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大肠杆菌基因缺失菌株中碳中心代谢系统的通量平衡分析和通量变异分析
被引量:
1
1
作者
申铁
金杰军
+2 位作者
乙引
文汉
芮斌
《计算生物学》
2013年第3期15-19,共5页
大肠杆菌(E. coli)因其遗传信息简单且容易培养而被广泛用作各种生物化学、生物技术研究等的模式微生物。本文首先通过COBRA工具包构建了大肠杆菌碳中心代谢系统的小规模网络,然后分别模拟敲除了其中的25种酶,并利用代谢通量平衡分析和...
大肠杆菌(E. coli)因其遗传信息简单且容易培养而被广泛用作各种生物化学、生物技术研究等的模式微生物。本文首先通过COBRA工具包构建了大肠杆菌碳中心代谢系统的小规模网络,然后分别模拟敲除了其中的25种酶,并利用代谢通量平衡分析和代谢通量变异分析研究了基因敲除后的代谢网络。通过这些结果的综合分析,我们可以推断大肠杆菌碳中心代谢系统的不同的酶对整个体系的作用。
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关键词
大肠杆菌
通量平衡分析
通量
变化
分析
代谢
通量
酶
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职称材料
动态通量平衡分析模拟酿酒酵母乙醇发酵工艺
2
作者
屠纪民
孙来玉
+3 位作者
周国庆
邵文琦
钱坤
于岚
《酿酒科技》
2015年第1期27-30,共4页
生物乙醇是一种高效、清洁、安全的能源。酿酒酵母(S.cerevisiae)由于其生理特性而在生物乙醇发酵中广泛应用。利用动态通量平衡分析(DFBA)预测模拟了利用葡萄糖发酵产乙醇工艺中的关键参数,生物量、残糖浓度和乙醇生成。预测值与发酵...
生物乙醇是一种高效、清洁、安全的能源。酿酒酵母(S.cerevisiae)由于其生理特性而在生物乙醇发酵中广泛应用。利用动态通量平衡分析(DFBA)预测模拟了利用葡萄糖发酵产乙醇工艺中的关键参数,生物量、残糖浓度和乙醇生成。预测值与发酵实测值能够较好吻合。该方法为发酵工艺优化提供了计算机模拟优化的方法,也为利用其他底物,如纤维素、木糖等生物质发酵乙醇的理论模拟提供基础。
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关键词
生物乙醇
酿酒酵母
动态
通量平衡分析
发酵工艺优化
酒精
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职称材料
大尺度代谢网络通量平衡分析的进展与应用
被引量:
1
3
作者
李慧
马红武
郝彤
《化学工业与工程》
CAS
2013年第3期71-79,共9页
利用大尺度代谢网络分析生物体内部复杂的生化机制已经研究了很多年,大尺度代谢网络的算法也有很多,在这其中通量平衡分析是一个有效的定量研究基因组尺度代谢网络的方法,并在很多分析中都有应用。总结了通量平衡分析算法的最新进展,包...
利用大尺度代谢网络分析生物体内部复杂的生化机制已经研究了很多年,大尺度代谢网络的算法也有很多,在这其中通量平衡分析是一个有效的定量研究基因组尺度代谢网络的方法,并在很多分析中都有应用。总结了通量平衡分析算法的最新进展,包括基本的通量平衡分析以及扩展的通量平衡分析算法,然后介绍了一些应用通量平衡分析算法模拟大型生物网络的单机的和在线的工具,最后还比较了这些工具的优缺点,并讨论了目前代谢网络分析算法与软件存在的难题和未来的研究方向。
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关键词
大尺度代谢网络
通量平衡分析
算法
软件工具
原文传递
通量平衡分析的进展与应用
被引量:
1
4
作者
颜思奇
李娟
方慧生
《药物生物技术》
CAS
2015年第3期269-274,共6页
代谢网络是系统生物学的一个热门话题,代谢网络包含生物体内编码酶的基因以及所有已知的代谢反应。通量平衡分析是分析代谢网络中代谢物通量的数学方法,通过计算代谢网络中代谢物的通量,可以预测生物体的生长速度或某个特定代谢物的生...
代谢网络是系统生物学的一个热门话题,代谢网络包含生物体内编码酶的基因以及所有已知的代谢反应。通量平衡分析是分析代谢网络中代谢物通量的数学方法,通过计算代谢网络中代谢物的通量,可以预测生物体的生长速度或某个特定代谢物的生成速率。文章综述了通量平衡分析算法的原理、建模步骤,分枝菌酸通路的通量平衡分析实例,常用的通量平衡分析软件,并从安装要求、可用性、功能、模型交换、网络可视化5个方面比较了应用通量平衡分析算法工具的特性,以指导用户选择合适的软件工具。
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关键词
系统生物学
代谢网络
通量平衡分析
算法
软件工具
目标函数
原文传递
大肠杆菌酶基因缺失菌株碳中心代谢系统的代谢通量分析
5
作者
芮斌
金杰军
+1 位作者
范亚东
文汉
《华中师范大学学报(自然科学版)》
CAS
北大核心
2014年第2期251-256,共6页
大肠杆菌(E.coli)因其遗传信息简单且容易培养而被广泛用作各种生物化学、生物技术研究的模式微生物.为了认识重要模式生物大肠杆菌的代谢系统中各种酶的作用,以软件分析的模式,对已经构建好的小型大肠杆菌代谢系统在cobra中进行代谢通...
大肠杆菌(E.coli)因其遗传信息简单且容易培养而被广泛用作各种生物化学、生物技术研究的模式微生物.为了认识重要模式生物大肠杆菌的代谢系统中各种酶的作用,以软件分析的模式,对已经构建好的小型大肠杆菌代谢系统在cobra中进行代谢通量平衡分析FBA(Flux-Balance Analysis)和代谢通量变化性分析FVA(Flux Variability Analysis),分别单独敲除代谢系统中的25个酶基因,分析敲除各个酶基因后的FBA和FVA的计算结果,通过作图显示出在大肠杆菌代谢系统中不同酶基因被敲除后每个反应的两项结果变化和不同酶基因被敲除后全部反应的两项结果的变化,以此来推测大肠杆菌代谢系统中各种酶所起的作用.
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关键词
代谢
通量平衡分析
代谢
通量
变化性
分析
代谢
通量
酶基因
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职称材料
克雷伯氏杆菌代谢灵活性分析
被引量:
1
6
作者
杨晓萌
张青瑞
+1 位作者
张凯
彭家瑶
《化学与生物工程》
CAS
2015年第8期43-47,共5页
微生物对外界环境的变化具有灵活的适应性,通过代谢网络的通量可变性分析可以对代谢灵活性进行量化,得到影响菌体代谢灵活性的因素。使用代谢流分析软件COBRA Toolbox,对克雷伯氏杆菌基因组尺度代谢网络进行通量平衡分析与通量可变性分...
微生物对外界环境的变化具有灵活的适应性,通过代谢网络的通量可变性分析可以对代谢灵活性进行量化,得到影响菌体代谢灵活性的因素。使用代谢流分析软件COBRA Toolbox,对克雷伯氏杆菌基因组尺度代谢网络进行通量平衡分析与通量可变性分析,分别得到内部反应的可变性、交换反应的可变性和生长速率的可变性等3个因素对菌体代谢灵活性的影响程度,其中生长速率的可变性是影响代谢灵活性的主要因素,调控菌体至次优模式下生长可使其具有更大的代谢灵活性。通过进一步研究生长速率对通量可变性的影响,找到提高代谢灵活性的两个必要条件,从而增强菌体应对外界环境改变的能力。
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关键词
克雷伯氏杆菌
代谢灵活性
通量平衡分析
通量
可变性
分析
COBRA
TOOLBOX
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职称材料
计算甘油代谢目标函数的一种新算法
被引量:
1
7
作者
徐恭贤
苏丹
《计算机工程与应用》
CSCD
2014年第8期226-230,264,共6页
通量平衡分析是代谢工程研究中能够定量预测细胞内通量分布情况的有效工具,然而其预测准确性的前提是需要设计合理的代谢目标函数。研究了克雷伯氏杆菌歧化甘油生产1,3-丙二醇的代谢目标函数计算问题。该问题的数学形式是一个双层规划模...
通量平衡分析是代谢工程研究中能够定量预测细胞内通量分布情况的有效工具,然而其预测准确性的前提是需要设计合理的代谢目标函数。研究了克雷伯氏杆菌歧化甘油生产1,3-丙二醇的代谢目标函数计算问题。该问题的数学形式是一个双层规划模型,首先应用线性规划的对偶理论将其转化为等价的单层非线性优化问题,然后采用非线性优化算法对其进行求解。与已有的研究结果相比,所提方法获得了克雷伯氏杆菌歧化甘油代谢的全局最优通量分布情况。
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关键词
优化
通量平衡分析
双层规划
对偶理论
代谢
1
3-丙二醇
甘油
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职称材料
题名
大肠杆菌基因缺失菌株中碳中心代谢系统的通量平衡分析和通量变异分析
被引量:
1
1
作者
申铁
金杰军
乙引
文汉
芮斌
机构
贵州师范大学生命科学学院
贵州省植物生理与发育重点实验室
安徽农业大学生命科学学院
出处
《计算生物学》
2013年第3期15-19,共5页
基金
国家自然科学基金(31200626)
贵州省科技厅联合基金(黔科合J字LKS[2012]22号)
贵州师范大学博士启动基金。
文摘
大肠杆菌(E. coli)因其遗传信息简单且容易培养而被广泛用作各种生物化学、生物技术研究等的模式微生物。本文首先通过COBRA工具包构建了大肠杆菌碳中心代谢系统的小规模网络,然后分别模拟敲除了其中的25种酶,并利用代谢通量平衡分析和代谢通量变异分析研究了基因敲除后的代谢网络。通过这些结果的综合分析,我们可以推断大肠杆菌碳中心代谢系统的不同的酶对整个体系的作用。
关键词
大肠杆菌
通量平衡分析
通量
变化
分析
代谢
通量
酶
分类号
G6 [文化科学—教育学]
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职称材料
题名
动态通量平衡分析模拟酿酒酵母乙醇发酵工艺
2
作者
屠纪民
孙来玉
周国庆
邵文琦
钱坤
于岚
机构
湖州市高新技术企业协会
湖州师范学院生命科学学院
上海赛金生物医药有限公司
出处
《酿酒科技》
2015年第1期27-30,共4页
基金
浙江省公益技术研究工业项目(2013C31037)
文摘
生物乙醇是一种高效、清洁、安全的能源。酿酒酵母(S.cerevisiae)由于其生理特性而在生物乙醇发酵中广泛应用。利用动态通量平衡分析(DFBA)预测模拟了利用葡萄糖发酵产乙醇工艺中的关键参数,生物量、残糖浓度和乙醇生成。预测值与发酵实测值能够较好吻合。该方法为发酵工艺优化提供了计算机模拟优化的方法,也为利用其他底物,如纤维素、木糖等生物质发酵乙醇的理论模拟提供基础。
关键词
生物乙醇
酿酒酵母
动态
通量平衡分析
发酵工艺优化
酒精
Keywords
bio-ethanol
S. cerevisiae
dynamic flux balance analysis
bioprocess optimization
ethanol
分类号
TQ223.122 [化学工程—有机化工]
TQ920.6 [轻工技术与工程—发酵工程]
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职称材料
题名
大尺度代谢网络通量平衡分析的进展与应用
被引量:
1
3
作者
李慧
马红武
郝彤
机构
天津大学化工学院
天津大学教育部系统生物学重点实验室
天津大学-爱丁堡大学系统生物学与合成生物学联合研究中心
爱丁堡大学信息学院
出处
《化学工业与工程》
CAS
2013年第3期71-79,共9页
基金
国家自然科学基金项目(NSFC-21106095
NSFC-20806055
+2 种基金
NSFC-20875068)
国家重点基础研究项目(2011CBA00804)
博士后科学基金项目(2011M500512)
文摘
利用大尺度代谢网络分析生物体内部复杂的生化机制已经研究了很多年,大尺度代谢网络的算法也有很多,在这其中通量平衡分析是一个有效的定量研究基因组尺度代谢网络的方法,并在很多分析中都有应用。总结了通量平衡分析算法的最新进展,包括基本的通量平衡分析以及扩展的通量平衡分析算法,然后介绍了一些应用通量平衡分析算法模拟大型生物网络的单机的和在线的工具,最后还比较了这些工具的优缺点,并讨论了目前代谢网络分析算法与软件存在的难题和未来的研究方向。
关键词
大尺度代谢网络
通量平衡分析
算法
软件工具
Keywords
large-scale metabolic network
flux balance analysis
algorithm
software
分类号
Q819 [生物学—生物工程]
原文传递
题名
通量平衡分析的进展与应用
被引量:
1
4
作者
颜思奇
李娟
方慧生
机构
中国药科大学生命科学与技术学院
南京鼓楼医院血液科
出处
《药物生物技术》
CAS
2015年第3期269-274,共6页
文摘
代谢网络是系统生物学的一个热门话题,代谢网络包含生物体内编码酶的基因以及所有已知的代谢反应。通量平衡分析是分析代谢网络中代谢物通量的数学方法,通过计算代谢网络中代谢物的通量,可以预测生物体的生长速度或某个特定代谢物的生成速率。文章综述了通量平衡分析算法的原理、建模步骤,分枝菌酸通路的通量平衡分析实例,常用的通量平衡分析软件,并从安装要求、可用性、功能、模型交换、网络可视化5个方面比较了应用通量平衡分析算法工具的特性,以指导用户选择合适的软件工具。
关键词
系统生物学
代谢网络
通量平衡分析
算法
软件工具
目标函数
Keywords
Systems biology
Genome-scale metabolic network
Flux balance analysis(FBA)
Software tools
Algorithm
Objective functions
分类号
Q811.4 [生物学—生物工程]
原文传递
题名
大肠杆菌酶基因缺失菌株碳中心代谢系统的代谢通量分析
5
作者
芮斌
金杰军
范亚东
文汉
机构
安徽农业大学生命科学学院
出处
《华中师范大学学报(自然科学版)》
CAS
北大核心
2014年第2期251-256,共6页
基金
国家自然科学基金项目(31200626)
文摘
大肠杆菌(E.coli)因其遗传信息简单且容易培养而被广泛用作各种生物化学、生物技术研究的模式微生物.为了认识重要模式生物大肠杆菌的代谢系统中各种酶的作用,以软件分析的模式,对已经构建好的小型大肠杆菌代谢系统在cobra中进行代谢通量平衡分析FBA(Flux-Balance Analysis)和代谢通量变化性分析FVA(Flux Variability Analysis),分别单独敲除代谢系统中的25个酶基因,分析敲除各个酶基因后的FBA和FVA的计算结果,通过作图显示出在大肠杆菌代谢系统中不同酶基因被敲除后每个反应的两项结果变化和不同酶基因被敲除后全部反应的两项结果的变化,以此来推测大肠杆菌代谢系统中各种酶所起的作用.
关键词
代谢
通量平衡分析
代谢
通量
变化性
分析
代谢
通量
酶基因
Keywords
Flux Blance Analysis(FBA)
Flux Variality Analysis(FVA)
metabolic flux
enzyme gene
分类号
Q55 [生物学—生物化学]
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职称材料
题名
克雷伯氏杆菌代谢灵活性分析
被引量:
1
6
作者
杨晓萌
张青瑞
张凯
彭家瑶
机构
青岛科技大学化工学院
出处
《化学与生物工程》
CAS
2015年第8期43-47,共5页
基金
山东省自然科学基金资助项目(ZR2013BM001)
文摘
微生物对外界环境的变化具有灵活的适应性,通过代谢网络的通量可变性分析可以对代谢灵活性进行量化,得到影响菌体代谢灵活性的因素。使用代谢流分析软件COBRA Toolbox,对克雷伯氏杆菌基因组尺度代谢网络进行通量平衡分析与通量可变性分析,分别得到内部反应的可变性、交换反应的可变性和生长速率的可变性等3个因素对菌体代谢灵活性的影响程度,其中生长速率的可变性是影响代谢灵活性的主要因素,调控菌体至次优模式下生长可使其具有更大的代谢灵活性。通过进一步研究生长速率对通量可变性的影响,找到提高代谢灵活性的两个必要条件,从而增强菌体应对外界环境改变的能力。
关键词
克雷伯氏杆菌
代谢灵活性
通量平衡分析
通量
可变性
分析
COBRA
TOOLBOX
Keywords
Klebsiella pneumoniae
metabolic flexibility
flux balance analysis
flux variability analysis
CO- BRA Toolbox
分类号
TQ920.6 [轻工技术与工程—发酵工程]
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职称材料
题名
计算甘油代谢目标函数的一种新算法
被引量:
1
7
作者
徐恭贤
苏丹
机构
渤海大学数理学院
出处
《计算机工程与应用》
CSCD
2014年第8期226-230,264,共6页
基金
国家自然科学基金(No.11101051
No.11371071)
辽宁省高等学校优秀人才支持计划资助项目(No.LJQ2013115)
文摘
通量平衡分析是代谢工程研究中能够定量预测细胞内通量分布情况的有效工具,然而其预测准确性的前提是需要设计合理的代谢目标函数。研究了克雷伯氏杆菌歧化甘油生产1,3-丙二醇的代谢目标函数计算问题。该问题的数学形式是一个双层规划模型,首先应用线性规划的对偶理论将其转化为等价的单层非线性优化问题,然后采用非线性优化算法对其进行求解。与已有的研究结果相比,所提方法获得了克雷伯氏杆菌歧化甘油代谢的全局最优通量分布情况。
关键词
优化
通量平衡分析
双层规划
对偶理论
代谢
1
3-丙二醇
甘油
Keywords
optimization
flux balance analysis
bilevel programming
duality theory
metabolism
1, 3-propanediol
glycerol
分类号
O29 [理学—应用数学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
大肠杆菌基因缺失菌株中碳中心代谢系统的通量平衡分析和通量变异分析
申铁
金杰军
乙引
文汉
芮斌
《计算生物学》
2013
1
下载PDF
职称材料
2
动态通量平衡分析模拟酿酒酵母乙醇发酵工艺
屠纪民
孙来玉
周国庆
邵文琦
钱坤
于岚
《酿酒科技》
2015
0
下载PDF
职称材料
3
大尺度代谢网络通量平衡分析的进展与应用
李慧
马红武
郝彤
《化学工业与工程》
CAS
2013
1
原文传递
4
通量平衡分析的进展与应用
颜思奇
李娟
方慧生
《药物生物技术》
CAS
2015
1
原文传递
5
大肠杆菌酶基因缺失菌株碳中心代谢系统的代谢通量分析
芮斌
金杰军
范亚东
文汉
《华中师范大学学报(自然科学版)》
CAS
北大核心
2014
0
下载PDF
职称材料
6
克雷伯氏杆菌代谢灵活性分析
杨晓萌
张青瑞
张凯
彭家瑶
《化学与生物工程》
CAS
2015
1
下载PDF
职称材料
7
计算甘油代谢目标函数的一种新算法
徐恭贤
苏丹
《计算机工程与应用》
CSCD
2014
1
下载PDF
职称材料
已选择
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