基于选择清除分析挖掘连翘异型花柱候选基因

连翘(Forsythia suspensa (Thunb.) Vahl)为多年生木本植物,花柱二型具有自交不亲和性。挖掘连翘异型花柱发育候选基因,利于揭示连翘异型花柱的进化与发育机理。对40株长花柱型与短花柱型连翘植株进行全基因组重测序,检测样本基因组的SNP变异位点,开展选择清除分析。利用遗传分化系数Fst和核苷酸多态性πratio结合的方法筛选候选区域(前5%水平),对差异基因进行GO数据库和KEGG数据库功能注释分析,采用qRT-PCR对候选基因在花柱发育不同时期的表达量进行检测。选择清除分析显示受选择基因295个,主要在植物的生长发育以及代谢调控方面发挥重要作用。分析植物激素调节相关的部分通路,确定连翘异型花柱候选基因CYP734A1(EVM0010386)、BRI1(EVM0011829)、CYCD3(EVM0018316),基因表达结果显示CYP734A1基因在连翘短花柱发育的关键时期持续高表达,露冠期BRI1与CYCD3基因表达水平在短花柱型中显著高于长花柱型。本研究挖掘的候选基因在连翘长花柱与短花柱中存在差异表达,油菜素甾醇参与了连翘异型花柱的发育,是产生连翘花柱异型的原因之一。本研究为连翘异型花柱的进化以及遗传发育调控机制解析奠定基础并提供思路。

基于选择清除分析鉴定影响枣果实大小的基因

【目的】通过全基因组水平上比较大果型和小果型两种类型枣品种间遗传多样性水平,检测基因组的选择清除区域,以期鉴定影响枣果实大小的潜在相关基因,为解析枣果实大小差异形成的分子机制奠定基础。【方法】本研究通过利用12个大果类型枣品种和25个小果类型枣品种群体的简化基因组测序,获得SNP标记后进行主成分和遗传多样性分析,解析枣品种的群体遗传关系;同时,基于遗传分化系数(Fst)和核苷酸多态性(π)进行选择信号检测,进一步对受选择区域所包含的基因进行基因功能及通路的生物信息学分析,并对其中与细胞周期调节以及激素相关的基因在‘桐柏大枣’和酸枣果实中的相对表达量进行了比较分析。【结果】共获得130 077个高质量的SNPs,大果群体的遗传多样性(π:0.32)低于小果群体(π:0.33),大果和小果群体分别检测到83和149个受选择基因。通过基因的功能注释和富集分析,我们确定了6个参与细胞周期或激素合成调控途径的候选基因(LOC107404981、LOC107406728、LOC107424132、LOC107426306、LOC107418232、LOC107432595)。qRT-PCR检测发现,LOC107424132、LOC107426306、LOC107418232、LOC107432595表达量在花后75天增加,候选基因LOC107404981、LOC107406728的表达量在花后45天和75天显著增加。进一步分析发现这些候选基因在枣品种和酸枣之间存在差异表达。【结论】结果表明LOC107404981、LOC107406728基因可能与枣果实大小的分子调控有关,为进一步揭示该基因的调控机制奠定了基础。

膝骨关节炎患者关节镜下选择性清除术的疗效观察

膝骨关节炎（KOA）是由于膝关节在外伤、肥胖及长期下蹲等各种因素下引起的一种关节功能性退变,是一种发病率较高的骨科疾病,患者以中老年人多见,且男性较女性占有较高比例。该病临床症状主要表现为关节畸形、肿胀和疼痛等。

长领式切口在分化型甲状腺癌选择性颈淋巴结清除术中的应用

0引言当前对分化型甲状腺癌（differentiated thyroid carcinoma,DTC）的手术切除范围、淋巴结的清除方式和术后治疗等方面均存有较大争议。本文总结了47例我院应用的低位领式切口行分化型甲状腺癌根治术的临床资料,报告如下。

选择性颈淋巴结清除术治疗分化型甲状腺癌

目的探讨分化型甲状腺癌的治疗方法。方法对68例分化型甲状腺癌患者施行选择性颈淋巴结清除术。结果68例患者中淋巴结转移率60．3％，其中VI组淋巴结转移率51％，患者术后无永久性喉返神经损伤或甲状旁腺功能低下。结论选择性颈淋巴结清除术治疗分化型甲状腺癌效果良好。

免疫磁珠选择性清除人异基因反应性T细胞的实验研究

本研究用磁性细胞分离系统清除CD25+和CD69+人同种异体反应性T细胞,为减轻异基因骨髓移植后的移植物抗宿主病探索新的手段。对健康供者外周血单个核细胞与白血病缓解病人的骨髓单个核细胞进行单向混合淋巴细胞培养。3天后,通过磁性细胞分离系统清除CD25+和CD69+的同种异体反应性T细胞;通过3H-TdR掺入实验,观察处理后的供者外周血单个核细胞对同一病人的骨髓单个核细胞及无关者外周血单个核细胞的反应性。结果表明:与未清除组相比,清除后供者细胞对同一病人抗原的反应性降低50%,但保留了大部分对无关者抗原的反应性。结论:在体外反应中清除同种异体反应性T细胞可降低对刺激抗原反应,同时保留大部分对无关者抗原的反应。

利用选择性清除方法鉴定牛繁殖性状相关的候选基因

为探究与牛繁殖性状相关的候选基因组区域和候选基因,采集97头郏县红牛和32头中国荷斯坦奶牛母牛血样并提取基因组DNA,利用简化基因组测序(SLAF-seq)技术获得了其全基因组SNP标记及个体基因型。通过计算各SNP位点的遗传分化系数(Fst)和核苷酸多态性(πratio),利用选择性清除方法筛选2个品种间差异的基因组区域,并与动物QTL数据库中牛繁殖性状相关QTLs进行比对,将重合区域作为候选区域。在Animal Omics Database数据库中查看候选区域内基因在母牛繁殖相关组织中的表达情况,将表达量高(FPKM>10)的基因优先作为候选基因。结果显示,根据Fst值和πratio值的99%分位数(Fst>0.390,πratio>1.49)筛选得到了42个品种间高度差异的基因组区域,其中11个基因组区域与繁殖性状QTL重合。其中,9个基因在卵巢、输卵管壶腹部或黄体中表达(FPKM>1)。CFDP1、CFDP2和FAM204A基因在各组织中均高表达(FPKM>10)。以上结果提示,CFDP1、CFDP2和FAM204A基因可优先作为牛繁殖性状相关候选基因。

试论选择性颈淋巴结清除术用于乳头状甲状腺癌分析手术治疗中的临床效果探讨

目的试析选择性颈淋巴结清除术应用于乳头状甲状腺癌手术治疗中的临床效果。方法随机选取2008年1月—2016年1月期间该院收治的69例乳头状甲状腺癌患者,回顾性分析用甲状腺切除联合选择性颈淋巴结清除术治疗的效果。结果 II-IV组淋巴结平均清除16.2枚,VI组阳性率与II组、III组、IV组比较(P>0.05);但V组阳性率与其他各组比较差异有统计学意义(P<0.05)。结论选择性颈淋巴结清除术应用于早中期乳头状甲状腺癌手术中的效果明显,可推广。

永登七山羊全基因组选择信号检测分析

旨在检测永登七山羊群体基因组选择信号,挖掘永登七山羊有价值的种质特性基因。本研究以4个绵羊群体(永登七山羊、岷县黑裘皮羊、兰州大尾羊和滩羊)共40个个体为研究对象,利用简化基因组测序(specific-locus amplified fragment sequencing,SLAF-seq)技术检测全基因组范围内的单核苷酸多态性位点(SNPs)。基于SNPs数据集,通过elgensoft软件进行主成分分析;运用Treemix软件分析基因流事件;利用群体遗传分化指数(Fst)和核苷酸多样性比值(πratio)进行全基因组选择性清除分析,取top 5%Fst和πratio的交集以确定基因组受选择区域,并对候选基因进行GO和KEGG富集分析。结果共得到1658596个群体SNPs;主成分分析(PCA)发现永登七山羊能够独立分群,基因流表明永登七山羊和兰州大尾羊存在较弱的基因交流。以永登七山羊为试验群体,岷县黑裘皮羊、兰州大尾羊和滩羊为参考群体进行选择清除分析,3个比较组的受选择区域分别检测出424、294、301个候选基因;GO和KEGG分析结果表明,候选基因分别显著富集在65、79、41个GO条目及15、22、10条KEGG通路上(P<0.05)。此外,将岷县黑裘皮羊、兰州大尾羊和滩羊3个群体的数据合并为一个数据集与永登七山羊进行比较,共筛选到466个候选基因,显著富集到124个GO条目及7条KEGG通路(P<0.05)。从中筛选到永登七山羊重要经济性状相关的功能基因BMP2、GRM 1和ALDH 1A1。研究结果表明,在永登七山羊全基因组范围内进行选择信号检测,鉴定到与生长发育、脂尾进化相关的候选基因,为永登七山羊的分子遗传标记挖掘提供参考。

选择性T细胞清除骨髓移植——协调移植物抗宿主病和移植物抗白血病的移植新策略

移植物抗宿主病 (GVHD)与移植物抗白血病 (GVL)本质上是异基因淋巴细胞介导的细胞免疫反应 ,各细胞亚群在GVHD和GVL中作用不平衡 ,选择性清除活化细胞 ,可在减轻GVHD的同时保留GVL。应用基因工程技术人为增加T细胞识别标记 ,如自杀基因和特异性次要组织相容性抗原 ,可选择性清除T细胞 ,为协调GVHD和GVL提供一种新策略。目前实验室选择性T细胞清除的骨髓移植已取得成效 ,临床应用也逐步开展。

基于120K液相芯片对310份小麦种质的遗传多样性分析

为了解贵州小麦农家种与其他地方育成品种间基因组中被选择的区域,对来自中国黄淮麦区和西南麦区的310份小麦材料进行了120K液相芯片检测。结果表明,该群体可以分为中国北方、中国南方和贵州农家种3个相对独立的类群,其中四川的小麦遗传多样性相对较高,贵州农家种遗传多样性较低。其原因可能是四川小麦含有一定的阿勃血统和人工合成小麦的血缘,对小麦的增产增收具有突出作用,而贵州农家种在现代育种中使用频率很低。陕西的小麦品种在第一、第三和第五亚群中,可能是陕西当地的材料引进了其他地方的小麦种质资源,通过杂交或者回交产生了新的品种(系),血缘上更加丰富,遗传多样性更高。通过对贵州农家种/其他地方育成品种(系)之间选择性消除分析,利用π、Fst、XP-CLR等方法鉴定到与春化、株高、芒长、抗病、抗逆等相关的37个基因,包括了诸如TaVRN2-5A、TaDIR-A1、Rht12和ALI-1/B1/Tipped1/AWNS1等的重要位点。由此可见,中国部分育成小麦品种存在遗传多样性差异,建议通过开发新的育种策略,聚合优异等位基因,促进对地方农家种合理利用。

利用简化基因组测序筛选安格斯牛生长相关的受选择基因

旨在探究安格斯牛生长相关的受选择基因,为肉牛生长相关主效基因的鉴定提供参考。本试验共采集72头南阳牛母牛和14头黑安格斯牛母牛血样并提取基因组DNA。利用SLAF-seq(specific-locus amplified fragment sequencing)技术获得全基因组SNP标记并对试验个体基因型进行分型。通过计算各SNP位点的遗传分化系数(Fst值)和核苷酸多态性(πratio)筛选两品种间的差异基因组区域,并与动物QTL数据库中牛生长性状QTLs进行比对,重合区域作为候选区域。随后对候选区域内基因进行功能注释以筛选候选基因,并根据"Expression Atlas"数据库对候选基因的组织表达情况进行分析。经筛选后,本试验共得到69762个SNPs,以Fst值和πratio值的99%分位数为阈值筛选得到33个两品种间高度差异的基因组区域,其中16个基因组区域与生长性状相关QTLs重合。这些区域共包含27个基因,其中4个基因(FXR1、ADAR、IGF1和MNF1)与骨生长、肌肉发育和生长调控有关。FXR1和MNF1均在骨骼肌组织中高表达,ADAR和IGF1分别在脑组织和肝脏中表达最高。结果提示,IGF1基因可作为影响肉牛生长的关键候选基因,FXR1、ADAR、MNF1基因可优先进行进一步验证研究。

金定鸭全基因组选择信号检测

在自然选择和人工选择协同作用下,中国地方鸭品种表型具有多样性。选择信号是生物进化过程中产生的基因型标记,通过选择信号检测可揭示物种进化方向。对4个福建地方鸭品种进行简化基因组测序,以连城白鸭、莆田黑鸭和山麻鸭为参考背景,检测金定鸭选择信号,探求该品种进化方向。基于SNP数据,利用群体遗传分化指数(Fst)和核苷酸多样性比值(πratio)进行选择性清除分析,根据top 5%确定Fst和πratio阈值,将两个阈值结合以确定受选择基因组区域。3个比较组的受选择区域分别检测出349、185、316个候选基因;对候选基因进行GO和KEGG富集分析,结果显示这3组候选基因中分别有129、27、77个基因显著富集在20、6、14条通路上(P<0.05)。从这些显著富集的候选基因中挑选出可能与金定鸭重要经济性状相关的功能基因;候选基因主要参与代谢途径、PI3K-Akt信号通路、趋化因子信号通路、淀粉和蔗糖代谢等,提示金定鸭在产蛋性能、肌肉生长发育、热应激、免疫和脂肪代谢等方面经历较强人工选择。研究结果为金定鸭遗传资源保护与开发利用提供参考。

大数快速模幂算法的硬件设计

将快速模幂算法、快速模乘算法和快速加法组合,提出了一种大数快速RSA算法,并利用该算法给出了一个RSA公开密钥的加解密硬件实现方案.首先采用m ary方法,减少模乘运算次数;其次采用Montgomery改进算法,减少模加运算次数;最后,采用高速加法器并调整加法与乘法的结构使其同时运行,以节约资源.对于1024位操作数,在100MHz时钟频率下,加密速率约为390kbit/s.

强化护理在急性白血病患者康复中的作用

目的 :探讨强化护理在降低白血病患者院内感染、促进康复中的作用和意义。方法 :将 190例急性白血病住院患者随机分为 2组。观察组 95例采取保护性环境隔离、清洁护理及选择性肠道清除等强化护理措施 ;对照组 95例按白血病护理常规护理。结果 :观察组院内感染率为 2 8.42 % ,对照组为 43.16 % ,2组比较差异有显著性 (P <0 .0 5 ) ,观察组感染严重程度明显低于对照组。结论 :在缺乏层流无菌设备的血液病房里 ,强化护理措施可明显降低急性白血病患者院内感染发生率 ,对白血病的康复有重要意义。

分化型甲状腺癌选择性颈淋巴结清除术的临床应用

目的探讨分化型甲状腺癌选择性颈淋巴结清除术的手术指征、手术方法和结果。方法参照美国头颈外科协会颈淋巴结分区法和手术指南,前瞻性的对2004年1月至2006年6月的40例早中期(Ⅰ期35例,Ⅱ期2例,Ⅲ期3例)分化型甲状腺癌患者施行甲状腺切除加选择性颈淋巴结清除术(42例次)。对患者的手术指征、手术方法、并发症和术后颈淋巴结的病理结果进行分析。结果40例中,9例仅行中央组(Ⅵ组)清除;24例(57%)的清除范围≤3组,且均采用普通颈部横切口。总的淋巴结阳性率为67%(28/42)。其中,Ⅵ组阳性率为58%(23/40)、Ⅳ组为48%(16/33)、Ⅲ组为48%(14/29)、Ⅱ组为50%(7/14)、V组为27%(4/15)。Ⅵ组阳性率与Ⅳ、Ⅲ和Ⅱ组相比差异无统计学意义(P>0.05)。20%(8/40)的标本中找到1枚误切的甲状旁腺;27%(11/40)的患者有一过性低钙表现,无永久性者;7.5%(3/40)有短暂性喉返神经麻痹,无永久性者。19例随访时间超过6个月者,6个月时颈部超声未见肿大淋巴结。结论选择性颈淋巴结清除术对早中期分化型甲状腺癌患者实施是合理的。

基于RAD-seq静原鸡保种群体的遗传变异分析

旨在分析静原鸡白羽、麻羽、黑羽保种群之间的遗传变异,挖掘调控特征性状的关键候选基因。本研究利用RAD-seq技术对180日龄特征明显、发育正常且健康的白羽、麻羽、黑羽静原鸡(每个羽色选取60个个体,40只母鸡,20只公鸡)进行测序,基于SNP标记计算观察杂合度(Ho)、群体内核酸多态性(Pi)、群体的平均近交系数(Fis)等指标,分析静原鸡3个类群的遗传多样性和群体结构,并通过选择性清除分析和全基因组关联分析(GWAS)筛选出候选基因,利用KOBAS对候选基因进行KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)通路富集,最终筛选出调控静原鸡羽色的候选基因。测序结果表明,静原鸡180个样品共产生198.83 Gb Clean Data,Q30达到93%以上。遗传多样性分析表明,白羽、麻羽、黑羽静原鸡分别鉴定出238533、233562和240820个SNPs标记,Ho、Pi和Fis分别在0.2732~0.2782、0.3049~0.3096和0.0961~0.1098之间。群体结构分析表明,静原鸡根据不同羽色分为不同类群。通过选择性清除分析和全基因组关联分析共筛选出11个(FZD4、WNT16、EDNRB、TYR、KRAS、CTNNB1、DDC、MC1R、CAMK2A、PRKCB、PRKCA)与静原鸡羽色相关的候选基因,富集结果显示这些基因主要与黑色素生成、酪氨酸代谢和Wnt信号传导等通路相关。综上所述,本研究利用SNPs标记信息可以全面地评价静原鸡的保种现状,为静原鸡的遗传资源保护奠定理论基础。同时,筛选出了与静原鸡羽色性状相关的候选基因,为静原鸡不同羽色的品系化培育提供新的遗传标记和基因靶点。

47例分化性甲状腺癌手术方式的探讨

目的:探讨分化性甲状腺癌合理的外科治疗术式及效果。方法:回顾性分析47例分化性甲状腺癌的临床资料,从甲状腺切除范围、颈淋巴结清除方式等方面探讨分化性甲状腺癌的治疗。结果:乳头状癌41例,滤泡状癌6例;证实有淋巴结转移10例,右侧甲状腺上静脉癌栓1例。行患侧腺叶切除+峡部切除+中央区淋巴结清除术45例,其中3例另加行颈侧区淋巴结清除术;患侧腺叶+峡部切除+对侧甲状腺大部切除术2例,均予行双侧功能性颈淋巴结清除术。全组随访1～10年,目前无死亡病例,1例6年后出现局部复发和骨转移。结论:对于分化性甲状腺癌宜采取个体化手术方式,推荐术式为患侧甲状腺叶切除+峡部切除+选择性颈淋巴结清除术。

参照NCCLS EP9-A2文件探讨实验室可用的试剂性能评估方案

目的参照美国国家临床实验室标准化委员会(NCCLS)EP9-A2文件探讨实验室可用的试剂性能评估方案。方法选取3个不同厂家的高密度脂蛋白胆固醇测定试剂盒,进行性能评估实验并比较分析,观察其精密度、线性、抗干扰能力以及临床比对结果。结果 3个不同厂家试剂盒的批内精密度和线性比较,差异无统计学意义(P>0.05),抗干扰能力选择性清除法最优,三者间临床样本的测定结果相关性差。结论 3个不同厂家的高密度脂蛋白胆固醇测定试剂性能各有优劣,可满足临床基本需求。各实验室可根据自身需求选择不同的方法。

原发性恶性黑瘤的外科治疗

外科处理恶性黑瘤(Melanoma)的文献尽管很丰富,但处理方法却颇不一致。本文综述近代外科治疗恶性黑瘤的趋势。确定诊断恶性黑瘤的诊断,首先是病损结合病史,然而组织学检查仍是确定诊断的唯一方法。针刺抽吸,能从可疑病损中得到组织以肯定诊断,且不破坏病损。