休眠解除过程中牡丹花芽均一化酵母杂交文库的构建

以不同低温处理的牡丹花芽为试材,采用DSN(duplex-specific nuclease)均一化技术结合SMARTTM(switching mecha-nism at 5'end of RNA transcript)建库技术合成cDNA,cDNA与pGADT7-Rec重组并转化酵母AH109,构建了冬季牡丹低温累积进程中的花芽均一化cDNA文库。经检测,原始文库滴度为1.77×106cfu/ml,库容量为2.3×108。对管家基因18S rRNA均一化前后丰度检测表明,均一化程度>26,随机挑取了188个克隆,PCR方法测得文库重组率大于95%,插入片段平均长度1200bp,构建的文库质量较高。该文库为进一步通过酵母杂交技术筛选低温解除牡丹休眠进程中受低温调控的转录因子和互作蛋白,进而为构建低温解除休眠的基因调控网络奠定了基础。

基于酵母双杂交文库鉴定鸡PGCs形成过程中的关键泛素化修饰酶

试验拟筛选与C2EIP互作的蛋白,构建调节PGCs形成过程的泛素化E3连接酶复合体。通过逆转录和同源重组等方法构建鸡PGCs酵母文库;将C2EIP连入诱饵空载体pGBKT7中,并转化酵母感受态细胞进行诱饵载体(C2EIP-pGBKT7)的毒性和自激活检测;将酵母文库与诱饵载体菌液共培养后,通过涂板筛选阳性克隆并进行测序和生物信息学分析筛选互作蛋白。结果显示:成功构建了鸡PGCs酵母文库,其滴度为3.0×10^(6)cfu/mL,总库容为1.5×10^(7)cfu,且重组率为100%,符合筛库要求。成功构建无毒性和不能自激活的C2EIP-pGBKT7诱饵载体,能够用于后续的文库筛选。C2EIP-pGBKT7诱饵载体菌液与酵母文库共培养后,通过PCR测序与蛋白序列分析后共筛选了36个C2EIP的互作蛋白,其中RCJMBM04和CCDC174蛋白功能域分析发现分别具有典型的RING功能域和PPXY基序,进行的生物信息学分析发现WWP1和WWP2具有典型的WW功能域,能够与CCDC174结合。研究表明,试验成功鉴定了C2EIP/RCJMB04/CCDC174/WWP泛素化E3连接酶复合体,为后续研究泛素化修饰调控鸡PGCs形成机制奠定理论基础。

灰飞虱高带毒(RSV)群体酵母双杂交cDNA文库的构建

为了研究灰飞虱Laodelphax striatellus Fallén与水稻条纹病毒(rice stripe virus,RSV)互作机制,本研究构建了灰飞虱高带毒群体酵母双杂交cDNA文库。以实验室筛选的灰飞虱高带毒群体为材料,分离纯化mRNA,反转录合成双链cDNA,并连接三框型接头,层析柱分级纯化。采用同源重组反应制备三框型cDNA入门文库,再通过同源重组将入门文库转移到Gateway兼容载体pGADT7-DEST上,构建获得酵母双杂交cDNA文库。检测结果表明:文库库容量为3.68×107cfu,扩增文库滴度为2.62×1010cfu/mL;文库重组率大于95%,cDNA插入片段平均长度>1kb,达到了标准cDNA文库的要求。灰飞虱高带毒群体酵母双杂交cDNA文库的构建为开展昆虫介体与水稻条纹病毒互作机制的研究奠定了基础。

水稻高盐胁迫下的酵母双杂交文库构建及OsRPK1胞内互作蛋白质的筛选

为了挖掘水稻OsRPK1胞内互作蛋白质,阐明OsRPK1参与高盐胁迫的分子机制,本研究利用SMART技术,构建水稻高盐胁迫下根尖的酵母双杂交文库。PCR扩增获得OsRPK1基因编码胞内区域的碱基序列,构建诱饵表达载体(pGBKT7-OsRPK1-CD),检测诱饵表达载体在酵母中的毒性和自激活活性,筛选OsRPK1胞内互作蛋白,进一步分析高盐胁迫下候选基因的表达模式。结果表明,构建的cDNA文库库容量为1.11×10~7 CFU,文库重组率为96%,文库插入片段多态性较好。成功构建了诱饵表达载体(pGBKT7-OsRPK1-CD),经检测诱饵表达载体无毒性,无自激活活性。诱饵表达载体与cDNA文库进行双杂交筛选,经测序和比对分析获得了11个重要的候选基因,检测候选基因在高盐处理下的表达情况,其中8个候选基因受高盐诱导表达,2个候选基因受高盐胁迫抑制表达,1个候选基因受高盐胁迫瞬时诱导表达后表达量又受到显著抑制。

玉米根部酵母双杂交cDNA文库的构建及评价

从玉米各生长时期的根部中提取总RNA后,再利用磁珠法从中分离纯化出mRNA,然后以mRNA为模板,反转录合成cDNA第一链,再在DNA聚合酶作用下,通过长距离PCR,扩增双链cDNA(dscDNA)。利用SMART技术,通过同源重组的方法,在酵母菌株AH109中构建了玉米根部全长cDNA文库。经检测,文库的转化率为1.76×107转化子/3μgpGADT7-Rec,文库滴度为1.17×106pfu/mL,重组率为95%。

玉米叶片酵母双杂交cDNA文库的构建及评价

以玉米骨干自交系478为试验材料,从各生长时期的叶片中提取总RNA后,再利用磁珠法从中分离纯化出mRNA,然后以mRNA为模板,反转录合成cDNA第一链,再在DNA聚合酶作用下,通过长距离PCR,扩增双链cDNA(ds cDNA)。利用SMART技术,通过同源重组的方法,在酵母菌株AH109中构建了玉米叶片全长cDNA文库。经检测,文库的转化率为1.54×107转化子/3μg pGADT7-Rec,文库滴度为1.03×106pfu/mL,重组率为95%。

大豆高盐胁迫下根部组织酵母双杂交文库的构建与分析

为了高效研究大豆耐非生物胁迫的分子调控网络,运用SMART(Switching Mechanism at 5'End of the RNA Transcript)与DSN(Duplex-Specific Nulease)相结合的技术构建了栽培大豆高盐胁迫下根部组织的酵母双杂交cDNA文库。提取高质量的总RNA,利用Oligo(dT)_(16)引物反转录合成cDNA后,经DSN处理,然后利用Advantage 2聚合酶进行长片段PCR扩增,电泳检测显示,产物均一,无高丰度条带,片段范围在0.75~5.00 kb;RT-PCR结果显示,GmActin基因在均一化后表达明显降低,表明均一化效果较好;最后通过SMART同源重组交换技术在酵母菌株Y18 7中构建了酵母双杂交所需的cDNA文库。文库质量检测结果表明:cDNA文库的总独立克隆数为5.61×10~6 cfu、文库滴度为3.4×10^(10)cfu/mL、重组率大于90%、插人片段长度为0.5~3.0 kb,主要集中在1.0 kb左右。

结肠癌羟基喜树碱耐药细胞SW1116/HCPT酵母双杂交cDNA文库的构建和鉴定

目的:构建羟基喜树碱耐药结肠癌细胞株SW1116/HCPT细胞的酵母双杂交cDNA文库.方法:用TRIzol从SW1116/HCPT细胞提取总RNA,采用CLONTECH SMART(switching mechanism at 5' end of RNA transcript)技术和同源重组(homologous recombination)的方法构建SW1116/HCPT细胞的cDNA文库.结果:提取的RNA的A260/A280为1.98,甲醛变性琼脂糖凝胶电泳示出28SrRNA、18SrRNA及5SrRNA3条特异性带,28S与18S带浓度及亮度比值约为2.文库dscDNAsmear较长分布在0.1-5kb,成长瀑布条带,而且在接近1kb的区域有密集的带子,为高丰度表达基因.依据生长菌落计数,共获得(1.2-1.9)×106个转化子,重组率达93.7%,文库插入片段大小为0.2-5kb.结论:成功构建了SW1116/HCPT cDNA文库.

猪小肠上皮细胞酵母双杂交cDNA文库的构建

猪小肠上皮细胞(intestinal epithelial cell,IECs)是猪流行性腹泻病毒(Porcine epidemic diarrhea virus,PEDV)在宿主体内感染的靶细胞,为了研究PEDV在体内与宿主细胞蛋白之间的互作关系以便于揭示其致病机理,本研究以IECs为研究对象,提取了IECs的总RNA,利用SMART技术经过反转录、扩增和纯化获得双链cDNAs后,将其与pGADT7-Rec和carrier DNA共同转化至酵母Y187菌株,进行选择性培养基(SD/-Leu)筛选以及文库容量及质量的鉴定。结果显示,本研究构建的IECs-cDNA文库其库容量为1.3×10~8 pfu/mL,插入cDNA片段长度为250～2500 bp,文库阳性率达100%。本研究结果表明构建的IECs-cDNA文库具有较好的多态性,为后续研究PEDV与宿主细胞蛋白之间的互作关系提供了有力支持。

花生干旱及高盐胁迫下的酵母双杂交文库构建

干旱、高盐等胁迫对花生的产量和品质影响较大,为了挖掘花生耐干旱和高盐胁迫相关基因,并阐释其编码蛋白质间的互作关系,本研究利用SMART技术,构建了花生干旱及高盐胁迫下的酵母双杂交文库。结果表明,构建的文库容量为1.26×106CFU,文库滴度达到1.07×108CFU/ml,从随机挑选的16个克隆的PCR结果来看,插入片段大小差异明显,主要分布在500~2 000 bp,重组率为100%。说明该文库具有较高的质量,可以用于进一步的筛选工作。

可口革囊星虫(Phascolosoma esculenta)酵母双杂交文库和铁结合蛋白真核表达载体的构建

构建了可口革囊星虫(Phascolosoma esculenta)的酵母双杂文库,总克隆数为6.09×106CFU,重组率100%,平均插入片段长度>1kb。随机挑取200个克隆子测序,结果 1个空载,67个无法对应的基因类型,已知的132个基因中线粒体蛋白占29.54%,蚯蚓血红蛋白15.9%,核糖体蛋白10.6%,铁结合蛋白8.3%,肌动蛋白6.1%,其它基因29.56%。这些基因分别为:5-氨基乙酰丙酸合成酶、类博莱霉素水解酶、纤溶蛋白、谷氨酰胺合成酶、热休克蛋白、非特性类碱性磷酸酶、脂肪酶、金属蛋白、线粒体、硫氧还蛋白、蛋白磷酸酶、肌钙蛋白C、泛素。根据已获得的可口革囊星虫铁结合蛋白基因,以EcoRⅠ和KpnⅠ为双酶切位点设计引物,构建了可口革囊星虫铁结合蛋白真核表达载体pPink-HC-fer,经PCR及测序检验,序列完全正确,然后电转化至酵母细胞中诱导表达,经SDS-PAGE检验其融合蛋白分子量大小约为23kDa。

春兰花发育时期的酵母双杂交文库的构建及评价

为了研究春兰花发育相关蛋白之间的相互作用,文章使用gateway技术构建春兰花发育时期的酵母双杂交c DNA文库,文库质粒导入p GADT7-Rec2-DEST载体,并转化进酵母Y187中。检测表明,试验得到的初级文库库容量为1.47×107cfu,酵母双杂交c DNA文库库容量高达2.54×107cfu,文库的插入片段主要集中在1 000~2 000 bp。试验构建得到了高质量的春兰花发育时期酵母双杂交文库,为筛选相互作用的春兰花发育调控基因,研究春兰花发育的分子机制奠定了基础。

大丽轮枝菌酵母双杂交cDNA文库的构建

为了分离克隆与植物互作的大丽轮枝菌致病相关蛋白基因，利用 SMART 技术构建了大丽轮枝菌酵母双杂交 cDNA 文库。结果表明，构建的文库滴度为5.2×107 cfu/mL，库容为3.9×107 cfu；文库 cDNA 插入片段长度主要分布在0.5~2.0 kb，平均为1 kb；文库重组率为96%。表明文库质量较好，为筛选与植物互作的大丽轮枝菌致病蛋白基因奠定了基础。

甘蓝型油菜温敏GMS TE5A幼蕾酵母双杂交cDNA文库的构建及筛选

为进一步解析甘蓝型油菜温敏细胞核雄性不育系(GMS)TE5A的不育机理,筛选与育性蛋白Bna A.tsMs互作的重要蛋白。提取不育系TE5A的幼蕾(直径≤2mm)总RNA,利用SMART(switching mechanism at 5'end of the RNA transcript)技术构建酵母双杂交cDNA文库和诱饵载体p GBKT7-Bna A.tsMs,转化酵母菌株Y2H gold,检测其毒性和自激活活性,通过Mating方法筛选与蛋白Bna A.tsMs互作的蛋白,并根据基因注释推测其功能。结果成功地构建了甘蓝型油菜温敏细胞核雄性不育系TE5A幼蕾酵母双杂交cDNA文库,文库库容量为2×107cfu,重组率达到100%,插入片段平均长度大于1.8kb。发现诱饵载体p GBKT7-Bna A.tsMs对酵母没有毒性,没有自激活活性。筛选出49个候选互作蛋白,其中有丝分裂纺锤体检测点蛋白(BUBR1)、周期蛋白D3(cyclin-D3)和F-box蛋白(FBW2)三个互作蛋白可能与该不育蛋白相互作用,共同调控该不育系TE5A的育性。

受褐飞虱诱导的水稻酵母双杂交文库的构建

为了研究水稻抗褐飞虱的分子机制,构建了受褐飞虱取食诱导的水稻的酵母双杂交文库。检测结果表明构建的文库容量为2.22×106 CFU,文库滴度为5.4×107 CFU/mL,文库cDNA插入片段长度主要分布在700～1 000 bp之间。

不同生长时期罗汉果果实转录因子的转录组分析及酵母单杂交文库的构建

目的:研究罗汉果果实中的转录因子(transcription factors,TFs)。方法:在授粉后3、50、70 d(days after flowering,DAF)的罗汉果果实转录组中查询注释为转录因子的所有非重复Unigene,并在表达谱中查找其表达情况;应用Matchmaker Yeast One-Hybrid Library Construction系统构建酵母单杂交c DNA文库。结果:罗汉果表达谱数据中共有38个家族的119个转录因子Unigene具有表达差异,其中以70 DAF/3 DAF和50 DAF/3 DAF组中具有差异表达的转录因子数目较多,且上调和下调的转录因子Unigene数目相近。此外,初步筛选到4个可能参与罗汉果甜苷合成调控的b HLH(basic helix-loop-helix,b HLH)转录因子Unigene(b HLH014、b HLH025、b HLH093、b HLH096)及8个可能参与黄酮类化合物合成调控的MYB转录因子Unigene;成功构建了酵母单杂交文库p GADT7-Rec2-Lib,其库容量为2.3×106 cfu,插入片段的平均长度约为1.5 kbp。结论:转录组数据分析和酵母单杂交实验有助于筛选罗汉果果实中具有调控作用的转录因子。

金堂黑山羊卵巢酵母双杂交cDNA文库的构建和鉴定

以四川省金堂黑山羊卵巢为材料,从其卵巢组织中提取总RNA,应用SMART^TM cDNA library construction技术,构建以真核表达载体pGADT7-Rec为基础的黑山羊卵巢酵母双杂交cDNA文库。结果表明,提取的RNA的A_260/A_280为1.95,28S与18S带浓度及亮度比值约为2。文库dscDNA弥散较长,分布在0.2～3kb,成瀑布条带状,而且在接近1kb的区域有密集的条带,为高丰度表达基因。根据生长菌落计数,共获得1.6×10~6个转化子,文库插入片段大小约为0.1～2kb。成功构建了金堂黑山羊卵巢酵母双杂交cDNA文库,为黑山羊多胎相关因子的基因筛选奠定了基础。

猪肾上皮细胞（PK-15）酵母双杂交cDNA文库的构建及鉴定

应用SMART技术构建猪肾上皮细胞(PK-15)酵母双杂交cDNA文库,为进一步筛选与副猪嗜血杆菌(HPS)细胞致死膨胀毒素(CDT)不同亚基蛋白相互作用蛋白奠定基础。提取PK-15的总RNA,经LD-PCR合成双链cDNA,运用SMART技术,再通过同源重组的方法,构建了PK-15细胞的酵母cDNA文库。经检测,文库滴度达到了2.8×10^8CFU·mL^-1,插入的双链cDNA片段范围为300~1000bp,片段平均大小为500bp。此文库可用于筛选与HPSCDT不同亚基蛋白相互作用的蛋白,这将为治疗靶点的选择、基因缺失弱毒活疫苗的设计提供科学依据。

甘蓝型油菜-核盘菌酵母双杂交cDNA文库构建及BnJar1互作蛋白筛选

油菜与核盘菌相互作用的过程中,JA(茉莉酸)合成相关基因表达量升高,但是JA信号传递却受到了抑制,推测核盘菌分泌的效应蛋白可能直接或间接作用于JAR1蛋白,使其活性降低,从而抑制依赖JA途径的油菜防御系统。前期通过转录组测序获得了差异表达基因BnJar1全长序列,为进一步揭示BnJar1基因参与油菜-核盘菌相互作用过程的机理,本研究对BnJAR1蛋白进行生物信息学分析和预测,构建了核盘菌-油菜互作表达基因酵母文库,并以BnJar1作为诱饵蛋白对文库进行酵母双杂交筛选,获得了5个来自油菜的互作蛋白:丙二烯氧化物环化酶2(BnAOC2)、COP9信号复合物(BnCOP9)、4a-羟基四氢生物蝶呤脱水酶(BnDcoH)、腈水解酶2(BnNIT2)和茎特异性蛋白(BnTSJT1);2个来自核盘菌的互作蛋白:MFS结构域蛋白(SsMFS)和Rho3 GTP酶(SsRho3)。相关结果为研究油菜-核盘菌的相互作用,挖掘致病或抗病相关基因,进一步解析其机理奠定了基础。

酵母双杂交文库筛选及hTRIP15与Y盒结合蛋白-1相互作用的探讨

为探讨甲状腺素受体相互作用蛋白(hTRIP15)是否与其他核蛋白发生相互作用,以hTRIP15作为诱饵,用酵母双杂交技术筛选人肝cDNA文库,在高严格度选择培养基(SD-Trp-Leu-Ade-His)上长出的克隆773个,再经β-gal表达和PCR等技术进一步缩小范围,经Blastn搜寻最终显示2个重复克隆编码一种共调节辅因子——Y盒结合蛋白-1(YB-1).将插入序列与全长YB-1比较发现进入ORF内230bp,插入序列编码82aa,该蛋白称为YB-1-p,经蛋白体外翻译及GST-pulldown试验证实YB-1-p与hTRIP15发生相互作用.提示hTRIP15可通过与YB-1相互作用,参与调控MHCII及TSH受体等甲状腺细胞重要基因表达.