猫杯状病毒实时荧光定量逆转录PCR检测方法的建立

为了建立可快速检测猫杯状病毒(FCV)的方法,本试验采用肽核酸(PNA)设计分子信标荧光探针,优化反应体系和条件,建立了FCV实时荧光定量逆转录PCR(RT-qPCR)检测方法,对该方法的敏感性、特异性和重复性进行验证,并进行临床样本检测。结果显示,建立的RT-qPCR检测FCV参考株具有良好的线性关系(R^(2)=0.9995),最低检测限为1×10^(2)TCID_(50)/mL,对其他相关病毒无有效响应,组内变异系数和组间变异系数均小于1%。应用该方法检测33份临床样本,阳性率为51.5%。由此可见,本试验建立的RT-qPCR敏感性、特异性和重复性均良好,可为FCV的早期快速诊断和疫病防控等提供检测手段。

Ⅰ型鸭肝炎病毒逆转录套式PCR检测方法的建立

根据GenBank中登录的Ⅰ型鸭肝炎病毒(DHV-Ⅰ)A66株的RNA聚合酶基因序列,设计合成了2对引物,建立了适合DHV-Ⅰ快速检测的逆转录套式PCR方法(RT-nested-PCR),采用该方法对DHV-ⅠA66弱毒株和R85952强毒株进行了检测。结果显示,均能扩增到304 bp的条带,而正常鸭胚、健康鸭肝组织、鸭瘟病毒、鹅细小病毒、禽流感病毒(H9亚型)、新城疫病毒、传染性腔上囊病病毒、减蛋综合征病毒、鸭源大肠杆菌、鸭疫里氏杆菌和鸭源多杀性巴氏杆菌的扩增结果均为阴性。该方法第1次扩增的敏感性是100 pg,第2次扩增的敏感性是1 fg,第2次比第1次扩增的敏感性高105倍。表明,所建立的逆转录套式PCR方法可用于鸭病毒性肝炎(DVH)的临床诊断、病料检测和分子流行病学调查等。

应用逆转录多重PCR方法检测正常核型急性白血病患者的易位相关融合基因

为了探讨逆转录多重PCR方法在检测具有正常核型的急性白血病(AL)患者的易位相关融合基因中的价值,应用包括19种染色体易位特异性引物对的逆转录多重PCR方法对37例经常规细胞遗传学方法揭示为正常核型的AL患者进行了检测。结果表明:有8例(21.6%)AL患者分别检测出有PML/RARA、AML1/ETO、CBFβ/MYH11和BCR/ABL等4种融合基因的存在。结论:逆转录多重PCR可在核型正常的AL患者中检出隐匿的染色体易位,故凡常规细胞遗传学显示为核型正常的AL患者,均应对其进行逆转录多重PCR检测。

逆转录-套式PCR鉴定福建省登革Ⅰ型病毒

目的检测急性感染者血清中的登革病毒,并判定其型别。方法从血清中提取病毒RNA,使用通用引物和型特异性引物,用逆转录-套式PCR方法扩增登革病毒特异性核酸片段,电泳后观察判定型别。同时还将扩增产物进行测序分析。结果用通用引物扩增5份标本,均出现511bp扩增带,在型特异性引物的扩增下均出现482bp的扩增带,初步判断为DVⅠ病毒。经测序分析进一步确定为DVⅠ病毒。结论运用此方法证实2004年福建省登革热流行系DVⅠ病毒引起。

人野生型抑癌基因PTEN的逆转录PCR法克隆及序列分析

以正常人胎盘组织总RNA为模板,通过优化引物和PCR条件,采用逆转录PCR法扩增出人野生型PTEN基因cDNA片段,并克隆到pMD18-T载体,获得重组子pMD-PTEN.序列分析表明,该cDNA长1212bp,与GenBank中PTEN基因序列相比有3个碱基发生了变化,但全部为同义突变,证实获得了人野生型抑癌基因PTEN的cDNA克隆,为进一步构建原核表达载体及研究PTEN蛋白的抑癌效果、抑癌机理打下基础.

逆转录PCR及原位杂交检测人IgA肾病肾脏中TGF-β mRNA

为研究转化生长因子－β（ＴＧＦ－β）在ＩｇＡ肾病病理机制中的作用，本文用逆转录ＰＣＲ（ＲＴ－ＰＣＲ）法及原位杂交法检测ＩｇＡ肾病患者肾活检组织中的ＴＧＦ－βｍＲＮＡ。结果证实：在人正常肾和ＩｇＡ肾病肾组织中均可检测到ＴＧＦ－βｍＲＮＡ的ＲＴ－ＰＣＲ扩增产物；ＴＧＦ－βｍＲＮＡ原位杂交的阳性信号主要分布于肾小管和集合管上皮细胞内，肾小球内的阳性信号较弱，且强度与系膜的增生程度有关。

应用逆转录套式PCR检测新城疫病毒核酸

选择NDV融合蛋白保守的编码区域 ,设计并合成了一对外引物和一对内引物 ,建立并优化了检测新城疫病毒核酸的逆转录套式PCR法 ,通过检测NDV感染的实验室病料和临床病料。结果表明 ,逆转录套式PCR法最低能鉴别出约 0 .3pg的NDVRNA ,攻毒后第 8天还能从非免疫鸡和SPF鸡泄殖腔拭子中检出NDV ,第 8天非免疫鸡泄殖腔拭子中NDV的最大检出率为 5 / 10 ,第 8天SPF鸡泄殖腔拭子中NDV的最大检出率为 6/ 10。对非免疫鸡和SPF鸡的泄殖腔中NDV最佳检出时间均在攻毒后第 5天。逆转录套式PCR方法对临床样品中NDV的最大检出率为 6/ 7。经核酸杂交验证 ,该法具有很高的特异性和敏感性 ,也比较简便快速 ,为从分子水平探讨NDV的发病机理、临床早期快速诊断提供了新的研究手段。

PJ综合症相关抑癌基因LKB1/STK11的逆转录PCR法克隆及序列分析

从正常人胎盘组织中克隆出人野生型PJ综合症相关抑癌基因LKB1/STK11cDNA片段.以提取的总RNA为模板,采用逆转录法获得cDNA第一条链,采用94℃变性、72℃退火及延伸的特殊条件,经PCR扩增出抑癌基因LKB1/STK11cDNA片段,克隆到T载体,在国内首次报道了LKB1/STK11基因的克隆.序列分析表明,该cDNA全长1299bp,与GenBank中人野生型LKB1cDNA编码序列完全相同,证实获得了人野生型抑癌基因LKB1/STK11的cDNA克隆.LKB1/STK11cDNA的成功克隆为其原核表达载体的构建和LKB1/STK11蛋白在细胞内的作用及其抑癌效果、抑癌机理的研究打下了基础.

传染性胰脏坏死病毒逆转录聚合酶链式反应法(RT-PCR)的研究

本文针对IPNVA片段VP5基因和VP3基因分别设计了两对特异性引物,同时优化了反应体系和反应条件,建立了检测IPNV逆转录聚合酶链式反应法。并用优化好的反应条件对从人工感染的斑马病鱼中提取的核酸进行扩增,分别扩增出了224bp和206bp的目的条带。

石蜡包埋皮肤组织标本中提取RNA进行逆转录PCR的研究

目的：研究在存档石蜡包埋皮肤组织标本中提取RNA及进行逆转录PCR的可行性和稳定性。方法：分别抽取1997年、1999～2001年、2004年3个时间段的存档标本各10例，经过蛋白酶K消化后用异硫氰酸-酸性苯酚法提取RNA，设计3对β-Actin不同产物长度的引物，其目的片段的长度分别为445bp、205bp和112bp，比较了以各特异性下游引物及随机引物进行逆转录PCR的结果。结果：随机引物的阳性率很低，产物长度为112bp时很稳定，经卡方检验与另外两个长度间有显著性差异，而各年龄组间无统计学差异。结论：在石蜡包埋组织中提取RNA并进行逆转录PCR，方法稳定，可进行大规模的回顾性研究。

逆转录实时荧光定量PCR检测p73 mRNA在结肠癌的表达

目的:建立一种实时定量PCR方法检测p73mRNA的表达水平,探讨其与结肠癌发生、发展的可能关系。方法:采用SYBRGreenⅠ逆转录实时荧光定量PCR检测39例结肠癌组织和其癌旁组织中p73mRNA的表达。结果:p73基因在结肠癌肿瘤组织的表达水平高于其在癌旁组织的表达(P<0.01);表达水平与肿瘤的恶性程度、分化及淋巴结转移显著相关(P<0.05)。结论:p73的高表达可能与结肠癌的发生、发展及预后有联系。

逆转录PCR方法检测HoxA族基因在胶质瘤细胞C6中的表达

背景与目的:同源盒基因是生物发育调节的主控基因,具体作用体现在调控DNA的转录过程。近年来已发现多种恶性肿瘤中有不同种类的同源盒基因异常表达。胶质瘤中同源盒基因的表达尚未全部确定。本研究旨在观察胶质瘤细胞C6中异常表达的同源盒基因中HoxA族基因的种类。方法:应用HoxA族基因特异引物,对原代培养大鼠正常脑组织星形胶质细胞和胶质瘤C6细胞进行逆转录PCR,结合图像分析法分组检测HoxA族11种基因mRNA的表达水平。统计分析比较两种细胞中HoxA族基因表达水平。Hox基因表达水平用基因/β-肌动蛋白(β-actin)灰度比值表示。结果:HoxA3、A5、A6、A7、A9、A11、A13基因在正常脑组织和 C6细胞中表达没有显著差异:HoxA1基因在正常大鼠和胶质瘤细胞C6中表达虽有显著差异,但均为弱表达; HoxA4基因在正常脑组织中弱表达,在C6细胞中有明显表达,二者比较,差异显著(P<0.01);HoxA2、HoxA10 基因在正常大鼠脑组织中未见表达,在胶质瘤细胞C6中有明显表达。结论:HoxA2、A4、A10基因mRNA表达增高,可能与胶质瘤的发生、发展相关。

应用原位逆转录PCR技术检测Captopril对动脉粥样斑块中c-myc和c-fos mRNA表达的影响

目的 了解卡托普利对动脉粥样斑块中原癌基因 c- m yc和 c- fos m RNA表达的影响及原位逆转录 - PCR(IS-RT- PCR)技术在检测中的应用效果。方法 将 40只雄性日本大耳白兔随机分为对照组、胆固醇组及用药组 ,采用ISRT- PCR技术观察三组原癌基因 c- myc和 c- fos m RNA的表达及分布。结果 (1)胆固醇组的 c- m yc和 c- fosm RNA阳性率明显高于对照组 ,用药组则显著低于胆固醇组 ;(2 )主动脉粥样斑块中 c- m yc、c- fos m RNA呈强阳性反应 ,广泛分布于内膜层 ,阳性信号为核阳性 ;而用药组呈弱阳性反应 ,散在性分布。结论 提示卡托普利能显著抑制 AS斑块中原癌基因 c- m yc和 c- fos m RNA的表达 ,同时亦体现了 ISRT-

风疹病毒气溶胶的逆转录－半套式PCR检测

将已知浓度的风疹病毒液通过ＴＫ发生器进行气溶胶发生于气溶胶转鼓中，搅匀后用ＡＧＩ－１０和Ｃａｓｅｌｌａ采样器进行气溶胶采样，采样样品以不同浓度稀释后分别进行ＲＴ－ＳＮ－ＰＣＲ和细胞培养。敏感性试验结果表明１００ＴＣＩＤ（５０）的ＲＶ病毒仍可被ＲＴ－ＳＮ－ＰＣＲ检测到，扩增片段为２９３ｈＰ，经ＨｉｎｃⅡ酶切成１２１和１７２ｈＰ的酶切片段与理论设计吻合。相应的Ｖｅｒｏ细胞培养结果均为阴性。通过气溶胶耐喷和耐压试验证明ＲＶ在空气采样过程中因高压冲击衰亡。ＰＣＲ检测微生物核酸，可不过多地考虑其生物衰亡，只要靶基因存在即有检测的可能性。

原位逆转录PCR检测干细胞因子mRNA在白血病细胞的表达

目的探索应用原位逆转录PCR(RT-PCR)检测低拷贝的干细胞因子mRNA在白血病细胞表达的可行性。方法在普通的PE480型PCR仪进行原位RT-PCR,检测干细胞因子mRNA在K562、HL-60和慢性粒细胞性白血病细胞的表达。结果直接法和间接法原位RT-PCR均可以检测到干细胞因子mRNA在K562、HL-60和慢性粒细胞性白血病细胞表达,而常规的原位杂交则为阴性。结论(1)干细胞因子在K562、HL-60和慢性粒细胞性白血病细胞均有表达,但是表达量较低,应用原位RT-PCR可进行检测;(2)在普通的PE480型PCR仪上可以进行原位PCR。

反义RNA重组逆转录病毒逆转录套式PCR检测方法的建立

为探求一种快速检测反义RNA重组逆转录病毒效价的新方法,用脂质体介导法将反义RNA重组逆转录病毒载体pLXSA、pLXSB分别转染包装细胞系PA317,经G418筛选,获得数个稳定的产毒细胞克隆,择优挑选7个细胞克隆扩增培养,收集细胞上清,用异硫氰酸胍-酚一步法提取病毒RNA,进行逆转录套式PCR,检测细胞上清中的反义RNA重组逆转录病毒效价,同时用传统方法(小鼠成纤维放大法)进行测定。2种方法检测结果的比较表明,逆转录套式PCR法的特异性和敏感性均高于小鼠成纤维放大法,是一种敏感性高、特异性强、操作简便、快速的检测逆转录病毒效价的新方法。

逆转录原位PCR检测博尔纳病病毒感染

目的:建立逆转录原位PCR检测博尔纳病病毒(BDV)的方法,并与其它检测方法进行比较.方法:构建包含BDV GFP-P24质粒的模拟BDV感染的OL细胞模型,检测其核酸的表达.对构建的OL细胞模型和各种阴性对照进行逆转录原位PCR的检测.使用逆转录原位PCR、荧光定量PCR和ELISA对BDV阳性的人和动物样本及阴性对照进行检测,并比较检测结果.结果:成功构建了含BDV-GFP-P24质粒模拟BDV感染的OL细胞.建立了逆转录原位PCR检测BDV的方法;对荧光定量PCR和ELISA的检测呈阳性的4个病例和检测呈阴性的10个病例,使用原位PCR检测可以得到基本一致的结果.结论:逆转录原位PCR原位可以用于检测人和动物的BDV感染和BDV感染机制研究.

实时定量逆转录PCR分析D-半乳糖致衰老小鼠胸腺相关基因表达的研究

目的建立D-半乳糖致衰老小鼠模型,分析其胸腺相关基因表达的研究。方法D-Gal模型组小鼠皮下注射剂量为500mg/kg·d的D-半乳糖溶液,连续注射8w;实时定量逆转录PCR方法对D-Gal模型组小鼠的几种胸腺状态和功能相关基因的表达进行相对定量以直接评价胸腺微环境。结果D-Gal模型组与对照组相比,胸腺相关基因表达变化比值为:LMO2:0.94±0.76,Foxn1:0.45±0.32,IL-7:0.69±0.7。结论D-Gal模型组与对照组相比,胸腺负调控因子的表达无明显变化,而胸腺微环境上皮细胞和胸腺细胞分泌及必需的因子的基因表达显著下降,因而在个体水平上,D-Gal破坏了胸腺微环境的稳定性和功能性,使小鼠胸腺发生明显退化。