GMOD:通用生物模型数据库

近年来随着生物信息数据的爆炸性增长,管理数据的数据库建设就变得极为重要,甚至成为当代基于各种"组学"的生物学研究的瓶颈步骤。本文通过对通用生物模型数据库(GMOD)系统进行研究和分析,对其发展的过程、主要特点、结构框架等方面进行了系统的分析总结,并重点对该系统的3个重要应用模块:Chado、GBrowse和Apoll,从特点、结构、功能等各个方面进行了详细介绍。最后我们对GMOD应用模块在不同生物信息数据库中的使用情况进行了收集、整理和分类,以方便研究人员借鉴参考。通过以上工作,我们希望为国内广大生物科技研究人员介绍这套国际通用的数据库建立方法和工具,方便研究人员对生物信息数据进行管理和分析,推动GMOD在中国的使用以及生物信息学在中国的发展。

从HLA对象到关系数据——HLA仿真中的通用数据库交互

针对传统HLA仿真数据库在设计、实现和应用方面通用性的不足,基于关系数据库,提出了一种适于HLA仿真应用的通用数据库交互方法,研究了HLA对象模型与关系数据模型之间的一一映射和相互转换问题,设计并实现了通用HLA仿真数据库的结构模型及其数据访问模式。该方法能够适用于多种平台、程序设计语言和数据库管理系统,实现了通用性。最后介绍了该通用数据库交互方法的应用情况。

基于结构化病例报告表的EDC构建策略

目前,电子数据捕获(EDC)系统日益受到制药企业、CRO和临床研究人员的青睐,并逐步应用于新药临床试验中。不同临床试验eCRF设计的可复用性问题是EDC系统构建中的关键问题。根据新药临床试验病例报告表具有高度结构性的特点,通过建立临床试验的通用数据库模型、病例报告表元数据库和采用XML技术实现eCRF设计中数据库和录入界面的自动生成以及临床试验数据的提交与读取。利用基于结构化病例报告表的构建策略逐步实现电子数据捕获。