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基于GBS测序的湘东黑山羊的亲缘关系及近交系数
1
作者
刘海林
江为民
+4 位作者
段洪峰
李昊帮
罗璋
李安定
龚龑
《湖南农业大学学报(自然科学版)》
CAS
CSCD
北大核心
2024年第2期78-85,共8页
利用基因分型测序(GBS)对60只湘东黑山羊(9只公羊、51只母羊)进行基因组测序,获得湘东黑山羊染色体上的SNP数据和连续纯合子片段(ROH)数据。通过SNP数据进行基于G矩阵的基因组亲缘关系分析和NJ聚类分析,构建湘东黑山羊的群体家系结构,...
利用基因分型测序(GBS)对60只湘东黑山羊(9只公羊、51只母羊)进行基因组测序,获得湘东黑山羊染色体上的SNP数据和连续纯合子片段(ROH)数据。通过SNP数据进行基于G矩阵的基因组亲缘关系分析和NJ聚类分析,构建湘东黑山羊的群体家系结构,并通过ROH数据得到群体平均近交系数。结果表明,60只湘东黑山羊的平均测序深度为9.15X,与参考基因组比对率平均为99.59%;在SNP检测过程中,3只母羊不符合基因型数据质控标准,将其过滤后获得其他57只黑山羊29条染色体上153046个SNPs位点和1937个ROH片段;构建的湘东黑山羊8个家系,其中9只公羊和6只母羊被分为7个家系,另42只母羊被单独分类;基于ROH片段分析的湘东黑山羊群体中每个个体的近交系数均值为0.047,说明湘东黑山羊公羊在繁育过程中有较大的利用空间。
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关键词
湘东黑山羊
基因分型测序
单核苷酸多态性
连续纯合子片段
近交系数
亲缘关系
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题名
基于GBS测序的湘东黑山羊的亲缘关系及近交系数
1
作者
刘海林
江为民
段洪峰
李昊帮
罗璋
李安定
龚龑
机构
湖南省畜牧兽医研究所
湖南光大牧业科技有限公司
浏阳畜牧水产局
湖南普菲克生物科技有限公司
出处
《湖南农业大学学报(自然科学版)》
CAS
CSCD
北大核心
2024年第2期78-85,共8页
基金
湖南省科学技术厅重点研发计划项目(2020NK2049)。
文摘
利用基因分型测序(GBS)对60只湘东黑山羊(9只公羊、51只母羊)进行基因组测序,获得湘东黑山羊染色体上的SNP数据和连续纯合子片段(ROH)数据。通过SNP数据进行基于G矩阵的基因组亲缘关系分析和NJ聚类分析,构建湘东黑山羊的群体家系结构,并通过ROH数据得到群体平均近交系数。结果表明,60只湘东黑山羊的平均测序深度为9.15X,与参考基因组比对率平均为99.59%;在SNP检测过程中,3只母羊不符合基因型数据质控标准,将其过滤后获得其他57只黑山羊29条染色体上153046个SNPs位点和1937个ROH片段;构建的湘东黑山羊8个家系,其中9只公羊和6只母羊被分为7个家系,另42只母羊被单独分类;基于ROH片段分析的湘东黑山羊群体中每个个体的近交系数均值为0.047,说明湘东黑山羊公羊在繁育过程中有较大的利用空间。
关键词
湘东黑山羊
基因分型测序
单核苷酸多态性
连续纯合子片段
近交系数
亲缘关系
Keywords
Xiangdong black goat
genotyping by sequencing
single nucleotide polymorphism(SNP)
runs of homozygosity(ROH)
inbreeding coefficient
genetic relationship
分类号
S826.131 [农业科学—畜牧学]
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作者
出处
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被引量
操作
1
基于GBS测序的湘东黑山羊的亲缘关系及近交系数
刘海林
江为民
段洪峰
李昊帮
罗璋
李安定
龚龑
《湖南农业大学学报(自然科学版)》
CAS
CSCD
北大核心
2024
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