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缢蛏群体微卫星分析中样本量对遗传多样性指标的影响
被引量:
10
1
作者
牛东红
陈慧
+1 位作者
林国文
李家乐
《海洋科学进展》
CAS
CSCD
北大核心
2010年第2期203-208,共6页
采用微卫星标记进行缢蛏(Sinonovacula constricta)群体遗传研究时,群体的样本量多少对遗传多样性指标准确性有影响。实验设置了11个样本量梯度,并对观测等位基因数(Na),有效等位基因数(Ne),表观杂合度(Ho),期望杂合度(He)和Nei’s遗传...
采用微卫星标记进行缢蛏(Sinonovacula constricta)群体遗传研究时,群体的样本量多少对遗传多样性指标准确性有影响。实验设置了11个样本量梯度,并对观测等位基因数(Na),有效等位基因数(Ne),表观杂合度(Ho),期望杂合度(He)和Nei’s遗传多样性指数(H)的变化趋势进行了分析。结果表明,样本量与观测等位基因数和有效等位基因数具有高度的正相关性,与杂合度和内氏遗传多样性指数呈中度相关。当样本量小于20时,遗传多样性指标均呈现迅速增加的趋势;当样本量大于30,杂合度和内氏遗传多样性指数趋于稳定。建议在利用微卫星进行群体遗传结构评估时,最适参数为期望杂合度和内氏遗传多样性指数,最小样本量为30。
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关键词
缢蛏
微卫星标记
样本量
遗传多样性指标
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职称材料
基于SSR分析的富民枳样本量对其遗传多样性指标的影响
被引量:
5
2
作者
张珊珊
杨文忠
+2 位作者
张玉萍
高雪松
康洪梅
《东北林业大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2017年第9期35-39,44,共6页
为了对极小种群野生植物富民枳(Poncirus polyandra)采取合理有效的保护措施,采用SSR分子标记作为遗传完整性检测标记,研究不同梯度的有效样本量对微卫星分析中遗传多样性指标的影响。本研究利用5对SSR引物,对65份富民枳种质材料进行遗...
为了对极小种群野生植物富民枳(Poncirus polyandra)采取合理有效的保护措施,采用SSR分子标记作为遗传完整性检测标记,研究不同梯度的有效样本量对微卫星分析中遗传多样性指标的影响。本研究利用5对SSR引物,对65份富民枳种质材料进行遗传完整性检测,并对富民枳种植资源遗传多样性的微卫星数据进行分析。结果表明:随着有效样本量的增加,有效等位基因数、观测杂合度、期望杂合度、多态性信息量和Shannon信息指数等遗传指标均随之增加,有效样本量与遗传多样性指标呈显著正相关。当以有效等位基因数、多态性信息量(PI,C)和Shannon多样性指数等来衡量时,有效样本量29株为曲线的拐点,此时代表了95%以上的遗传多样性水平;而以观测杂合度和期望杂合度来衡量时,有效样本量为25株时,便达到了该总体遗传多样性水平的95%以上。综合分析表明,富民枳的有效样本量以25~29株较为合适,目前富民枳的种质保存是合理有效的。
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关键词
极小种群野生植物
富民枳(Poncirus
polyandra)
遗传
完整性
有效样本量
遗传多样性指标
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职称材料
长江口江豚的遗传多样性现状及种群动态
被引量:
5
3
作者
张枫
张保卫
+3 位作者
唐文乔
刘健
吴建辉
唐斌
《上海海洋大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2018年第5期656-665,共10页
长江口地处长江与东海、黄海的交汇处,是窄脊江豚东亚亚种和长江亚种的重叠分布区和死亡率高发区。筛选出16个多态性微卫星位点,对采自长江口的36头窄脊江豚东亚亚种样本作了遗传多样性和种群动态分析。结果显示,除了2个微卫星位点显著...
长江口地处长江与东海、黄海的交汇处,是窄脊江豚东亚亚种和长江亚种的重叠分布区和死亡率高发区。筛选出16个多态性微卫星位点,对采自长江口的36头窄脊江豚东亚亚种样本作了遗传多样性和种群动态分析。结果显示,除了2个微卫星位点显著偏离了Hardy-Weinberg平衡外,其他14个位点均未偏离Hardy-Weinberg平衡。16个微卫星位点共获得了129个等位基因,平均等位基因数达8. 1个。计算获得的平均观察杂合度(Ho)为0. 733,平均期望杂合度(He)为0. 758,多态性信息含量(PIC)均在0. 5以上。其遗传多样性水平与印度洋江豚和海豹等海洋哺乳动物相近,但明显高于大熊猫、东北虎等陆生珍稀哺乳动物。杂合度检验和Mode-shift模型分析显示,该种群未经历过近期的遗传瓶颈效应。Msvar软件的4次模拟均未发现该种群在历史上发生过明显的有效数量波动,估算的当前有效种群大小约为5 623头。研究显示,在长江口发现的窄脊江豚东亚亚种个体,属于一个大而稳定的种群。
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关键词
窄脊江豚
东亚亚种
微卫星标记
遗传多样性指标
瓶颈效应
种群动态
原文传递
题名
缢蛏群体微卫星分析中样本量对遗传多样性指标的影响
被引量:
10
1
作者
牛东红
陈慧
林国文
李家乐
机构
上海海洋大学省部共建水产种质资源发掘与利用教育部重点实验室
福建省闽东水产研究所
上海市高校水产养殖学研究院
出处
《海洋科学进展》
CAS
CSCD
北大核心
2010年第2期203-208,共6页
基金
国家高技术研究发展计划项目--缢蛏高产
抗逆品种培育(2006AA10A410)
福建省海洋与渔业局重点项目--缢蛏优良品种选育与高产养殖技术研究(闽海渔2007015)
文摘
采用微卫星标记进行缢蛏(Sinonovacula constricta)群体遗传研究时,群体的样本量多少对遗传多样性指标准确性有影响。实验设置了11个样本量梯度,并对观测等位基因数(Na),有效等位基因数(Ne),表观杂合度(Ho),期望杂合度(He)和Nei’s遗传多样性指数(H)的变化趋势进行了分析。结果表明,样本量与观测等位基因数和有效等位基因数具有高度的正相关性,与杂合度和内氏遗传多样性指数呈中度相关。当样本量小于20时,遗传多样性指标均呈现迅速增加的趋势;当样本量大于30,杂合度和内氏遗传多样性指数趋于稳定。建议在利用微卫星进行群体遗传结构评估时,最适参数为期望杂合度和内氏遗传多样性指数,最小样本量为30。
关键词
缢蛏
微卫星标记
样本量
遗传多样性指标
Keywords
Sinonovacula constricta
microsatellite marker
sample size
genetic diversity index
分类号
S917.4 [农业科学—水产科学]
Q75 [生物学—分子生物学]
下载PDF
职称材料
题名
基于SSR分析的富民枳样本量对其遗传多样性指标的影响
被引量:
5
2
作者
张珊珊
杨文忠
张玉萍
高雪松
康洪梅
机构
云南省森林植物培育与开发利用重点实验室(云南省林业科学院)
昆明市濒危动植物收容拯救中心
出处
《东北林业大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2017年第9期35-39,44,共6页
基金
国家自然科学基金项目(31460119和31660164)
科技基础资源调查专项(2017FY100102)
文摘
为了对极小种群野生植物富民枳(Poncirus polyandra)采取合理有效的保护措施,采用SSR分子标记作为遗传完整性检测标记,研究不同梯度的有效样本量对微卫星分析中遗传多样性指标的影响。本研究利用5对SSR引物,对65份富民枳种质材料进行遗传完整性检测,并对富民枳种植资源遗传多样性的微卫星数据进行分析。结果表明:随着有效样本量的增加,有效等位基因数、观测杂合度、期望杂合度、多态性信息量和Shannon信息指数等遗传指标均随之增加,有效样本量与遗传多样性指标呈显著正相关。当以有效等位基因数、多态性信息量(PI,C)和Shannon多样性指数等来衡量时,有效样本量29株为曲线的拐点,此时代表了95%以上的遗传多样性水平;而以观测杂合度和期望杂合度来衡量时,有效样本量为25株时,便达到了该总体遗传多样性水平的95%以上。综合分析表明,富民枳的有效样本量以25~29株较为合适,目前富民枳的种质保存是合理有效的。
关键词
极小种群野生植物
富民枳(Poncirus
polyandra)
遗传
完整性
有效样本量
遗传多样性指标
Keywords
Plant with extremely small populations
Poncirus polyandra
Genetic integrity
Effective sample size
Genetic diversity index
分类号
S722.8 [农业科学—林木遗传育种]
下载PDF
职称材料
题名
长江口江豚的遗传多样性现状及种群动态
被引量:
5
3
作者
张枫
张保卫
唐文乔
刘健
吴建辉
唐斌
机构
海洋动物系统分类与进化上海高校重点实验室
上海海洋大学水产种质资源发掘与利用教育部重点实验室
安徽大学生命科学学院
上海海洋大学水产科学国家级实验教学示范中心
上海市长江口中华鲟自然保护区管理处
出处
《上海海洋大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2018年第5期656-665,共10页
基金
农业农村部渔业种质资源保护项目(171821301354051034)
长江口中华鲟自然保护区专项资助项目(2018)
文摘
长江口地处长江与东海、黄海的交汇处,是窄脊江豚东亚亚种和长江亚种的重叠分布区和死亡率高发区。筛选出16个多态性微卫星位点,对采自长江口的36头窄脊江豚东亚亚种样本作了遗传多样性和种群动态分析。结果显示,除了2个微卫星位点显著偏离了Hardy-Weinberg平衡外,其他14个位点均未偏离Hardy-Weinberg平衡。16个微卫星位点共获得了129个等位基因,平均等位基因数达8. 1个。计算获得的平均观察杂合度(Ho)为0. 733,平均期望杂合度(He)为0. 758,多态性信息含量(PIC)均在0. 5以上。其遗传多样性水平与印度洋江豚和海豹等海洋哺乳动物相近,但明显高于大熊猫、东北虎等陆生珍稀哺乳动物。杂合度检验和Mode-shift模型分析显示,该种群未经历过近期的遗传瓶颈效应。Msvar软件的4次模拟均未发现该种群在历史上发生过明显的有效数量波动,估算的当前有效种群大小约为5 623头。研究显示,在长江口发现的窄脊江豚东亚亚种个体,属于一个大而稳定的种群。
关键词
窄脊江豚
东亚亚种
微卫星标记
遗传多样性指标
瓶颈效应
种群动态
Keywords
Neophocaena asiaeorientalis
Neophocaena asiaeorientalis sunameri
microsatellite loci
geneticdiversity index
bottleneck effects
population dynamics
分类号
S917 [农业科学—水产科学]
原文传递
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
缢蛏群体微卫星分析中样本量对遗传多样性指标的影响
牛东红
陈慧
林国文
李家乐
《海洋科学进展》
CAS
CSCD
北大核心
2010
10
下载PDF
职称材料
2
基于SSR分析的富民枳样本量对其遗传多样性指标的影响
张珊珊
杨文忠
张玉萍
高雪松
康洪梅
《东北林业大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2017
5
下载PDF
职称材料
3
长江口江豚的遗传多样性现状及种群动态
张枫
张保卫
唐文乔
刘健
吴建辉
唐斌
《上海海洋大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2018
5
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