双重荧光逆转录-聚合酶链式反应与荧光逆转录-重组酶介导等温扩增快速检测食源性GⅠ型、GⅡ型诺如病毒

目的建立双重荧光逆转录-聚合酶链式反应(reverse transcription polymerase chain reaction,RT-PCR)与荧光逆转录-重组酶介导等温扩增(reverse transcription recombinase-aided amplification,RT-RAA)快速有效地检测食品中食源性GⅠ型和GⅡ型诺如病毒的方法。方法根据GⅠ型、GⅡ型诺如病毒基因组保守序列设计引探,经过一系列引探浓度筛选,建立了双重荧光RT-PCR和恒温荧光RT-RAA两种检测方法,分别从敏感性、特异性、稳定性、重复性等方面进行了比较研究;同时将这两种方法应用于实际临床样本检测中,并与GB4789.42—2016《食品安全国家标准食品微生物学检验诺如病毒检验》进行比对验证。结果建立的两种方法特异性良好,敏感性均可达10 copies/μL;双重荧光RT-PCR方法质粒梯度变异系数(coefficient of variation,CV)值在0.1%~1.5%区间,恒温荧光RT-RAA方法CV值在1.0%~10.0%区间,稳定性和重复性显示双重荧光RT-PCR优于恒温荧光RT-RAA检测方法;31份诺如病毒阳性食品核酸样本均能检出,且50份食品盲样检测结果与国标一致。结论本研究成功建立了双重荧光RT-PCR与恒温荧光RT-RAA快速检测食源性GⅠ型、GⅡ型诺如病毒方法,两种方法各有优缺点,双重荧光RT-PCR稳定性和重复性好,恒温荧光RT-RAA检测时间短,仅20 min就能完成扩增,可根据不同需求选择一种或两种作为食源性GⅠ型、GⅡ型诺如病毒的检测方法。

基于逆转录重组酶聚合酶扩增技术的苹果病毒新型快速检测方法

利用逆转录重组酶聚合酶扩增技术(Reverse transcription-recombinase polymerase amplification,RT-RPA),为苹果病毒的快速检测提供技术支持。以苹果茎沟病毒(apple stem grooving virus,ASGV)、苹果茎痘病毒(apple stem pitting virus,ASPV)、苹果褪绿叶斑病毒(apple chlorotic leaf spot virus,ACLSV)和苹果坏死花叶病毒(apple necrotic mosaic virus,ApNMV)为检测对象,通过特异性RPA引物设计以及反应条件优化,对检测方法的灵敏度、特异性进行评价,并与传统RT-PCR方法进行比较。结果表明,所设计的RPA引物特异性高,反应温度为37℃,反应时间为20 min,RT-RPA对4种苹果病毒的检测灵敏度为9.63×10^(1) copies,是普通RT-PCR的10^(2)~10^(3)倍。所建立的RT-RPA检测方法具有等温反应、检测速度快、灵敏度高等优点,可以用于快速检测苹果病毒病。

柑橘叶斑驳病毒的逆转录重组酶聚合酶扩增检测

【目的】建立柑橘叶斑驳病毒(citrus leaf blotch virus,CLBV)逆转录重组酶聚合酶扩增(reverse transcription-recombinase polymerase amplification,RT-RPA)的快速检测体系,为该病毒提供快速、简便的检测方法。【方法】以CLBV ORF1保守序列为靶标,通过设计、筛选特异性检测引物、优化反应温度和反应时长等条件建立CLBV的RT-RPA检测体系。分别以感染CLBV、柑橘衰退病毒(citrus tristeza virus,CTV)、柑橘黄化脉明病毒(citrus yellow vein clearing virus,CYVCV)、柑橘裂皮类病毒(citrus exocortis viroid,CEVd)、柑橘碎叶病毒(citrus tatter leaf virus,CTLV)、柑橘鳞皮病毒(citrus psorosis virus,CPsV)、温州蜜柑萎缩病毒(satsuma dwarf virus,SDV)、柑橘溃疡病菌(Xanthomonas citri subsp. citri,Xcc)和柑橘黄龙病菌亚洲种(Candidatus Liberibacter asiaticus,CLas)的柑橘核酸为模板,应用该体系进行RT-RPA扩增,评价检测特异性;利用CLBV阳性样品核酸的10倍浓度梯度稀释模板,比较RT-RPA、RT-PCR和RT-qPCR的检测灵敏度;通过比较上述3种方法对72份柑橘样品的CLBV检出率,检验所建立RT-RPA法的适用性。【结果】以感染了CLBV的柑橘核酸样品为模板,通过对设计的3对引物筛选试验、6个温度和5个反应时长的梯度试验,建立了CLBV的RT-RPA检测体系,明确引物RCLBV-F/RCLBV-R2能够特异扩增CLBV ORF1序列,且扩增效果良好,目的片段大小为144 bp,反应最适温度为40℃,反应最佳时长为30 min。在感染CLBV、CTV、CYVCV、CEVd、CTLV、CPsV、SDV、Xcc和CLas的柑橘样品、健康对照和空白对照中,该体系仅在CLBV侵染样品中扩增出预期大小的特异性目的条带,说明建立的RT-RPA检测体系特异性强;灵敏度检测结果表明,RT-RPA和RT-PCR的检测灵敏度相当,但低于RT-qPCR;所建立的RT-RPA方法在72份柑橘样品中检测出11份样品为CLBV阳性,检出率为15.28%,该结果与普通RT-PCR和RT-qPCR检测方法的检测结果一致。【结论】建立了CLBV的RT-RPA检测体系,该体系具有耗时短、操作简便、特异性强等优点,适用于田间一定规模柑橘样品的检测。

四重逆转录重组酶聚合酶等温扩增技术快速联检四种难鉴别蚊媒病毒的效果观察

目的建立针对登革病毒(DENV)、黄热病毒(YFV)、基孔肯雅病毒(CHIKV)、寨卡病毒(ZIKV)的四重逆转录重组酶聚合酶扩增(RT-RPA)技术,用于同时快速检测上述4种病毒。方法通过正交设计建立检测4种蚊媒病毒(DENV、YFV、CHIKV、ZIKV)的四重RT-RPA反应体系。通过质粒标准品、体外转录RNA和临床血清验证单重RT-RPA和四重RT-RPA的检测灵敏度、特异度、重复性和临床应用符合率。结果单重RT-RPA对DENV、YFV、CHIKV、ZIKV质粒DNA的检出限分别为1×10^(2)、1×10^(2)、1×10^(2)、<1×10^(2) Copies/ml,对DENV、YFV、CHIKV和ZIKV体外合成RNA的检出限分别为1×10^(2)、1×10^(2)、1×10^(2)、1×10^(2) Copies/ml,四重RT-RPA对DENV、YFV、CHIKV和ZIKV质粒DNA的检出限分别为1×10^(2)、1×10^(2)、1×10^(2)、1×10^(2) Copies/ml,对体外合成RNA的检出限分别为5×10^(2)、5×10^(2)、5×10^(2)、5×10^(2) Copies/ml。本研究建立的单重及四重RT-RPA反应体系与其他常见病毒不存在交叉反应,RT-RPA法测定的阈值时间值(TT)的变异系数为1.76%~5.96%。四重RT-RPA法对不同病毒体外转录RNA检出率不同,DENV、YFV和CHIKV为100.00%,ZIKV为83.33%。单重RT-RPA、四重RT-RPA、RT-PCR对DENV临床样本的检出率无统计学差异(P>0.05)。结论本研究建立的针对DENV、YFV、CHIKV和ZIKV的单重RT-RPA和四重RT-RPA检测方法特异度好、灵敏度高、重复性好,对蚊媒传染病的早期诊断及鉴别诊断具有重要作用,同时也为其他新发再发传染病的快速诊断方法建立提供研究方向。

重组酶聚合酶扩增技术在动物疫病诊断中的应用研究进展

重组酶聚合酶扩增(RPA)技术是一种基于T4噬菌体复制机理为主要反应机理的核酸恒温扩增技术,广泛应用于动物疫病诊断、动物食品安全和遗传分析等领域。反应可在25~42℃温度条件下20 min完成快速扩增,具有条件温和、灵敏度高、特异性好、无需昂贵试验仪器和简便快捷等优点,适用于现场快速检测,已被应用于常见动物疫病的诊断。为让更多技术人员了解RPA技术诊断的优势,论文对RPA技术原理、引物探针设计、检测方法及在动物疫病诊断中的应用进行了分析。

重组酶扩增技术概述及应用研究进展

重组酶扩增技术是近几年快速发展起来的一类等温扩增技术,相对于传统的核酸检测方法,具有设备要求低、操作简单等优势,在现场快速检测方面有着广阔的应用前景。本文简要介绍了重组酶扩增技术的技术原理、优点和难点,重点阐述了其在病毒、细菌、寄生虫及其他微生物检测领域的应用研究进展,旨在为重组酶扩增技术的进一步发展与应用提供参考。

重组酶聚合酶扩增技术研究进展

重组酶聚合酶扩增(recombinase polymerase amplification,RPA)技术是一种新兴的核酸恒温扩增技术,具有灵敏度高、特异性强、反应快速等特点。利用RPA技术可以对核酸拷贝数进行绝对定量并且可以同时检测多个靶标核酸序列,结合侧流层析试纸条或荧光信号监测装置等简易实验设备即可直接观察检测结果。就RPA技术的原理、发展、技术特点及其近年来在体外诊断、病原检测等领域的研究进展作一综述,旨在为该技术的深入研究和应用提供参考。

重组酶聚合酶扩增技术在人偏肺病毒快速诊断的方法建立与临床评价

目的:研究重组酶聚合酶扩增技术在人偏肺病毒(hMPV)快速诊断的方法建立与临床价值。方法:将2017年1月—2019年12月医院收治的急性呼吸道感染患儿200例纳入研究。分离获取hMPV阳性病毒株,检索Genbank数据库,检索hMPV株基因序列,采用生物信息学软件通过靶向特定区域,对hMPV的N基因和L基因2个位点进行检测,并设计引物及荧光探针,使用病毒株和阴性对照品对基于重组酶聚合酶扩增技术快速检测hMPV的方法进行性能评估。同时,对所有受试者均进行直接荧光免疫法检测。以逆转录—聚合酶反应(RT-PCR)检测结果为金标准,对比不同检测方式诊断hMPV的效能。此外,分析hMPV感染患者合并其他病毒感染情况。结果:以RT-PCR检测结果为金标准,重组酶聚合酶扩增技术诊断hMPV的灵敏度、特异度、准确度均明显高于直接荧光免疫法检测(均P<0.05)。hMPV感染患者合并其他病毒感染发生率为26.83%,其中主要涵盖冠状病毒9.76%、呼吸道合胞病毒7.32%、流感病毒4.88%等。结论:重组酶聚合酶扩增技术在hMPV快速诊断中的应用效果较佳,可获得较为理想的灵敏度、特异度以及准确度,有望成为替代传统PCR的有效检测方式,值得临床推广应用。

重组酶聚合酶扩增技术研究进展

新冠疫情的暴发使核酸检测家喻户晓,荧光定量聚合酶链反应(PCR)技术是此次防疫使用最多的核酸检测方法,但因对操作人员、仪器及场地的要求较高限制了其在某些资源匮乏或者实验室外场景的应用。恒温扩增技术特别是重组酶聚合酶扩增(RPA)技术具有反应条件温和、灵敏度高、特异性好、反应时间短等优点,在多种病原微生物的快速检测中具有较好的应用前景。该文对RPA技术的发展及应用进行回顾与总结,以期为该技术的深入研究及推广提供参考。

柑桔黄龙病菌的重组酶聚合酶扩增(RPA)检测

为了建立黄龙病菌的重组酶聚合酶扩增(Recombinase Polymerase Amplification,RPA)快速检测体系,丰富柑桔黄龙病的高效简便检测方法,以黄龙病菌株psy62全基因组中的单拷贝tufB-secE-nusG-rplKAJL-rpoB基因簇序列和5拷贝核糖核苷酸还原酶β亚基基因(nrdB)序列设计并筛选特异性引物,经灵敏度比较和检测特异性验证,建立该病的RPA检测体系,并经PCR、RPA和实时荧光PCR对87份柑桔样品的黄龙病菌进行对比检测,验证RPA检测体系的适用性。结果表明,建立的黄龙病菌RPA检测方法能特异性检测柑桔黄龙病;灵敏度与实时荧光PCR相当,是PCR的100倍;扩增过程只需20 min,大幅提高检测效率;对田间疑似柑桔黄龙病的送检样品检测结果与实时荧光PCR一致,比PCR的检出率高。

重组酶聚合酶扩增技术及其在牛病原检测中的应用

重组酶聚合酶扩增技术(RPA)是2006年由英国科学家研发的一种核酸恒温扩增技术,它不同于传统的PCR扩增,可在恒温条件下短时间内实现靶基因大量扩增,具有恒温、快速、便携、灵敏度高、特异性强、操作简单等优点,具有广阔的应用前景。本文综述了RPA技术的原理、引物设计与反应条件、产物检测方式及在牛病原检测中的应用等内容,旨在为牛病原检测新技术、新方法的研制提供参考。

重组酶聚合酶扩增技术及其在猪病毒性腹泻病原基层现场检测中的应用

猪病毒性腹泻是对养猪业危害严重的一类疾病,导致仔猪大量死亡,损失惨重。重组酶聚合酶扩增技术(RPA)是一种核酸恒温扩增技术,恒温条件下,短时间内实现靶基因大量扩增,可实现病原的现场快速检测,具有广阔的应用前景。文章综述了RPA技术的原理、产物检测方式及在猪病毒性腹泻病原检测中的应用,旨在为猪病毒性腹泻病原的基层现场检测提供参考。

重组酶聚合酶扩增技术的应用新进展与思考

重组酶聚合酶扩增技术作为一种新型的核酸恒温扩增检测技术,近年来已经展现出其巨大的应用潜力和发展前景。高敏感度、高特异度、对仪器依赖程度低以及可整合多种检测模式等独特的优势,使其在多个领域,特别是基层和现场即时检测中具有广泛的应用价值。本文对重组酶聚合酶扩增技术的发展历程、检测原理、研究动态及应用进展进行综述,并对其未来发展进行展望,以期为基于重组酶聚合酶扩增技术的病原体快速检测方法的研发和临床应用提供有益参考。

猪圆环病毒2型RPA恒温扩增检测方法的建立及初步应用

利用重组酶聚合酶扩增技术(RPA),以猪圆环病毒2型Cap基因的保守序列为靶序列设计并筛选出一组特异性的引物和探针,建立了快速检测猪圆环病毒2型核酸的RPA方法。试验结果表明,该方法特异性强,猪圆环病毒1型(PCV1)、猪伪狂犬病病毒(PRV)、猪细小病病毒(PPV)、猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)、猪瘟病毒(CSFV)核酸检测结果均为阴性,灵敏性高,最低可检出核酸浓度为0. 87×10-4ng/μL,简单快速,且重复性好。利用所建立的RPA方法对183份临床样品进行检测,结果与实时荧光PCR方法符合率为98. 9%。本研究为猪圆环病毒2型核酸的快速检测提供了一种新方法,尤其适合基层实验室或养猪场的快速检测。

甘薯褪绿矮化病毒西非株系RT-RPA-LFD检测方法的建立与应用

【目的】利用逆转录酶重组酶聚合酶扩增(reverse transcriptase recombinase polymerase amplification,RT-RPA)结合侧向流层析(lateral flow dipstick,LFD)试纸条技术,建立甘薯褪绿矮化病毒(sweet potato chlorotic stunt virus,SPCSV)西非株系(west African strain,WA)的RT-RPA-LFD检测方法。【方法】根据SPCSV-WA外壳蛋白基因和热激蛋白基因的保守序列设计并筛选扩增效果好、特异性强的引物和探针。然后对引物和探针的浓度、扩增体系、温度、反应时间等条件进行优化,建立SPCSV-WA的RT-RPA-LFD检测方法。利用该方法对SPCSV-EA、甘薯羽状斑驳病毒(sweet potato feathery mottle virus,SPFMV)、甘薯潜隐病毒(sweet potato latent virus,SPLV)、甘薯G病毒(sweet potato virus G,SPVG)等常见的甘薯病毒进行检测,验证方法的特异性;将感染SPCSV-WA甘薯叶片样品总RNA进行10倍梯度稀释,分别采用RT-PCR和RT-RPA-LFD进行检测,比较RT-PCR和RT-RPA-LFD方法的灵敏度;对采自田间的甘薯样品和试管苗样品进行RT-RPA、RT-RPA-LFD和RT-PCR检测,验证该方法的实用性。【结果】建立了SPCSV-WA的RT-RPA-LFD检测方法,最适引物为CSV357F/R,探针CSV-CP-Probe(47 bp),引物和探针工作浓度分别为0.2和0.06μmol·L^(-1),温度为42℃,时间5 min。该方法可对SPCSV-WA进行特异性检测,与甘薯上其他常见病毒无交叉反应。RT-RPA-LFD最低可检测到总RNA稀释至10^(-4)溶液,而RT-PCR最低检测到总RNA稀释至10^(-3)溶液,RT-RPA-LFD灵敏度是RT-PCR的10倍。田间采集的22份甘薯样品经RT-PCR、RT-RPA和RT-RPA-LFD检测,均检出11份阳性样品,3种方法检测结果一致。28份试管苗样品的检测结果表明,RT-PCR和RT-RPA-LFD检测结果一致,均检出5份阳性样品。【结论】建立了SPCSV-WA的RT-RPA-LFD检测方法,该方法具有快速、简便、特异、灵敏、可视的特点,既可用于甘薯脱毒试管苗样品的病毒检测,也适用于基层单位田间甘薯病毒样品的现场快速检测。

重组酶聚合酶扩增技术的研究进展

重组酶聚合酶扩增技术（recombinase polymerase amplification,RPA）,是Piepenburg等于2006年首先提出的一种新型的恒温核酸扩增技术,其最显著的优势就是可在25~43℃的恒温下实现特定核酸序列的扩增,且能在5~20 min观察结果。RPA技术设备要求低,扩增过程不仅可采用传统的反应管,还可在纸片等反应载体上进行。通过结合探针或横向流动试纸条（LFD）等方法,可实现扩增产物的定量分析或可视化判别。RPA作为一种操作简便、反应快速、灵敏度高、特异性强、无需精密仪器的检测技术,是目前最有潜力成为快速分子诊断的工具,其在床旁诊断及防疫现场检测中都具有良好的应用前景。该文介绍了RPA技术在反应条件、产物检测等方面的优势及发展,总结了此技术近几年在实际应用中的情况,展望了RPA技术在床旁诊断及疾病防控中的未来方向。

重组酶聚合酶扩增在铜绿假单胞菌检测中的应用

目的 建立一种优化的重组酶聚合酶扩增（RPA）方法，用于临床快速检测铜绿假单胞菌。方法 （1）提取1株铜绿假单胞菌标准菌株DNA模板，采用PCR、实时荧光定量PCR和RPA进行检测，统计3种方法检测的加样时长、扩增时长和检测时长。（2）取1株铜绿假单胞菌标准菌株，复苏摇菌后逐次稀释为1×10^7、1×10^6、1×10^5、1×10^4、1×10^3、1×10^2、1×10^1集落形成单位（CFU）/mL 7个浓度梯度，以恶臭假单胞菌为阴性对照，分别提取DNA模板，进行RPA、实时荧光定量PCR及PCR，分析3种方法检测铜绿假单胞菌的灵敏性。（3）取1株铜绿假单胞菌标准菌株和4株阴性对照菌（金黄色葡萄球菌、鲍氏不动杆菌、白色念珠菌和恶臭假单胞菌），分别提取DNA模板，行RPA、实时荧光定量PCR及PCR，分析3种方法检测铜绿假单胞菌的特异性。（4）取28株甘油保存的铜绿假单胞菌临床菌株、1株棉拭子取材的铜绿假单胞菌临床菌株，以恶臭假单胞菌为阴性对照，分别提取DNA模板，行RPA。观察上述菌株是否出现阳性扩增信号，并计算其检出率。所有实验重复3次。采用GraphPad Prism 5.01统计软件对灵敏性结果进行分析。结果 （1）RPA、PCR和实时荧光定量PCR检测铜绿假单胞菌的加样时间均为20 min，其中PCR扩增98 min，凝胶检测20 min，共计138 min；实时荧光定量PCR扩增和检测可同步完成，需90 min，共计110 min；RPA中扩增和检测也可同步完成，需15 min，共计35 min。（2）3种检测方法中恶臭假单胞菌均未出现阳性扩增信号和凝胶阳性结果。实时荧光定量PCR和PCR中铜绿假单胞菌检测下限为1×10^1 CFU/mL，RPA中铜绿假单胞菌检测下限为1×10^2 CFU/mL。RPA、实时荧光定量PCR中，铜绿假单胞菌浓度越高，出现阈值时间越短、循环数越少，即检测到阳性扩增信号的时间越短。实时荧光定量PCR中，铜绿假单胞菌浓度为1×10^1-1×10^7 CFU/mL时，均能检测到阳性扩增信号。RPA中，铜绿假单胞菌浓度为1×10^1 CFU/mL时，其阳性扩增信号检出率为0；浓度为1×10^2 CFU/mL时，其阳性扩增信号检出率为67%；浓度为1×10^3-1×10^7 CFU/mL时，其阳性扩增信号检出率为100%。（3）RPA、PCR和实时荧光定量PCR中，铜绿假单胞菌出现阳性扩增信号和凝胶阳性结果，鲍氏不动杆菌、金黄色葡萄球菌、白色念珠菌及恶臭假单胞菌4种阴性对照菌未出现阳性扩增信号和凝胶阳性结果。（4）RPA中，28株甘油保存的铜绿假单胞菌临床菌株及1株棉拭子取材的铜绿假单胞菌临床菌株均出现阳性扩增信号，恶臭假单胞菌未出现阳性扩增信号；29株临床铜绿假单胞菌阳性扩增信号检出率为100%。结论 本研究建立的优化的铜绿假单胞菌RPA快速检测方法，耗时短，灵敏性及特异性强，对临床快速检测铜绿假单胞菌感染具有重要应用价值。

重组酶聚合酶扩增技术原理及其在医学检验中的应用进展

重组酶聚合酶扩增(RPA)技术是一种新型核酸恒温扩增检测技术。该技术可以在37~42℃条件下实现待测靶标的快速检测。它具有反应灵敏度高、特异性强、对仪器依赖程度低且可整合多种检测模式等优点,特别适用于基层和现场即时检测。本文从RPA技术的基础理论和实验要点出发概述了开展该项研究需要注意的要点,综述了RPA技术在医学检验领域的应用现状和相关问题,并展望了其未来发展的广泛前景。

重组酶聚合酶扩增技术及其在兔病原检测中的应用

重组酶聚合酶扩增技术是2006年由英国科学家研发的一种核酸恒温扩增技术,它不同于传统的PCR扩增,恒温条件下短时间内实现靶基因大量扩增,具有恒温、快速、便携、灵敏度高、特异性强、操作简单等优点,具有广阔的应用前景。本文综述了RPA技术的原理、反应条件优化、产物检测方式及在兔病原检测中应用,旨在为兔病原检测新技术、新方法的研制提供参考。

寨卡病毒实时荧光RT-RPA快速检测方法的建立

目的建立1种适用于现场的快速、高效实时荧光反转录重组酶聚合酶扩增(RT-RPA)检测寨卡病毒(Zika virus,ZIKV)的方法。方法利用ZIKV膜蛋白基因保守序列设计特异性引物及探针,构建膜蛋白基因重组质粒并作为参考品,建立ZIKV的实时荧光反转录重组酶聚合酶扩增(RT-RPA)检测方法,并与实时荧光定量RT-PCR法进行灵敏度比较。利用建立的方法对三带喙库蚊进行模拟添加ZIKV检测。结果成功构建ZIKV膜蛋白重组阳性质粒,与ZIKV核苷酸同源性为100%。建立的RT-RPA法扩增产物起飞时间与质粒拷贝数标准曲线为y=-1.0319x+15.146,R^(2)为0.9947,最低检出限为2.91 copies/μL,高于荧光定量PCR法(29.1 copies/μL),检测时间为30 min。结论建立的ZIKV RT-RPA检测方法,简便、灵敏、特异性强,反应快速,适用于ZIKV现场应急、基层实验室或出入境口岸的快速检测。