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深海细菌及其适压机制 被引量:3
1
作者 刘敏 李越中 《微生物学杂志》 CAS CSCD 2003年第4期32-34,44,共4页
深海是以高压为主要特征的极端环境。在深海中适压生活的细菌在分类上多属于蛋白细菌(Pro-teobacteria)类群的γ分支。深海细菌对高压的适应可表现为嗜压或耐压,其适压的机制包括细胞膜脂成分中不饱和脂肪酸的增加,此外,细菌细胞的呼吸... 深海是以高压为主要特征的极端环境。在深海中适压生活的细菌在分类上多属于蛋白细菌(Pro-teobacteria)类群的γ分支。深海细菌对高压的适应可表现为嗜压或耐压,其适压的机制包括细胞膜脂成分中不饱和脂肪酸的增加,此外,细菌细胞的呼吸链系统也与耐压有关。 展开更多
关键词 深海细菌 适压机制 细菌细胞 呼吸链系统
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对嗜压蛋白氨基酸压力不对称指数的修订
2
作者 张光亚 《华侨大学学报(自然科学版)》 CAS 北大核心 2012年第1期44-50,共7页
选取嗜压菌最多的4种希瓦氏菌属(Shewanella)微生物共计473对同源蛋白,统计了21 662个氨基酸突变位点,在此基础上计算氨基酸压力不对称指数(PAI),并将其同氨基酸70种理化性质进行相关性分析.结果表明:色氨酸和异亮氨酸的嗜压性能最强,... 选取嗜压菌最多的4种希瓦氏菌属(Shewanella)微生物共计473对同源蛋白,统计了21 662个氨基酸突变位点,在此基础上计算氨基酸压力不对称指数(PAI),并将其同氨基酸70种理化性质进行相关性分析.结果表明:色氨酸和异亮氨酸的嗜压性能最强,而脯氨酸、甘氨酸和天冬酰胺的嗜压性能最弱,这与之前的报道存在较大差异.此外,70种氨基酸理化性质中有13种同PAI存在较强的相关性,其中仅有氨基酸的无规则倾向因子同PAI呈负相关,表明高的PAI值不易形成卷曲.由于展示的PAI值更适合于处于低温环境下的嗜压微生物,因此对以前的PAI值进行了修正. 展开更多
关键词 微生物 力不对称指数 氨基酸 倾向因子 适压机制
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Seismic random noise suppression using an adaptive nonlocal means algorithm 被引量:10
3
作者 尚帅 韩立国 +1 位作者 吕庆田 谭尘青 《Applied Geophysics》 SCIE CSCD 2013年第1期33-40,117,118,共10页
Nonlocal means filtering is a noise attenuation method based on redundancies in image information. It is also a nonlocal denoising method that uses the self-similarity of an image, assuming that the valid structures o... Nonlocal means filtering is a noise attenuation method based on redundancies in image information. It is also a nonlocal denoising method that uses the self-similarity of an image, assuming that the valid structures of the image have a certain degree of repeatability that the random noise lacks. In this paper, we use nonlocal means filtering in seismic random noise suppression. To overcome the problems caused by expensive computational costs and improper filter parameters, this paper proposes a block-wise implementation of the nonlocal means method with adaptive filter parameter estimation. Tests with synthetic data and real 2D post-stack seismic data demonstrate that the proposed algorithm better preserves valid seismic information and has a higher accuracy when compared with traditional seismic denoising methods (e.g., f-x deconvolution), which is important for subsequent seismic processing and interpretation. 展开更多
关键词 seismic prospecting ADAPTIVE nonlocal means random noise attenuation
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氨基酸和二肽组成对嗜压微生物蛋白质稳定性的影响 被引量:3
4
作者 张光亚 李红春 +1 位作者 高嘉强 方柏山 《微生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2009年第2期198-203,共6页
【目的】比较嗜压和非嗜压微生物中蛋白质在氨基酸和二肽组成上的差异对嗜压蛋白稳定性机理的了解及在此基础上的定向改造具有重要意义。【方法】利用4种微生物全蛋白质组信息,统计了639对直系同源序列二级结构氨基酸组成及二肽组成并... 【目的】比较嗜压和非嗜压微生物中蛋白质在氨基酸和二肽组成上的差异对嗜压蛋白稳定性机理的了解及在此基础上的定向改造具有重要意义。【方法】利用4种微生物全蛋白质组信息,统计了639对直系同源序列二级结构氨基酸组成及二肽组成并计算其偏差。【结果】在β折叠和无规则卷曲中二者差异明显,β折叠中,嗜压蛋白含更多的缬氨酸,异亮氨酸,亮氨酸,更少的精氨酸,赖氨酸,天冬氨酸;无规则卷曲中,嗜压蛋白含更多的缬氨酸和异亮氨酸,更少的甘氨酸和脯氨酸。而嗜压蛋白存在更多的YM、MN、KD、QC、CI、MW、MM、CY、WQ、HC、RC和QH,更少TW、MS、VD、DH、YE、CT、MW、CF、CK、CM、MY、QI、TH、MQ、QQ和MC。【结论】二肽比氨基酸包含更多的结构和序列信息,更有利于了解嗜压蛋白稳定性机制及指导其定向改造。 展开更多
关键词 微生物 二肽组成 蛋白质稳定性 二级结构 适压机制
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嗜压蛋白氨基酸残基溶剂可及性对其稳定性的影响 被引量:1
5
作者 张光亚 李红春 +1 位作者 高嘉强 方柏山 《微生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2010年第5期621-627,共7页
【目的】研究嗜压微生物中蛋白质在不同结构区域的特点对了解其稳定的结构基础及设计新型嗜压酶具有重要意义。【方法】利用43对嗜压和非嗜压同源蛋白的晶体结构信息,将氨基酸所处结构分成3种:分子表面、中间区及内核区,统计了不同结构... 【目的】研究嗜压微生物中蛋白质在不同结构区域的特点对了解其稳定的结构基础及设计新型嗜压酶具有重要意义。【方法】利用43对嗜压和非嗜压同源蛋白的晶体结构信息,将氨基酸所处结构分成3种:分子表面、中间区及内核区,统计了不同结构状态中氨基酸的差异。【结果】统计分析结果表明,嗜压蛋白具有明显的溶剂可及性结构特点:其分子表面Cys、Asp、Asn和Lys含量显著高于非嗜压蛋白,而Pro和Arg则相反;中间区域Ile、Met含量显著高,而Trp则相反;内核区Cys、Ile含量显著高,而Ala则相反。同时,非嗜压氨基酸在嗜压蛋白分子表面及内核区含量均显著高于非嗜压蛋白。【结论】嗜压和非嗜压蛋白在分子表面差异最为明显,将是改造嗜压酶的首选区域;同时,需要统计更多的样本,对氨基酸压力不对称指数进行修订。 展开更多
关键词 微生物 溶剂可及性 系统分析 结构分析 适压机制
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