苯丁酸甘油酯治疗儿童鸟氨酸氨甲酰基转移酶缺乏症1例

苯丁酸甘油酯(glyceryl phenylbutyrate,GPB)是治疗鸟氨酸氨甲酰基转移酶缺乏症(ornithine transcarbamylase deficiency,OTCD)的长期管理药物,可有效控制高氨血症,但国内使用该药的经验匮乏。该文回顾性分析上海交通大学医学院附属上海儿童医学中心1例诊断为OTCD的患儿资料,并进行相关文献复习。该患儿确诊后使用GPB治疗,随后进行疗效随访和药学监测。患儿,男,6岁6个月,语言发育差,不听指令,脾气暴躁并伴有攻击性行为。监测血氨最高327μmol/L;尿有机酸分析提示尿嘧啶水平升高;头颅磁共振成像示双侧大脑半球广泛异常信号;基因检测发现OTC基因新生突变(c.241T>C,p.S81P)。予以GPB治疗后1、2、3个月左右的血氨分别为43、80、56μmol/L。患儿治疗期间血氨控制良好,未见与药物相关的不良反应,发育落后情况较前改善,可听指令,脾气好转,无攻击性行为。

地黄氧-酰基转移酶WSD基因的鉴定与表达分析

植物蜡酯合成酶催化长链醇和长链脂肪酸合成蜡酯,对植物蜡质合成及其抗旱、抗致病菌袭击和紫外辐射、抗寒和昆虫侵害等环境胁迫具有非常重要的作用;镉是环境中含量最高的有毒重金属之一,严重威胁植物的生长发育、质量、产量和食用安全。为研究地黄蜡酯合成酶基因镉胁迫表达,该文从地黄全长转录组测序数据中鉴定其成员,并用生物信息学技术与qRT-PCR对其编码蛋白质的理化性质、系统进化和保守结构域及其组织表达与镉胁迫表达进行分析。结果表明:(1)鉴定出两个蜡酯合成酶基因RgOATWSD1与RgOATWSD2,其编码蛋白质的长度、理论等电点和相对分子量依次为463 aa与473 aa、8.86与9.34、51.31 kD与52.49 kD,均为不稳定蛋白。(2)二者均具有acyl_WS_DGAT保守域与DUF1298超家族,前者占其氨基酸序列的92.65%~94.50%。(3)二者均定位于内质网中,二级结构以无规卷曲与α螺旋为主;RgOATWSD1为跨膜蛋白,而RgOATWSD2不是。(4)二者均在地黄根、茎、叶中差异表达。(5)二者表达均受镉胁迫诱导,但其表达变化趋势不同。该研究鉴定了两个镉胁迫应答反应的蜡酯合成酶基因,为地黄RgOATWSD的镉胁迫表达及功能研究奠定了基础。

酯化酶甾醇O-酰基转移酶1在恶性肿瘤中作用的研究进展

甾醇O-酰基转移酶1(SOAT1)是一种位于内质网内的酯化酶,催化细胞内游离胆固醇转化为脂滴。SOAT1被发现在多种恶性肿瘤内高表达,并与恶性肿瘤增殖、侵袭迁移紧密相关。这表明SOAT1有潜力成为恶性肿瘤早期诊断的生物标志物和治疗新靶点。本文就SOAT1的结构、功能及其在恶性肿瘤中作用的相关研究进展进行综述。

OTC基因新变异致鸟氨酸氨甲酰基转移酶缺陷病1例报告

目的报告1例鸟氨酸氨甲酰基转移酶缺陷病(ornithine transcarbamylase deficiency,OTCD)患儿的临床及分子遗传学特点,为本病诊疗提供参考。方法回顾性分析一例OTCD患儿临床和实验室资料。结果患儿女性,1岁6月,因“反复呕吐伴烦躁不安4月余”就诊。查体发现双下肢张力减退,双侧膝关节反射亢进,双侧踝阵挛阳性。血生化谷丙转氨酶、谷草转氨酶及血氨升高,尿液有机酸分析显示尿嘧啶、乳清酸和4-羟基苯乳酸水平升高。遗传学分析在患儿OTC基因检出c.612614del(p.Ile204del)新生变异,结合ACMG标准判断该变异具有致病性。经限制蛋白质摄入、精氨酸、瓜氨酸和苯甲酸钠等治疗后患儿病情控制仍不理想,于2岁时进行肝移植治疗,移植后患儿肝功能和血氨恢复正常。结论本文通过临床和遗传学研究,发现1个OTC新变异c.612614del,确诊了一例OTCD患儿,为本病确诊和遗传咨询提供了遗传学标记物,同时为临床和实验室特征的科学认识积累了资料。

薰衣草醇酰基转移酶基因(AAT)的克隆和表达分析

醇酰基转移酶(AAT)可以催化乙酰辅酶A与萜烯醇类物质的结合,生成各类乙酸酯类化合物。为探明薰衣草AAT基因在酯类化合物合成中的调控作用,本研究以薰衣草品系杂花叶片为供试材料,利用反转录PCR技术克隆薰衣草AAT基因的cDNA序列,该cDNA序列长度为1344 bp,其编码蛋白质由447个氨基酸组成,是非跨膜亲水性蛋白质,属于PLN02481超级家族;薰衣草AAT与黄色猴面花EgAAT亲缘关系最近,相似度为60.87%。AAT基因在苞叶中的表达量最低,在花瓣中的表达量最高;在花冠不同发育时期,该基因在盛开期表达量到达峰值。构建原核表达载体pET-28a-AAT,筛选了重组蛋白在大肠杆菌Transetta(DE3)中的最适诱导表达条件,诱导后获得的重组蛋白质相对分子质量为5.026×10^(4),重组蛋白以包涵体形式存在,具有将芳樟醇催化合成乙酸芳樟酯的生物活性。本研究结果为进一步验证薰衣草AAT基因在酯类化合物合成过程中的功能提供了基础。

溶血磷脂酰胆碱酰基转移酶1在肿瘤中作用的研究进展

溶血磷脂酰胆碱酰基转移酶1作为磷脂胆碱代谢途径中的关键代谢酶,可通过脱酰基-再酰化来介导磷脂酰胆碱的合成,使细胞膜磷脂组成成分发生改变,导致细胞膜骨架发生重塑。溶血磷脂酰胆碱酰基转移酶1可通过加速肿瘤细胞膜磷脂成分的改变、或与表皮生长因子受体、细胞周期相关等肿瘤驱动基因相互作用影响肿瘤细胞的增殖、迁移和侵袭,以及肿瘤细胞的耐药性,促进肿瘤的发展。

六例肉碱棕榈酰基转移酶2缺乏症患儿临床特征及基因变异分析

目的:探讨肉碱棕榈酰基转移酶2(CPT2)缺乏症患儿的临床表型及基因变异特点。方法:回顾性分析6例CPT2缺乏症患儿的临床和基因检测资料,采用串联质谱法检测血酰基肉碱水平,全外显子基因测序法检测基因变异。结果:6例CPT2缺乏症患儿中男性4例、女性2例,平均确诊年龄为32个月(15 d~9岁)。其中1例无临床症状及实验室检查异常、2例迟发型、3例婴儿型。3例由新生儿筛查确诊;3例因临床表现就诊,起病时有发热、肌肉乏力伴肌酶增高。5例患儿表现为游离肉碱降低,棕榈酰基肉碱、十八碳烯酰肉碱升高。6例患儿检测到CPT2基因变异8个位点(携带双位点突变4例,携带单位点突变2例),3种为已知变异(p.R631C、p.T589M和p.D255G),5种为新报道变异(p.F352L、p.R498L、p.F434S、p.A515P、c.153-2A>G)。经PolyPhen2和SIFT软件预测,5个新报道变异中c.153-2A>G和p.F352L为疑似致病变异,p.R498L、p.F434S和p.A515P为临床意义未明变异。结论:CPT2缺乏症临床表型多样,通过新生儿血串联质谱筛查及基因检测有助于早期诊断,确诊后及时治疗大多预后良好。

N-乙酰基转移酶10通过催化赖氨酸残基和胞嘧啶碱基的乙酰化修饰在多种生物学过程和疾病中发挥作用

N-乙酰基转移酶10(N-acetyltransferase 10,NAT10)是一种具有乙酰基转移酶活性的核仁蛋白质,可催化蛋白质赖氨酸残基和RNA胞嘧啶碱基的乙酰化修饰。近年来,大量研究表明,这些乙酰化修饰在端粒酶活性调节、细胞基本且核心功能的调节、细胞胁迫响应、DNA损伤修复、细胞周期调控、核糖体RNA的生物学合成、mRNA稳定性及翻译效率的调节等多种生命活动中发挥重要作用,并且与人类癌症、Hutchinson-Gilford早衰综合症(Hutchinson-Gilford premature aging syndrome,HGPS)的发生、发展和预后密切相关。然而,关于NAT10的研究仍存在一些局限性,例如NAT10完整的结构以及这些结构对其功能的影响仍未知,由NAT10调控的细胞基本功能也尚不清楚,并且NAT10对人类癌症和HGPS发展的具体影响机制也待阐明。本文从NAT10的结构、酶活性、生物学功能及其在疾病中的作用进行了综述,并提出了目前研究的局限性,展望了未来的研究方向,以期为NAT10的相关研究提供参考。

固醇O-酰基转移酶1在肿瘤中的研究进展

固醇O-酰基转移酶1(SOAT1),又称为酰基辅酶A、胆固醇酰基转移酶1(ACAT1),是胆固醇酯化途径中至关重要的酶,其可将内质网中的胆固醇转化为胆固醇酯,随后储存于脂滴中,以维持细胞内脂质代谢平衡。研究发现,SOAT1不仅与动脉粥样硬化和阿尔茨海默病等的发生发展密切相关,还在促进肿瘤发生发展中发挥重要作用。在多种肿瘤中,SOAT1高表达与患者的预后不良密切相关,SOAT1被认为可能成为多种肿瘤患者预后的生物标志物和治疗靶点。本文对SOAT1的结构功能及其在肿瘤中的作用进行综述,以期为SOAT1的进一步研究及临床应用提供参考。

溶血磷脂酰胆碱酰基转移酶3调控内皮细胞激活

目的探究溶血磷脂酰胆碱酰基转移酶3(Lyso-PL Acyltransferases 3,LPCAT3)在湍流(Oscillatory Flow,OSS)介导的内皮细胞激活中的作用。方法于2020年11月—2023年6月济宁市第一人民医院分离5只C57BL/6雄性小鼠的主动脉弓(AorticArch,AA)及胸主动脉(ThoracicAorta,TA),用于提取mRNA检测LPCAT3的表达。将原代内皮细胞随机分为对照组(Static)和研究组(OSS),检测LPCAT3的mRNA水平。同时,敲减LPCAT3,验证血管细胞黏附因子-1(Vascular Cell Adhesion Molecule 1,VCAM-1)、细胞间黏附因子-1(Intercellular Adhesion Molecule 1,ICAM-1)的mRNA表达。结果与胸主动脉(1±0.42)相比,小鼠主动脉弓LPCAT3的mRNA相对表达水平(2.03±0.5)明显上调,差异有统计学意义(P<0.05)。与研究组mRNA的相对表达水平(2.72±0.72)(3.04±0.56)相比,OSS+siLPCAT3组其VCAM-1及ICAM-1表达明显降低为(1.31±0.4)(1.81±0.51),差异有统计学意义(P均<0.05),这意味着抑制内皮细胞LPCAT3能够明显减少湍流介导的炎症因子的表达。结论LPCAT3能够调控湍流介导的内皮细胞激活。

花生油脂合成相关酰基转移酶基因的研究进展

花生是重要的油料作物和经济作物,我国花生年产量居世界第一,居国内油料作物首位,其总产的50%以上均用于榨油。囿于国内粮油争地矛盾和不断增长的油脂消费需求等因素,提高油料作物含油量对保障我国食用油脂安全具有重要的战略意义。花生种子油脂的主要成分为三酰甘油(TAG),其合成受到多个限速酶基因的协同调控,这些基因的时空表达特性、脂肪酸底物选择性和非生物胁迫响应等机制与油脂积累密切相关,最终影响油籽的产量和品质形成。植物油脂合成是涉及多个亚细胞区室、多条合成途径调控的复杂代谢网络,本文在总结植物油脂区室化合成步骤的基础上,对花生油脂的功能特性以及花生油脂合成途径中相关关键酰基转移酶的作用机制和研究现状进行归纳阐述,并提出存在的问题和建议,为花生油脂性状的精准鉴定和遗传育种提供参考。

乙酰基转移酶KAT2A和Survivin蛋白乙酰化在食管癌中的相关性研究

目的 探讨食管癌组织中乙酰基转移酶2A(KAT2A)表达与Survivin蛋白乙酰化水平,分析二者在食管癌发生过程中的相关性。方法 选取70例食管鳞癌组织及其癌旁正常食管黏膜组织。实时荧光定量聚合酶链反应(qRT-PCR)检测Survivin和KAT2A mRNA的表达,免疫组化及Western blotting检测Survivin和KAT2A的蛋白表达,免疫荧光验证Survivin和KAT2A在癌组织中的定位及表达;免疫共沉淀检测Survivin乙酰化。分析Survivin蛋白乙酰化与KAT2A的相关性及其二者与食管癌临床病理特征的关系。构建KAT2A RNA干扰序列,脂质体介导法转染至食管癌EC109细胞。应用qRT-PCR和Western blotting检测转染siRNA-KAT2A的食管癌EC109细胞中KAT2A mRNA和蛋白表达水平,免疫共沉淀检测EC109细胞中Survivin蛋白乙酰化水平。结果 食管癌组织中Survivin和KAT2A mRNA相对表达量高于癌旁组织(P<0.05);食管癌组织中Survivin和KAT2A蛋白呈高表达,而癌旁组织则呈低表达。免疫荧光证实Survivin和KAT2A蛋白在癌组织中同时呈现高表达状态,二者主要表达于细胞质中,部分表达于细胞核中。食管癌组织中Survivin蛋白发生了乙酰化,且食管癌组织中的乙酰化率显著高于癌旁组织(P<0.05);在食管癌组织中Survivin乙酰化和KAT2A表达呈正相关(r=0.517,P<0.05);Survivin乙酰化和KAT2A表达与食管癌的TNM分期、分化程度和淋巴结转移有关(P<0.05)。体外实验显示,RNA干扰下调KAT2A对食管癌细胞Survivin mRNA和蛋白表达量均无影响(P>0.05),但Survivin蛋白的乙酰化水平显著降低(P<0.05)。结论 在食管病变过程中KAT2A参与了Survivin乙酰化修饰,其高表达可能是Survivin乙酰化修饰重要的前期分子事件,在食管癌的诊治中具有潜在应用价值。

溶血磷脂酰胆碱酰基转移酶1在宫颈癌中的表达及临床意义

目的探讨溶血磷脂酰胆碱酰基转移酶1(LPCAT1)在宫颈癌中的表达及其临床意义。方法选取2012年1月1日—2022年12月31日海南医学院第一附属医院妇科手术治疗宫颈癌患者163例作为观察组,另选取同期因患子宫平滑肌瘤施行全子宫切除术患者77例作为对照组。采用免疫组织化学法检测LPCAT1蛋白在宫颈癌组织和正常宫颈组织中的表达水平,比较LPCAT1蛋白水平在不同宫颈癌患者临床病理特征中的差异,运用Kaplan-Meier法分析LPCAT1蛋白表达与宫颈癌患者术后预后的关系,Cox回归模型分析宫颈癌术后预后的影响因素。结果宫颈癌组织中LPCAT1蛋白高表达率显著高于正常宫颈组织(χ^(2)=18.509,P<0.001);FIGO分期Ⅲ~Ⅳ期、浸润深度>1/2肌层、淋巴结转移、中高分化宫颈癌患者LPCAT1蛋白高表达率高于FIGO分期Ⅰ~Ⅱ期、浸润深度≤1/2肌层、无淋巴结转移、低分化者(χ^(2)/P=5.501/0.019,20.463/<0.001,5.979/0.014,21.675/<0.001);LPCAT1蛋白高表达者总生存率显著低于低表达者(χ^(2)=4.791,P=0.029);FIGO分期Ⅲ~Ⅳ期、肿瘤浸润深度>1/2肌层、淋巴结转移、中高分化和LPCAT1蛋白高表达均为宫颈癌患者术后预后的独立危险因素[HR(95%CI)=1.564(1.284~2.122),1.376(1.069~1.972),2.439(1.300~3.950),2.690(2.049~3.699),1.302(1.068~1.590)]。结论LPCAT1蛋白在宫颈癌组织中呈现高表达,且其高表达可提示宫颈癌患者术后预后不良。LPCAT1蛋白可能具有作为宫颈癌早期诊断和预后预测生物标志物的潜能。

不同含油量花生品种中二酰甘油酰基转移酶基因的表达分析

二酰甘油酰基转移酶(DGAT)在植物油脂合成过程中发挥重要作用。本研究利用实时荧光定量PCR检测方法,以低油低油酸品种花育17号、高油高油酸品种花育910和高油低油酸品种花育918为试材,分析了不同含油量花生品种不同发育时期种子中AhDGAT1-1、AhDGAT1-2和AhDGAT3-3基因的表达情况。结果表明:AhDGAT1-1基因表达峰值出现在低油低油酸品种和高油高油酸品种的荚果发育初期(下针后30天),而在高油低油酸品种中则出现在荚果发育中期(下针后40天);AhDGAT1-2基因的表达峰值出现在低油低油酸品种的荚果发育初期、高油高油酸品种和高油低油酸品种的籽仁油脂积累快速期;AhDGAT3-3基因在3个花生品种中的表达峰值均出现在荚果发育的中后期。推测AhDGAT1-1、AhDGAT1-2和AhDGAT3-3基因表达量的增加有利于花生油脂的合成与积累,但其起作用的时期存在种质差异。本研究结果可为花生高油、高油酸品种的选育提供理论依据。

甾醇-O-酰基转移酶1介导的线粒体分裂促进血管钙化

目的阐明甾醇-O-酰基转移酶1(SOAT1)介导的线粒体分裂在血管钙化(VC)中的作用。方法将小鼠血管平滑肌细胞(VSMCs)分成4组:si-NC+Con(SOAT1阴性对照siRNA转染到VSMCs中)、siNC+β-甘油磷酸(β-GP)(SOAT1阴性对照siRNA转染到VSMCs中)、si-SOAT1+Con(SOAT1 siRNA转染到VSMCs中)和si-SOAT1+β-GP(SOAT1 siRNA转染到VSMCs中)。进行CCK-8、伤口愈合试验和茜素红染色评估VSMCs的增殖、迁移、成骨分化。分析VSMCs的线粒体形态和氧化应激水平。20只C57BL/J小鼠随机分为四个不同的组,每组5只:对照组(Ctrl组)、5/6肾切除加高磷酸盐饮食治疗组(NTP组)、NTP+si-NC组和NTP+si-SOAT1组。免疫荧光分析小鼠主动脉侏儒相关转录因子2(RUNX2)、SOAT1和α平滑肌肌动蛋白(α-SMA)表达。结果在β-GP中培养的不同时间段(0、1、3、5、7 d和14 d),VSMCs中成骨标记RUNX2、SOAT1的蛋白水平以时间依赖性方式逐渐增强(P<0.05),和VSMCs收缩标记α-SMA以时间依赖性方式逐渐降低(P<0.05)。与si-NC+Con组相比,si-NC+β-GP组细胞增殖率、EdU阳性细胞比率、细胞迁移和茜素红染色强度显著增加(P<0.05)。与si-NC+β-GP组相比,si-SOAT1+β-GP组细胞增殖率、EdU阳性细胞比率、细胞迁移和茜素红染色强度显著降低(P<0.05)。si-SOAT1+β-GP组RUNX2、SOAT1的蛋白水平显著低于si-NC+β-GP组(P<0.05),和α-SMA的蛋白水平显著高于si-NC+β-GP组(P<0.05)。与si-NC+Con组相比,si-NC+β-GP组细胞线粒体断裂和线粒体产生的ROS水平显著增加(P<0.05)。与si-NC+β-GP组相比,si-SOAT1+β-GP组细胞线粒体断裂和线粒体产生的ROS水平显著降低(P<0.05)。与Ctrl组相比,NTP组和NTP+si-NC组主动脉中茜素红染色阳性面积、RUNX2、SOAT1蛋白表达显著增加(P<0.05)。与NTP+si-NC组相比,NTP+si-SOAT1组主动脉中茜素红染色阳性面积、RUNX2、SOAT1蛋白表达显著减少(P<0.05)。结论高浓度的磷酸盐暴露会诱导VC,这种有害作用可能与SOAT1介导的线粒体分裂有关。

N-乙酰基转移酶10基因与急性髓系白血病病人预后的关系分析

目的:探究N-乙酰基转移酶10(N-acetyltransferase 10,NAT10)与急性髓系白血病(acute myeloid leukemia,AML)预后的关系。方法:选取2015年9月至2018年1月收治的84例初治AML病人(初治组)、20例复发AML病人(复发组)、20例AML完全缓解病人(缓解组)和20名健康人(对照组)为研究对象。用RT-PCR检测受试者骨髓单个核细胞中NAT10 mRNA的表达。ROC曲线分析NAT10 mRNA早期诊断AML的价值,计算曲线下面积(AUC)、灵敏度和特异度。以NAT10 mRNA中位表达水平将84例AML病人分为高表达组和低表达组,比较2组病人的生存预后。结果:初治组和复发组骨髓单个核细胞中NAT10 mRNA相对表达量均高于缓解组和对照组(P<0.05~P<0.01)。NAT10 mRNA早期诊断AML的AUC为0.827(95%CI:0.723~0.930,P<0.01),灵敏度和特异度分别为83.6%和82.6%。COX多因素分析显示,FLT3-ITD/TKD突变和NAT10 mRNA高表达是AML病人总生存时间的独立影响因素(P<0.05),FLT3-ITD/TKD突变和NAT10 mRNA高表达也是AML病人无事件生存时间的独立影响因素(P<0.05)。NAT10 mRNA高表达组中位总生存时间为4个月,低于低表达组的10个月(P<0.01)。NAT10 mRNA高表达组中位无进展生存时间为3个月,低于低表达组的8个月(P<0.01)。结论:NAT10对AML的早期诊断及病情评估可能有一定价值,NAT10 mRNA高表达与AML病人的不良生存预后有关。

鸟氨酸氨甲酰基转移酶缺乏症3例报告

鸟氨酸氨甲酰基转移酶缺乏症属于尿素循环障碍疾病中最常见的类型,临床表现主要为高氨血症及神经系统损害。临床表现严重程度与酶活性的缺失程度及血氨水平有关,轻症可表现为呕吐、惊厥、意识障碍等,重症则可出现脑疝甚至死亡。早期诊断和积极治疗,可改善预后。本文分析3例山东大学附属儿童医院重症医学科诊断的鸟氨酸氨甲酰基转移酶缺乏症患儿的临床表现、实验室检查、治疗及转归情况,以利于临床医生加深对本病的认识,提高诊断、治疗成功率。

三级预防在1例鸟氨酸氨甲酰基转移酶缺乏症家系中的应用

鸟氨酸氨甲酰基转移酶缺乏症(OTCD)是一种由编码鸟氨酸氨甲酰基转移酶(OTC)的基因突变导致尿素循环障碍的疾病,属于X连锁隐性遗传病。OTCD患者,尤其是新生儿期起病的患儿病情进展迅速且预后差,亟需实施有效、经济的预防体系以避免此类缺陷儿的出生。完善的出生缺陷三级预防体系分别从孕前、妊娠和产后筛查中进行携带者筛查、胎儿检测以及出生后的疾病筛查。前瞻性检测、早期诊断和干预可从多个层面预防OTCD的发生。

水稻溶血磷脂酸酰基转移酶基因(LPAT)家族生物信息学分析及在籽粒油脂合成中的作用

【目的】挖掘水稻溶血磷脂酸酰基转移酶(Lysophosphatidic acid acyltransferase,LPAT)基因家族成员信息,分析其生物信息学特征及在水稻籽粒油脂合成中的作用。【方法】通过生物信息学分析,对OsLPAT基因家族进行基因结构、系统进化树、组织表达谱以及激素和逆境表达谱等分析。利用比较代谢组和转录组学的方法,分析OsLPAT家族各成员在水稻籽粒油脂合成中的作用。【结果】水稻基因组中LPAT家族包含5个成员,分别命名为OsLPAT1~OsLPAT5。除OsLPAT1外,其他成员均含有4~6个外显子,且各成员均包含Acyltransferase C-terminus(PF01553)结构域;进化分析显示,LPAT基因在单子叶植物中较为保守;OsLPAT2的表达受多种逆境条件及激素诱导,OsLPAT3和OsLPAT5的表达受到脱落酸(Abscisic acid,ABA)的强烈诱导,而OsLPAT4则特异性地受到渗透胁迫的诱导;比较代谢组和转录组学分析显示,OsLPAT家族各成员分别在籽粒发育的不同阶段发挥功能,从而促进油脂(Triacylglycerol,TAG)合成。【结论】水稻基因组中存在5个LPAT基因,其表达受到不同激素的诱导,可能在水稻激素响应过程中发挥作用。该家族成员参与了不同发育阶段籽粒中的油脂前体磷脂酸(Phosphatidic acid,PA)的合成,从而正调控籽粒中的油脂合成。

三种伞形科蔬菜作物棕榈酰基转移酶基因家族的鉴定与分析

在全基因组水平鉴定胡萝卜(Daucus carota)、芹菜(Apium graveolens)、香菜(Coriandrum sativum)3种伞形科蔬菜作物的棕榈酰基转移酶(protein S-acyltransferase,PAT),对其家族成员进行生物信息学和表达分析,为深入探究该类蛋白在3种伞形科作物生长发育及抵御逆境胁迫中的作用提供参考。利用Basic Local Alignment Search Tool(BLAST)和hmmsearch程序,从胡萝卜、芹菜、香菜基因组中筛选、鉴定PAT家族成员;利用TBtools绘制PAT基因染色体分布图;利用Expasy分析PAT蛋白的等电点、分子量;利用TMHMM-2.0预测PAT蛋白跨膜区;利用CELLO v.2.5、WoLF PSORT预测PAT蛋白的亚细胞定位情况;利用MEGA6构建系统发育进化树;利用MEME分析PAT蛋白保守基序;基于荧光定量PCR实验结果及转录组数据,利用TBtools绘制基因表达热图,分析PAT基因的组织表达特性及胁迫响应情况。结果表明,在胡萝卜、芹菜及香菜基因组中各存在27、25、27个PAT基因,分别命名为DcPAT 1~27、AgPAT 1~25、CsPAT 1~27。这些PAT成员不均匀地分布于染色体上,理化性质存在差异,且均为跨膜蛋白。系统进化分析将伞形科及来源于其他物种的PAT蛋白分为7个类群(Group1~7),伞形科作物PAT蛋白在7个类群中均有分布。结构分析表明,所有的PAT蛋白均含有DHHC-CRD结构域,该序列内的保守氨基酸残基在不同物种间已发生变异。荧光定量PCR和转录组数据分析表明,PAT基因在胡萝卜、芹菜、香菜不同组织间的表达水平有差异,但有部分成员在不同组织间均呈现高水平或低水平表达,另有部分DcPAT基因在盐胁迫和低温胁迫处理后,表达水平发生改变。