第四纪气候波动以及地理和环境隔离深刻地影响了现代植物的遗传多样性、遗传结构和地理分布格局。该研究采用分子谱系地理学的研究方法对药用植物半夏19个居群共212个个体的3个叶绿体片段psb K-psb I、atp F-atp H和trn L-F进行分析,探...第四纪气候波动以及地理和环境隔离深刻地影响了现代植物的遗传多样性、遗传结构和地理分布格局。该研究采用分子谱系地理学的研究方法对药用植物半夏19个居群共212个个体的3个叶绿体片段psb K-psb I、atp F-atp H和trn L-F进行分析,探究半夏的遗传多样性、遗传结构、地理分布格局模式及成因,并探讨其居群历史动态。结果表明:(1)半夏总单倍型多样性H d为0.882,总核苷酸多样性π为1.23×10-3,在物种水平上表现出较高的遗传多样性。(2)分子方差分析(AMOVA)结果显示,半夏遗传变异主要发生在居群间,显著的遗传分化(F ST=0.909,P<0.001)和较低的种群内遗传多样性(H S=0.134);种群间遗传分化系数N ST=0.913>G ST=0.855(0.01<P<0.05),表明叶绿体单倍型具有明显的谱系地理结构。(3)中性检验结果显示,Tajima s D值、Fu and Li s D值以及Fu and Li s F值均为不显著正值,Fu s Fs值为不显著负值且失配分析曲线呈双峰,表明半夏居群整体没有经历过扩张事件。(4)单倍型地理分布显示,西南地区和中-东部地区具有单倍型多样性较高,并存在特有单倍型,故推测第四纪冰期时在这两个区域存在冰期避难所。总之,通过3个叶绿体基因对不同区域半夏的分析,阐明了其遗传多样性、遗传结构和地理分布格局,为半夏优良种源的分子筛选和保护提出了科学的建议和保护策略。展开更多
在畜禽资源保护中,群体遗传多样性和遗传结构是决定保种效果的重要因素。本研究采用全基因组重测序技术检测100头秦川牛(30头公牛、70头母牛)的基因组变异,通过分析群体遗传多样性、连续纯合片段(runs of homozygosity,ROH)分布特征、...在畜禽资源保护中,群体遗传多样性和遗传结构是决定保种效果的重要因素。本研究采用全基因组重测序技术检测100头秦川牛(30头公牛、70头母牛)的基因组变异,通过分析群体遗传多样性、连续纯合片段(runs of homozygosity,ROH)分布特征、亲缘关系和家系结构,对秦川牛的保种效果进行了综合评估。结果显示,100头秦川牛共检测到20,968,017个高质量SNPs位点,平均最小等位基因频率为0.191±0.124,平均多态信息含量为0.279±0.131,平均观察杂合度为0.275±0.131,平均期望杂合度为0.279±0.131,表明秦川保种群遗传多样性较为丰富。秦川牛保种群体平均状态同源(identity by state,IBS)遗传距离为0.243±0.020,其中公牛为0.242±0.021,亲缘关系G矩阵结果与IBS距离矩阵结果一致,均显示秦川牛保种群部分个体间亲缘关系较近。100头秦川牛个体共检测到8258个基因组ROH,ROH总长度为9.64 GB,平均ROH长度为1.167±1.203 Mb,69.35%的ROH是长度为0.5~1 Mb的短ROH。个体平均ROH总长度为96.40 Mb。基于ROH的平均近交系数为0.039±0.039,其中30头秦川公牛的平均近交系数为0.044±0.035,表明部分公牛个体存在一定程度的近交积累。进化树结果显示,秦川牛保种群所测个体可分为8个家系,包括7个含公牛家系和1个不含公牛家系。本研究表明,秦川牛保种群的遗传多样性较为丰富,未出现较大程度近交积累,但部分个体间存在近交风险,应强化选配以确保秦川牛资源的可持续发展。展开更多
文摘第四纪气候波动以及地理和环境隔离深刻地影响了现代植物的遗传多样性、遗传结构和地理分布格局。该研究采用分子谱系地理学的研究方法对药用植物半夏19个居群共212个个体的3个叶绿体片段psb K-psb I、atp F-atp H和trn L-F进行分析,探究半夏的遗传多样性、遗传结构、地理分布格局模式及成因,并探讨其居群历史动态。结果表明:(1)半夏总单倍型多样性H d为0.882,总核苷酸多样性π为1.23×10-3,在物种水平上表现出较高的遗传多样性。(2)分子方差分析(AMOVA)结果显示,半夏遗传变异主要发生在居群间,显著的遗传分化(F ST=0.909,P<0.001)和较低的种群内遗传多样性(H S=0.134);种群间遗传分化系数N ST=0.913>G ST=0.855(0.01<P<0.05),表明叶绿体单倍型具有明显的谱系地理结构。(3)中性检验结果显示,Tajima s D值、Fu and Li s D值以及Fu and Li s F值均为不显著正值,Fu s Fs值为不显著负值且失配分析曲线呈双峰,表明半夏居群整体没有经历过扩张事件。(4)单倍型地理分布显示,西南地区和中-东部地区具有单倍型多样性较高,并存在特有单倍型,故推测第四纪冰期时在这两个区域存在冰期避难所。总之,通过3个叶绿体基因对不同区域半夏的分析,阐明了其遗传多样性、遗传结构和地理分布格局,为半夏优良种源的分子筛选和保护提出了科学的建议和保护策略。
文摘在畜禽资源保护中,群体遗传多样性和遗传结构是决定保种效果的重要因素。本研究采用全基因组重测序技术检测100头秦川牛(30头公牛、70头母牛)的基因组变异,通过分析群体遗传多样性、连续纯合片段(runs of homozygosity,ROH)分布特征、亲缘关系和家系结构,对秦川牛的保种效果进行了综合评估。结果显示,100头秦川牛共检测到20,968,017个高质量SNPs位点,平均最小等位基因频率为0.191±0.124,平均多态信息含量为0.279±0.131,平均观察杂合度为0.275±0.131,平均期望杂合度为0.279±0.131,表明秦川保种群遗传多样性较为丰富。秦川牛保种群体平均状态同源(identity by state,IBS)遗传距离为0.243±0.020,其中公牛为0.242±0.021,亲缘关系G矩阵结果与IBS距离矩阵结果一致,均显示秦川牛保种群部分个体间亲缘关系较近。100头秦川牛个体共检测到8258个基因组ROH,ROH总长度为9.64 GB,平均ROH长度为1.167±1.203 Mb,69.35%的ROH是长度为0.5~1 Mb的短ROH。个体平均ROH总长度为96.40 Mb。基于ROH的平均近交系数为0.039±0.039,其中30头秦川公牛的平均近交系数为0.044±0.035,表明部分公牛个体存在一定程度的近交积累。进化树结果显示,秦川牛保种群所测个体可分为8个家系,包括7个含公牛家系和1个不含公牛家系。本研究表明,秦川牛保种群的遗传多样性较为丰富,未出现较大程度近交积累,但部分个体间存在近交风险,应强化选配以确保秦川牛资源的可持续发展。
