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应用3种遗传分析方法分析养殖鲤与天然群体的遗传差异 被引量:3
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作者 许丽花 李巍 +2 位作者 吴春琳 董在杰 王成辉 《浙江大学学报(农业与生命科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2012年第4期393-399,共7页
应用基于分子标记的主成分分析法、贝叶斯遗传聚类法和遗传重排技术对鲤4个人工选育群体(兴国红鲤、荷包红鲤、玻璃红鲤和建鲤)和2个长江干流天然群体(湖北监利和江苏扬州)的10个微卫星标记结果进行分析,以有效检测人工选育群体间以及... 应用基于分子标记的主成分分析法、贝叶斯遗传聚类法和遗传重排技术对鲤4个人工选育群体(兴国红鲤、荷包红鲤、玻璃红鲤和建鲤)和2个长江干流天然群体(湖北监利和江苏扬州)的10个微卫星标记结果进行分析,以有效检测人工选育群体间以及选育群体与天然群体间的遗传差异。主成分分析显示,人工选育群体与天然群体存在一定程度的遗传分化,荷包红鲤与天然群体的遗传差异最大,其主成分1(PC1)和主成分2(PC2)解释了总遗传变异的48.23%;在贝叶斯遗传聚类分析中,6个群体的最佳聚类数值为4,即兴国红鲤与2个天然群体聚为一类,玻璃红鲤、荷包红鲤和建鲤3个群体分别单独聚为一类;贝叶斯遗传重排分析显示,6个群体的遗传自排率较高,为81%~100%,玻璃红鲤和荷包红鲤的遗传自排率最高,均为100%。研究结果综合表明:4个人工选育群体与天然群体间存在较明显的遗传差异,而且天然群体已受到人工选育群体的遗传影响;这3种方法能很好地检测鲤人工选育群体间、以及选育群体与天然群体间的遗传差异。 展开更多
关键词 微卫星标记 主成分分析 贝叶斯遗传聚类分析 贝叶斯遗传重排技术
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2009年新型甲型H1N1流感病毒全基因组序列重组分析 被引量:18
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作者 殷建华 谢佳新 +4 位作者 韩磊 鹿文英 韩一芳 张宏伟 曹广文 《第二军医大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2009年第6期637-640,共4页
目的:分析2009年流行的新型甲型流感病毒(A/H1N1)全序列的基因重组现象。方法:从NCBI基因数据库下载2009年新型甲型流感病毒(A/H1N1)全基因组序列,采用Molecular Evolutionary Genetics Analysis version 4.0(MEGA4.0)软件对8条基因序... 目的:分析2009年流行的新型甲型流感病毒(A/H1N1)全序列的基因重组现象。方法:从NCBI基因数据库下载2009年新型甲型流感病毒(A/H1N1)全基因组序列,采用Molecular Evolutionary Genetics Analysis version 4.0(MEGA4.0)软件对8条基因序列进行拼接和比对,分析2009年爆发株与历史流行株序列间的同源性;同时采用Simplot3.5.1软件分析新型流感病毒A/H1N1基因重组现象。结果:2009年3月以来爆发的新型A/H1N1病毒株聚合酶B1(polymerase B1,PB1)基因来自于人H3N2,其同源性为93.7%;聚合酶B2(polymerase B2,PB2)和聚合酶A(polymerase A,PA)与禽H5N1同源性较高,同源性分别为89.0%、89.9%;血凝素(hemagglutinin,HA)、核蛋白(nucleoprotein,NP)和非结构蛋白(non-structural protein,NS)与北美地区猪H1N1同源性较高,同源性分别为91.7%、93.1%和93.1%;神经氨酸酶(neuraminidase,NA)和基质蛋白(matrixprotein,MP)与欧洲地区猪H1N1同源性较高,同源性分别为90.5%、95.5%。全基因序列同源性分析发现2009年新型A/H1N1病毒与北美地区猪H1N1病毒同源性最高,为83.9%。结论:2009年新型甲型H1N1流感病毒可能是人H3N2、北美地区猪H1N1、欧洲地区猪H1N1、禽H5N1的基因重排病毒。 展开更多
关键词 H1N1甲型流感病毒 病毒基因组 遗传重排 进化
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Estimation of kinetics parameters in Beckmann rearrangement of cyclohexanone oxime using genetic algorithm 被引量:4
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作者 吴剑 李忠 罗和安 《Journal of Central South University of Technology》 EI 2006年第4期383-388,共6页
Beckmann rearrangement mechanism of cyclohexanone oxime, based on the characteristic of self-catalyzed reaction and polymorphism was proposed. According to the suggested mechanism, the basic approach was the rearrange... Beckmann rearrangement mechanism of cyclohexanone oxime, based on the characteristic of self-catalyzed reaction and polymorphism was proposed. According to the suggested mechanism, the basic approach was the rearrangement of OXH+ while the SO3 acts as dehydrating agent and OXSO3 can turn to CPLSO3 ultimately. Considering self-catalyzed reaction between OXSO3 and CPLH+, kinetic model for Beckmann rearrangement was established. Corresponding parameters were estimated by using float genetic algorithm (GA) and simulation results agree well with the experimental data below -19.3℃. Industrial equipment was simulated and analyzed. Effects of key process parameters such as molar ratio of sulfuric acid to oxime and circulation ratio on the residual oxime are also discussed. The results show that the caprolactam exists as CPLH+ finally in oleum and the minimum molecular ratio of sulfuric acid to oxime can be 0.5 theoretically. 展开更多
关键词 Beckmann rearrangement reaction kinetics genetic algorithm CAPROLACTAM
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染色体相互易位携带者胚胎植入前染色体结构重排遗传学检测结果的影响因素分析 被引量:1
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作者 王珺 张振强 +2 位作者 王茜怡 苟兴庆 何玉萍 《中华妇幼临床医学杂志(电子版)》 CAS 2022年第6期652-659,共8页
目的探讨夫妇(亲代)之一的染色体相互易位携带类型,对其囊胚染色体异常的影响。方法选择2018年6月至2021年6月于空军军医大学唐都医院采取辅助生殖技术(ART)助孕,并进行胚胎植入前染色体结构重排遗传学检测(PGT-SR)的231对夫妇其中之一... 目的探讨夫妇(亲代)之一的染色体相互易位携带类型,对其囊胚染色体异常的影响。方法选择2018年6月至2021年6月于空军军医大学唐都医院采取辅助生殖技术(ART)助孕,并进行胚胎植入前染色体结构重排遗传学检测(PGT-SR)的231对夫妇其中之一为染色体相互易位携带者的1091枚囊胚为研究对象。回顾性分析亲代的临床病例资料及其囊胚PGT-SR结果。采用成组t检验及χ2检验,对PGT-SR结果为染色体异常与正常囊胚的亲代(染色体相互易位携带者)临床资料进行比较(单因素分析);采用多因素非条件logistic回归分析,对染色体相互易位携带者的囊胚PGT-SR结果影响因素进行分析。本研究经空军军医大学唐都医院伦理委员会批准(审批文号:K202108-09),所有受试者签署胚胎PGT-SR知情同意书。结果①染色体相互易位携带者的囊胚PGT-SR结果影响因素的单因素分析显示:染色体异常囊胚的亲代为最长和最短易位片段的比值(TSR)≥2及染色体相互易位片段含末端断点的染色体相互易位携带者的比例(76.8%、38.0%),均高于染色体正常囊胚(68.7%、29.1%),并且差异均有统计学意义(χ2=7.67、7.91,P=0.006、0.005)。②多因素非条件logistic回归分析结果:染色体相互易位携带者为女性(OR=1.39,95%CI:1.05~1.85,P=0.021),TSR≥2(OR=1.48,95%CI:1.13~1.94,P=0.005),染色体相互易位片段含末端断点(OR=1.50,95%CI:1.13~2.00,P=0.005),均是染色体相互易位携带者的囊胚PGT-SR结果为染色体异常的独立危险因素。③TSR≥2与TSR<2,以及染色体相互易位片段含末端断点与不含末端断点的染色体相互易位携带者的囊胚PGT-SR结果(染色体拷贝数正常、易位染色体异常、其他染色体异常)构成比比较,差异均有统计学意义(P<0.05)。结论对于夫妇中染色体相互易位携带者为女性,TSR≥2及染色体相互易位片段含末端断点的染色体相互易位携带者,其囊胚染色体异常风险较高,在采取ART助孕过程中建议进行胚胎PGT-SR,并做好充分的遗传咨询。 展开更多
关键词 易位 遗传 性别特性 囊胚 减数分裂 染色体断裂点 易位片段最长与最短的比值 易位断点距着丝粒距离最长与最短的比值 植入前染色体结构重排遗传学检测
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PGT-SR后囊胚形态学评分与冻融单囊胚移植活产的相关性分析
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作者 王宁宁 王世铭 苏迎春 《中华生殖与避孕杂志》 CAS CSCD 北大核心 2024年第3期256-262,共7页
目的探讨胚胎植入前染色体结构重排检测(preimplantation genetic testing for chromosome structural rearrangements,PGT-SR)后囊胚形态学评分对冻融单囊胚移植活产的影响。方法回顾性病例对照研究分析2015年3月至2021年1月期间于郑... 目的探讨胚胎植入前染色体结构重排检测(preimplantation genetic testing for chromosome structural rearrangements,PGT-SR)后囊胚形态学评分对冻融单囊胚移植活产的影响。方法回顾性病例对照研究分析2015年3月至2021年1月期间于郑州大学第一附属医院生殖医学中心行PGT-SR助孕后冻融单囊胚移植患者的临床资料,共1412个移植周期。依据是否获得活产分为活产组(n=634)和未活产组(n=778),根据囊胚扩张度、内细胞团和滋养层细胞形态对囊胚进行评分,比较各形态学参数的活产率差异。通过二元logistic回归评估每个形态学参数对单囊胚移植活产的预测价值。再依据囊胚发育天数分为第5天囊胚(n=977)和第6天囊胚(n=435),进一步探究第5天和第6天囊胚的不同扩张度分期的活产。结果活产组的不孕年限[(2.88±2.41)年]比未活产组[(3.18±2.67)年,P=0.028]短。活产组的移植日内膜厚度[(10.12±2.03)mm]和第5天囊胚移植周期比例[75.6%(479/634)]比未活产组[(9.78±1.76)mm,P=0.003;64.0%(498/778),P<0.001]高;两组间内膜准备方案、囊胚扩张度和滋养层细胞等级构成比比较差异均有统计学意义(P=0.008、P=0.002、P=0.015)。两组间内细胞团等级构成比差异无统计学意义(P=0.236)。调整相关混杂因素后,二元logistic回归分析结果显示,与1~2期相比,3期、4期的活产率显著升高(aOR=1.894,95%CI:1.056~3.394,P=0.032;aOR=1.970,95%CI:1.046~3.709,P=0.036),内细胞团和滋养层细胞等级并不是活产的独立影响因素(aOR=1.480,95%CI:0.790~2.772,P=0.221;aOR=1.242,95%CI:0.952~1.621,P=0.111)。内膜准备方案、囊胚发育天数和内膜厚度同样是活产的独立影响因素,与激素替代方案相比,自然周期方案的活产率显著升高(aOR=1.425,95%CI:1.028~1.975,P=0.033);与第6天囊胚相比,第5天囊胚的活产率显著升高(aOR=1.448,95%CI:1.068~1.963,P=0.017)。进一步分析相同囊胚发育天数的不同扩张度分期的活产,结果显示,第5天囊胚的不同扩张度分期间的活产率差异有统计学意义(P=0.002),3期、4期和6期的活产率[51.1%(360/704)、50.3%(87/173)、58.3%(7/12)]均高于1~2期[28.1%(16/57),均P<0.0125]。结论行PGT-SR助孕后冻融周期单囊胚移植时,建议优先选择扩张度为3~4期的第5天囊胚移植,选择自然周期内膜准备方案可获得更高的活产率。 展开更多
关键词 冻融胚胎移植 单囊胚移植 形态学评分 活产率 胚胎植入前结构重排遗传学检测
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亲代平衡易位携带者的性别对胚胎染色体的影响 被引量:2
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作者 王珺 王茜怡 +3 位作者 苟兴庆 巨瑛 张亨德 王晓红 《中华医学遗传学杂志》 CAS CSCD 2022年第9期958-962,共5页
目的探讨平衡易位携带者的性别对胚胎染色体的影响。方法回顾性分析235对一方携带相互易位夫妇(1163枚胚胎)和70对一方携带罗氏易位夫妇(351枚胚胎)共1514枚囊胚,经二代测序技术行植入前染色体结构重排遗传学检测。结果在调整了女方年... 目的探讨平衡易位携带者的性别对胚胎染色体的影响。方法回顾性分析235对一方携带相互易位夫妇(1163枚胚胎)和70对一方携带罗氏易位夫妇(351枚胚胎)共1514枚囊胚,经二代测序技术行植入前染色体结构重排遗传学检测。结果在调整了女方年龄、抗苗勒管激素、卵巢刺激方案、Gn用量等混杂因素后,携带相互易位及罗氏易位的女性发生胚胎染色体异常的风险分别较男性携带者增加0.41倍[OR(95%CI),1.41(1.06,1.87),P<0.05]和1.02倍[OR(95%CI),2.02(1.20,3.40),P<0.01]。按女性年龄分层后显示,>30岁的女性相互易位携带者和25~30岁的女性罗氏易位携带者,发生胚胎染色体异常的风险较男性携带者分别增加0.67倍[OR(95%CI),1.67(1.10,2.56),P<0.05]和1.06倍[OR(95%CI),2.06(1.02,4.15),P<0.05]。结论女性平衡易位携带者较男性具有更高风险形成染色体异常的胚胎,此外其年龄可能也是潜在的风险因素。 展开更多
关键词 染色体易位 胚胎植入前结构重排遗传学检测 二代测序技术 遗传咨询
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