表观遗传学与人类基因组

人类基因组测序计划完成后，科学家们利用已知的人类基因组序列开始了新一轮的生物学研究热潮，其中的研究热点之一就是揭示调节基因表达的根本原因。同时，随着对实验动物特别是克隆动物生物学性状的了解以及人们对众多疾病的深入研究，科学家发现．除了基因组DNA外．还有基因组之外的大量遗传学信息调控着基因的表达，

植物非组培遗传转化方法研究的进展

在许多植物中 ,转化效率低一直是制约分子育种和基因功能研究的障碍。目前 ,在拟南芥等模式植物的研究中 ,非组培方法已成为遗传转化的主要手段 ,这些方法在其它植物中也有广阔的应用前景。本文介绍了几种较为成功的非组培遗传转化方法的应用情况和技术原理 ,并对下一步研究工作提出了建议。

遗传算法在试题自动组卷中的应用

自动组卷系统的实现是提高教学质量和促进教学改革的一项重要内容。自动组卷是指根据用户输入的组卷要求和考核目的,按一定算法从试题库中选择一组题目生成一份试卷的过程。它不仅能实现教考分离,而且通过组卷算法的设计还能提高出题的科学性,更客观地体现教与学的实际水平。

基于非精确信息的QoS组播路由遗传算法

提出了一种新的启发式遗传算法以求解基于非精确状态信息的QoS组播路由选择问题.该算法以基于非精确状态信息的单播QoS路由算法PC-ISI(premise-controlled,inaccurate state information)为基础,将基于非精确状态信息的QoS组播路由问题与遗传算法有机结合,通过初始群体的筛选、自适应罚函数的运用以及启发式交叉和变异等一系列策略,能有效地提高算法的搜索能力和收敛速度.仿真实验也说明该算法性能良好.

整合分析多组学数据筛选疾病靶点的精准医学策略

随着高通量测序技术的不断发展与完善,对于不同层次和类型的生物组学数据的获取及分析方法也日趋成熟与完善。基于单组学数据的疾病研究已经发现了诸多新的疾病相关因子,而整合多组学数据研究疾病靶点的工作方兴未艾。生命体是一个复杂的调控系统,疾病的发生与发展涉及基因变异、表观遗传改变、基因表达异常以及信号通路紊乱等诸多层次的复杂调控机制,利用单一组学数据分析致病因子的局限性愈发显著。通过对多种层次和来源的高通量组学数据的整合分析,系统地研究临床发病机理、确定最佳疾病靶点已经成为精准医学研究的重要发展方向,将为疾病研究提供新的思路,并对疾病的早期诊断、个体化治疗和指导用药等提供新的理论依据。本文详细介绍了基因组、转录组和表观组等系统组学研究在疾病靶点筛选方面出现的新技术手段和研究进展,并对它们之间的整合分析新策略和优势进行了讨论。

立枯丝核菌第一融合群的遗传分化

利用12个随机引物对来自云南省不同地理环境的立枯丝核菌RhizoctoniasolaniKühn第一融合群(AG-1)的13个菌株进行遗传分化关系的研究。结果表明受试菌株被标记的DNA谱带多态性检测率为100%,即受试菌株间几乎无同质的DNA谱带。利用UPGMA法构建分子系统树分析发现,遗传距离0.5将其划分为9个遗传聚类组,遗传距离0.86将其划分为6个遗传聚类组,而遗传距离0.95可将其划分为3个遗传聚类组。结果表明受试AG1融合群的13个菌株具明显的遗传分化。

组卷算法的研究

本文研究和探讨了试题库建设中常用的组卷算法:随机组卷算法、回溯试探法和遗传组卷算法,并对其进行对比分析。

中医药课程测评系统组卷问题策略分析及改进

通过对组卷问题的试卷约束条件进行总结,以及数学模型的分析,探讨了基于传统遗传算法的智能组卷策略,针对传统遗传算法的智能组卷策略进行改进,修改遗传算法的编码方式、适应度函数、改变变异算子等条件,改进的遗传算法组卷策略在实际应用中组卷效率提高,验证了基于遗传算法的组卷问题策略改进的先进性。

三种常用智能组卷算法剖析

当今社会已经进入了信息化时代，信息传递的高速化，信息产业的多样化，信息科技的高新化已经成为全球经济和社会发展的基本特征。随着计算机应用的日益普及和深入，传统的考试方式也面临着变革，而利用计算机考试系统实现无纸化考试已经成为一种重要的考试方式。基于计算机技术的在线考试系统可以借助于遍布全球的Internet进行，因此考试既可以在本地进行，也可以在异地进行，大大拓展了考试的灵活性。试卷可以根据题库中的试题即时自动生成，可避免考试前的压题；而且可以采用大量标准化试题，在这其中从题库中的试题即时自动生成试卷是在线考试系统中最关键的一个环节，是试题库系统的重要的核心部分，决定到试卷质量的好坏。目前这种智能组卷算法比较常见有随机组卷算法、回溯组卷算法、遗传组卷算法，下面逐一剖析这几种算法的应用。

改进的量子遗传算法及其在WMSN覆盖优化中的应用

对量子遗传算法进行了研究。量子遗传算法只使用一个最优染色体来指导种群的进化,极易陷入局部最优,本文对此进行了改进,提出使用多个精英染色体来指导整个种群的进化。讨论了精英染色体的产生、维护与作用,并在此基础之上提出了一种基于精英组的量子遗传算法(elite groupbased quantum genetic algorithm,EQGA)。最后,将EQGA应用到无线多媒体传感器网络的覆盖优化问题中。对比测试表明,EQGA求出的解比遗传算法和量子遗传算法求出的解都要好。

阿尔茨海默病基因组学研究

阿尔茨海默病(AD)是最大的一类神经退行性疾病。因为目前仍无有效干预手段,其药物开发迫在眉睫,而AD的基因组学研究则是其药物研发的重要原动力之一。AD的基因组学研究包括诸多方面,如大规模遗传风险研究、脑转录组研究、表观遗传研究等,近年来均取得了一些显著进展,带动了AD的药物发现。同时,因为早期发现和早期干预是现阶段的重要任务,早期标志物研究也是前沿热点,其中包括外周血转录组研究等。本文将对这些方面的研究进行简短回顾。因为AD的发病机制可能存在较大的异质性,AD的基因组学将来也会成为AD个体化精准医疗的重要保障。

通过系统分析揭示组蛋白修饰模式与转录因子结合之间的关联(英文)

转录因子对顺势调控元件的选择性结合,在哺乳动物细胞类型特异的基因表达中扮演重要的角色.这个过程受到染色质表观遗传状态的潜在调控.近期,染色质免疫共沉淀结合测序的研究提供了大量泛基因组水平的数据,阐述转录因子结合以及组蛋白修饰的位点,这为系统地研究转录因子和表观遗传标记之间的空间及调控关系提供了基础.该研究对公共数据库中的染色质免疫共沉淀结合测序数据进行整合分析,涉及5个细胞系中的85种转录因子、9种组蛋白修饰,目的是研究转录因子结合位点与组蛋白修饰模式以及基因表达在泛基因组水平上的关联.作者发现,不同转录因子与组蛋白修饰的共定位模式高度一致,并且组蛋白修饰在距离转录因子结合位点约500碱基对的位置富集.作者还发现,转录因子结合位点的占有率与活性组蛋白修饰的水平和双峰模式正相关,并且启动子区域组蛋白修饰的双峰和共定位模式和基因的高转录水平相一致.组蛋白修饰模式、转录因子结合位点的占有率与基因转录之间的关联暗示了细胞可能利用的基因表达调控机制.

联合应用噬菌体展示技术与重组cDNA表达文库血清学分析技术筛选肺癌早期诊断相关抗原

目的：筛选有效的人肺癌早期诊断相关抗原，以提高肺癌的早期诊断水平。方法：构建人早期肺癌cDNA T7噬菌体展示文库；筛选出差异性噬菌体克隆，测序后进行生物信息学分析；最后利用重组cDNA表达文库血清学分析（SEREX）技术对8个差异性噬菌体克隆构建肺癌相关抗原微阵列，分别与肺癌患者和正常人的血清反应，评价各个抗原单独应用与联合应用诊断肺癌的价值。结果：构建的肺癌T7噬菌体展示文库的滴度为3．71×10^6pfu／ml，噬菌体数为1．11×10^6pfu。cDNA文库的重组率超过90％。筛选出9个差异性噬菌体克隆，测序后发现A42与A83抗原的基因序列相同。生物信息学分析发现8个抗原的基因均为已知基因，除了A54以外，其余与肿瘤均有明确的关系。8个抗原与肺癌患者血清的阳性反应率均高于与正常人血清的阳性反应率，差异均具有统计学意义（均P〈0．05）。在特异性不低于60％的情况下，各个抗原单独用于肺癌诊断时的灵敏性均低于70％。各个抗原的曲线下面积均低于0．8。而复合抗原诊断肺癌的灵敏性为90．8％，特异性为94．1％，曲线下面积高达0．969。结论：本研究成功构建了库容量大、重组率高、代表性好的人肺癌T7噬菌体展示文库，并筛选到8个肺癌相关抗原。由这8个抗原组成的复合抗原诊断肺癌的灵敏性与特异性均在90％以上，诊断价值较高。

组学技术在糖尿病视网膜病变中的研究进展

糖尿病视网膜病变(DR)是糖尿病常见且严重的眼部并发症之一,是工作年龄人群致盲的首要原因。目前,DR的发病机制尚未完全阐明,晚期治疗效果有限。近年来研究发现DR在基因组学、转录组学、表观遗传组学、蛋白质组学以及代谢组学等方面均有特异性的表现特征。随着高通量组学检测技术的快速发展,可利用不同组学技术从不同层面探究DR的发病机制。本文就DR在不同组学中的研究进展,以及多组学联合分析与DR研究新方向予以综述,最后探讨了当前所存问题以及未来展望。利用不同组学技术从不同层面探究DR的发生发展,这为阐明DR的病理生理机制、寻找新的生物标志物及治疗靶点提供了思路。

表观遗传修饰在剥脱综合征发病及治疗中的作用研究进展

剥脱综合征(XFS)是一种年龄相关、具有高度遗传性的眼部纤维性疾病,易继发青光眼,严重危害患者视功能。新近研究发现,表观遗传修饰参与眼部剥脱物质的形成,在XFS的发生发展中发挥重要作用。多项研究表明,表观遗传修饰方式中,DNA甲基化、非编码RNA、组蛋白修饰及表观遗传代谢组可能在XFS发病中发挥一定作用,并有助于借此开展相关治疗应用。但目前对表观遗传修饰与XFS发病的相关认识大多停留在理论水平,仍需更精确的动物实验及临床试验研究来验证。

玫瑰、月季、蔷薇等蔷薇属植物RAPD分析

对蔷薇属的玫瑰、月季、蔷薇 3个种的 15个品种进行RAPD分析 ,16个引物对受试品种PCR扩增共获得 2 0 2条谱带 ,其中 12 3条 (6 0 .9% )表现多态性。利用UPGAMA法构建分子系统进化树 ,以相似性系数 0 .5为阈值 ,玫瑰与月季为一个聚类组 ,蔷薇为另一个聚类组 ;以相似性系数 0 .6为阈值 ,4个蔷薇品种分为 4个不同的聚类组 ,5个月季品种为一个聚类组 ,5个玫瑰品种为一个聚类组 ,平阴紫枝玫瑰单独为一个聚类组 ,表明玫瑰与月季的亲缘关系较近 。

中国人着色性干皮病遗传互补组分析

目的 建立中国人着色性干皮病（ｘｅｒｏｄｅｒｍａ ｐｉｇ ｍ ｅｎｔｏｓｕ ｍ ， Ｘ Ｐ） 患者成纤维细胞株，分析其遗传互补组及分布。方法 对着色性干皮病患者成纤维细胞进行传代培养、建株，采用放射自显影和细胞融合技术分析 Ｘ Ｐ 细胞互补组。结果 ４ 株 Ｘ Ｐ 细胞中，３ 株属 Ｃ 组，１ 株属 Ｅ 组， Ｅ 组 Ｘ Ｐ 细胞在中国人群中是第１ 次发现。结论 综合已往报道的中国人 Ｘ Ｐ 细胞互补组７ 例和本研究４ 例，共计１１ 例，其中 Ｃ 组９例， Ｆ 组１ 例， Ｅ 组１ 例。说明中国人 Ｘ Ｐ Ｃ 组居多。而日本人 Ｘ Ｐ 细胞分布以 Ｘ Ｐ Ａ 组居多， Ｘ Ｐ Ｃ 组极少。

应用贝叶斯方法评估7周龄蛋鸡体质量

为了评估蛋鸡早期体质量,将母体遗传效应列入动物模型随机效应、遗传组协变量列入动物模型固定效应,应用贝叶斯方法估计遗传参数。试验鸡来自白莱航鸡与绿壳蛋鸡F2资源群体,包括亲代、F1代和F2代总计5 538只。经数据整理,去除翅号重复、性别不明、3倍标准差之外个体记录。采用MCMCglmm软件包以贝叶斯方法剖分7周龄蛋鸡体质量表型方差。遗传模型固定效应包括品种、世代效应及遗传组协变量;蛋鸡资源群体7周龄体质量加性遗传力为0.36(95%置信区间:0.27～0.46),母体遗传力为0.05(95%置信区间:0.03～0.07)。蛋鸡F2资源群体遗传评估时应考虑遗传组效应的影响;母体遗传效应影响7周龄蛋鸡体质量,在进行配套系选育时应考虑母体遗传效应的利用。

上海地区部分婴幼儿腹泻标本中诺如病毒基因分析

目的了解2006年上海哨点医院婴幼儿疑似病毒性腹泻散发病例中诺如病毒基因型别和基因特征。方法应用反转录-聚合酶链反应(RT-PCR)扩增标本中诺如病毒核酸,测序后使用DNAstar基因分析软件与Genbank中的参考株进行核酸序列分析。结果13份测序结果均属于诺如病毒GⅡ遗传组,以GⅡ.4基因型为主。其中2份核酸序列与2006年德国汉堡毒株序列同源性相近,分别为86.2%和88.2%;2份核酸序列与2006年荷兰乌得勒支毒株序列同源性相近,均为83.9%;其余9份核酸序列与2004年中国广西、2004年和2005年日本东京毒株序列同源性相近,为87.3%～97.5%。结论2006年上海哨点医院婴幼儿疑似病毒性腹泻标本中存在诺如病毒GⅡ.4基因型散发病例,不同病毒株之间差异较大。