我国部分地区H9亚型禽流感病毒血凝素基因序列比较与遗传发生关系分析

为从分子水平掌握我国H9亚型AIV的遗传变异情况和流行规律 ,本研究汇集近年来从我国 1 2个省、市、自治区的发病鸡群中分离到的 2 3株H9亚型禽流感病毒 ,通过RT -PCR方法和核苷酸序列测定获得了 2 3个毒株的HA基因cDNA核苷酸序列。核苷酸和推导的氨基酸序列同源性比较结果表明 ,这些毒株HA基因的核苷酸序列同源性为 94.1 %～1 0 0 % ,氨基酸序列同源性为 95 .4%～ 1 0 0 % ;将这 2 3个毒株和来自亚洲及世界其它地区的另外 3 1株的HA基因cDNA序列同源性进行比较发现 ,分离自香港的HK1 70 4 99株与日本的 2个毒株关系较近 ;氨基酸序列分析发现 ,CKGS1 99、CKTJ1 96、CKTJ2 96、CKSH3 0 0和CKBJ1 97五个毒株各发生了一个潜在的糖基化位点的丢失。 5 4株H9亚型AIVHA基因 5 5bp～ 1 1 5 2bp的氨基酸序列分析发现 ,裂解位点尽管有 1 0种基序 ,但本研究中的 2 3株和近年来从我国大陆和香港地区的分离的毒株则均为RSSR↓GLF ;构成受体结合位点的 1 91位氨基酸有一个规律 ,即所有中国大陆毒株与部分香港毒株都为N ,其它毒株均为H ,1 41aa～ 1 43aa处的糖基化位点有与 1 91aa类似的规律 ,即 :凡是 1 91aa为N的毒株 ,该处均为NVS(CKBJ1 94除外 ) ,凡是1 91aa为H的毒株 ,则该处均为NVT ;遗传发生关系分析 ,中国大陆?

猪瘟病毒遗传发生关系分析

利用反转录（ＲＴ）及ＰＣＲ扩增并测定了中国猪瘟兔化弱毒（Ｃ－株）兔组织毒、Ｃ－株细胞疫苗毒和近期（１９９７～１９９８年）甘肃省７个地区的１０个流行野毒株的Ｅ２基因核酸序列。通过序列比较和系统发生关系分析发现：Ｃ－株兔组织毒、Ｃ－株细胞毒和中国５０～６０年代流行的石门强毒株同属于组群１（Ｇｒｏｕｐ１）；近期猪瘟流行毒株同属于组群２（Ｇｒｏｕｐ２）的两个不同的亚组群（Ｓｕｂｇｒｏｕｐ２．１和２．２），其流行毒株与疫苗毒株有较大的差异（Ｅ２全基因核苷酸序列同源性８２．２％～８４．３％），表明猪瘟流行毒株向远离疫苗毒株的方向演变。

2007-2008年上海市H9N2亚型禽流感病毒的遗传演化

目的对分离自上海活禽批发市场的11株H9N2亚型AIV(2007年5株、2008年6株)进行了PB2,PB1,HA,NP和NA的测序,以阐明2007年至2008年上海地区H9N2亚型禽流感病毒分离株的遗传变异及分子特征。方法采集鸡气管和泄殖腔样品,将H9亚型荧光RT-PCR试剂盒检测的阳性样品处理后,经鸡胚尿囊腔接种分离病毒,HI进一步确定HA亚型,通过RT-PCR方法分别扩增了这11个毒株的PB2,PB1,HA,NP和NA并进行了序列测定。结果对HA基因进行遗传发生关系分析,这11株分离株均属于Ck/Bei/1/94系。这11个毒株的5个片段的组成有两种方式。结论上海活禽批发市场的11株H9N2亚型AIV毒株中已包含了H5的片段,所以在今后的工作中加强H9N2亚型禽流感流行病学监测是非常必要的。

H9亚型禽流感病毒钦州株HA基因的克隆与遗传进化

采集钦州活禽交易市场的鸡气管和泄殖腔的棉拭子样品,用H9亚型分型引物进行PCR初步筛选,阳性样品经SPF鸡胚尿囊腔接种分离病毒,通过RT-PCR方法扩增HA基因,并将其克隆到pMD-18T载体后进行序列测定和分析。结果表明,获得1株H9亚型禽流感病毒命名为:A/Chicken/Guangxi/qz40/2009(简称qz40)。测序结果表明qz40的HA基因片段全长1 683bp,编码560个氨基酸;序列同源性比较结果表明,该毒株与参考毒株的核苷酸序列同源性为82.8%-99.9%,推导氨基酸同源性为87.5%-99.6%;HA基因的裂解位点氨基酸顺序为RSSR↓GLF,为低致病性毒株;含有7个潜在的N-糖基化位点,其中5个位于HA1部分、2个位于HA2部分;基于H9亚型HA基因的进化树分析表明,qz40株属于欧亚种系的A/Chicken/Beijing/1/94(Ck/Bei-like)群系。

2007～2008年上海地区H9亚型禽流感病毒HA基因序列分析

对分离自上海活禽批发市场的11株H9亚型禽流感病毒(Arian influenza virus,AIV)(2007年5株、2008年6株)进行了血凝素(hemagglatinin,HA)基因序列的测定,以阐明2007年至2008年上海地区H9 AIV分离株HA基因的遗传变异及分子特征。采集鸡气管和泄殖腔棉拭子样品,将H9亚型荧光RT-PCR试剂盒检测出的阳性样品处理后,经鸡胚尿囊腔接种分离病毒,血凝抑制试验(haemagglutination inhibition,HI)进一步确定HA亚型,通过RT-PCR方法分别扩增了11个毒株的HA基因并进行了序列测定。遗传发生关系分析,这11株分离株均属于Ck/Bei/1/94系。2007年至2008年上海地区H9亚型分离株具有相同的起源,且分子特性相似。

上海地区H9亚型禽流感病毒HA基因序列分析

目的对分离自上海活禽批发市场的7株H9AIV(2002年1株、2006-2008年每年各2株)进行了HA序列的测定,以阐明这7株毒株HA基因的遗传变异及分子特征。方法采集鸡气管和泄殖腔样品,将H9亚型荧光RT-PCR试剂盒检测的阳性样品处理后,经鸡胚尿囊腔接种分离病毒,HI进一步确定HA亚型,通过RT-PCR方法分别扩增了这7个毒株的HA基因,并将其克隆到pMD18-T载体后进行序列测定与同源性分析。结果HI试验表明这7株毒株均属于H9亚型禽流感病毒。核苷酸和其推导的氨基酸序列同源性比较结果表明,这7株毒株HA基因的核苷酸序列同源性为88.6%～99.6%,氨基酸序列同源性为89.1%～99.1%;7株分离株HA基因的裂解位点氨基酸顺序则均为RSSR↓GLF,为低致病性毒株;所有毒株的潜在糖基化位点均有7个;2002年的分离株与2006年早期的分离株在aa226和aa228位分别为Q和G,其余5株分离株在这两个位点分别为L和G。遗传发生关系分析,这7株分离株均属于Ck/Bei/1/94系。结论上海地区7株H9亚型分离株具有相同的起源,且分子特性相似,受疫苗免疫选择压力的影响不大。