实时荧光定量逆转录聚合酶链反应检测结肠癌中Syndecan-1 mRNA和HPA-1 mRNA的表达及临床意义

背景与目的:侵袭转移是导致结肠癌死亡率增加的主要原因,如何阻断肿瘤的侵袭转移成为目前研究的热点。本研究旨在检测Syndecan-1基因和HPA-1基因在结肠癌组织中的表达水平,探讨二者与结肠癌侵袭转移及预后的关系。方法:用实时荧光定量逆转录聚合酶链反应(RT-PCR)分别检测49例结肠癌、49例配对的癌旁组织(距癌2cm)和49例配对远离结肠癌的手术切缘正常组织(距癌5cm以上)的Syndecan-1和HPA-1基因的表达水平,分析二者与结肠癌临床病理特征的关系。结果:结肠癌中HPA-1mRNA的表达水平(40.56±11.75)显著高于癌旁组织(18.28±11.33)和正常组织(10.80±10.20)(P均<0.001),癌旁组织明显高于正常组织(P<0.05);正常结肠组织中Syndecan-1mRNA表达水平(61.21±12.96)显著高于癌旁组织(14.35±11.06)和结肠癌组织(10.12±8.58)(P均<0.001),癌旁组织明显高于结肠癌组织(P<0.05)。Syndecan-1mRNA的表达减弱和HPA-1的表达增强与肿瘤的分化程度、浸润深度、淋巴结转移、远处转移及TNM分期显著相关(P均<0.05)。Spearman等级相关分析证明了Syndecan-1mRNA和HPA-1的表达呈明显负相关(r=-0.405,P<0.05)。结论:Syndecan-1mRNA在结肠癌组织中呈低表达,HPA-1mRNA在结肠癌组织中呈高表达,且Syndecan-1mRNA的表达减弱与HPA-1的表达增强可促进结肠癌的侵袭转移。联合检测Syndecan-1mRNA及HPA-1mRNA对于指导结肠癌临床治疗及判断预后有重要价值。

实时荧光定量RT-PCR检测结直肠癌中外周血端粒酶逆转录酶mRNA的表达及其临床意义

目的:建立外周血端粒酶逆转录酶(hTERT)mRNA表达量检测的实时荧光定量逆转录聚合酶链反应(RT-PCR)系统,检测结直肠癌患者hTERT mRNA的表达并探讨其对结直肠癌微转移的诊断价值.方法:用实时荧光定量RT-PCR技术检测53例结直肠癌患者和21名健康人的外周血标本hTERT mRNA表达情况,分析其表达与肿瘤临床病理特征的关系并应用接受者操作特征曲线(ROC曲线)分析hTERT mRNA检测对结直肠癌的诊断价值.结果:结直肠癌组外周血hTERT mRNA表达水平显著高于正常对照组(t'=7.953,P<0.05),其表达与肿瘤淋巴结转移、血行转移和TNM分期相关(t'/t=2.334,2.149,2.460,均P<0.05).hTERT mRNA诊断结直肠癌的ROC曲线下面积0.91,诊断界值为Ct≤32.结论:应用实时荧光定量RT-PCR技术克服了传统PCR只能定性检测而不能定量检测的缺点;外周血hTERT mRNA可作为诊断结直肠癌微转移的标记物.

建立实时荧光定量逆转录PCR方法检测非小细胞肺癌棘皮动物微管相关蛋白4-间变淋巴瘤激酶融合基因

目的建立一种实时荧光定量逆转录PCR方法,对非小细胞肺癌间变淋巴瘤激酶(ALK)融合基因进行快速、敏感和特异检测。方法首先,应用Primer Premier 5.0软件,针对棘皮动物微管相关蛋白4(EML4)-ALK常见融合变异V1、V2、V3a和V3b设计引物和Taqman水解探针。然后,以包含EML4-ALK融合变异V1、V2、V3a和V3b的假病毒颗粒为研究对象,进一步分析所建立方法的灵敏度、敏感性和特异性。最后,用所建立的方法检测50例非小细胞肺癌临床标本,其中包含3例ALK-荧光原位杂交(FISH)(+)样本。结果在无背景RNA干扰情况下,建立的实时荧光定量逆转录PCR方法检测灵敏度高达10拷贝/!l。在500拷贝/!l的野生型背景RNA下,其敏感性达1%,在5000拷贝/!l的野生型背景RNA下,其敏感性达0.5%。对于检测特异性,以正常人白细胞及血浆RNA为研究对象,均未见非特异性扩增。对50例非小细胞肺癌临床标本进行检测,47例阴性标本检测均为阴性,3例ALK-FISH(+)标本2例检测阳性,1例未检出,未检出原因与标本RNA提取失败有关。结论本研究建立的实时荧光定量逆转录PCR方法是一种快速、简便以及具有高灵敏度和特异性的EML4-ALK融合基因检测方法,值得在临床进一步验证和推广。

逆转录实时荧光定量PCR检测p73 mRNA在结肠癌的表达

目的:建立一种实时定量PCR方法检测p73mRNA的表达水平,探讨其与结肠癌发生、发展的可能关系。方法:采用SYBRGreenⅠ逆转录实时荧光定量PCR检测39例结肠癌组织和其癌旁组织中p73mRNA的表达。结果:p73基因在结肠癌肿瘤组织的表达水平高于其在癌旁组织的表达(P<0.01);表达水平与肿瘤的恶性程度、分化及淋巴结转移显著相关(P<0.05)。结论:p73的高表达可能与结肠癌的发生、发展及预后有联系。

荧光实时逆转录PCR定量研究进展

荧光实时逆转录PCR广泛应用于稳态mRNA水平的定量 ,并且它已经成为基础研究、分子医学和生物技术的一种必不可少的实验工具。用此技术定量具有范围宽、敏感性高、精确度高 ,无PCR后处理步骤 ,避免了交叉污染 ,且产出率高 ,可以进行多重检测等特点。然而要成功地应用该技术并不是一件容易的事。现对方法学建立、扩增效率以及标准化等方面作一综述。

实时荧光定量逆转录聚合酶链反应检测火器伤骨折愈合过程中骨形态发生蛋白的表达

目的应用实时荧光定量逆转录聚合酶链反应(RT-PCR)检测兔火器伤骨折愈合过程中骨形态发生蛋白(BMP)-2mRNA水平。方法建立外固定架固定一期治疗兔股骨火器伤骨折的动物模型和BMP-2 mRNA表达水平的SYBR G reenⅠ荧光定量RT-PCR方法,分别于术后第1、2、3、4周取断端组织,通过实时荧光定量RT-PCR检测标本标本中BMP-2 mRNA水平。结果在对照组,创伤后的兔骨组织BMP-2 mRNA表达水平在1周开始增高,在第2周达到高峰后下降,第4周即可恢复正常。而实验组,受枪伤的兔骨组织BMP-2 mRNA表达水平在第3周表达最高,与对照组相比,升高较慢,表达量也偏低(P<0.05)。结论BMP-2mRNA SYBR G reenⅠ荧光定量RT-PCR可以很好地反应枪击伤对兔骨组织BMP-2 mRNA表达水平的影响。枪击伤后的兔骨组织BMP-2 mRNA表达水平与对照组相比升高较慢,表达量也偏低。

实时荧光定量PCR检测端粒酶逆转录酶mRNA在急性白血病中的表达

目的研究人类端粒酶转录酶（hTERT）在急性白血病的表达和意义。方法应用实时定量PCR（Real-time PCR）技术检测30例急性白血病骨髓单个核细胞及25例正常人骨髓单个核细胞中hTERT mRNA的表达水平，分析其表达水平与急性白血病恶性程度的关系。结果hTERT在急性白血病细胞中的中位表达量为0．00244（0～0．0320），明显高于正常人骨髓单个援细胞中hTERT的中位表达量2．79×10^-4（0～0．0078）（P〈0．001）。但在ANLL和ALL细胞中对比表达无明显差异（P=0．742）。结论在急性白血病中hTERT明显高于正常对照，hTERT是急性白血病诊断的特异性指标之一。

基于实时荧光定量监测逆转录病毒MuLV/Friend感染方法的建立与评价

目的建立基于实时荧光定量PCR的病毒复制检测方法,监测MuLV/Friend急性感染小鼠病毒复制动力学。方法提取MuLV/Friend病毒基因组RNA,逆转录为cDNA,扩增病毒gag片段,连接入PMD-19T载体,构建标准品,并合成特异性荧光探针,建立病毒复制定量的标准曲线;BALB/c小鼠腹腔接种MuLV/Friend病毒,在急性感染不同时期,实时监测小鼠组织内病毒复制动力学。结果 成功构建基于实时荧光定量PCR的MuLV/Friend复制检测方法,可分析小鼠各组织内病毒复制动力学,为利用MuLV/Friend小鼠感染模型研究抗病毒策略或宿主免疫等,提供了一种有效、快速、灵敏的实时监测病毒复制的手段。结论该实时荧光定量PCR的病毒复制检测方法具有较高的灵敏度,改善了之前利用脾肿大指数检测病毒体内复制的传统方法。

TaqMan实时荧光定量逆转录聚合酶链反应在强直性脊柱炎IL-2RαmRNA检测的应用价值

目的:利用TaqMan实时荧光定量逆转录聚合酶链反应(FQ-RT-PCR)检测强直性脊柱炎患者外周血单个核细胞白细胞介素-2受体α(IL-2Rα)mRNA的表达水平,并进行疾病的活动性相关分析。方法:用 Primer Express v2.0软件,根据GenBank提供的序列,在人IL-2Rα mRNA的第2和第3外显子之间设计一对引物和一条TaqMan探针。提取总RNA,加入已优化的一步法FQ-RT-PCR反应体系,扩增产物经凝胶电泳后切胶回收,并与pUCm-T载体连接。制备好的重组质粒转化感受态细胞进行克隆。经测序分析确定为特异性片段后,用T7RNA聚合酶转录为cRNA,作为FQ-RT-PCR系列浓度标准品。评价FQ-RT-PCR检测 IL-2Rα mRNA的特异性、线性、精密度和探针稳定性等。定量测定HLA-B27阳性活动组与阴性非活动组强直性脊柱炎患者外周血单个核细胞IL-2Rα mRNA基因的表达水平,结合血浆可溶性白细胞介素-2受体 (sIL-2R)浓度,探讨与炎症活动的相互关系。结果:成功构建了cRNA标准品。该方法的线性范围为7～107 cells/ml,其批内CV8.4%,批间CV9.6%;扩增产物克隆的双向测序结果经BLAST比较、分析,证实为IL- 2Rα mRNA特异性片段。对各30例HLA-B27阳性与阴性的强直性脊柱炎的测定表明:与正常人对照组结果比较,HLA-B27阳性组与HLA-B27阴性组IL-2Rα mRNA和sIL-2R都有明显增加(P<0.01)。IL-2Rα mRNA对炎症活动评价的灵敏度为96.7%。结论:FQ-RT-PCR具有灵敏、特异、结果重复性好等优点;IL- 2Rα mRNA与sIL-2R比较更能反映强直性脊柱炎患者的免疫状态,可能为免疫药物的疗效评价和药物筛选提供基因表达水平上的信息。

实时荧光定量逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR)法与细胞培养法检测流行性感冒病毒的比较

目的比较实时荧光定量逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR)法与细胞培养法检测流行性感冒病毒的差异。方法采用实时荧光定量RT-PCR及经典的狗肾传代细胞病毒分离2种方法 ,同时对流感监测点送检的80份疑似流感标本检测流感病毒。结果细胞培养病毒分离的阳性数为26份,实时荧光定量RT-PCR的阳性数为36份,好=8.1,P<0.005。结论 通过该实验,验证了实时荧光定量RT-PCR的确快速敏感,适用于实验室快速诊断。

SYBR Green Ⅰ实时荧光定量逆转录聚合酶链反应检测前列腺癌抗原3mRNA表达水平

目的采用SYBR Green I实时荧光定量逆转录聚合酶链反应(RT-PCR)技术,建立检测前列腺癌抗原3(DD3)mRNA的标准,定量检测人体不同组织中该基因的表达水平。方法从LNCaP细胞中采用RT- PCR法扩增特异性DD3基因片段,将其与pMD18-T载体连接,转化宿主菌JM109,对质粒标准进行聚合酶链反应(PCR)检测及测序。纯化后检测质粒拷贝浓度,制备梯度浓度标准品。应用LightCycler荧光定量PCR仪对标准品进行检测。取正常人乳腺组织、膀胱、结肠、尿道、肺、睾丸、精囊、卵巢、正常前列腺组织、前列腺增生及前列腺癌组织,定量检测DD3 mRNA表达。结果建立稳定的检测DD3 mRNA的标准,正常人乳腺、膀胱、结肠、尿道、肺、睾丸、精囊、卵巢中无DD3 mRNA表达,在正常前列腺及前列腺增生组织中低表达,两者间差异无显著性 (P>0．05);在前列腺癌中高表达(P<0．05)。结论应用SYBR Green I实时荧光定量RT-PCR技术检测 DD3 mRNA表达水平简便、可行、经济。DD3基因的表达具有良好的前列腺癌特异性。

实时逆转录聚合酶链反应定量检测人TNF-α mRNA的表达

目的建立一种快速、灵敏、特异定量检测人外周血单个核细胞(PBMC)表达 TNF-α mRNA 的方法。方法根据 Gene Bank 中 TNF-α mRNA 序列和 MGB 探针荧光定量分析原理,设计合成特异的引物和探针,优化实验条件,建立定量检测人 TNF-α mRNA 的实时逆转录聚合酶链反应(RT-PCR)方法,并对10名健康体检者 PBMC PHA 刺激前后进行 TNF-α表达检测。结果本法灵敏度为10~3拷贝/毫升、线性检测范围达6个数量级(10~3～10~9拷贝/毫升);特异性好,PCR 产物电泳后无非特异性条带产生,非目的扩增产物用本法进行检测,均无荧光信号响应;以 Ct 值计算变异系数(CV 值),批内批间 CV值均小于5%;10名健康体检者 PBMC PHA 刺激前后 TNF-α mRNA 的平均含量分别为10^(4.15±0.49)和10^(5.19±0.43)拷贝/毫升。结论Taqman-MGB 实时荧光 RT-PCR 定量检测人 TNF-α mRNA 表达水平,结果快速、准确、特异、灵敏,具有临床推广价值。

猪流行性腹泻病毒微芯片荧光定量RT-qPCR检测方法的建立

为了建立简便快速的猪流行性腹泻病毒(PEDV)荧光定量RT-qPCR检测方法,根据GenBank数据库公布的猪流行性腹泻病毒囊膜蛋白E基因,设计特异性引物和探针结合微芯片技术,建立微芯片荧光定量RT-qPCR检测方法。该方法除对PEDV检测为阳性外,对与其同源性较近的致病病毒的检测均为阴性;最低检测限为1 copies/μL,常规荧光RT-qPCR检测限为10 copies/μL。批内、批间重复性试验表明,Ct值变异系数均在2%以内,可对PEDV临床样本进行检测。建立的检测方法特异性好、敏感性高、检测时间短且重复性好,适用于临床检测。

实时RT-PCR检测人端粒酶逆转录酶mRNA用于乳腺癌鉴别诊断及与c-Myc基因的相关性

目的探讨定量检测人端粒酶逆转录酶(hTERT)mRNA在乳腺癌鉴别诊断中的价值,并观察原癌基因c-Myc与hTERT mRNA表达的关系。方法收集癌旁正常乳腺组织、乳腺普通型导管增生、不典型导管增生、导管原位癌、浸润性导管癌病例,采用实时荧光定量RT-PCR技术(Real-ti me RT-PCR)定量检测hTERT和c-Myc基因的转录水平。结果以NhTERT=10为临界值,所有正常组织和良性病变NhTERT值均小于临界值,而hTERT基因转录升高的导管原位癌及浸润性导管癌其NhTERT值均大于此临界值。显示hTERT和c-Myc基因转录水平呈正相关(γ=0.7395,P<0.01)。结论实时荧光定量PCR技术检测hTERT基因表达具有高敏感性和特异性,能为常规病理学诊断提供客观的参考指标,从而提高乳腺不典型导管增生与导管原位癌鉴别诊断的准确性。原癌基因c-Myc转录水平上调可能与乳腺癌hTERT基因转录激活有关。

东方泽泻实时荧光定量PCR内参基因的筛选及AoSS基因的组织表达特性分析

【目的】筛选适用于东方泽泻实时荧光定量PCR(qRT-PCR)的内参基因,并分析其鲨烯合酶基因(AoSS)的表达特性,为后续研究东方泽泻原萜烷型三萜生物合成调控及诱导机制打下基础。【方法】从东方泽泻转录组中选取内参基因18S rRNA、EF1α、GAPDH、ACT、UBQ和UBC,应用qRT-PCR检测其在不同组织和激素处理下的表达情况,并借助Delta CT、GeNorm、NormFinder、BestKeeper和RefFinder对其表达稳定性进行分析评价。以筛选到的内参基因分析AoSS基因在不同组织中的表达情况。【结果】18S r RNA、GAPDH和EF1α基因在东方泽泻不同组织的表达稳定性较高,但18S rRNA、UBC和EF1α基因在不同激素处理下的表达稳定性均较高。以18S rRNA、GAPDH和EF1α基因为内参分析AoSS基因在东方泽泻不同组织中的表达量情况,结果显示,AoSS基因在东方泽泻不同组织中均有表达,其表达情况基本一致,均在东方泽泻块茎中表达量最高,其次是叶柄和叶,而在根中表达量最低。【结论】18S rRNA、GAPDH和EF1α基因是研究东方泽泻不同组织中基因表达分析的首选内参基因;18S rRNA、EF1α和UBC基因是研究激素处理下基因表达的首选内参基因。AoSS基因的表达具有组织特异性,其可能在东方泽泻的生长发育中发挥重要的调控功能。

兔出血症病毒实时荧光定量RT-PCR检测方法的建立

为建立一种敏感、特异、简便的兔出血症病毒(RHDV)检测方法,根据GenBank中公布的RHDV全基因组序列保守区域设计了2对引物,筛选了其中1对建立并优化了PCR条件,扩增产物为331bp,并基于此建立了SYBR GreenⅠ荧光染料real-time RT-PCR检测方法。通过敏感性、特异性、标准曲线建立等表明,该方法可检出101以上拷贝数的模板,只在RHDV有特异性扩增,标准曲线线性相关性好。实际应用结果显示,该方法对疑似RHDV病料检测的阳性率为74.8%,而普通RT-PCR方法检测的阳性率为65.5%。该方法的建立为开展该病的诊断、疫苗制备质控等提供了有效的技术保障。

实时荧光定量PCR检测大肠癌患者外周血鸟苷酰环化酶C基因及其临床意义

目的:建立人鸟苷酰环化酶C(GC-C)含量实时荧光定量PCR(RFQ-PCR)检测的新方法,观察大肠癌患者外周血单个核细胞(PBMC)GC-C mRNA表达水平并探讨其临床意义.方法:在GC-C基因高保守区设计了特异性的引物和探针,RT-PCR扩增目的片段并实时检测产物的荧光强度,根据标准品建立的标准曲线,由软件自动计算出待测样本(30例健康献血员、11例大肠良性病变和37 例大肠癌)中GC-C mRNA准确含量,并以GC-C mRNA和β2微球蛋白 mRNA含量的比值作为评价GC-C表达水平的指标.结果:本法检测GC-C mRNA含量的线性范围为101 ～109 pg/ml,样本批内和批间变异系数(CV)值分别为6.87%～11.12%和8.86%～15.19%.30例健康献血员和11例大肠良性病变样本的PBMC中均未检出GC-C mRNA表达,大肠癌患者外周血GC-C mRNA的检出率为83.8%(31/37).大肠癌患者外周血PBMC GC-C mRNA表达水平为0.88±0.06,与Duke分期、淋巴结转移和肝转移密切相关,与年龄、性别、肿瘤大小等无关.结论:GC-C mRNA RFQ-PCR检测外周血大肠癌细胞具有较好的检测灵敏度、特异性和重复性,GC-C mRNA表达水平可能对指导大肠癌Duke分期、判断淋巴结转移和肝转移、指导术后综合治疗均有一定价值.

端粒调控因子及端粒酶逆转录酶相关分析

目的 研究端粒调控因子Tankyrase和端粒酶逆转录酶（hTERT）在胃腺癌组织中的表达水平。并进行相关分析。方法应用荧光实时定量PCR（Real-time PCR）技术检测16例胃腙癌组织和离肿瘤边缘5cm处正常癌旁组织中的Tankyrase和hTERT mRNA表达水平，同时分析Tankyrase表达水平在不同胃腺癌临床分期和组织分化程度各组间的关系。结果胃腺癌中Tankyrase mRNA的表达（1．44×10^2,3.88×10^-5～0．4847）高于正常对照（1．0134×10^-2，0～4．933×10^-2）（T=31，P〈0．05）。hTERT mRNA在胃腺癌中的表达为（1．235×10^-4～0．13301），显著高于正常对照（0，0～4．38×10^-5）（T=0，P〈0．01），两者呈正相关（r=0．553，P〈0．05）。但在不同胃腺癌临床分期、组织分化程度各组之间差异均无统计学意义。结论Tankyrase和hTERT在胃腺癌中表达增高，呈正相关，可能是胃腺癌发生过程中的重要因素。

结直肠癌患者外周血人端粒酶逆转录酶mRNA和MUC1 mRNA的检测及其临床意义

背景:传统影像学检查和血清肿瘤标记物检测对结直肠癌微转移的诊断价值有限。目的:检测结直肠癌患者外周血人端粒酶逆转录酶(hTERT)mRNA和MUC1 mRNA表达,探讨两者对结直肠癌微转移的诊断价值。方法:收集53例结直肠癌患者和21名健康人的外周血标本,以实时荧光定量逆转录聚合酶链反应(RT-PCR)检测hTERT mRNA和MUC1 mRNA表达,分析两者表达与肿瘤临床病理特征的关系。应用接受者操作特征曲线(ROC曲线)分析hTERT mRNA、MUC1 mRNA和两者联合检测对结直肠癌的诊断价值。结果:结直肠癌组外周血hTERT mRNA和MUC1 mRNA表达率和表达水平显著高于正常对照组(P<0.05),两者表达与肿瘤淋巴结转移、血行转移和TNM分期相关(P<0.05)。hTERT mRNA、MUC1 mRNA和两者联合检测诊断结直肠癌的ROC曲线下面积分别为0.806、0.778和0.861,诊断界值为Ct<32。结论:外周血hTERT mRNA和MUC1 mRNA可作为诊断结直肠癌微转移的标记物,以实时荧光定量RT-PCR联合检测两项指标优于单项检测。

实时荧光定量PCR测定食管癌VEGF-C和VEGFR-3基因表达

目的建立测定血管内皮生长因子-C（VEGF-C）mRNA和血管内皮生长因子受体-3（VEGFR-3）mRNA的实时荧光定量逆转录聚合酶链反应（FQ-RT-PCR）,探讨其在食管癌组织及其癌旁组织中的表达水平。方法分别以自行构建和克隆的pMD18-VEGF-C和pMD18-VEGFR-3质粒作为定量模板,用循环阈值（Ct）定量起始的模板,在荧光TaqMan方法的基础上建立了测定VEGF-C mRNA和VEGFR-3 mRNA的实时FQ-RT-PCR,并分别测定了40例食管癌组织及其癌旁组织中VEGF-C mRNA和VEGFR-3 mRNA的表达水平。结果VEGF-CmRNA和VEGFR-3 mRNA测定的线性范围均为10^3-10^8拷贝/μg总RNA;VEGF-C mRNA和VEGFR-3 mRNA高、低值的批内、批间变异系数（CV）在7.07%-12.49%之间。VEGF-C mRNA主要表达在癌组织中,而VEGFR-3mRNA在癌组织与癌旁组织中表达无差异;VEGF-C mRNA与VEGFR-3 mRNA在癌组织与癌旁组织中表达存在相关性;24例淋巴结转移食管癌患者癌组织及其癌旁组织VEGF-C mRNA和VEGFR-3 mRNA水平与16例无淋巴结转移食管癌患者癌组织及其癌旁组织存在显著差异,提示有淋巴结转移的食管癌组织及其癌旁组织VEGF-C和VEGFR-3基因表达水平上调。VEGF-C mRNA和VEGFR-3 mRNA的表达水平与食管癌临床病理分期有密切关系。结论我们建立的测定VEGF-C mRNA和VEGFR-3 mRNA的实时FQ-RT-PCR灵敏、稳定、重现性好,可供VEGF-C、VEGFR-3基因表达的临床检测和研究。VEGF-C mRNA和VEGFR-3 mRNA基因表达水平可作为食管癌淋巴结转移的预测指标,亦可作为分子水平上判定食管癌临床分期的辅助指标之一。