基于逆向网络药理学及分子对接探讨新型冠状病毒感染后肺纤维化发病机制及中药组方预测

目的探讨新型冠状病毒感染(新冠感染,COVID-19)后肺纤维化的发病机制,并基于逆向网络药理学思维进行中药组方预测。方法于Genecards数据库获取COVID-19和PF的靶点取交集得出二者共有靶点后,通过String平台进行蛋白互作网络分析,运用Cytoscape软件计算Degree值以确定关键靶点,而后进行GO和KEGG富集分析以明确发病机制与通路。关键靶点通过Uniprot数据库转换后于TCMSP数据库逆向收集中药成分,选用度值较高的靶点与有效成分进行分子对接验证,再由有效成分收集对应中药,构建关键靶点-有效成分-中药网络,确定度值较高中药并整理其性、味、归经。结果共获取142个COVID-19与PF的共有靶点,保留度值较高的50个关键靶点,其中有32个关键靶点能于TCMSP数据库中匹配到中药成分化合物信息,筛选后有18个关键靶点匹配到31种有意义的中药成分,以度值最高的4个靶点蛋白与度值≥3的7种中药成分进行28次分子对接验证,结果稳定且良好。GO富集分析主要得出炎症反应、血管系统发育的调节等生物过程,KEGG富集分析显示冠状病毒病-新冠肺炎、Th17细胞分化、HIF-1信号通路、IL17信号通路等信号通路。逆向收集到287种中药,其中度值≥3的73种中药以寒性药、苦味药居多,其次为温性药、辛味药,并且肝、肺经居多,度值≥6的中药分别为苦参、连翘、木蝴蝶、山豆根。结论运用逆向网络药理学思维及分子对接技术对新冠感染后肺纤维化进行靶点、通路、成分和中药预测,为今后临床辨证论治中药组方拓宽思路。

基于逆向网络药理学探讨绝经后骨质疏松病机及中药组方预测

目的 探讨绝经后骨质疏松的发病机制,并基于逆向网络药理学进行靶点和中药成分的分子对接验证及中药组方预测。方法 利用韦恩图提取并展示“骨质疏松”与“绝经后”的共有靶点;对提取的共有靶点进行基因本体(gene ontology,GO)和京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)富集分析;构建蛋白质-蛋白质相互作用(protein-protein interaction,PPI)网络以明确绝经后骨质疏松的发病机制、通路和关键靶点,最终构建关键靶点-有效成分-中药网络,确定度值较高的中药并整理其性、味、归经。结果 针对绝经后骨质疏松,保留度值≥10的17个可匹配中药成分的关键靶点,于中药系统药理学数据库和分析平台(traditional Chinese medicine systems pharmacology data base and analysis platform,TCMSP)中匹配中药成分信息,以度值最高的3个靶点与度值≥5且口服生物利用度≥30%、类药性≥0.18的6种中药成分进行18次分子对接验证,结果稳定且良好。逆向收集300种中药,其中度值≥4的52种中药以寒性药、苦味药居多;在归经上,以肝、肺经居多;在功效上,以活血化瘀居多。结论 运用逆向网络药理学思维及分子对接技术对绝经后骨质疏松进行靶点、通路、成分和中药预测;结合临床实践,在辨证论治绝经后骨质疏松治疗中适当加入苦寒、归肝肺经、活血化瘀类药物并适当添加银杏叶、菟丝子、鸡血藤、甘草、黄芪等中药以改善关节炎症、抑制破骨细胞分化、促进成骨细胞分化、预防骨质疏松,为今后临床辨证论治中药组方拓宽思路。

逆向网络药理学思维探讨新型冠状病毒感染后肺纤维化发病机制及中药预测

目的探讨新型冠状病毒感染后肺纤维化的发病机制,并基于逆向网络药理学思维进行中药组方预测。方法获取COVID-19和PF靶点取交集得出二者共有靶点后进行蛋白互作网络,确定关键靶点,进行GO和KEGG富集分析明确发病机制与通路。由关键靶点逆向收集中药成分,进行分子对接验证,再由成分收集中药,整理其性、味、归经。结果获取142个COVID-19与PF的共有靶点,筛选后有18个关键靶点匹配到31种中药成分,进行28次分子对接验证,结果稳定。逆向收集287种中药,以寒性药、苦味药、肝、肺经居多,高度值中药为苦参、连翘、木蝴蝶、山豆根。结论本研究运用逆向网络药理学思维及分子对接对COVID-19后PF进行靶点、通路、成分和中药预测,为今后临床中药组方拓宽思路。

微量中药成分的起效机制研究不容忽视--“遗传协同致死”模式有助于发现并阐释中药显效物质基础及起效机制

中药作用机制及显效物质的阐明是制约中药现代化进程的主要障碍。当前研究的对象大都为中药的丰度成分,研究思路多归为正向药理学模式,这种模式往往忽略对中药微量成分的研究。"遗传协同致死"是一种基因之间的互作关系,可使得共同调控生物效应呈现级数放大(大于1 000倍)。鉴于,遗传协同研究模式在抗肿瘤药物研发中取得喜人成绩。(包括PARP抑制剂的发现,化疗药物增效减毒组合的临床使用等)。同时,中药在对抗环境胁迫所产生的多种次生代谢产物,为契合遗传协同靶点提供多成分基础。那么,是否可以将这一研究模式用于阐明微量活性成分的研究?从"靶点-成分-效应"的逆向思维出发,在明确遗传协同靶点的基础上,对中药微量弱效成分起效机制展开研究,并进一步发现潜力的协同成分组合。