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基于进化信息和支持向量机的酶蛋白亚家族预测
被引量:
1
1
作者
冯焕清
张相华
许文龙
《中国科学技术大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2008年第7期765-769,共5页
提出一种使用PSI-BLAST得到的位置特异性打分矩阵中蕴含的进化信息作为酶蛋白的特征表示,结合支持向量机方法对酶蛋白的亚家族类别进行预测的方法.对包含16类亚家族的2 640条氧化还原酶数据集进行jacknife测试,总的预测精度达到92.12%,...
提出一种使用PSI-BLAST得到的位置特异性打分矩阵中蕴含的进化信息作为酶蛋白的特征表示,结合支持向量机方法对酶蛋白的亚家族类别进行预测的方法.对包含16类亚家族的2 640条氧化还原酶数据集进行jacknife测试,总的预测精度达到92.12%,高于目前的任何其他预测方法.实验结果表明,进化信息是酶蛋白序列的有效表示,将其与支持向量机结合能够实现对酶蛋白亚家族的高精度预测.
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关键词
酶蛋白亚家族预测
进化信息
支持向量机
位置特异性打分矩阵
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职称材料
题名
基于进化信息和支持向量机的酶蛋白亚家族预测
被引量:
1
1
作者
冯焕清
张相华
许文龙
机构
中国科学技术大学电子科学与技术系
出处
《中国科学技术大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2008年第7期765-769,共5页
基金
教育部研究生创新基金(C07-05)
中国科技大学高水平大学建设重点科研基金资助
文摘
提出一种使用PSI-BLAST得到的位置特异性打分矩阵中蕴含的进化信息作为酶蛋白的特征表示,结合支持向量机方法对酶蛋白的亚家族类别进行预测的方法.对包含16类亚家族的2 640条氧化还原酶数据集进行jacknife测试,总的预测精度达到92.12%,高于目前的任何其他预测方法.实验结果表明,进化信息是酶蛋白序列的有效表示,将其与支持向量机结合能够实现对酶蛋白亚家族的高精度预测.
关键词
酶蛋白亚家族预测
进化信息
支持向量机
位置特异性打分矩阵
Keywords
enzyme subfamily classification
evolutionary information
support vector machines
positionspecific scoring matrix
分类号
R318 [医药卫生—生物医学工程]
Q617 [生物学—生物物理学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
基于进化信息和支持向量机的酶蛋白亚家族预测
冯焕清
张相华
许文龙
《中国科学技术大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2008
1
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