F4 8E9、DB3和 DB5株 F基因的 c DNA经酶切修饰后 ,插入 p UC1 9的多克隆位点中 ,转化感受态 E.coli DH5α。经相对分子质量比较、酶切分析及 PCR等鉴定方法筛选出 F4 8E9、DB3和 DB5株 F基因的阳性克隆。然后采用 Sanger′s双脱氧末端终止法对阳性重组子进行核苷酸序列测定 ,证实分别获得了 F4 8E9、DB3和 DB5株 F基因的全长 c DNA。利用 DNASIS及 MEGA分析软件 ,将上述 3个毒株的 F基因序列与基他 1 1株有代表性的 NDV的相应序列进行比较分析 ,并绘制了 1 4株 NDV F基因的系统发育进化树。结果表明 ,F4 8E9和 DB3株在核苷酸序列上相对独立于 Toyoda等所分的 A、B、C组 ,单独成为一组 ;DB5株与B1 Hitchner株同属 B组 ,说明它们具有较高的同源性。同时也证明我国有不同基因型的毒株在流行。从进化的角度来看 ,NDV各毒株间确实存在遗传变异 ,但 展开更多
关键词 NDV F基因 克隆 序列分析 系统发育进化
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产耐热纤维素酶菌株的分子鉴定及产酶条件优化 被引量:11
16
作者 陈红漫 孙玉辉 +3 位作者 阚国仕 任大明 杨佳颖 蔡金涛 《食品与发酵工业》 CAS CSCD 北大核心 2011年第7期28-33,共6页
从温泉热源地区采集的水样中筛选出1株60℃生长的纤维素酶产生菌NR615。通过ITS序列及系统发育进化树的分析表明该菌株为烟曲霉(Aspergillus fumigatus)。该菌株在28~60℃生长较好。对菌体及产酶条件进行优化得出:初始pH6.5,碳、氮源... 从温泉热源地区采集的水样中筛选出1株60℃生长的纤维素酶产生菌NR615。通过ITS序列及系统发育进化树的分析表明该菌株为烟曲霉(Aspergillus fumigatus)。该菌株在28~60℃生长较好。对菌体及产酶条件进行优化得出:初始pH6.5,碳、氮源分别为结晶纤维素、牛肉膏时有利于产酶。其产生的纤维素酶的最适反应温度65℃,最适pH5.0,且在50~70℃有一定稳定的活性。经过响应面分析优化培养基,发酵5 d时活力达到2.411 3 IU/mL。这些特征表明,该菌株是1株性能良好的耐热纤维素酶生产菌株。 展开更多
关键词 烟曲霉 系统发育进化 ITS序列分析 响应面分析
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10株桑黄菌基于rDNA ITS序列的分子鉴定 被引量:12
17
作者 高凯 杜明 +2 位作者 吕英华 李玉平 宋新华 《蚕业科学》 CAS CSCD 北大核心 2010年第4期584-589,共6页
建立桑黄菌的分类学基本框架,可为桑黄菌的开发利用奠定基础。利用rDNAITS序列分析技术,在分子水平上对采自秦巴山区的9株野生桑黄菌和1株实用桑黄菌进行分类鉴定。以真菌rDNAITS序列分析中的通用引物ITS1和ITS4,分别对10个菌株的基因组... 建立桑黄菌的分类学基本框架,可为桑黄菌的开发利用奠定基础。利用rDNAITS序列分析技术,在分子水平上对采自秦巴山区的9株野生桑黄菌和1株实用桑黄菌进行分类鉴定。以真菌rDNAITS序列分析中的通用引物ITS1和ITS4,分别对10个菌株的基因组DNA模板PCR扩增出目的片段,将扩增产物割胶纯化、克隆并测序,获得10个菌株的rDNAITS序列,并结合GenBank中已登录桑黄菌的rDNAITS同源序列,应用MEGA4.1软件和Neighbor-Joining法,分别计算遗传距离及构建系统发育进化树分析亲缘关系。结果表明10株桑黄菌均为针层孔菌属(Phellinus),其中:S1、S4、S6、Rh、Sc菌株初步鉴定为鲍氏针层孔菌(Phellinus baumii);S2、S3、S5、S7、Gy菌株初步鉴定为裂蹄木层孔菌(Phellinus linteus)。 展开更多
关键词 桑黄菌 RDNA ITS序列 遗传距离 系统发育进化 鲍氏针层孔菌 裂蹄木层孔菌
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鸽基因Ⅶ型新城疫病毒的分离鉴定 被引量:7
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作者 单松华 邵朝纲 +4 位作者 邹键 李春阳 胡永强 王忠宽 龚祖埙 《病毒学报》 CAS CSCD 北大核心 2003年第4期360-364,共5页
从外表健康的法国进口鸽中分离到一株鸽Ⅰ型副粘病毒(FP株),电镜观察病毒形态不规则,以圆形为主,平均直径100mm~120mm,表面有许多突起。其鸡胚平均死亡时间(MDT)为59 2h,鸡脑内接种指数(ICPI)为1 88。接种1月龄鸽能使其发病,出现明显... 从外表健康的法国进口鸽中分离到一株鸽Ⅰ型副粘病毒(FP株),电镜观察病毒形态不规则,以圆形为主,平均直径100mm~120mm,表面有许多突起。其鸡胚平均死亡时间(MDT)为59 2h,鸡脑内接种指数(ICPI)为1 88。接种1月龄鸽能使其发病,出现明显症状和病变并有80%试验鸽死亡,接种2月龄SPF鸡全部死亡。经多重RT-PCR鉴定,属速发型新城疫病毒。应用RT-PCR技术对F基因重要功能区片段扩增后进行序列测定、分析表明,F蛋白裂解位点处的序列(112R-R-Q-K-R-117F)与新城疫强毒在这一区域的序列相符。与国内强毒F48E9株、疫苗毒Lasota株的核苷酸同源性分别为84 1%、82%,氨基酸同源性为84 5%、80 6%。与多株已报道的NDV参考株相应片段进行序列比较,经遗传基因进化树分析,鉴定为基因Ⅶ型,由此首次报道了鸽源基因Ⅶ型NDV株的存在。 展开更多
关键词 鸽I型副粘病毒 分离鉴定 序列测定 系统发育进化
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THE EVOLUTION IN THE HIGHER TAXA OF THE CERAMBYCIDAE (COLEOPTERA) 被引量:4
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作者 王乔 蒋书楠 《Entomotaxonomia》 CSCD 1991年第2期93-114,共22页
Summary Five subfamilies of the Cerambycidate: Lamiinae, Cerambycinae, Lepturinae (including Necydalini and Apatophysis), Aseminae (including S pondylis), and Prioninae (including Parandra) are recognized in this pape... Summary Five subfamilies of the Cerambycidate: Lamiinae, Cerambycinae, Lepturinae (including Necydalini and Apatophysis), Aseminae (including S pondylis), and Prioninae (including Parandra) are recognized in this paper, All the evolutionary evidences provided in the present research indicate that these subfamilies may be arranged in order from the oldest to the youngest as follows: (1) Lamiinae, Prioninae, Cerambycinae, Lepturinae, Aseminae; or (2) Lamiinae, Cerambycinae, Prioninae, Lepturinae, Aseminae. The possible phylogenetic relationships among the subfamilies are also given. 展开更多
关键词 CERAMBYCIDAE EVOLUTION PHYLOGENY
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卵形鲳鲹线粒体COI基因全长序列的克隆与分析 被引量:5
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作者 韦嫔媛 彭金霞 +4 位作者 房振峰 彭敏 蒋伟明 杨春玲 李咏梅 《西南农业学报》 CSCD 北大核心 2011年第4期1552-1557,共6页
根据近源物种线粒体序列的同源比对,在COI基因上下游保守区域设计一对通用引物COF/COR。以卵形鲳鲹肌肉总DNA为模板,PCR扩增获得特异的DNA片段,经克隆、测序和比对证实该片段包含了卵形鲳鲹线粒体COI基因完整编码区1551bp。对5个个体分... 根据近源物种线粒体序列的同源比对,在COI基因上下游保守区域设计一对通用引物COF/COR。以卵形鲳鲹肌肉总DNA为模板,PCR扩增获得特异的DNA片段,经克隆、测序和比对证实该片段包含了卵形鲳鲹线粒体COI基因完整编码区1551bp。对5个个体分别测序后比对,发现卵形鲳鲹COI基因DNA序列在钦州湾种群个体间至少存在7个变异位点,使5个个体分别具有5种不同的单倍型。将卵形鲳鲹种内不同个体及鲹科其他物种的CO I核酸序列进行比较分析,根据比对结果构建鲳鲹科各物种的系统进化树,支持鲹科下设四个亚科(鲹亚科,鰤亚科,鲳鲹亚科,鰆鲹亚科)的分类系统。通过COI基因遗传距离计算发现,卵形鲳鲹种内不同地理种群个体间遗传距离为0.001~0.005,显著低于Hebert等所推荐的物种鉴定最小种间遗传距离2%,而鲹科不同物种间遗传距离大于0.044,与形态学分类一致,说明COI作为卵形鲳鲹DNA条形码应用是可行的。 展开更多
关键词 卵形鲳鲹 线粒体 COI基因 系统发育进化 DNA条形码
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