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新型聚酮合酶基因簇的分离与部分鉴定
被引量:
4
1
作者
焦豫良
王梁华
+6 位作者
董晓毅
宗英
高云
任娜
郭爱芸
张兴群
焦炳华
《中国抗生素杂志》
CAS
CSCD
北大核心
2008年第3期134-139,共6页
目的从海洋沉积物中分离新型聚酮合酶(PKS)基因簇,并解析其基因结构,为研究PKS的组合生物合成提供新组件。方法采集中国东海沉积物样本,并提取宏基因组DNA,以其为模板,通过简并PCR扩增新型PKS片段,用地高辛标记正确的扩增片段作为探针,...
目的从海洋沉积物中分离新型聚酮合酶(PKS)基因簇,并解析其基因结构,为研究PKS的组合生物合成提供新组件。方法采集中国东海沉积物样本,并提取宏基因组DNA,以其为模板,通过简并PCR扩增新型PKS片段,用地高辛标记正确的扩增片段作为探针,然后从本研究中构建的海洋沉积物样本Fosmid宏基因组文库中筛选完整基因簇,测序、结构分析。结果(1)所分离得到的海洋沉积物宏基因组DNA可直接作为PCR模板,简并PCR扩增得到26个新型KS编码片段,并成功提交GenBank;(2)所得DNA构建成滴度约5×108cfu/ml的Fosmid文库,插入片段平均长度约为40kb;(3)将其中的一个KS片段(GenBank登录号DQ942531)用地高辛标记并筛选部分文库,得到4个克隆,测序得到7981bp的序列(GenBank登录号EF568935),结构分析发现含典型的I型PKS组件,如酮缩酶(KS)、酰基转移酶(AT)、酰基载体蛋白(ACP)等。结论简并引物扩增、宏基因组文库筛选、测序、结构分析,在本研究中被证明是有效的分离新PKS基因簇的途径;通过系统进化树分析得出26条新KS片段属于Ⅰ型KS片断和杂合PKS/NRPS基因簇,主要来自放线菌门、δ变形菌门、蓝藻门和β变形菌门的微生物。
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关键词
海洋沉积物
聚
酮
合
酶
酮缩酶
基因簇
组合生物合成
下载PDF
职称材料
题名
新型聚酮合酶基因簇的分离与部分鉴定
被引量:
4
1
作者
焦豫良
王梁华
董晓毅
宗英
高云
任娜
郭爱芸
张兴群
焦炳华
机构
第二军医大学基础医学部
出处
《中国抗生素杂志》
CAS
CSCD
北大核心
2008年第3期134-139,共6页
基金
国家自然科学基金项目(30670043)
863计划海洋技术领域专题项目(2006AA09Z434)资助
文摘
目的从海洋沉积物中分离新型聚酮合酶(PKS)基因簇,并解析其基因结构,为研究PKS的组合生物合成提供新组件。方法采集中国东海沉积物样本,并提取宏基因组DNA,以其为模板,通过简并PCR扩增新型PKS片段,用地高辛标记正确的扩增片段作为探针,然后从本研究中构建的海洋沉积物样本Fosmid宏基因组文库中筛选完整基因簇,测序、结构分析。结果(1)所分离得到的海洋沉积物宏基因组DNA可直接作为PCR模板,简并PCR扩增得到26个新型KS编码片段,并成功提交GenBank;(2)所得DNA构建成滴度约5×108cfu/ml的Fosmid文库,插入片段平均长度约为40kb;(3)将其中的一个KS片段(GenBank登录号DQ942531)用地高辛标记并筛选部分文库,得到4个克隆,测序得到7981bp的序列(GenBank登录号EF568935),结构分析发现含典型的I型PKS组件,如酮缩酶(KS)、酰基转移酶(AT)、酰基载体蛋白(ACP)等。结论简并引物扩增、宏基因组文库筛选、测序、结构分析,在本研究中被证明是有效的分离新PKS基因簇的途径;通过系统进化树分析得出26条新KS片段属于Ⅰ型KS片断和杂合PKS/NRPS基因簇,主要来自放线菌门、δ变形菌门、蓝藻门和β变形菌门的微生物。
关键词
海洋沉积物
聚
酮
合
酶
酮缩酶
基因簇
组合生物合成
Keywords
Marine sediments
Polyketide synthase
Ketoacyl synthase
Gene clusters
Combinatorial biosynthesis
分类号
Q78 [生物学—分子生物学]
下载PDF
职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
新型聚酮合酶基因簇的分离与部分鉴定
焦豫良
王梁华
董晓毅
宗英
高云
任娜
郭爱芸
张兴群
焦炳华
《中国抗生素杂志》
CAS
CSCD
北大核心
2008
4
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