在已经定位的QTL区域中开展基因连锁定位是寻找候选基因的重要途径.运用比较基因组方法筛选出猪2号染色体上生长、胴体和肉质性状QTL区域中与肌肉发育相关的5个基因(MYOD1、LDHA、CSRP3、TEF-1和COPB1),通过RH和连锁定位方法研究这5个...在已经定位的QTL区域中开展基因连锁定位是寻找候选基因的重要途径.运用比较基因组方法筛选出猪2号染色体上生长、胴体和肉质性状QTL区域中与肌肉发育相关的5个基因(MYOD1、LDHA、CSRP3、TEF-1和COPB1),通过RH和连锁定位方法研究这5个基因的排列顺序和距离,并与人和小鼠基因的顺序进行了比较.结果表明这5个基因在猪2号染色体上的排列顺序和距离是:MYOD1(75.2 c M)-LDHA(79 c M)-CSRP3(83.8 c M)-TEF-1(86.5 c M)-COPB1(90 c M),猪与小鼠基因的顺序相同,而与人(TEF-1-COPB1-MYOD1-LDHA-CSRP3)的顺序不一致.本研究结果对于进一步开展这5个基因的功能研究奠定了基础.展开更多
【目的】解析大豆重组自交系中百粒重的QTL及其等位变异效应,探究重组自交系中百粒重存在超亲分离的原因,为进一步培育不同类型百粒重大豆提供遗传依据。【方法】利用以先进2号和赶泰2-2为亲本衍生的重组自交系群体NJRSXG为材料,在2009...【目的】解析大豆重组自交系中百粒重的QTL及其等位变异效应,探究重组自交系中百粒重存在超亲分离的原因,为进一步培育不同类型百粒重大豆提供遗传依据。【方法】利用以先进2号和赶泰2-2为亲本衍生的重组自交系群体NJRSXG为材料,在2009—2011年共5种环境下测定百粒重表型数据,建立具有400个SSR标记的遗传图谱,选用QTLNetwork V2.1软件中混合模型区间作图方法(mixed model based composite interval mapping,MCIM)对表型数据和基因型数据进行大豆百粒重QTL定位研究。在定位结果基础上,分析每个重组自交系群体中每个家系百粒重QTL等位变异类型,建立百粒重QTL-allele矩阵。【结果】5种环境试验的平均结果,亲本先进2号和赶泰2-2的百粒重分别为16.92和14.14g,重组自交系百粒重变幅为12.09—25.01 g,存在超亲分离,多环境下遗传变异系数(genotypic coefficient of variation,GCV)为16.06%,遗传率为96.17%。利用MCIM方法联合5环境原始数据,总共检测到10个加性QTL和9对上位性QTL,10个加性QTL的表型变异解释率变幅为0.69%—14.93%,其中Sw-05-2、Sw-08-1、Sw-12-1和Sw-17-1的表型变异解释率较高,分别为6.91%、14.93%、7.80%和5.01%,Sw-13-3为以往未见报道并兼具加性和上位性效应的位点。上位性QTL的表型变异解释率较小,变幅为0.31%—3.44%,其中Sw-e4的表型变异解释率最高。联合多环境方差分析和QTL定位结果,解析大豆百粒重的遗传结构,发现加性QTL累积贡献了47.91%表型变异,上位性QTL累积贡献13.06%表型变异,未检测出的微效QTL累计解释了35.20%的表型变异。在定位的同时,获得了QTL等位变异的效应,分析重组自交系及其亲本中百粒重QTL等位变异的组成,建立了NJRSXG的百粒重QTL-allele矩阵;两亲本分别具有7对和3对加性增效等位变异,属互补型组合;矩阵中没有一个重组自交家系包含所有减效等位变异或增效等位变异,表明重组自交家系具有进一步改良的潜力;大粒型家系具有较多增效等位变异,小粒型家系具有较多减效等位变异;说明百粒重位点间的重组是产生超亲家系的重要原因。【结论】利用重组自交系群体能够产生超亲分离家系;联合多环境数据检测到10个加性QTL和9对上位性QTL;百粒重QTL位点间的重组是超亲分离的原因;重组自交家系间具有进一步重组的潜力。展开更多
文摘在已经定位的QTL区域中开展基因连锁定位是寻找候选基因的重要途径.运用比较基因组方法筛选出猪2号染色体上生长、胴体和肉质性状QTL区域中与肌肉发育相关的5个基因(MYOD1、LDHA、CSRP3、TEF-1和COPB1),通过RH和连锁定位方法研究这5个基因的排列顺序和距离,并与人和小鼠基因的顺序进行了比较.结果表明这5个基因在猪2号染色体上的排列顺序和距离是:MYOD1(75.2 c M)-LDHA(79 c M)-CSRP3(83.8 c M)-TEF-1(86.5 c M)-COPB1(90 c M),猪与小鼠基因的顺序相同,而与人(TEF-1-COPB1-MYOD1-LDHA-CSRP3)的顺序不一致.本研究结果对于进一步开展这5个基因的功能研究奠定了基础.
基金Project supported by the National Basic Research Program of China(973)(Nos.2010CB126006and 2011CB109306)the National Science Foundation of China(No.31371250)
文摘基因组学研究的主要目标是剖析复杂性状和疾病的遗传结构.数量性状位点(quantitative trait locus,QTL)定位和全基因组关联分析(genome-wide association study,GWAS)已经应用于遗传育种和药物研制,分析复杂性状和复杂疾病的遗传结构.本文回顾了分析复杂性状和复杂疾病的QTL定位和GWAS的作图方法和软件.PLINK,TASSEL,SNPassoc,GenABEL和ProbABEL是流行的软件,为GWAS提供了许多有用的功能.PLINK是目前最流行的开源全基因组关联分析的工具集,它聚合了用于分析SNP数据的许多功能.TASSEL是另一种流行的软件,整合了Q+K关联分析的诸多方法.SNPassoc、GenABEL和ProbABEL是应用于关联分析的开源代码R软件包.本文对上述提及的GWAS关联分析流行软件作了简要介绍,并介绍了新研制的QTXNetwork分析软件,它可分析QTL和GWAS定位数量性状SNP(QTS)、数量性状转录子(QTT)、数量性状蛋白子(QTP)和数量性状代谢子(QTM).本文还介绍了一些常用的分析软件,例如Windows QTL Cartographer,QTL Express,Map Manager QTX,R/qtl和QTLNetwork.
文摘【目的】解析大豆重组自交系中百粒重的QTL及其等位变异效应,探究重组自交系中百粒重存在超亲分离的原因,为进一步培育不同类型百粒重大豆提供遗传依据。【方法】利用以先进2号和赶泰2-2为亲本衍生的重组自交系群体NJRSXG为材料,在2009—2011年共5种环境下测定百粒重表型数据,建立具有400个SSR标记的遗传图谱,选用QTLNetwork V2.1软件中混合模型区间作图方法(mixed model based composite interval mapping,MCIM)对表型数据和基因型数据进行大豆百粒重QTL定位研究。在定位结果基础上,分析每个重组自交系群体中每个家系百粒重QTL等位变异类型,建立百粒重QTL-allele矩阵。【结果】5种环境试验的平均结果,亲本先进2号和赶泰2-2的百粒重分别为16.92和14.14g,重组自交系百粒重变幅为12.09—25.01 g,存在超亲分离,多环境下遗传变异系数(genotypic coefficient of variation,GCV)为16.06%,遗传率为96.17%。利用MCIM方法联合5环境原始数据,总共检测到10个加性QTL和9对上位性QTL,10个加性QTL的表型变异解释率变幅为0.69%—14.93%,其中Sw-05-2、Sw-08-1、Sw-12-1和Sw-17-1的表型变异解释率较高,分别为6.91%、14.93%、7.80%和5.01%,Sw-13-3为以往未见报道并兼具加性和上位性效应的位点。上位性QTL的表型变异解释率较小,变幅为0.31%—3.44%,其中Sw-e4的表型变异解释率最高。联合多环境方差分析和QTL定位结果,解析大豆百粒重的遗传结构,发现加性QTL累积贡献了47.91%表型变异,上位性QTL累积贡献13.06%表型变异,未检测出的微效QTL累计解释了35.20%的表型变异。在定位的同时,获得了QTL等位变异的效应,分析重组自交系及其亲本中百粒重QTL等位变异的组成,建立了NJRSXG的百粒重QTL-allele矩阵;两亲本分别具有7对和3对加性增效等位变异,属互补型组合;矩阵中没有一个重组自交家系包含所有减效等位变异或增效等位变异,表明重组自交家系具有进一步改良的潜力;大粒型家系具有较多增效等位变异,小粒型家系具有较多减效等位变异;说明百粒重位点间的重组是产生超亲家系的重要原因。【结论】利用重组自交系群体能够产生超亲分离家系;联合多环境数据检测到10个加性QTL和9对上位性QTL;百粒重QTL位点间的重组是超亲分离的原因;重组自交家系间具有进一步重组的潜力。
