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基于通路活性的抗癌药物敏感性预测
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作者 高冲 秦玉芳 陈明 《中国医学物理学杂志》 CSCD 2021年第12期1569-1574,共6页
通路数据库是系统分析基因功能,联系基因组信息和功能信息的知识库,通路作为基因功能集合能够提高预测模型的预测能力和解释能力。本研究通过整合KEGG通路数据和CCLE基因表达谱推断通路活性并结合药物数据建立药物敏感性预测模型。在推... 通路数据库是系统分析基因功能,联系基因组信息和功能信息的知识库,通路作为基因功能集合能够提高预测模型的预测能力和解释能力。本研究通过整合KEGG通路数据和CCLE基因表达谱推断通路活性并结合药物数据建立药物敏感性预测模型。在推断通路活性时,并没有把通路简单地作为基因集合,而是选择通路中的高连接度基因,取高连接度基因的平均表达水平作为通路活性值,合并每个通路的活性向量得到通路活性矩阵,然后输入到弹性网进行药物敏感性预测。实验结果表明,对于大多数药物,使用基于通路中高连接度基因的计算分析方法更有利于药物敏感性预测,同时能识别出更多与药物相关基因的通路。 展开更多
关键词 癌症 药物敏感性 通路活性 基因表达 个性化医疗
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长链非编码RNA PVT1调控表皮生长因子受体/有丝分裂原活性蛋白激酶通路对卵巢癌细胞的影响实验研究
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作者 王静 张虹宇 +2 位作者 张磊 赵仰光 王健 《陕西医学杂志》 CAS 2024年第11期1454-1458,共5页
目的:探讨长链非编码RNA(lncRNA)人浆细胞瘤转化迁移基因1(PVT1)调控表皮生长因子受体(EGFR)/有丝分裂原活性蛋白激酶(MAPK)通路对卵巢癌细胞的影响。方法:将人卵巢癌细胞SKOV-3分为对照组(空白未处理)、si-NC组(转染携带空载体慢病毒)... 目的:探讨长链非编码RNA(lncRNA)人浆细胞瘤转化迁移基因1(PVT1)调控表皮生长因子受体(EGFR)/有丝分裂原活性蛋白激酶(MAPK)通路对卵巢癌细胞的影响。方法:将人卵巢癌细胞SKOV-3分为对照组(空白未处理)、si-NC组(转染携带空载体慢病毒)、si-lncRNA PVT1组(转染lncRNA PVT1 siRNA)。另选取人正常卵巢上皮细胞系HOSE为正常组。采用RT-qPCR检测细胞中lncRNA PVT1表达。采用Transwell实验、平板克隆实验分别检测SKOV-3细胞侵袭以及克隆形成能力。采用流式细胞术检测SKOV-3细胞凋亡情况。采用Western blot检测细胞中EGFR、细胞外信号调节蛋白激酶1/2(ERK1/2)、p-ERK1/2蛋白表达。根据细胞分组,将BALB/c裸鼠也相应随机分为对照组、si-NC组、si-lncRNA PVT1组,每组8只。建立裸鼠皮下移植瘤模型。比较各组裸鼠不同时间皮下移植瘤体积及平均瘤体重量。结果:对照组SKOV-3细胞lncRNA PVT1表达水平高于si-lncRNA PVT1组,si-lncRNA PVT1组SKOV-3细胞lncRNA PVT1表达水平高于正常组人卵巢正常上皮细胞系HOSE(均P<0.05)。与对照组及si-NC组比较,si-lncRNA PVT1组SKOV-3细胞克隆形成率、侵袭细胞数、EGFR、p-ERK1/2蛋白表达水平降低,细胞凋亡率升高(均P<0.05)。与对照组及si-NC组比较,si-lncRNA PVT1组裸鼠28 d时皮下移植瘤体积以及平均瘤体重量降低(均P<0.05)。结论:lncRNA PVT1在卵巢癌细胞中高表达,干扰其表达可抑制卵巢癌细胞侵袭、克隆、凋亡以及裸鼠皮下成瘤速度,作用机制可能与调控EGFR/MAPK信号通路有关。 展开更多
关键词 卵巢癌 长链非编码RNA PVT1 表皮生长因子受体/有丝分裂原活性蛋白激酶通路 细胞侵袭 细胞凋亡 移植瘤
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人脑胶质瘤EGFRAKT通路活性的研究 被引量:10
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作者 康春生 浦佩玉 +5 位作者 李捷 于士柱 王虎 江荣才 董伦 王广秀 《中国临床神经科学》 2004年第2期109-112,共4页
目的 :研究胶质瘤中细胞EGFR和磷酸化AKT(p AKT)的表达以及EGFR与AKT活性的相互关系。方法 :用免疫组化方法观察 6例正常脑组织、5 0例胶质瘤标本和 2个恶性胶质瘤体外细胞系的EGFR表达 ,并应用Westernblot分析p AKT的表达。结果 :EGFR... 目的 :研究胶质瘤中细胞EGFR和磷酸化AKT(p AKT)的表达以及EGFR与AKT活性的相互关系。方法 :用免疫组化方法观察 6例正常脑组织、5 0例胶质瘤标本和 2个恶性胶质瘤体外细胞系的EGFR表达 ,并应用Westernblot分析p AKT的表达。结果 :EGFR在胶质瘤中的表达阳性率随肿瘤恶性程度增加而增加 ;其蛋白表达水平与病理分级呈正相关。Westernblot分析发现在正常脑组织中p AKT蛋白水平表达极低 ,胶质瘤中p AKT的表达水平均随肿瘤恶性程度增加而明显上升 ,且与胶质瘤病理级别正相关 ;低恶度肿瘤与高恶度肿瘤有明显差异。EGFR的阳性表达率与AKT磷酸化水平显著相关。结论 :EGFR AKT通路的活性状态在胶质瘤的恶性进展具有重要作用 ,该通路可能是胶质瘤恶性表型的责任通路。 展开更多
关键词 脑胶质瘤 EGFR-AKT通路活性 表皮生长因子受体 丝氨酸 苏氨酸蛋白激酶 磷酸化
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长期使用地西泮对神经活性配体受体相互作用信号通路的影响 被引量:61
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作者 潘玲珍 闫智勇 +2 位作者 左长英 陈冲 李少华 《中国药科大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2011年第5期443-446,共4页
研究长期使用地西泮对小鼠神经活性配体受体相互作用信号通路的影响。通过长期且逐量递增的方式给小鼠连续灌胃地西泮60 d,提取小鼠全脑总mRNA,进行小鼠全基因组芯片检测,运用生物信息学方法筛选出差异表达基因,并通过《京都基因与基因... 研究长期使用地西泮对小鼠神经活性配体受体相互作用信号通路的影响。通过长期且逐量递增的方式给小鼠连续灌胃地西泮60 d,提取小鼠全脑总mRNA,进行小鼠全基因组芯片检测,运用生物信息学方法筛选出差异表达基因,并通过《京都基因与基因组百科全书》(KEGG)的基因功能通路数据库分析神经活性配体受体相互作用信号通路的变化。结果发现,与正常组比较,地西泮组的神经活性配体受体相互作用信号通路上的16个基因表达发生了显著性变化,其中表达上调的基因有9个,表达下调的有7个。实验结果表明,长期使用地西泮对神经活性配体受体相互作用信号通路具有显著的影响,可能和长期使用地西泮导致机体所产生的不良反应密切相关。 展开更多
关键词 地西泮 神经活性配体受体相互作用信号通路 基因芯片
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活性氧代谢通路相关基因多态性对放射性肺炎的预测价值分析 被引量:2
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作者 刘磊 王成 +3 位作者 曾珠 刘菊华 唐瑞 王武军 《临床肿瘤学杂志》 CAS 北大核心 2020年第3期246-250,共5页
目的探讨活性氧代谢通路相关基因亚甲基四氢叶酸还原酶(MTHFR)rs1801131、rs1801133位点和超氧化物歧化酶2(SOD2)rs4880位点多态性与放射性肺炎的关系。方法通过聚合酶链反应(PCR)-荧光探针方法检测317例接受胸部放射治疗的肺癌患者MTHF... 目的探讨活性氧代谢通路相关基因亚甲基四氢叶酸还原酶(MTHFR)rs1801131、rs1801133位点和超氧化物歧化酶2(SOD2)rs4880位点多态性与放射性肺炎的关系。方法通过聚合酶链反应(PCR)-荧光探针方法检测317例接受胸部放射治疗的肺癌患者MTHFR基因rs1801131、rs1801133位点和SOD2基因rs4880位点单核苷酸多态性(SNP)的基因型,采用Logistic回归模型分析基因多态性与≥2级放射性肺炎的相关性。结果317例患者均完成放疗计划。中位随访时间为16.7个月(3.6~43.0个月),其中67例患者发生≥2级放射性肺炎。Logistic回归模型分析结果显示,MTHFR基因rs1801131位点SNP与放射性肺炎的发生密切相关(P<0.05)。结论MTHFR基因rs1801131位点多态性与肺癌患者放射性肺炎的发生风险密切相关。 展开更多
关键词 肺癌 亚甲基四氢叶酸还原酶 放射性肺炎 超氧化物歧化酶2 活性氧代谢通路
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甘草酸通过ROS依赖性NLRP3炎性通路减轻缺氧H9c2细胞损伤的实验研究
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作者 臧雨宸 王胜娟 《中西医结合心脑血管病杂志》 2023年第16期2951-2956,共6页
目的:观察甘草酸(GA)对缺氧H9c2细胞炎症、氧化应激的影响,并探讨其潜在作用机制。方法:将正常培养的H9c2细胞设置为对照组,缺氧培养H9c2细胞设置为缺氧组;GA、GA+N-乙酰-L-半胱氨酸(NAC)处理的缺氧H9c2细胞设置为缺氧+GA组、缺氧+GA+NA... 目的:观察甘草酸(GA)对缺氧H9c2细胞炎症、氧化应激的影响,并探讨其潜在作用机制。方法:将正常培养的H9c2细胞设置为对照组,缺氧培养H9c2细胞设置为缺氧组;GA、GA+N-乙酰-L-半胱氨酸(NAC)处理的缺氧H9c2细胞设置为缺氧+GA组、缺氧+GA+NAC组;将生理盐水、双蒸水+GA处理的缺氧H9c2细胞设置为缺氧+生理盐水组、缺氧+GA+双蒸水组。采用细胞计数试剂盒(CCK8)、5-乙炔基-2′-脱氧尿苷(EdU)染色法测定细胞增殖;酶联免疫吸附法(ELISA)检测细胞上清肿瘤坏死因子α(TNF-α)、白细胞介素(IL)-6、IL-1β、丙二醛(MDA)、超氧化物歧化酶(SOD);免疫荧光法检测细胞活性氧(ROS);实时荧光定量逆转录聚合酶链式反应(RT-qPCR)检测细胞NOD样受体蛋白3(NLPR3)mRNA表达。结果:与对照组比较,缺氧组H9c2细胞存活率、EdU阳性率均降低,细胞上清TNF-α、IL-6、IL-1β、MDA含量及ROS、NLRP3 mRNA水平均升高,SOD含量降低(P<0.05);与缺氧+生理盐水组比较,缺氧+GA组H9c2细胞存活率、EdU阳性率均升高,细胞上清TNF-α、IL-6、IL-1β、MDA含量及ROS、NLRP3 mRNA水平均降低,SOD含量升高(P<0.05)。与缺氧+GA+双蒸水组比较,缺氧+GA+NAC组H9c2细胞ROS、NLRP3及TNF-α、IL-6、IL-1β、MDA降低,SOD含量升高(P<0.05)。结论:GA可减轻缺氧诱导H9c2细胞的炎症、氧化应激反应,其机制与抑制ROS依赖性NLRP3炎性通路有关。 展开更多
关键词 缺氧诱导H9c2细胞 甘草酸 炎症 氧化应激 活性氧依赖性NOD样受体蛋白3炎性通路 实验研究
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单宁酸协同顺铂增强肝癌HepG2细胞内质网应激PERK-ATF4通路的激活水平 被引量:4
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作者 耿娜娜 吴明松 +3 位作者 郑翔 杨蕾 王宏阳 李学英 《天然产物研究与开发》 CAS CSCD 北大核心 2018年第4期653-658,628,共7页
本文主要研究单宁酸(TA)联合顺铂(CDDP)对肝癌Hep G2细胞内质网应激PERK-ATF4通路的影响,以探究TA协同CDDP抗肝癌的分子机制。用180μM TA、0.9μg/m L CDDP单独用药或者联合用药处理肝癌Hep G2细胞24 h和48 h后,利用实时荧光定量PCR技... 本文主要研究单宁酸(TA)联合顺铂(CDDP)对肝癌Hep G2细胞内质网应激PERK-ATF4通路的影响,以探究TA协同CDDP抗肝癌的分子机制。用180μM TA、0.9μg/m L CDDP单独用药或者联合用药处理肝癌Hep G2细胞24 h和48 h后,利用实时荧光定量PCR技术(q-RT-PCR)、蛋白免疫印迹(Western Blot)技术检测细胞PERK、p-PERK、ATF4、CHOP、Procaspase3与Cleaved caspase3分子的表达水平。q-RT-PCR及Western Blot结果显示,TA与CDDP联合用药能显著上调细胞PERK、ATF4、CHOP的表达水平和Caspase3的剪切活化水平,下调PERK的磷酸化水平(P<0.01或P<0.05)。TA协同CDDP增强了肝癌Hep G2细胞内质网应激PERK-ATF4通路的激活水平,其可能是通过激活细胞ERS,促进PERK-ATF4通路相关分子和ERS标志性分子CHOP的表达,抑制PERK的磷酸化,从而促进Caspase3的剪切活化来诱导细胞凋亡的发生。 展开更多
关键词 单宁酸 顺铂 肝癌 内质网应激 蛋白激酶R样内质网激酶-活性转录因子4通路 CASPASE3
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基于MAPK信号通路的丹参注射液体外调控小鼠前成骨细胞的增殖分化作用 被引量:3
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作者 夏庆泉 周振宇 +2 位作者 吴旭华 容可 殷潇凡 《中国药师》 CAS 2020年第12期2346-2350,共5页
目的:探究丹参注射液对小鼠前成骨细胞的增殖分化的影响及其与有丝分裂原活性蛋白激酶(MAPK)信号通路的关系。方法:将小鼠前成骨细胞分为4组,分别采用丹参稀释液浓度为0(对照组),75,150,300 mg·L-1进行干预。采用细胞计数(CCK-8)... 目的:探究丹参注射液对小鼠前成骨细胞的增殖分化的影响及其与有丝分裂原活性蛋白激酶(MAPK)信号通路的关系。方法:将小鼠前成骨细胞分为4组,分别采用丹参稀释液浓度为0(对照组),75,150,300 mg·L-1进行干预。采用细胞计数(CCK-8)试剂盒检测细胞光密度(OD)值;采用0.1%的茜素红溶液对细胞进行染色,并观察各组钙结节生成情况;采用实时荧光定量PCR法检测γ-羟基谷氨酸骨蛋白(BGP)及Runt相关基因2(Run×2) mRNA表达情况;采用蛋白免疫印迹法检测细胞外信号调节激酶2(ERK2)及其磷酸化状态(p-ERK1/2)、p-p38蛋白表达情况。采用抑制剂PD98059抑制ERK1/2通路,采用实时荧光定量PCR检测BGP及Run×2 mRNA表达。结果:各浓度丹参注射液组的OD值均高于对照组,其中300 mg·L-1丹参组各个孵育时间差异均有统计学意义(P<0.01)。各浓度丹参组钙结节数量均显著高于对照组,且呈浓度依赖性(P<0.05)。7 d后各浓度丹参注射液组的BGP及Run×2 mRNA表达显著高于对照组(P<0.01),且呈剂量依赖性(P<0.05)。经PD98059抑制后,300 mg·L-1丹参注射液(SM)+PD组BGP及Run×2 mRNA表达显著低于SM组(P<0.05或P<0.01)。300mg·L-1丹参组p-ERK1/2蛋白表达量和相对蛋白密度显著高于对照组(P<0.01);300 mg·L-1丹参组p-p38蛋白表达与对照组相比差异无统计学意义(P>0.05)。结论:丹参注射液对成骨细胞增殖、分化及矿化具有促进作用,其作用机制可能与激活MAPK通路中的ERK1/2细胞信号相关。 展开更多
关键词 丹参注射液 前成骨细胞 增殖分化 丝分裂原活性蛋白激酶信号通路
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m6A调节因子在肺腺癌和肺鳞癌中的生物学差异
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作者 莘华 刘智 张洁莉 《武警医学》 CAS 2023年第6期494-500,共7页
目的探讨m6A调节因子在肺腺癌(LUAD)和肺鳞癌(LUSC)中的生物学差异。方法在癌症基因组图谱(TCGA)数据库中获取LUAD和LUSC相关表达谱数据,并利用R分析26个m6A调节因子的潜在靶基因在LUAD和LUSC的肿瘤组织与正常组织之间的表达差异;利用... 目的探讨m6A调节因子在肺腺癌(LUAD)和肺鳞癌(LUSC)中的生物学差异。方法在癌症基因组图谱(TCGA)数据库中获取LUAD和LUSC相关表达谱数据,并利用R分析26个m6A调节因子的潜在靶基因在LUAD和LUSC的肿瘤组织与正常组织之间的表达差异;利用癌症蛋白质组图谱(TCPA)的反相蛋白微阵列(RPPA)数据计算26个m6A调节因子在10个肿瘤相关通路的通路活性评分(PAS)与差异;利用TCGA数据库采用单因素Cox回归分析(Univariate COX analysis)和Kaplan-Meier生存分析方法分析m6A调节因子的潜在靶基因对LUAD和LUSC患者预后的影响及差异。结果在26个m6A调节因子中,ZCCHC4、ALKBH1和YTHDF2仅在LUAD的肿瘤组织和正常组织中表达水平差异具有统计学意义,IGF2BP2和YTHDC2仅在LUSC的肿瘤组织和正常组织中表达水平差异具有统计学意义。m6A调节因子在LUAD和LUSC中,参与调控的通路活性存在明显的差异,METTL3、METTL5、METTL14、ZC3H13、RBMX和FTO仅在LUAD中的Apoptosis、Cell cycle、EMT和RAS/MAPK等肿瘤相关通路中发挥激活或抑制功能,EIF3A、YTHDC2和RBM15B仅在LUSC中的PI3K/AKT和TSC/mTOR信号通路中发挥抑制或激活作用。IGF2BP3和IGF2BP3调节因子的表达与LUAD预后生存呈负相关,与LUSC预后生存呈正相关。结论相同的m6A调节因子可能在LUAD和LUSC的生物学过程中发挥着不同的调控功能。 展开更多
关键词 肺腺癌 肺鳞癌 m6A 差异表达 通路活性 预后
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温补肾阳方通过ROS/p38 MAPK通路对骨髓增生异常综合征细胞株自噬及凋亡的影响
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作者 赵志芳 赵志英 +2 位作者 杨艳敏 席亚男 刘泉 《山西医科大学学报》 CAS 2021年第4期463-468,共6页
目的探讨温阳补肾方对骨髓增生异常综合征(MDS)细胞株SKM-1凋亡和自噬的影响及其机制。方法SD大鼠分别以5,10,20 g/kg温阳补肾方药液和等量生理盐水灌胃,获得低、中、高剂量温阳补肾方含药血清及对照血清;将体外培养的SKM-1细胞分为空... 目的探讨温阳补肾方对骨髓增生异常综合征(MDS)细胞株SKM-1凋亡和自噬的影响及其机制。方法SD大鼠分别以5,10,20 g/kg温阳补肾方药液和等量生理盐水灌胃,获得低、中、高剂量温阳补肾方含药血清及对照血清;将体外培养的SKM-1细胞分为空白对照组、生理盐水组和药物低、中、高剂量组(分别加入低、中、高剂量温阳补肾方含药血清),采用噻唑蓝(MTT)法和流式细胞术分别检测SKM-1细胞增殖和凋亡,比色法检测SKM-1细胞含半胱氨酸的天冬氨酸蛋白水解酶3(Caspase-3)活性,2,7-二氯二氢荧光素二乙酸酯(DCFH-DA)荧光探针法检测SKM-1细胞内活性氧(ROS)水平,免疫印迹法(Western blot)检测SKM-1细胞中自噬相关蛋白Beclin1、P62、微管相关蛋白1轻链3(LC3)-Ⅰ、LC3-Ⅱ和p38丝裂原活化蛋白激酶(p38 MAPK)通路相关蛋白P38 MAPK、p-P38 MAPK表达水平。结果与空白对照组相比,生理盐水组细胞增殖活力、凋亡率、Caspase-3活性、ROS水平以及P62、Beclin1蛋白表达和LC3-Ⅱ/LC3-Ⅰ、p-P38 MAPK/P38 MAPK比值差异无统计学意义(P>0.05)。与生理盐水组比较,药物低、中、高剂量组SKM-1细胞增殖活力和P62蛋白表达水平明显降低,而细胞凋亡率、Caspase-3活性、ROS水平、Beclin1蛋白表达水平、LC3-Ⅱ/LC3-Ⅰ值和p-P38 MAPK/P38 MAPK值均明显升高(P<0.05),且呈一定的药物浓度依赖性(P<0.05)。结论温阳补肾方可能通过激活ROS/p38 MAPK信号通路,调控细胞凋亡和自噬相关蛋白的表达,进而促进MDS细胞发生凋亡自噬。 展开更多
关键词 骨髓增生异常综合征 温阳补肾方 细胞凋亡 细胞自噬 活性氧/P38丝裂原活化蛋白激酶通路
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骨髓间充质干细胞移植对蛛网膜下腔出血大鼠早期脑损伤的治疗作用及机制 被引量:1
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作者 丁盈月 刘俊杰 +5 位作者 谷晨昕 王一超 张秋华 刘少鹏 王亮 李建民 《山东医药》 CAS 2023年第22期36-40,共5页
目的探讨骨髓间充质干细胞(BMSC)移植对蛛网膜下腔出血(SAH)大鼠早期脑损伤(EBI)的治疗作用及机制。方法将健康雄性SD大鼠随机分为假手术组、蛛网膜下腔出血(SAH)组、BMSC组、VitE组,每组10只,采用血管内穿刺法构建SAH模型。分离、培养... 目的探讨骨髓间充质干细胞(BMSC)移植对蛛网膜下腔出血(SAH)大鼠早期脑损伤(EBI)的治疗作用及机制。方法将健康雄性SD大鼠随机分为假手术组、蛛网膜下腔出血(SAH)组、BMSC组、VitE组,每组10只,采用血管内穿刺法构建SAH模型。分离、培养、鉴定BMSC。造模后24 h,将第4代BMSC 3×10^(6)个重悬于0.6 mL PBS中,经股静脉注入BMSC组;假手术组、SAH组、VitE组经股静脉注入等量PBS。VitE组给予维生素E(100 mg/kg)灌胃,其他组给予等量橄榄油灌胃。造模后48 h,用改良Garcia评分评估大鼠的神经功能,计算脑组织水含量,用HE染色法观察脑组织病理变化,统计坏死的神经细胞数量,普鲁士蓝染色(铁染色)法检测脑组织铁沉积情况,吸光光度法检测脑组织铁含量、MDA、GSH,Western blotting法检测脑组织NOX2蛋白,ROS探针法检测脑组织ROS。结果与假手术组比较,SAH组改良Garcia评分低,脑组织含水量高,SAH组神经细胞坏死数量多,脑组织中铁沉积量、铁含量、MDA含量高,GSH含量低,脑组织中NOX2蛋白表达、ROS水平高(P均<0.05);与SAH组比较,BMSC组、VitE组改良Garcia评分高,脑组织含水量低,神经细胞坏死数量少,脑组织中铁沉积量、铁含量、MDA含量低,GSH含量高,脑组织中NOX2蛋白表达、ROS水平低(P均<0.05)。除改良Garcia评分外,BMSC组、VitE组以上其他指标比较差异有统计学意义(P均<0.05)。假手术组神经细胞形态规则,均匀;SAH组神经细胞排列紊乱,细胞核破碎;与SAH组比较,BMSC组神经细胞损伤情况明显改善;VitE组神经细胞损伤修复情况比BMSC组弱。结论BMSC移植可有效治疗SAH大鼠EBI,其作用机制可能通过NOX2/ROS通路调控铁死亡。 展开更多
关键词 蛛网膜下腔出血 脑损伤 骨髓间充质干细胞 铁死亡 NADPH氧化酶2/活性氧信号通路 大鼠
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基于多维基因组学的卵巢癌亚型分析 被引量:1
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作者 孟令豪 章琳 厉力华 《杭州电子科技大学学报(自然科学版)》 2016年第4期29-34,共6页
卵巢癌预后较差且个体差异很大,有必要从多维基因组学的角度来理解卵巢癌复杂的致癌机制,以期获得导致卵巢癌亚型间预后差异的分子机制.鉴于从基因组学数据中所识别的预后特征往往不具备较好的一致性,提出一种多维基因组学中应用通路活... 卵巢癌预后较差且个体差异很大,有必要从多维基因组学的角度来理解卵巢癌复杂的致癌机制,以期获得导致卵巢癌亚型间预后差异的分子机制.鉴于从基因组学数据中所识别的预后特征往往不具备较好的一致性,提出一种多维基因组学中应用通路活性对卵巢癌亚型进行区分的方法.首先,通过DNA拷贝数、DNA甲基化及miRNA等基因表达调控因素与基因表达变化相结合的方法来识别卵巢癌预后相关的14个通路.其次,基于卵巢癌预后相关的通路活性在不同亚型中有不同的模式,得到4种存在着生存差别的稳定亚型,并提取了其中预后最差的亚型区别于其它亚型的TGF-β等显著差异通路.最后,独立数据验证显示,该组显著差异通路的活性在验证集预后最差的亚型中也发生了一致地改变.识别预后显著差别的亚型及其内在一致的分子机制可以对卵巢癌的预后预测及治疗提供一定的参考. 展开更多
关键词 多维基因组学 生存分析 通路活性 聚类分析 卵巢癌亚型
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调神通络针刺法通过Nrf2/ROS通路对脑卒中后痉挛大鼠神经功能、肌张力及神经递质的影响 被引量:6
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作者 张滢 朱嘉民 +1 位作者 王鹏博 迟庆滨 《针刺研究》 CAS CSCD 北大核心 2023年第6期541-549,共9页
目的:观察调神通络针刺法通过核转录因子E2相关因子2(Nrf2)/活性氧(ROS)通路对脑卒中后痉挛大鼠神经功能、肌张力及神经递质的影响,探讨其作用机制。方法:SD大鼠分为假手术组、模型组、西药组、非穴位针刺组、调神通络针刺组、调神通络... 目的:观察调神通络针刺法通过核转录因子E2相关因子2(Nrf2)/活性氧(ROS)通路对脑卒中后痉挛大鼠神经功能、肌张力及神经递质的影响,探讨其作用机制。方法:SD大鼠分为假手术组、模型组、西药组、非穴位针刺组、调神通络针刺组、调神通络针刺+ML385组,每组15只。采用大脑中动脉栓塞法制备脑卒中后痉挛大鼠模型。造模后,西药组大鼠给予巴氯芬灌胃(0.4mg/kg);非穴位针刺组选择大鼠患侧肋下髂嵴上10mm的固定点进行针刺;调神通络针刺组于顶中线、右侧顶旁线给予调神通络法针刺;调神通络针刺+ML385组大鼠在行调神通络针刺前30min按30mg/kg剂量给予腹腔注射Nrf2抑制剂ML385。针刺干预均每次10min,每日1次,各组均干预7d。用神经功能缺损评分和改良Ashworth量表(MAS)评分评估大鼠神经功能和痉挛程度;电生理记录仪检测大鼠肌张力和H反射;用TTC染色法测定大鼠脑梗死体积百分比;用高效毛细管电泳法检测大鼠大脑皮层梗死区组织氨基酸类神经递质γ-氨基丁酸(GABA)、甘氨酸(Gly)、谷氨酸(Glu)、天冬氨酸(Asp)含量;荧光分光光度法检测大脑皮层梗死区组织单胺类神经递质5-羟色胺(5-HT)、多巴胺(DA)、去甲肾上腺素(NE)含量;二氢乙锭染色检测大鼠大脑皮层梗死区组织ROS水平;Westernblot法检测大鼠大脑皮层梗死区组织Nrf2、血红素氧合酶-1(HO-1)蛋白表达。结果:与假手术组比较,模型组大鼠神经功能缺损评分、MAS评分、Hmax/Mmax比值、脑梗死体积百分比、Glu含量、Asp含量、ROS水平均升高(P<0.001),肌肉反应对张力传感器的作用力、诱发H反射的刺激阈值,GABA、Gly、5-HT、DA、NE含量及Nrf2、HO-1蛋白表达水平均降低(P<0.001);与模型组比较,非穴位针刺组各指标差异均无统计学意义;与模型组、非穴位针刺组比较,西药组、调神通络针刺组大鼠神经功能缺损评分、MAS评分、Hmax/Mmax比值、脑梗死体积百分比、Glu含量、Asp含量、ROS水平均降低(P<0.001),肌肉反应对张力传感器的作用力、诱发H反射的刺激阈值,GABA、Gly、5-HT、DA、NE含量及Nrf2、HO-1蛋白表达水平均升高(P<0.001,P<0.01);与调神通络针刺组比较,调神通络针刺+ML385组大鼠神经功能缺损评分、MAS评分、Hmax/Mmax比值、脑梗死体积百分比、Glu含量、Asp含量、ROS水平均升高(P<0.001,P<0.05),肌肉反应对张力传感器的作用力、诱发H反射的刺激阈值,GABA、Gly、5-HT、DA、NE含量及Nrf2、HO-1蛋白表达水平均降低(P<0.001,P<0.05,P<0.01)。结论:调神通络针刺法可通过激活Nrf2/ROS通路,调节皮层梗死区神经递质含量,从而改善脑卒中后痉挛大鼠神经功能损伤和肌肉痉挛。 展开更多
关键词 脑卒中后痉挛 调神通络针刺法 核转录因子E2相关因子2/活性通路 神经功能 肌张力 神经递质
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内镜逆行性胰胆管造影术对急性胰腺炎大鼠的作用及其对活性氧/c-Jun氨基末端激酶通路的影响 被引量:4
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作者 金鑫 游建 +1 位作者 肖定 何鑫 《中华实验外科杂志》 CAS CSCD 北大核心 2018年第11期2085-2088,共4页
目的观察内镜逆行性胰胆管造影术对急性胰腺炎大鼠的作用及其对活性氧(ROS)/c-Jun氨基末端激酶(JNK)通路的影响。方法选取60只雄性大鼠,分为空白组(尾静脉注射0.1ml的体积分数0.1%胎牛血清)、模型组(尾静脉注射0.1ml的体积分... 目的观察内镜逆行性胰胆管造影术对急性胰腺炎大鼠的作用及其对活性氧(ROS)/c-Jun氨基末端激酶(JNK)通路的影响。方法选取60只雄性大鼠,分为空白组(尾静脉注射0.1ml的体积分数0.1%胎牛血清)、模型组(尾静脉注射0.1ml的体积分数0.1%胎牛血清)及手术干预组(内镜逆行性胰胆管造影术)各20只。建模后,处死大鼠后,留取外周血、胰腺组织标本,采用免疫组织化学技术检测3组大鼠核凶子-κB(NF-κB)的核转位,胰腺组织切片采用苏木素-伊红(HE)染色法行病理检查,采用酶联免疫吸附试验(ELISA)测定3组大鼠血清肿瘤坏死因子-α(TNF-d)、白细胞介素(IL)-6、IL-1β水平,采用流式细胞分析检测3组大鼠胰腺组织ROS水平变化,采用Western blot检测3组大鼠胰腺组织磷酸化JNK(p-JNK)、JNK变化。结果与模型组(55.9±2.2、79.6±12.6、322.3±28.5、436.8±32.9)比较,手术干预组的NF-κB、ROS、P-JNK、JNK均明显降低(12.3±1.1、61.2±13.2、2551.4±25.9、289.6±36.5),差异有统计学意义(P=0.011、0.015、0.014、0.009);与模型组(85.6±2.5、58.6±13.6、82.3±12.5)比较,手术干预组的TNF-α、IL-6、IL-1β水平均明显降低(22.3±1.1、10.3±1.2、11.3±2.3),差异有统计学意义(P=0.018、0.012、0.016)。结论ROS/JNK通路的启动会引发一系列炎性反应加重病情,内镜逆行性胰胆管造影术对急性胰腺炎大鼠的治疗作用是通过抑制ROS/JNK通路发挥作用。 展开更多
关键词 急性胰腺炎 内镜逆行性胰胆管造影术 活性氧/c-Jun氨基末端激酶通路 炎性反应
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N-acetylcysteine blocked hypoxia-reoxygenation induced apoptosis through ROS-p38 MAPK signaling pathway in neonatal rat cardiomyocytes
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作者 Feng-Xiang Zhang Ming-Long Chen Bing Yang Ke-Jiang Cao 《Journal of Geriatric Cardiology》 SCIE CAS CSCD 2009年第3期168-172,共5页
Objective Previous investigations have shown that N-acetylcysteine (NAC) could regulate diverse cell type's apoptosis. The purpose of this study was to evaluate the mechanism of NAC reversed apoptosis of cardiomyoc... Objective Previous investigations have shown that N-acetylcysteine (NAC) could regulate diverse cell type's apoptosis. The purpose of this study was to evaluate the mechanism of NAC reversed apoptosis of cardiomyocytes induced by hypoxia-reoxygenation (H/R). Methods Cardiomyocytes were treated with hypoxia 6 h and reoxygenation 72 h in the absence and presence of NAC (100/2mol/ L). The ROS was assayed by using Image-iTTM LIVE green reactive oxygen species detection kit. The viability of cell was assayed with trypan blue. Early stages ofapoptosis were assessed by flow cytometry using Annexin V, and late stages of apoptosis were assessed using TUNEL system. Bcl2 and bax mRNA levels were determined by real-time quantitative PCR. Bcl2, bax, p38 and pp38 protein levels were determined by western blot. Results We found that H/R could markedly increase ROS generation and induce the apoptosis of cardiomyocytes (P〈0.01). NAC (10012 mol/L) significantly reduced the generation of ROS and apoptosis (P all 〈0.01). NAC also significantly reduced the protein ratio of pp38 and p38 and increased the RNA and protein ratio of bcl2 and bax (P all 〈0.01). Conclusion The results showed that NAC significantly reduced apoptosis through inhibiting the phosphorylation of p38 signal pathway, which has potential value for clinical cardiac diseases (J Geriatr Cardio12009; 6:168-172). 展开更多
关键词 NAC APOPTOSIS HYPOXIA-REOXYGENATION ROS p38
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A polypeptide from Chlamys farreri inhibits UVB-induced HaCaT cells apoptosis via the Apaf-1/caspase-9 and Smac/XIAP signaling pathway 被引量:2
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作者 刘小金 王文成 +4 位作者 王洪江 张兰兰 刘乐乾 王跃军 王春波 《Chinese Journal of Oceanology and Limnology》 SCIE CAS CSCD 2009年第3期587-593,共7页
A novel marine active polypeptide (PCF), isolated from the gonochoric Chinese scallop, Chlamys farreri, has potential antioxidant and anti-apoptotic activity against ultraviolet irradiation. We investigated whether ... A novel marine active polypeptide (PCF), isolated from the gonochoric Chinese scallop, Chlamys farreri, has potential antioxidant and anti-apoptotic activity against ultraviolet irradiation. We investigated whether UVB-induced HaCaT cell apoptosis occurs via the mitochondrial pathways Apaf-1/caspase-9 and Smac/XIAP/caspase-3. We then investigated the molecular mechanisms controlling the anti-apoptotic effect of PCE Pre-treatment with PCF and caspase-9 inhibitor significantly inhibited UVB-induced apoptosis in HaCaT cells based on a DNA fragmentation assay and Hoechst 33258 staining The expression of Apaf-1 and the cleavage of procaspase-9 were dose-dependently reduced by 1.42-5.96 mmol/L PCF pretreatment in UVB-irradiated HaCaT cells. This was followed by inhibition of cleavage of procaspase-3, whose activation induced cell apoptosis. Meanwhile, PCF significantly and dose-dependently enhanced the activation of ATPase. Furthermore, we demonstrated that PCF strongly inhibited the release of Smac from the mitochondria to cytosol by reducing the degradation of XIAP dose-dependently. We conclude that the protective effect of PCF against UVB irradiation in HaCaT cells may be attributed to the inhibition of the Apaf-1/caspase-9 and Smac/XIAP/caspase-3 apoptotic signaling pathways. 展开更多
关键词 polypeptide from Chlamysfarreri (PCF) UVB APOPTOSIS Smac/XIAP Apaf-1/caspase-9
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Oridonin induces apoptosis in gastric cancer through Apaf-1,cytochrome c and caspase-3 signaling pathway 被引量:25
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作者 Ke-Wang Sun Ying-Yu Ma +7 位作者 Tian-Pei Guan Ying-Jie Xia Chang-Ming Shao Le-Gao Chen Ya-Jun Ren Hai-Bo Yao Qiong Yang Xu-Jun He 《World Journal of Gastroenterology》 SCIE CAS CSCD 2012年第48期7166-7174,共9页
AIM:To investigate the effect and mechanism of oridonin on the gastric cancer cell line HGC-27 in vitro.METHODS:The inhibitory effect of oridonin on HGC-27 cells was detected using the 3-(4,5-dimethylthiazol2-yl)-2,5-... AIM:To investigate the effect and mechanism of oridonin on the gastric cancer cell line HGC-27 in vitro.METHODS:The inhibitory effect of oridonin on HGC-27 cells was detected using the 3-(4,5-dimethylthiazol2-yl)-2,5-diphenyl tetrazolium bromide assay.After treatment with 10 μg/mL oridonin for 24 h and 48 h,the cells were stained with acridine orange/ethidium bromide.The morphologic changes were observed under an inverted fluorescence microscope.DNA fragmen-tation(a hallmark of apoptosis) and lactate dehydrogenase activity were examined using DNA ladder assay and lactate dehydrogenase-release assay.After treated with oridonin(0,1.25,2.5,5 and 10 μg/mL),HGC-27 cells were collected for anexin V-phycoerythrin and 7-amino-actinomycin D double staining and tested by flow cytometric analysis,and oridonin-induced apoptosis in HGC-27 cells was detected.After treatment with oridonin for 24 h,the effects of oridonin on expression of Apaf-1,Bcl-2,Bax,caspase-3 and cytochrome c were also analyzed using reverse-transcript polymerase chain reaction(RT-PCR) and Western blotting.RESULTS:Oridonin significantly inhibited the proliferation of HGC-27 cells in a dose-and time-dependent manner.The inhibition rates of HGC-27 treated with four different concentrations of oridonin for 24 h(1.25,2.5,5 and 10 μg/mL) were 1.78% ± 0.36%,4.96% ± 1.59%,10.35% ± 2.76% and 41.6% ± 4.29%,respectively,which showed a significant difference(P < 0.05).The inhibition rates of HGC-27 treated with oridonin at the four concentrations for 48 h were 14.77% ± 4.21%,21.57% ± 3.75%,30.31% ± 4.91% and 61.19% ± 5.81%,with a significant difference(P < 0.05).The inhibition rates of HGC-27 treated with oridonin for 72 h at the four concentrations were 25.77% ± 4.85%,31.86% ± 3.86%,48.30% ± 4.16% and 81.80% ± 6.72%,with a significant difference(P < 0.05).Cells treated with oridonin showed typical apoptotic features with acridine orange/ethidium bromide staining.After treatment with oridonin,the cells became round,shrank,and developed small buds around the nuclear membrane while forming apoptotic bodies.Lactate dehydrogenase(LDH) release assay showed that after treated with 1.25 μg/mL and 20 μg/mL oridonin for 24 h,LDH release of HGC-27 caused by apoptosis increased from 22.94% ± 3.8% to 52.68% ± 2.4%(P < 0.001).However,the change in the release of LDH caused by necrosis was insignificant,suggesting thatthe major cause of oridonin-induced HGC-27 cell death was apoptosis.Flow cytometric analysis also revealed that oridonin induced significant apoptosis compared with the controls(P < 0.05).And the apoptosis rates of HGC-27 induced by the four different concentrations of oridonin were 5.3% ± 1.02%,12.8% ± 2.53%,28.5% ± 4.23% and 49.6% ± 3.76%,which were in a dose-dependent manner(P < 0.05).After treatment for 24 h,DNA ladder showed that oridonin induced a significant increase in DNA fragmentation in a dosedependent manner.RT-PCR revealed that mRNA expression levels were up-regulated compared with the controls in caspase-3(0.917 ± 0.103 vs 0.357 ± 0.019,P < 0.05),cytochrome c(1.429 ± 0.111 vs 1.002 ± 0.014,P < 0.05),Apaf-1(0.688 ± 0.101 vs 0.242 ± 0.037,P < 0.05) and Bax(0.856 ± 0.101 vs 0.278 ± 0.027,P < 0.05)(P < 0.05),whereas down-regulated in Bcl-2(0.085 ± 0.012 vs 0.175 ± 0.030,P < 0.05).Western blotting analysis also confirmed this result.CONCLUSION:Apoptosis of HGC-27 induced by oridonin may be associated with differential expression of Apaf-1,caspase-3 and cytochrome c,which are highly dependent upon the mitochondrial pathway. 展开更多
关键词 Oridonin Gastric cancer Proliferation Apoptosis Apaf-1/caspase-3/cytochrome C
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麦门冬汤抗肺纤维化作用机制的网络药理学研究 被引量:3
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作者 陈海红 王晓龙 +2 位作者 王栋 徐梦真 朱庆均 《山东中医药大学学报》 2022年第2期201-209,共9页
目的:采用网络药理学方法探讨麦门冬汤治疗肺纤维化的潜在作用机制。方法:通过中药分子机制的生物信息学分析工具(BATMAN-TCM)、中医药百科全书数据库(ETCM)获取麦门冬汤的化学成分和潜在作用靶点;通过治疗靶点数据库(TTD)、人类的非线... 目的:采用网络药理学方法探讨麦门冬汤治疗肺纤维化的潜在作用机制。方法:通过中药分子机制的生物信息学分析工具(BATMAN-TCM)、中医药百科全书数据库(ETCM)获取麦门冬汤的化学成分和潜在作用靶点;通过治疗靶点数据库(TTD)、人类的非线性孟德尔遗传数据库(OMIM)、DRUGBANK数据库获取肺纤维化相关的作用靶点。采用Cytoscape3.6.2软件绘制单味药-成分-共有靶点网络;采用STRING数据库并结合Cytoscape3.6.2软件绘制关键靶点相互作用图;采用David 6.8数据库进行基因本体论(GO)分析与京都基因和基因组数据库(KEGG)通路分析。结果:获得麦门冬汤392个成分,2682个潜在靶点,98个肺纤维化相关靶点,麦门冬汤和肺纤维化共有靶点49个。对单味药-成分-共有靶点网络进行网络参数分析,筛选出24个麦门冬汤抗肺纤维化的主要作用靶点。GO及KEGG分析显示,麦门冬汤抗肺纤维化的主要靶点涉及119个生物学过程,28个细胞组分,27个分子功能以及12条信号通路。结论:麦门冬汤抗肺纤维化作用可能与5-羟色胺受体(5-HTR)、转化生长因子受体(TGF)等密切相关,麦门冬汤可能通过调节神经活性配体-受体相互作用通路、钙信号通路、环磷酸腺苷(cAMP)信号通路发挥抗肺纤维化作用,有待于进一步实验验证。 展开更多
关键词 麦门冬汤 肺纤维化 网络药理学 作用靶点 通路富集 神经活性配体-受体相互作用通路 钙信号通路 环磷酸腺苷信号通路
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基于细胞模型的抗HER2单抗耐药通路研究方法的建立及应用
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作者 王馨 池文杰 《山西医科大学学报》 CAS 2024年第11期1449-1455,共7页
目的 建立基于细胞模型的抗人类表皮生长因子受体2(HER2)单抗耐药通路研究方法。方法 从低剂量开始分别使用原研药曲妥珠(Trastuzumab)或其生物类似药候选物对HER2阳性BT474细胞进行加压筛选至药物浓度60μg/mL。利用流式细胞术检测抗H... 目的 建立基于细胞模型的抗人类表皮生长因子受体2(HER2)单抗耐药通路研究方法。方法 从低剂量开始分别使用原研药曲妥珠(Trastuzumab)或其生物类似药候选物对HER2阳性BT474细胞进行加压筛选至药物浓度60μg/mL。利用流式细胞术检测抗HER2单抗耐药细胞株表面HER2表达量变化。利用细胞增殖抑制生物学活性测定法对加压细胞株进行耐药性验证。对耐药细胞株和敏感细胞株进行高通量转录组测序以挖掘差异表达基因(DEGs)。利用KEGG数据库对得到的DEGs进行通路富集分析,寻找耐药相关通路。结果 经过相同条件的药物加压筛选,原研药及其生物类似药候选物均不改变BT474细胞表面HER2抗原表达量。细胞增殖抑制活性实验表明两种药物的加压细胞株均呈现一定耐药性,且耐药曲线相似。转录组测序结果经过KEGG富集分析表明,与敏感细胞相比,原研药和生物类似药候选物的耐药细胞株的DEGs均在丝裂原活化蛋白激酶通路及神经活性的配体-受体相互作用通路有富集。不同的是,原研药耐药细胞株的DEGs还在黏着斑激酶通路及肌动蛋白细胞骨架调节通路上有富集,而生物类似药候选物耐药细胞株则在细胞因子-细胞因子受体相互作用通路上有富集。结论 建立了基于细胞模型的抗HER2单抗耐药通路研究方法,可用于比较原研药曲妥珠与其生物类似药候选物两者的耐药相关基因通路的异同,为单抗生物类似药的耐药研究提供参考。 展开更多
关键词 曲妥珠单抗 生物类似药 耐药细胞 转录组测序 差异表达基因 丝裂原活化蛋白激酶通路 神经活性的配体-受体相互作用通路
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Role of the STAT3/survivin signaling pathway in the EML4-ALK-positive lung adenocarcinoma cell line H2228 before and after crizotinib-induced resistance
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作者 Haiyan Peng Wenhua Zhao +5 位作者 Cuiyun Su Xiangqun Song Aiping Zeng Huilin Wang Ruiling Ning Shaozhang Zhou 《The Chinese-German Journal of Clinical Oncology》 CAS 2015年第2期73-77,共5页
Objective This study investigated the role of the STAT3/survivin signaling pathway in the EML4-ALK- positive lung adenocarcinoma cell line H2228 before and after crizotinib-induced resistance. The mecha- nism of resis... Objective This study investigated the role of the STAT3/survivin signaling pathway in the EML4-ALK- positive lung adenocarcinoma cell line H2228 before and after crizotinib-induced resistance. The mecha- nism of resistance was studied. Methods Cell viability was determined using the MTT assay. Crizotinib-induced apoptosis in H2228 and H2228 crizotinib-resistant cells treated with the indicated doses of crizotinib was measured at different times (24 h, 48 h, 72 h) using flow cytometry. The levels of p-ALK, ALK, p-STAT3, STAT3, and survivin after treatment of cells with 0, 0.3, and 1 pM crizotinib for 72 h were determined using Western blot analysis. DNA sequencing was used to identify mutations in H2228 crizotinib-resistant cells. Results The crizotinib IC50 values in H2228 and H2228 crizotinib-resistant cells at 72 h were 334.5 nM and 3418 nM, respectively. The resistance index of 1-12228 crizotinib-resistant cells was 10.20. Crizotinib induced apoptosis in H2228 cells and reduced the levels of p-ALK, p-STAT3, and survivin. In contrast, no changes in the levels of p-ALK, p-STAT3, and survivin were observed in H2228 crizotinib-resistant cells. The mutations 2067G--,A and 2182G--,C in EML4-ALK were present in the H2228 crizotinib-resistant cells. Conclusion Crizotinib decreased the viability of H2228 cells in a dose- and time-dependent manner. In the STAT3/survivin pathway, downregulation of p-ALK, p-STAT3, and survivin might contribute to crizo- tinib-induced apoptosis in H2228 ceils. However, the STAT3/survivin pathway in H2228 crizotinib-resistant cells was unaffected by crizotinib treatment. Acquired resistance in H2228 cells might be related to ALK mutations. 展开更多
关键词 EML4-ALK fusion gene H2228 cell line CRIZOTINIB apoptosis STAT3/survivin signaling path- way
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