基因AL360181.1调节结直肠癌进展及预后的生物信息学分析

目的通过生物信息学方法分析基因AL360181.1在结直肠癌进展及预后中的作用,并进一步预测可能的分子机制。方法从TCGA数据库下载结直肠癌基因表达数据及临床数据,应用Perl及R软件对数据整理后筛选出差异表达的基因,进一步对差异基因批量化行生存、独立预后及临床病理相关性分析,选取相关性最强的差异基因作为目的基因;分析目的基因的表达与结直肠癌不同临床病理特征的相关性及对患者预后的影响;采用R软件对不同的临床病理特征行独立预后分析;分析目的基因以及不同临床病理与患者生存预后的关系;应用GSEA对目的基因行KEGG通路富集分析并利用R软件分析目的基因与潜在靶基因的相关性,预测目的基因调控结直肠癌进展及预后可能的机制。结果基因AL360181.1在结直肠癌组织中显著高表达(P<0.01);AL360181.1与结直肠癌的分级、TNM分期具有相关性(P<0.05);基因AL360181.1、年龄、肿瘤分级、TNM分期与患者预后相关(P<0.05),且基因AL360181.1及年龄可作为评价患者预后的独立风险因子;基因AL360181.1的表达水平、患者年龄、分级及TNM分期与患者的生存状态相关(P<0.05);GSEA富集分析显示基因AL360181.1在mTOR信号通路中被富集;基因AL360181.1与潜在靶基因的相关性分析显示,AL360181.1与mTOR、AKT、KLKB1、RICTOR、TSC1、TSC2具有相关性(|R|>0.1、P<0.05)。结论基因AL360181.1可通过AKT/mTOR信号通路调节结直肠癌的进展。

GPC1基因调节结直肠癌进展及预后的生物信息学分析

目的:利用生物信息学分析方法,分析GPC1基因在结直肠癌进展及预后中的作用,并预测可能的分子机制。方法:从TCGA数据库下载COAD转录数据及临床病理信息,通过Perl软件提取基因表达量,使用GSEA对基因集进行糖酵解相关通路富集及差异基因筛选。通过R软件limma包对差异基因进行单因素及多因素COX分析,筛选出6个相关基因并验证。然后分析6个相关基因的表达水平与COAD不同临床病理特征的相关性,其中GPC1基因具有相关性。最后通过R软件进行KEGG富集分析及相关靶基因相关性分析,预测目标基因调控结直肠癌进展预后的可能分子机制。结果:GPC1基因在COAD组织中高表达(P<0.001),与肿瘤的分级、TNM分期具有相关性(P<0.05)。皮尔森检验显示,GPC1与TGF-β1,VEGFB呈中等强度相关。结论:GPC1可能通过增强TGF信号通路和VEGF信号通路影响结直肠癌细胞的增殖、侵袭及结直肠癌的预后。

m6A修饰在骨肉瘤中分子机制的研究进展

N6-甲基腺苷(m6A)是真核生物mRNA中最丰富的表观遗传修饰之一,在多种疾病尤其是肿瘤中发挥重要作用。m6A修饰受到甲基转移酶、去甲基化酶和RNA结合蛋白的动态调控。骨肉瘤是一种好发于儿童和青少年的恶性骨肿瘤之一,近年来骨肉瘤发生率呈上升趋势,m6A修饰的调控表达与骨肉瘤的发生发展及预后相关。本文就m6A修饰在骨肉瘤发生发展、化疗耐药、靶向治疗、预后转归的分子机制方面的研究进行综述,旨在为骨肉瘤的早期诊断和靶向治疗提供新思路。

m6A甲基转移酶METTL3在结直肠癌中的研究进展

越来越多的证据表明RNA甲基化作为mRNA最常见的修饰方式在肿瘤发生、发展中发挥重要的作用。结直肠癌是消化系统常见恶性肿瘤,严重危害中老年人健康。尽管关于结直肠癌的发生和发展的生物学机制已有许多研究,但对结直肠癌的诊断和预后作用仍存在较大的不足。随着对RNA甲基化研究的深入,发现m6A甲基转移酶METTL3与结直肠癌的发生、发展及预后显著相关;但是,其在结直肠癌中的作用尚存在争议。本文将对m6A甲基转移酶METTL3在结直肠癌发生、发展及预后中的作用进行综述。

ADAMTS7在人胃癌中的表达及临床意义

目的:利用生物信息学方法分析含Ⅰ型血小板结合蛋白基序的解聚蛋白样金属蛋白酶7(ADAMTS7)在人胃癌中的表达及临床意义,并进一步预测其可能的作用机制。方法:从癌症基因组图谱(TCGA)数据库下载ADAMTS7基因表达数据及临床数据,应用R软件对数据整理比较其在不同肿瘤组织中的表达情况;对差异基因批量化生存分析、独立预后分析及绘制列线图;分析ADAMTS7基因表达与胃癌不同临床病理特征的相关性及对患者预后的影响;应用基因集富集分析(GSEA)对目的基因行富集分析,预测目的基因调控胃癌进展及预后可能的机制。结果:ADAMTS7在不同种类肿瘤中表达不同,其表达水平一般上调。其中,ADAMTS7在胃癌组织中显著高表达。生存分析表明,ADAMTS7高表达患者具有较差的总生存率及较差的疾病特异性生存率。多因素Cox回归分析显示ADAMTS7高表达、N3期、年龄大于65岁及残余肿瘤是胃癌患者预后较差的因素。基因集富集分析结果表明MAPK信号通路和Hedgehog信号通路可能是ADAMTS7高表达影响胃癌的机制。结论:ADAMTS7高表达水平在胃癌发生发展过程中可能起着重要作用,有望为胃癌诊治和预后判断提供新的靶点。