Lateral Organ Boundaries Domain(LBD)基因家族作为转录因子中的一种,以其特异的形式存在于大部分植物中,并参与植物侧生器官的形成以及胁迫应答和次生代谢物合成过程。本研究运用生物信息学手段对谷子LBD基因家族进行了全基因组范围...Lateral Organ Boundaries Domain(LBD)基因家族作为转录因子中的一种,以其特异的形式存在于大部分植物中,并参与植物侧生器官的形成以及胁迫应答和次生代谢物合成过程。本研究运用生物信息学手段对谷子LBD基因家族进行了全基因组范围的鉴定,包括家族成员的染色体定位、基因结构、保守基序、亚细胞定位预测和蛋白理化性质分析,预测了该基因家族在近缘作物中的系统进化以及片段基因组重复事件,并对其在谷子发育过程中的时空表达以及低氮、低磷、干旱胁迫以及白发病菌侵染后的表达模式进行了分析。结果表明,在谷子中共鉴定到33个LBD基因家族成员(SiLBD1~SiLBD33),其编码的蛋白均包含LOB(LBD)保守结构域,这些基因在谷子9条染色体上呈不规则分布。亚细胞定位预测显示SiLBDs蛋白均定位在细胞核内。此外,本研究发现在SiLBDs启动子区包含众多与逆境胁迫、植物激素和光响应相关的顺式作用元件。共线性分析发现33个SiLBD基因中存在有7对(14条)片段重复基因,且这些基因在进化过程中均受到了纯化选择。基因表达分析显示3个基因(SiLBD5、SiLBD27和SiLBD29)在谷子的各个组织及低氮、低磷、干旱和白发病胁迫响应中均高表达,表明其在谷子生长发育和逆境胁迫应答中发挥着重要作用,可作为后续功能研究的候选基因。本研究结果为深入解析SiLBDs基因在谷子生长发育中的作用提供了理论依据。展开更多
文摘Lateral Organ Boundaries Domain(LBD)基因家族作为转录因子中的一种,以其特异的形式存在于大部分植物中,并参与植物侧生器官的形成以及胁迫应答和次生代谢物合成过程。本研究运用生物信息学手段对谷子LBD基因家族进行了全基因组范围的鉴定,包括家族成员的染色体定位、基因结构、保守基序、亚细胞定位预测和蛋白理化性质分析,预测了该基因家族在近缘作物中的系统进化以及片段基因组重复事件,并对其在谷子发育过程中的时空表达以及低氮、低磷、干旱胁迫以及白发病菌侵染后的表达模式进行了分析。结果表明,在谷子中共鉴定到33个LBD基因家族成员(SiLBD1~SiLBD33),其编码的蛋白均包含LOB(LBD)保守结构域,这些基因在谷子9条染色体上呈不规则分布。亚细胞定位预测显示SiLBDs蛋白均定位在细胞核内。此外,本研究发现在SiLBDs启动子区包含众多与逆境胁迫、植物激素和光响应相关的顺式作用元件。共线性分析发现33个SiLBD基因中存在有7对(14条)片段重复基因,且这些基因在进化过程中均受到了纯化选择。基因表达分析显示3个基因(SiLBD5、SiLBD27和SiLBD29)在谷子的各个组织及低氮、低磷、干旱和白发病胁迫响应中均高表达,表明其在谷子生长发育和逆境胁迫应答中发挥着重要作用,可作为后续功能研究的候选基因。本研究结果为深入解析SiLBDs基因在谷子生长发育中的作用提供了理论依据。