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产物变性胶纯化实现连续PCR的多轮扩增
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作者 罗睿 郭建军 《贵州大学学报(自然科学版)》 2008年第2期213-216,共4页
产物弥散成片是PCR操作中一种比较常见的异常现象,在连续PCR实验中会导致扩增的最终失败。这种异常产生的内在机制是扩增过程中非全长部分链的合成、积累及其对后续扩增的干扰。缓解这种PCR扩增异常现象的途径包括抑制非全长链的合成,... 产物弥散成片是PCR操作中一种比较常见的异常现象,在连续PCR实验中会导致扩增的最终失败。这种异常产生的内在机制是扩增过程中非全长部分链的合成、积累及其对后续扩增的干扰。缓解这种PCR扩增异常现象的途径包括抑制非全长链的合成,以及在重复扩增之前去除模板中的非全长链成分。本文显示通过碱变性琼脂糖电泳然后割胶纯化获得下一轮扩增模板的方式能够有效地避免连续扩增中产物弥散成片的异常扩增。为有效地进行重复PCR扩增提供了一个新的途径。结果进一步证实了正常PCR扩增中非全长链产生的不可避免及其对新生链合成的干扰效应。 展开更多
关键词 连续pcr 异常产物 弥散成片 非全长链 变性胶
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连续流动式PCR微流控装置的研究 被引量:2
2
作者 章春笋 邢达 《激光生物学报》 CAS CSCD 2007年第4期501-508,共8页
介绍了基于薄膜加热器的新型连续流动式PCR微流控装置的设计与制作;讨论了退火温度、PCR反应试剂(引物、Mg2+、dNTPs以及Taq DNA聚合酶)浓度以及PCR溶液的流动速度等对连续流动式PCR反应的影响;结果发现反应试剂影响连续流动式微流控PC... 介绍了基于薄膜加热器的新型连续流动式PCR微流控装置的设计与制作;讨论了退火温度、PCR反应试剂(引物、Mg2+、dNTPs以及Taq DNA聚合酶)浓度以及PCR溶液的流动速度等对连续流动式PCR反应的影响;结果发现反应试剂影响连续流动式微流控PCR扩增的行为不同于它们影响传统PCR的行为,在较宽的浓度范围内都不会引起非特异性扩增。除此之外,在15 min内能成功对249 bp的人类β-肌动蛋白基因进行扩增,扩增速度比传统PCR快;通过低热容量的薄膜加热器来维持三个温度区带的恒温,完成33个循环的连续流动式PCR扩增能量消耗小于0.0088 kW.h,比传统PCR仪低得多,新研制的PCR微流控装置有可能成为便携式装置。 展开更多
关键词 毛细管 薄膜加热器 连续流动式pcr 微流控装置
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连续流动式PCR芯片相关技术研究进展 被引量:7
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作者 章春笋 徐进良 《分析测试学报》 CAS CSCD 北大核心 2004年第6期114-118,123,共6页
微电子机械系统 (microeletromechanicalsystem,MEMS)技术的兴起及其在生物化学领域的广泛应用 ,推动了聚合酶链式反应 (polymerasechainreaction,PCR)热循环装置越来越微型化 ,各种PCR微芯片/装置被开发。本文主要介绍了基于MEMS技术... 微电子机械系统 (microeletromechanicalsystem,MEMS)技术的兴起及其在生物化学领域的广泛应用 ,推动了聚合酶链式反应 (polymerasechainreaction,PCR)热循环装置越来越微型化 ,各种PCR微芯片/装置被开发。本文主要介绍了基于MEMS技术的连续流动式PCR(continuous_flowPCR)芯片/微装置的相关技术 ,包括基底材料的选择、通道表面钝化技术、微细加工技术、封接技术以及系统检测技术等 。 展开更多
关键词 连续流动式pcr芯片技术 微电子机械系统技术 基底材料选择 表面钝化 微细加工 封接技术
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基于微流控技术的快速PCR方法的研究进展
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作者 王肖阳 李振庆 《分析化学进展》 CAS 2023年第1期90-96,共7页
聚合酶链式反应(PCR)是一种在体外实现特定基因片段复制的生物学技术,目前已广泛应用于病原体诊断,基因突变检测,食品科学等领域。然而,传统的PCR热循环仪不仅体积大,而且热转换效率相对较低,一般为4℃/s~6℃/s,导致基因扩增时间相对较... 聚合酶链式反应(PCR)是一种在体外实现特定基因片段复制的生物学技术,目前已广泛应用于病原体诊断,基因突变检测,食品科学等领域。然而,传统的PCR热循环仪不仅体积大,而且热转换效率相对较低,一般为4℃/s~6℃/s,导致基因扩增时间相对较长。微流控芯片又称“芯片实验室”,它是将多个不同功能的单元集成在一起以实现样品进样、化学反应及检测等。本文旨在介绍以微流控芯片为基础的自然对流与连续流技术的快速PCR研究方面的进展。Polymerase chain reaction (PCR) is a biological technology to replicate specific gene fragments in vitro, which has been widely used in pathogen diagnosis, gene mutation detection, food science and other fields. However, the traditional PCR thermal cycling instrument is not only large in size, but also relatively low in thermal conversion efficiency. Generally, the temperature variation rate is about 4˚C/s~6˚C/s, resulting in relatively long gene amplification time. Microfluidic chip, also known as “Lab-on-a-Chip”, integrates multiple units with different functions to achieve sample injection, chemical reaction and detection. The purpose of this paper is to introduce the development of natural convection and continuous flow PCR based on microfluidic chips. 展开更多
关键词 微流控芯片 自然对流pcr 连续流动式pcr
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微流控振荡流PCR快速检测单增李斯特氏菌 被引量:1
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作者 章春笋 王海英 李彧媛 《激光生物学报》 CAS CSCD 2011年第3期398-403,共6页
一种高通量振荡流PCR微流控技术已被成功开发,借此来快速检测食品致病菌-单增李斯特氏菌(L.monocytogenes)。该PCR微流控装置主要由基于LabView的温度控制与采集系统、三个铜加热块以及聚四氟乙烯(PTFE)毛细管等构成。在该微流控装置上... 一种高通量振荡流PCR微流控技术已被成功开发,借此来快速检测食品致病菌-单增李斯特氏菌(L.monocytogenes)。该PCR微流控装置主要由基于LabView的温度控制与采集系统、三个铜加热块以及聚四氟乙烯(PTFE)毛细管等构成。在该微流控装置上,三个铜块维持PCR反应所需要的三个温度,而包埋在铜块沟槽中的PTFE毛细管作为PCR的反应通道。毛细管通道中的PCR溶液通过精密注射泵驱动实现往复振荡,从而实现基于振荡流PCR的DNA快速扩增。当流速为300μL/min时,135 bp DNA基因片段能在14min内成功扩增,L.monocytogenes检测极限为10 cfu/mL。目前开发的高通量振荡流PCR系统能同时检测水、牛奶、香蕉以及香肠中的L.monocytogenes。 展开更多
关键词 连续流动pcr 振荡流pcr 食品致病菌 单增李斯特氏菌
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连续流动式聚合酶链式反应生物芯片/微装置中脱氧核糖核酸样品的驱动控制技术进展
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作者 章春笋 徐进良 《理化检验(化学分册)》 CAS CSCD 北大核心 2006年第12期1063-1068,共6页
介绍国内外连续流动式聚合酶链式反应生物芯片/微装置中脱氧核糖核酸样品的驱动控制技术进展,主要包括恒流泵(注射泵驱动和蠕动泵驱动)、旋转泵驱动、磁流体动力驱动以及自然对流驱动等。并对这几种驱动方式的优缺点作简要的讨论(引用文... 介绍国内外连续流动式聚合酶链式反应生物芯片/微装置中脱氧核糖核酸样品的驱动控制技术进展,主要包括恒流泵(注射泵驱动和蠕动泵驱动)、旋转泵驱动、磁流体动力驱动以及自然对流驱动等。并对这几种驱动方式的优缺点作简要的讨论(引用文献43篇)。 展开更多
关键词 连续流动式pcr生物芯片/微装置 DNA样品 驱动控制技术
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Simulation and design of a self-heating continuous-flow PCR chip
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作者 陈伟平 田丽 +1 位作者 李明江 刘晓为 《Journal of Harbin Institute of Technology(New Series)》 EI CAS 2007年第2期248-251,共4页
A novel continuous-flow PCR chip adopting self-heating, passive-cooling mode to realize the DNA fragments amplification was presented. Using the ANSYS finite element analysis, the temperature distribution of the chip ... A novel continuous-flow PCR chip adopting self-heating, passive-cooling mode to realize the DNA fragments amplification was presented. Using the ANSYS finite element analysis, the temperature distribution of the chip is simulated and analyzed.The optimal size of the chip is 30×22 mm2, the roundabout micro-channel is the 90 μm width, 40 μm depth. Two micro-heater with the nickel-chrome alloy material film are formed on the side of silicon belonging to denaturation and renaturation zones needed for PCR reaction, and two adiabatic structures with groove on side of silicon by anisotropy etching. By the mode of heating local zones at single side, three wider constant temperature zones could be formed, which are 60 ℃,72 ℃,95 ℃ and suitable for PCR,and the temperature-difference could be restricted in less than 5 ℃. 展开更多
关键词 pcr chip finite element analysis SIMULATION
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粗糙脉孢菌漆酶基因的克隆及在毕赤酵母中的初步表达 被引量:16
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作者 谌斌 唐雪明 +2 位作者 沈微 方惠英 诸葛健 《食品与生物技术学报》 CAS CSCD 北大核心 2006年第4期43-46,55,共5页
采用连续延伸PCR方法克隆到粗糙脉孢菌(Neurospora crassa)漆酶基因,并将其克隆到表达载体pPIC9k,重组质粒经线性化、电激转化Pichia pastoris KM71,部分阳性克隆的PCR结果表明:漆酶基因已整合到巴斯德毕赤酵母染色体上,重组菌... 采用连续延伸PCR方法克隆到粗糙脉孢菌(Neurospora crassa)漆酶基因,并将其克隆到表达载体pPIC9k,重组质粒经线性化、电激转化Pichia pastoris KM71,部分阳性克隆的PCR结果表明:漆酶基因已整合到巴斯德毕赤酵母染色体上,重组菌经甲醇诱导后3~5d产漆酶量最高,为2-3U/mL。 展开更多
关键词 粗糙脉孢菌 漆酶 连续延伸pcr方法 巴斯德毕赤酵母
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非全长链合成导致连续聚合酶链式反应(PCR)扩增失败和复杂产物的形成
9
作者 罗睿 张大明 《中国科学(C辑)》 CSCD 北大核心 2007年第3期338-346,共9页
在进行连续PCR(以产物为模板进行多轮次的连续重复PCR扩增)实验时,我们观察到了一种新的异常现象——用不同来源的模板连续PCR扩增不同长度的靶序列最终都会导致扩增失败,表现为在常规琼脂糖电泳检测时特异产物条带的消失和不能泳动出... 在进行连续PCR(以产物为模板进行多轮次的连续重复PCR扩增)实验时,我们观察到了一种新的异常现象——用不同来源的模板连续PCR扩增不同长度的靶序列最终都会导致扩增失败,表现为在常规琼脂糖电泳检测时特异产物条带的消失和不能泳动出点样孔之复杂异常产物的出现.连续PCR扩增失败的时期依扩增靶序列的长度不同而不同,越长的靶序列在连续PCR中扩增失败的时期越早.扩增得到的复杂产物主要由连续分布的小于靶序列长度的具有相当程度多样性的非全长链组成.复杂产物在内部具有局部的双链区域和大量的单链区域而在外部具有单链分支结构,能够被单链特异的S1核酸酶消化,但是不能被双链特异的限制性内切酶消化.人工处理完整双链形成的非全长链长产物与完整双链以不同比例混合后作为模板进行连续PCR,结果表明同源的非全长链成分对PCR扩增有严重的干扰作用.已有的证据表明PCR扩增过程中形成的非全长链成分是导致这种异常现象的关键因素,多个不同长度的非全长链复性形成“杂种分子”最终表现为复杂产物.连续PCR扩增失败、PCR介导重组和长片段PCR难于操作有共同的产生基础——扩增过程中非全长链成分的产生.任何降低PCR扩增过程中非全长链成分产生的措施,特别是聚合酶忠实性的提高,都能缓解异常扩增产物的出现和利于长片段PCR操作. 展开更多
关键词 连续pcr 异常产物 非全长链合成 干扰效应 pcr介导重组 长片段pcr
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密码子优化烟曲霉壳聚糖内切酶基因在毕赤酵母中的高效表达 被引量:2
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作者 裘梁 杨萍 +3 位作者 游清徽 董得刚 乔贝贝 王曼莹 《安徽农业科学》 CAS 2012年第26期12769-12771,共3页
[目的]烟曲霉(Aspergillus fumigatus)壳聚糖内切酶基因(Chitosanase,EC.3.2.1.132)(csn)的高效表达研究。[方法]根据毕赤酵母密码子的偏爱性对壳聚糖内切酶的基因进行了优化,利用连续延伸PCR方法扩增全长csn基因,构建重组质粒pPIC9k-c... [目的]烟曲霉(Aspergillus fumigatus)壳聚糖内切酶基因(Chitosanase,EC.3.2.1.132)(csn)的高效表达研究。[方法]根据毕赤酵母密码子的偏爱性对壳聚糖内切酶的基因进行了优化,利用连续延伸PCR方法扩增全长csn基因,构建重组质粒pPIC9k-csn,将重组质粒pPIC9k-csn线性化后转化毕赤酵母GS115,分析重组蛋白的表达,测定其酶活性,并对其酶解产物成分进行分析。[结果]实现了密码子优化后的壳聚糖内切酶的高效表达,重组菌株比野生菌株所产的壳聚糖内切酶活性提高了近20倍。[结论]该研究成功实现了烟曲霉壳聚糖内切酶基因在毕赤酵母中的高效表达,为工业化大规模生产壳聚糖酶奠定了基础。 展开更多
关键词 密码子优化 壳聚糖内切酶 毕赤酵母 连续延伸pcr
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透明颤菌血红蛋白(VHb)基因合成及原核生物中的效应
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作者 熊爱生 陈建民 +2 位作者 李贤 姚泉洪 彭日荷 《上海农业学报》 CSCD 2000年第3期 19-24,共6页
以“连续延伸PCR基因合成法”(姚泉洪1999),按植物偏爱密码子,合成了全长441bp的透明颤菌血红蛋白(Vitreoscilla hemoglobin VHb)基因。此方法不需用连接酶,而用高保真DNA聚合酶pw... 以“连续延伸PCR基因合成法”(姚泉洪1999),按植物偏爱密码子,合成了全长441bp的透明颤菌血红蛋白(Vitreoscilla hemoglobin VHb)基因。此方法不需用连接酶,而用高保真DNA聚合酶pwo及7个长度为90bp左右的长寡核酸引物,经一次PCR反应即完成了全长为441bp基因合成。PCR产物经BanHI和SacI酶切,克隆入pBluescript载体,合成的VHb基因经克隆和测序证实与设计一致。与报道的VHb基因相比,核苷酸改动了98个。G+C含量由原来的45.3%提高到47.8%。将该基因克隆入庆大霉素抗性基因启动子后,构建表达载体pYP2001h(VHbp)。将其转入大肠杆菌菌株DH5α,在氧胁迫、缺乏、充足等三种情况下,绘制其生长曲线,探讨了合成VHb基因在原核生物中的效应。结果 展开更多
关键词 透明颤菌 血红蛋白基因 基因合成 连续延伸pcr 原核表达载体 转基因作物
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一个新的L-半胱亚磺酸脱羧酶基因的分析和突变
12
作者 邓洁 吴巧芬 +4 位作者 高华 徐悦 欧倩 武波 蒋承建 《微生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2017年第8期1283-1292,共10页
【目的】完成一个来源于碱性污染土壤宏基因组文库的新的L-半胱亚磺酸脱羧酶基因undec1A的鉴定,研究其酶学性质并利用非理性设计技术对其进行分子改造。【方法】以p ETBlue-2为表达载体构建包含undec1A基因的重组表达质粒,转化至宿主细... 【目的】完成一个来源于碱性污染土壤宏基因组文库的新的L-半胱亚磺酸脱羧酶基因undec1A的鉴定,研究其酶学性质并利用非理性设计技术对其进行分子改造。【方法】以p ETBlue-2为表达载体构建包含undec1A基因的重组表达质粒,转化至宿主细胞E.coli Tuner(DE3)p Lac?中构建重组表达克隆,采用镍亲和层析完成了酶蛋白的分离纯化,完成其生化特征研究,利用连续易错PCR技术对Undec1A蛋白进行分子改造。【结果】生物信息学分析结果揭示Undec1A蛋白与已知的L-半胱亚磺酸脱羧酶存在类似的辅酶结合位点和底物识别催化基序等。分子对接结果显示氨基酸残基Val237、Asp239、Asp266、Ile267、Ala268和Lys298等决定了与底物分子L-半胱亚磺酸的识别和结合催化。以L-半胱亚磺酸作为底物,重组Undec1A蛋白的最适作用p H为7.0,最适作用温度为35°C;分子动力学常数K_m为(1.557±0.015)mmol/L,V_(max)为(49.07±3.19)μmol/(L·min),k_(cat)为(45.80±1.32)/min。利用连续易错PCR技术完成了亲本酶的分子改造,分离筛选到了一个酶活力更高的突变酶Undec1A-1180。在优化条件下,Undec1A-1180的比活力较亲本酶提高了约5.62倍。【结论】本研究为构建牛磺酸的生物合成工艺提供了理论参考,因而具有重要的实践意义。 展开更多
关键词 牛磺酸 L-半胱亚磺酸脱羧酶 宏基因组文库 连续易错pcr技术 突变酶
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