巢式关联作图(Nested Association Mapping,NAM)群体在作物学遗传与育种研究中具有广泛的应用。本研究在前期大豆种质资源评价基础上,利用35份不同地区来源的代表性种质与中豆41(公共母本)杂交,构建了一套大豆NAM群体。PCA和聚类分析发...巢式关联作图(Nested Association Mapping,NAM)群体在作物学遗传与育种研究中具有广泛的应用。本研究在前期大豆种质资源评价基础上,利用35份不同地区来源的代表性种质与中豆41(公共母本)杂交,构建了一套大豆NAM群体。PCA和聚类分析发现,不同亲本组合的RIL群体基本聚在一起,显示出清晰的遗传结构。利用该NAM群体亲本间花色和种皮色具有显著差异的RIL群体进行全基因组关联分析,定位到1个主要位点qFC13-1与花色显著关联,该位点与W1位点重合;定位到12个位点与种皮色显著相关,其中9个位点为3种以上方法共定位,3个位点为2种方法共定位,包括4个已知位点和8个新位点。研究结果表明,构建的NAM群体适于进行大豆相关性状遗传分析,为大豆复杂性状的遗传解析和育种实践提供了良好的基础材料。展开更多
为了挖掘能够应用于遗传改良的种质资源,并筛选出优良表现的核心种质资源,为辣椒品种改良创新提供理论依据,以275份辣椒为研究材料,对42个表型性状进行遗传多样性分析、相关性分析、主成分分析以及聚类分析。结果表明:15个数量性状的Sha...为了挖掘能够应用于遗传改良的种质资源,并筛选出优良表现的核心种质资源,为辣椒品种改良创新提供理论依据,以275份辣椒为研究材料,对42个表型性状进行遗传多样性分析、相关性分析、主成分分析以及聚类分析。结果表明:15个数量性状的Shannon-Wiener多样性指数(H')的变化范围为1.90~2.26,其中叶片长的H'值最高为2.26,其变异系数(coefficient of variation,CV)的变化范围为22.38%~146.09%。以辣椒素含量的变异系数最高为146.09%,变异幅度为48~290231SHU。27个质量性状的Shannon-Wiener多样性指数(H')的变化范围为0.03~2.81,其中果形有13种分布类型,其频率分布范围为1.87%~31.84%,大多数为灯笼形与羊角形,其遗传多样性指数也是最高为2.81,表明275份辣椒种质的表型性状具有丰富的遗传多样性。相关性分析结果表明,各表型性状间的相关系数中达到显著或极显著的有189对性状,这表明许多表型性状间相互影响。主成分分析结果表明,前13个主成分累加贡献率为68.62%,代表了辣椒表型性状的主要信息量,说明这13个主成分可反映42个表型性状的基本特征,从特征值和贡献率来看,果横径、单果重、果形、果肩形状、胎座大小,叶片长、叶片宽、叶柄长、株幅、分枝性、茎茸毛、叶面茸毛、花冠色、花药颜色、花柱颜色和果色共17个表型性状是引起辣椒种质表型不同的主要因素。聚类分析结果表明,在遗传距离为40.0时,275份辣椒种质可聚为5个类群。该研究为辣椒种质资源的利用、创新及品种选育提供了重要参考。展开更多
为探究新疆和田地区于田县牛源环形泰勒虫种群的基因型分布及遗传多样性,试验首先从该县10个乡镇(阿羌乡、喀尔克尔乡、科克亚乡、木尕拉镇、斯也克乡、先拜巴扎镇、英巴格乡、加依乡、奥依托格拉克乡、阿日希乡)采集疑似环形泰勒虫病...为探究新疆和田地区于田县牛源环形泰勒虫种群的基因型分布及遗传多样性,试验首先从该县10个乡镇(阿羌乡、喀尔克尔乡、科克亚乡、木尕拉镇、斯也克乡、先拜巴扎镇、英巴格乡、加依乡、奥依托格拉克乡、阿日希乡)采集疑似环形泰勒虫病患牛血液样本共443份,提取基因组DNA后对牛源环形泰勒虫Tams1基因进行PCR检测,统计10个乡镇牛源环形泰勒虫的阳性样本数及阳性率;然后在发现阳性样本的乡镇中,每个乡镇随机选取2个阳性样本进行测序,将测序结果进行同源性分析并与参考序列共同构建NJ系统发育树,分析基因型;最后对于田县环形泰勒虫种群进行遗传多样性分析。结果表明:在443份牛血液样本中,有93份样本环形泰勒虫检测结果为阳性,阳性率为20.99%;10个乡镇中有9个乡镇牛源环形泰勒虫检测结果为阳性,阳性率在10.45%~45.45%之间,其中阿羌乡阳性率最高,加依乡未检出。18株环形泰勒虫Tams1基因序列的核苷酸相似性为76.0%~100%,同乡镇的2个阳性样本之间的核苷酸相似性为91.0%~100%;这18株牛源环形泰勒虫在NJ系统发育树中未全部聚为一支,一些虫株甚至与其他国内外参考毒株表现出了更近的亲缘关系,但均为G1基因型。于田县G1基因型环形泰勒虫种群多态性位点数为119个,核苷酸多样性为0.053,平均核苷酸差异数为28.95个,单倍型数为12个,单倍型多样性为0.895,Tajima’s D值和Fu and Li’s F值均小于0。说明于田县G1基因型环形泰勒虫种群具有较高的遗传多样性且正在发生扩张。展开更多
文摘巢式关联作图(Nested Association Mapping,NAM)群体在作物学遗传与育种研究中具有广泛的应用。本研究在前期大豆种质资源评价基础上,利用35份不同地区来源的代表性种质与中豆41(公共母本)杂交,构建了一套大豆NAM群体。PCA和聚类分析发现,不同亲本组合的RIL群体基本聚在一起,显示出清晰的遗传结构。利用该NAM群体亲本间花色和种皮色具有显著差异的RIL群体进行全基因组关联分析,定位到1个主要位点qFC13-1与花色显著关联,该位点与W1位点重合;定位到12个位点与种皮色显著相关,其中9个位点为3种以上方法共定位,3个位点为2种方法共定位,包括4个已知位点和8个新位点。研究结果表明,构建的NAM群体适于进行大豆相关性状遗传分析,为大豆复杂性状的遗传解析和育种实践提供了良好的基础材料。
文摘为了挖掘能够应用于遗传改良的种质资源,并筛选出优良表现的核心种质资源,为辣椒品种改良创新提供理论依据,以275份辣椒为研究材料,对42个表型性状进行遗传多样性分析、相关性分析、主成分分析以及聚类分析。结果表明:15个数量性状的Shannon-Wiener多样性指数(H')的变化范围为1.90~2.26,其中叶片长的H'值最高为2.26,其变异系数(coefficient of variation,CV)的变化范围为22.38%~146.09%。以辣椒素含量的变异系数最高为146.09%,变异幅度为48~290231SHU。27个质量性状的Shannon-Wiener多样性指数(H')的变化范围为0.03~2.81,其中果形有13种分布类型,其频率分布范围为1.87%~31.84%,大多数为灯笼形与羊角形,其遗传多样性指数也是最高为2.81,表明275份辣椒种质的表型性状具有丰富的遗传多样性。相关性分析结果表明,各表型性状间的相关系数中达到显著或极显著的有189对性状,这表明许多表型性状间相互影响。主成分分析结果表明,前13个主成分累加贡献率为68.62%,代表了辣椒表型性状的主要信息量,说明这13个主成分可反映42个表型性状的基本特征,从特征值和贡献率来看,果横径、单果重、果形、果肩形状、胎座大小,叶片长、叶片宽、叶柄长、株幅、分枝性、茎茸毛、叶面茸毛、花冠色、花药颜色、花柱颜色和果色共17个表型性状是引起辣椒种质表型不同的主要因素。聚类分析结果表明,在遗传距离为40.0时,275份辣椒种质可聚为5个类群。该研究为辣椒种质资源的利用、创新及品种选育提供了重要参考。
文摘为探究新疆和田地区于田县牛源环形泰勒虫种群的基因型分布及遗传多样性,试验首先从该县10个乡镇(阿羌乡、喀尔克尔乡、科克亚乡、木尕拉镇、斯也克乡、先拜巴扎镇、英巴格乡、加依乡、奥依托格拉克乡、阿日希乡)采集疑似环形泰勒虫病患牛血液样本共443份,提取基因组DNA后对牛源环形泰勒虫Tams1基因进行PCR检测,统计10个乡镇牛源环形泰勒虫的阳性样本数及阳性率;然后在发现阳性样本的乡镇中,每个乡镇随机选取2个阳性样本进行测序,将测序结果进行同源性分析并与参考序列共同构建NJ系统发育树,分析基因型;最后对于田县环形泰勒虫种群进行遗传多样性分析。结果表明:在443份牛血液样本中,有93份样本环形泰勒虫检测结果为阳性,阳性率为20.99%;10个乡镇中有9个乡镇牛源环形泰勒虫检测结果为阳性,阳性率在10.45%~45.45%之间,其中阿羌乡阳性率最高,加依乡未检出。18株环形泰勒虫Tams1基因序列的核苷酸相似性为76.0%~100%,同乡镇的2个阳性样本之间的核苷酸相似性为91.0%~100%;这18株牛源环形泰勒虫在NJ系统发育树中未全部聚为一支,一些虫株甚至与其他国内外参考毒株表现出了更近的亲缘关系,但均为G1基因型。于田县G1基因型环形泰勒虫种群多态性位点数为119个,核苷酸多样性为0.053,平均核苷酸差异数为28.95个,单倍型数为12个,单倍型多样性为0.895,Tajima’s D值和Fu and Li’s F值均小于0。说明于田县G1基因型环形泰勒虫种群具有较高的遗传多样性且正在发生扩张。