2020年广东肇庆地区鹅细小病毒VP1基因遗传进化分析

2019~2020年从广东肇庆地区的部份鹅场中收集到12份疑似小鹅瘟病例,对疑似小鹅瘟病例进行病原核酸鉴定,对阳性病例进行病毒分离和VP1基因的序列扩增和遗传进化分析。结果表明,12份疑似小鹅瘟病例中,共检测到7份阳性样品,阳性检测率为58.3%。从阳性病例样本中分离获得7株小鹅瘟病毒毒株,其中1株与Ⅰa亚群毒株核苷酸序列相似性高达99.1%~99.3%,另6株则聚类形成此前未报道过的新亚群,本文将其命名为Ⅰf亚群。本研究结果进一步完善了我国广东地区小鹅瘟的流行病学信息,为本地区小鹅瘟病毒的流行病学调查及该病的综合防控奠定理论基础。

2015-2018年广东省猪流行性腹泻病毒M基因的遗传进化分析

本试验通过对22株采集于2015-2018年广东省内猪流行性腹泻病毒(PEDV)流行株的M基因进行克隆和测序,并将测序结果与NCBI中PEDV参考株M基因进行同源性分析和构建系统进化树,从而了解广东省PEDV流行株的近年来遗传变异情况。结果显示,22株PEDV流行株间核苷酸序列同源性为97.5%~100.0%,与华南地区参考株M基因核苷酸序列同源性为97.7%~99.9%,与国内较早分离株CH/S和经典毒株CV777同源性较低,分别为97.5%~98.1%、97.7%~98.2%。PEDV M基因遗传进化分析显示,22株广东PEDV流行株的同源性较高,亲缘关系紧密,此外,22株广东PEDV流行株与大部分代表性毒株、疫苗株亲缘关系较远,如国内早期分离株CH/S、经典毒株CV777、韩国株KRPEDV-9-Vaccine、泰国株MNIAH10054108、日本株JMe2、英国株Brl/87等。试验结果表明,广东省当前的PEDV流行毒株存在基因变异并形成独特进化分支。

羊源多杀性巴氏杆菌sodA基因的克隆、表达及其生物信息学分析

为了解羊源多杀性巴氏杆菌超氧化物歧化酶(SOD)的生物学功能,本试验对该菌sodA基因进行克隆及原核表达,并对克隆的sodA基因进行遗传进化树分析,对其表达的SOD蛋白进行生物信息学分析。参照GenBank中多杀性巴氏杆菌HN06株基因组中sodA基因序列信息设计引物进行PCR扩增,将产物与pET-28a(+)载体相连,构建pET-28a(+)-sodA重组质粒,将该质粒转化E.coli DH5α感受态细胞进行克隆,再转化E.coli BL21(DE3)感受态细胞进行表达,经IPTG诱导后对表达蛋白进行SDS-PAGE和Western blotting鉴定分析。结果显示,本试验成功扩增出大小为645bp的目的片段,并表达出大小约28ku的目的蛋白。遗传进化树分析表明,该基因与HN07(GenBank登录号:CP007040.1)和Pm70(GenBank登录号:AE004439.1)株亲缘关系较近,重组蛋白生物信息学分析显示,该融合蛋白为稳定的酸性亲水可溶性蛋白,分子式为C1085H1651N293O309S9,分子质量为24 032.36u,理论等电点为6.19,消光系数为45 170,不稳定系数为26.87(<40),在哺乳动物网织红细胞的半衰期预计为30h,疏水指数为82.15,总平均疏水性(GRAVY)为-0.282,二级结构以α-螺旋和无规则卷曲为主。以上研究结果为后续深入研究多杀性巴氏杆菌在羊体内的存活机制及研发预防巴氏杆菌病的疫苗提供了参考。

新疆红枣软腐病病原菌的鉴定

【目的】鉴定枣软腐病的致病病原,为有针对性的开展病害防治奠定基础。【方法】采用病原菌常规分离技术获取疑似病原物,通过形态学特征和回接验证对病原进行鉴定;利用PCR技术获取病原菌的ITS基因的序列片段,通过与Gen Bank中已有的相关序列进行比对分析,构建遗传进化树,结合形态学鉴定和致病性实验验证,鉴定病原。【结果】新疆枣软腐病病原的形态学特征与米根霉(Rhizopus oryzae)相似。枣软腐病的病原与Gen Bank中已知的米根霉菌株的ITS序列显示99%~100%的相似性,在遗传进化树分析中并聚在同一组。【结论】基于形态学特征、致病性试验以及分子鉴定结果,新疆枣软腐病病原被鉴定为Rhizopus oryzae。

安徽地区2011年～2014年小鹅瘟的病毒分离及其流行情况

为了解近年安徽地区小鹅瘟的流行情况，本研究对2011年-2014年安徽省11个地区的36份疑似小鹅瘟的，临床样品进行鹅胚接种、琼脂扩散试验和PCR检测，同时在分离的阳性株中选取10个分离株进行VP基因测序并绘制遗传进化树。结果共分离鉴定出31例鹅细小病毒（GPV）分离株，这些分离株几乎遍布安徽地区所有鹅的养殖品种，发生时间以春季为主，发病地区以中部和西部居多；遗传进化树分析表明GPV安徽分离株与国内大部分分离株属于同一分支，明显不同于国内疫苗株SYG61v和台湾疫苗株82—0321v，并且均属于强毒株。本研究数据显示GPV在安徽地区并未出现明显的变异。

北京市4例输入性黄热病病例病毒全基因组特征分析

目的 通过对2016年北京市4例输入性黄热病病毒全基因组深度测序分析,以期对病毒进行溯源、分析疫苗有效性以及防控策略提供分子依据.方法 将荧光PCR检测为阳性的血液、尿液样本利用Ion Torrent PGM平台进行全基因组深度测序,通过MEGA 6.0软件中邻接法进行遗传进化分析,并采用Lasergene Protean软件进行E蛋白氨基酸变异分析及抗原性分析.结果 从首例病人的血液样本和其他3个病例的尿液样本中分别获得了黄热病病毒的全基因组序列.遗传进化树分析结果表明,4例黄热病病毒基因组与安哥拉71株（AY968064）高度同源,相似度分别达99.21％、98.11％、98.02％、98.39％.4例黄热病病毒E蛋白的氨基酸序列与安哥拉71株的序列分析相似度分别达99.6％、99.39％、99.01％、99.59％.4例黄热病病毒E蛋白抗原性与17D疫苗株（X03700）的E蛋白抗原性比较分析无明差异.结论 4例黄热病病毒都是安哥拉流行株类似株,目前使用的17D疫苗具有有效性.