基于全基因组重测序评估郏县红牛保种群遗传多样性与群体结构

【目的】了解郏县红牛保种群的群体结构和遗传多样性,从而更好地保护和利用郏县红牛遗传资源。【方法】基于全基因组重测序技术,对30头郏县红牛的全基因组单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)进行检测,并通过分析群体遗传多样性、群体结构、连续纯合片段(runs of homozygosity,ROH)分布特征和亲缘关系,对郏县红牛保种群的保种效果进行综合评估。【结果】在30头郏县红牛个体中共检测到41215797个高质量SNPs位点;郏县红牛群体遗传多样性丰富,最小等位基因频率为0.13±0.13,多态性标记比例为0.58±0.33,期望杂合度为0.192±0.152,观测杂合度为0.191±0.158,核苷酸多样性为0.003±0.001。郏县红牛群体的有效群体含量呈逐代下降趋势,在1000代前有效群体含量为2716头,在20代前为143头;郏县红牛个体间的遗传距离介于0.80~0.89之间,平均遗传距离为0.83±0.02。聚类分析显示,30头郏县红牛共分为7个家系,15头公牛可分为5个家系;30头郏县红牛个体中共检测到5947个ROH,总长度为2.8 Gb,长度为0~0.5 Mb的ROH占比最多(73.08%),2~4 Mb的ROH占比最少(0.40%),基于ROH的平均近交系数为0.19±0.07,15头公牛的平均近交系数为0.15±0.05。【结论】郏县红牛保种群遗传多样性丰富,群体结构没有出现明显分层,整体上保持了较高水平的近交,出现了一定的近交风险,需加强选种选配工作,以确保郏县红牛遗传资源的可持续发展。

全基因组重测序解析重庆武隆中华蜜蜂遗传变异及种群分化特征

【目的】解析重庆武隆中华蜜蜂的遗传变异及种群分化特征,为该地区传粉昆虫的遗传多样性研究提供理论参考。【方法】对重庆武隆中华蜜蜂进行全基因组重测序,并结合我国其他地区57群中华蜜蜂的重测序原始数据进行种群遗传分化分析。【结果】测序共获得武隆中华蜜蜂有效数据(clean data)33.53 Gb,发现高质量单核苷酸多态性(SNP)位点共3886321个,小片段的插入与缺失(small indel)位点1392028个。在武隆中华蜜蜂样品中筛选出具有相同变异位点的非同义SNP突变基因589个,编码区发生small indel的基因214个。这些基因主要富集于赖氨酸降解、轴突导向、细胞外基质受体互作和丝裂原活化蛋白激酶信号通路。最终获得16个具有相同SNP和small indel的突变基因,其中包括嗅觉受体基因2个、细胞色素P450基因1个。武隆中华蜜蜂与我国其他地理型中华蜜蜂可能存在显著的遗传分化,与华中中蜂和北方中蜂(陕西安康)种群的亲缘关系较近。【结论】推测氨基酸代谢、神经系统发育、嗅觉进化、抗逆性能改善以及对温度偏好性的转变与武隆中华蜜蜂适应重庆本地自然环境有关。随意引种可能导致优质中华蜜蜂品种混杂,生产性能和抗逆性能下降。因此,需要保护本土优质中华蜜蜂种质资源。

基于全基因组重测序数据的新疆褐牛基因组结构变异检测及群体结构分析

旨在鉴定新疆褐牛基因组结构变异(structure variation,SVs)特征,并在此基础上探索新疆褐牛培育过程中受到影响的结构变异。本研究基于全基因组重测序数据,利用Manta、Delly、Lumpy三款软件对新疆褐牛及其父母本(瑞士褐牛、哈萨克牛)以及中国西门塔尔牛基因组结构变异进行检测,之后利用主成分分析、构建系统发育树和遗传分化指数(F_(ST))将新疆褐牛基因组与其余3个品种进行比较分析。结果显示,4个牛品种共检测出54969个SVs,缺失型变异占比最高(56.59%),插入型变异占比最少(0.03%)。从数量上看,这些SVs在染色体上的分布呈现出随染色体号变大而逐渐减少的趋势。不同品种间存在共有变异和品种特有变异,其中地方品种哈萨克牛拥有的特有SVs数量最多。主成分分析和系统发育树结果发现,新疆褐牛同哈萨克牛和瑞士褐牛具有较近的亲缘关系。经选择信号分析、基因注释和富集分析,挖掘出了一批与产奶性状(PI 4K2A、ELOVL3、ECHS1、SCD、TCF 7L2、PNLIPRP2、BTRC、PLCE 1)、生长发育(BMP6、TLL2、MAPK9、ROR 2)、适应性(PRKC B)以及免疫(GSTO2、GSTO 1)相关的关键基因。本研究从结构变异上解析新疆褐牛的特征,并揭示一些新疆褐牛培育过程中高度分化的基因,为推动新疆褐牛的遗传改良提供了基础资料。

基于全基因组重测序研究文昌鸡产蛋性能的影响因素

旨在通过研究文昌鸡进化过程的特征,深入理解影响产蛋性能的因素,为文昌鸡优良品种选育提供基础。本研究采集35只健康文昌鸡(35周龄,15公,20母)和30只健康江汉鸡(35周龄,10公,20母)的血液组织各3 mL提取DNA,采用全基因组重测序方法建库测序。首先,对于原始测序数据用trimmomatic软件过滤,获得高质量序列比对到鸡的参考基因组,GATK软件提取变异位点SNPs,设置参数质控去除低质量、假阳性变异位点,进一步采用snpEff对过滤的SNPs进行基因结构和功能注释。然后,比较文昌鸡和江汉鸡的群体结构差异,分别设置评估群体差异参数Fst、ROD、Tajima′s D的阈值,筛选受到选择的区域,并对这些区域的基因进行功能富集。结果表明:1)文昌鸡测序获得1.05 Tb clean data,平均每个样本大约29.97 Gb,测序深度大约28×;江汉鸡测序获得1.10 Tb clean data,每个样本大约36.72 Gb,测序深度大约35×;平均比对率>98%。2)两个群体基因结构注释总数均是内含子>基因间区>上下游调控区>编码区;系统进化树和主成分分析显示文昌鸡和江汉鸡亲缘关系较远;文昌鸡的连锁不平衡程度低于江汉鸡。3)与产蛋性能相关基因的功能富集结果主要包括3种必须氨基酸(缬氨酸、亮氨酸、异亮氨酸)代谢途径、钙离子沉积、金属肽酶抗氧化、肾上腺素和催乳素受体活性等功能,而且这些通路的基因都位于受到强烈选择的区域。综上所述,影响文昌鸡产蛋性能的因素主要包括必须氨基酸代谢、矿物质沉积和抗氧化、性腺激素分泌,这3个因素在进化过程中都受到强烈选择,对产蛋性能发挥重要调控作用。从进化分子遗传学角度研究鸡的产蛋机理,不但能够促进理解文昌鸡产蛋性能的进化特征,而且有助于加速高产蛋鸡品种或品系的培育。

基于全基因组重测序解析皮山红羊群体遗传结构及产羔数候选基因研究

[目的]皮山红羊是分布于新疆和田地区的新发现多羔性地方绵羊品种。本研究基于全基因组重测序技术从基因组水平上了解皮山红羊的群体遗传结构及产羔性状受选择信号区域,并对候选基因进行验证。[方法]选择30只连续产2~3羔的经产皮山红羊母羊为高繁组(high fertility, HF),30只连续产单羔的经产皮山红羊母羊为低繁组(low fertility, LF),对这两个群体进行全基因组重测序。应用主成分分析(PCA)、系统进化树、群体遗传结构及全基因组扫描(Fst&θπ)等综合分析法确定候选区域,进一步筛选皮山红羊产羔性状候选基因。采用飞行质谱分型技术对候选基因进行分型验证。[结果]皮山红羊高、低繁殖组群体连锁不平衡(LD)分析衰减曲线相似,系统进化树显示两组群体分化程度不明显。PCA结果显示,两个群体明显聚成一簇,个别个体离群,其位置及相互关系符合进化树结构以及群体结构结果。设置同时达到Top 1%Z(Fst)值和θπ值的窗口为候选区域,共注释229个强选择信号,HF和LF组注释基因分别为86和143个,其中筛选到42个可能与繁殖性状相关的候选基因,如MARF1、CHGA、BMPR1B、IMMP2L、CDK14、ZDHHC3、CCDC71、DSCAML1、LIMK2、P2RY14等。经GO与KEGG通路分析发现,GO功能显著富集在钠离子跨膜转运蛋白活性的调控、凋亡过程的调控、钠离子通道调节剂活性、G蛋白偶联受体结合、G蛋白偶联嘌呤核苷酸受体活性等条目,KEGG显著富集通路主要与信号传递、信号通路、物质代谢等通路有关。分型结果表明,MARF1基因有11个SNPs位点在皮山红羊群体中真实存在,其中,g.14023542 T>A、g.14036507 A>G、g.14046123 C>T位点与群体平均产羔数显著关联,且前2个突变位点呈现强连锁关系(r2>0.3),g.14023542 T>A位点TT基因型具有最多的平均产羔数(1.901±0.675)。[结论]皮山红羊高繁组和低繁组两个群体遗传背景相似,具有一定程度的分化,但分化不明显。MARF1、CHGA、BMPR1B、IMMP2L、CDK14、ZDHHC3、CCDC71、DSCAML1、LIMK2、P2RY14等基因可能是影响皮山红羊产羔性状的候选基因。MARF1基因的3个SNPs位点可作为皮山红羊产羔性状潜在分子选育标记。

基于全基因组重测序分析中国地方鸡的群体结构和保护优先权

[目的]旨在对中国本土鸡品种群体结构和保护优先权进行分析,促进畜牧业的可持续健康发展。[方法]收集了8个品种、共96个个体的重测序数据。通过主成分PCA分析、构建系统进化树及近交和遗传距离分析来了解群体结构,计算去除每个品种后总体基因和等位基因多样性的增减、模拟计算品种对具有最大基因多样性和最大等位基因多样性合成群体的贡献占比,进而系统评估品种保护优先权。[结果]所研究的品种可分为4个集群,其中藏鸡与其他品种分化最高,其自身分为2个亚群,其他品种则分为南北2个集群。藏鸡对遗传多样性的贡献最大;其次是文昌鸡和瑶鸡,此三者应考虑作为优先保护的品种。[结论]该研究结果将可为地方鸡品种保护与开发利用提供参考。

基于全基因组重测序分析酃县白鹅保种效果

【目的】酃县白鹅是湖南地区优秀的地方鹅种,为了解酃县白鹅的保种效果,对保种场各家系进行保种工作的评估。【方法】从酃县白鹅保种场的42个家系中各选取1只公鹅,翅静脉采血,提取DNA,进行全基因组重测序。基于保种场42只酃县白鹅公鹅的重测序数据,对其群体遗传结构和遗传多样性进行分析与评价。【结果】检测到采样群体的SNPs位点14270647个,经数据质控和过滤筛选出13696453个SNPs位点。主成分分析(PCA)结果发现,42只公鹅个体可以明显聚为3个亚群;通过群体渗透分析发现,3个亚群之间未发生明显的杂化现象(K=3)。亚群1和亚群3的群体分化指数(Fst值)为0.0842。42只酃县白鹅共检测到832条连续性纯合片段(ROH),ROH片段长度都集中在0~2 Mb区间;基于ROH得到的近交系数F ROH值为0.0130。群体的期望杂合度为0.2918,观测杂合度为0.2968,群体近亲系数(Fis)为0.036,多态信息含量(PIC)为0.266,基因多样性指数(Nei)为0.336。【结论】酃县白鹅保种场的鹅遗传多样性比较丰富,群体近交程度比较低,观测杂合度略高于期望杂合度,并无显著性差异,说明群体处于平衡状态,但部分亚群出现了中度遗传分化,后续保种过程中要使这些亚群进行杂交,以减少酃县白鹅遗传分化的程度。

基于全基因组重测序的油莎豆InDel位点鉴定及分子标记开发

选取4种不同类型油莎豆种质资源进行全基因组重测序,以此全基因组水平鉴定油莎豆的InDel位点,并根据多态性InDel位点序列信息开发有效的分子标记。基于重测序数据与油莎豆参考基因组的序列比对,利用GATK和SAMtools软件共鉴定到321271个InDel位点,在油莎豆各个scaffold上呈现高密度分布,其中93%以上位点呈现出杂合类型。通过4种油莎豆种质间InDel位点的多态性分析,发现98%的InDel位点不具有多态性,最终鉴定出6036个多态性InDel位点。基于多态性InDel位点的插入/缺失序列长度分析,筛选出829个插入/缺失序列长度大于20 bp的多态性InDel位点,适用于开发可通过琼脂糖凝胶电泳检测的InDel分子标记。选择8个多态性位点进行InDel分子标记开发和琼脂糖凝胶电泳检验,结果表明,鉴定的多态性InDel位点真实可靠以及开发的InDel分子标记合适可用。本研究利用不同类型油莎豆种质鉴定出大量的多态性InDel位点,能够开发出适合、准确、有效的InDel分子标记,极大地丰富了油莎豆的分子标记资源,为油莎豆种质资源更加精确的评价、鉴定和利用提供可靠的技术支撑。

基于全基因组重测序分析大尾寒羊基因组变异特征和群体结构

旨在了解大尾寒羊基因组遗传变异特征和群体结构,可以为更好地保护和利用大尾寒羊提供指导。本研究对170只(66只公羊,104只母羊)大尾寒羊进行了全基因组重测序,利用GATK、Manta、Plink等软件对大尾寒羊基因组遗传变异、群体结构和连锁不平衡等进行了分析,以期了解大尾寒羊基因组变异特征和群体结构。测序共获得1599.56 G高质量数据(平均9.409 G·只^(-1))。大尾寒羊群体中共发现50276079个SNPs和7240540个InDel,它们多分布于基因间和内含子区域。群体的基因组结构性变异(SV)最多的类型为染色体间的易位(CTX),平均每只羊有415.82个CTX,主要分布在基因间区域;发生拷贝数变异(CNV)最多的区域在外显子,平均每只羊有175个。主成分分析显示,大尾寒羊个体较分散,聚集不集中。结合亲缘关系、系统发育树和群体结构,将大尾寒羊分为6个家系,各家系含量差别较大,体型有差异。群体聚类分析中发现有些个体祖先成分较为单一。群体连锁不平衡(LD)分析显示LD衰减速度快,群体遗传多样性较高。驯化中受选择的基因主要与脂质代谢和产热有关。综上,大尾寒羊群体包含6个家系,遗传多样性较丰富,保种效果良好,建议对小家系进行扩繁,大家系注意减少近交,确保家系结构平衡,同时注重大尾寒羊的开发和利用。

基于全基因组重测序的罗坑鸡遗传结构分析及特征位点挖掘

本文旨在研究新资源罗坑鸡与其他著名广东地方品种鸡的遗传关系和挖掘罗坑鸡的特征性位点。对20个罗坑鸡血样进行DNA提取和30×全基因组重测序。同时,将这些数据与本课题组已有的5个广东鸡种(共77只)样本的数据相结合,采用系统进化树、主成分分析和祖先血缘成分分析等方法分析群体结构,采用群体分化指数分析方法挖掘罗坑鸡的特征位点。结果表明:系统进化树显示所有罗坑鸡在进化上明显聚为一类,与其他广东鸡种有明显分群;主成分分析发现罗坑鸡的遗传成分与其他广东鸡种有明显区分,但群体内的均一性较差;祖先血缘成分分析揭示罗坑鸡存在血缘混杂现象,纯血个体占比较少;群体分化指数分析发现罗坑鸡具有特异性的分化位点,可用于品种鉴定和提纯。本研究结果表明,罗坑鸡与其他5个品种在核基因组水平上有明显差异;存在血缘混杂现象;有独特的特异性位点。本研究结果将填补目前对于罗坑鸡研究的空白,并为未来罗坑鸡种质资源创新利用做了理论支撑。

基于基因组重测序的高产尿苷大肠杆菌工程菌株的构建

以大肠杆菌高产胞苷E.coli XD10为出发菌株,首先对其进行基因组重测序,分析其相较于野生型菌株的尿苷合成及降解相关基因变化情况。应用CRISPR/Cas9基因编辑技术,通过依次构建T7 RNA聚合酶基因T7 gene 1、使用异源T7启动子的催化胞苷向尿苷转化的胞苷脱氨酶基因cdd以及催化尿苷降解的核苷酸-5′磷酸核苷酶基因ppnN的敲除质粒及其同源修复供体DNA片段,将敲除质粒及相应同源修复供体共转化大肠杆菌感受态细胞,PCR和测序验证正确的转化子进行打靶质粒和pCas质粒的消除,获得基因编辑大肠杆菌工程菌株E.coli URI-1、URI-2和URI-3。半定量PCR实验结果表明,染色体敲入的T7 gene 1和cdd基因在工程菌株中均进行了有效表达。使用T7转录系统过表达cdd基因的URI-2菌株摇瓶发酵产物的HPLC检测结果显示,其发酵液中尿苷产量为8.32 g/L,而出发菌株XD10发酵液尿苷产量为0.80 g/L。进一步敲除ppnN基因的工程菌株URI-3发酵液尿苷HPLC检测产量为10.76 g/L,显著高于URI-2发酵液尿苷产量(P<0.05)。本研究获得的高产尿苷大肠杆菌工程菌株,为尿苷的工业化发酵生产提供了菌种保障。

利用基因组重测序技术鉴定彭阳县夏洛莱牛的纯度

[目的]对宁夏彭阳县10头夏洛莱牛进行全基因组重测序,并与下载的48头牛的全基因组重测序数据进行比对分析,以鉴定彭阳县10头夏洛莱牛的纯度。[方法]利用全基因组重测序技术和生物信息学分析方法。[结果]通过对彭阳县10头夏洛莱牛全基因组数据进行分析,共检测到17,583,444个SNP位点,其基因组的核苷酸多样性(0.0016)稍微高于欧洲普通牛(0.0012)和东亚普通牛(0.0011)。遗传结构分析表明,当K=3时,10头彭阳县夏洛莱牛主要为欧洲普通牛血统(64.10%~95.54%),其次是东亚普通牛血统(0.00%~32.25%)和中国瘤牛血统(3.09%~13.51%),说明彭阳县10头夏洛莱牛都存在不同程度的东亚普通牛和中国瘤牛血统。[结论]基于全基因组重测序分析,彭阳县10头夏洛莱牛均为杂交牛。

基于全基因组重测序对ARTP诱变的一株高产淀粉酶韩国普李斯特氏菌的关键基因研究

为提高一株海洋来源的韩国普李斯特氏菌(Priestia koreensis FS-1)产淀粉酶的能力,对该株菌采用常压室温等离子体(atmospheric and room temperature plasma, ARTP)技术进行了诱变选育。结果显示:经过诱变选育后得到一株产淀粉酶活力较原始菌株提高了90%且稳定遗传的突变菌株P.koreensis FS-103。为解析该突变菌株酶活力增加的分子机制,对突变菌株P.koreensis FS-103进行了全基因组重测序及比对分析研究。相关分析显示:首先,P.koreensis FS-103的基因组中乙酰化修饰、抗氧化作用以及同义突变相关的基因发生了遗传变异;其次,对COG(clusters of orthologous groups)功能和变异基因进行富集分析,P.koreensis FS-103转录、翻译和翻译后修饰过程相关基因均上调。经过ARTP诱变以后的突变菌株P.koreensis FS-103淀粉酶活力提升的原因是以上功能基因发生上调效应。

全基因组重测序及其在群体基因组学的研究方法

利用群体基因组学的工具分析重测序数据可以更好地将选择位点与种群历史相结合,精确估计有效种群规模、种群历史和种群结构,确定特定遗传位点和变异。该文简述了全基因组测序技术,介绍了其在群体基因组学的主要研究方法和实现软件,讨论了这些方法的优缺点,并提出开发新的深度学习模型和机器学习算法或许是未来改进群体基因组学研究方法的方向。

蜜蜂全基因组重测序研究进展

【目的】梳理总结近年来蜜蜂全基因组重测序相关研究情况,以期为以后与蜜蜂相关研究提供思路。【方法】检索查阅蜜蜂全基因组重测序相关文献,进行归纳总结,获得蜜蜂全基因组重测序的研究进展。【过程】自2006年以来,全基因组重测序广泛应用于蜜蜂的进化起源、遗传多样性和环境适应性等多方面的研究,大量与蜜蜂抗逆性、生长发育、气候适应等相关基因信息也逐步被研究者所熟知。【结论】随着基因组测序的飞速发展以及测序成本的降低,使得采用全基因组重测序技术对蜜蜂展开研究分析更加趋于常态化,这为挖掘更多的蜜蜂基因组信息提供便利,也为蜜蜂品种改良和保护优异的种质资源奠定基础。

基于基因组重测序筛选籽鹅产蛋性状候选基因

为筛选参与调控籽鹅产蛋性状的关键基因,依据产蛋记录选取300日龄高低产籽鹅各30只,采血并提取基因组DNA,基于基因组重测序结果筛选差异SNPs并注释基因,应用群体分化指数(Fst)选择信号分析后,进行GO功能和KEGG通路富集分析,筛选与籽鹅产蛋性状相关候选基因。结果表明:2~15周高产籽鹅产蛋率显著高于低产籽鹅(P<0.01);重测序共生成数据1556.48 Gb(n=60),平均深度为21.62倍,平均覆盖率为98.78%;高、低产籽鹅分别筛选到12187636和12291795个SNPs,变异主要位于内含子和非编码区;Fst选择信号分析共筛选出829个候选基因,GO功能和KEGG通路富集分析筛选出MAPK9、TGFB2和SGPL1基因与产蛋性能相关。说明MAPK9、TGFB2和SGPL1可作为籽鹅产蛋性状的候选基因。

基于全基因组重测序的现代马群体遗传结构和选择信号分析

本研究基于全基因组重测序数据,以全球76个马品种共406匹马为研究对象,采用主成分分析、系统发育树和祖先成分分析三种方法,在遗传学层面综合评估了现代马群体的遗传结构。此外,以核苷酸多样性为指标对现代马群体的遗传多样性进行了评估,并运用Fst和XP-EHH受选择方法检测不同马群体之间的基因组选择信号,筛选出了5个与藏马高原适应性显著相关的候选基因(HBB、EPAS1、TMEM247、RHOQ和ATP6V1E2),3个与中国西南马体型性状显著相关的候选基因(HMGA2、TBX3和TBX5),以及与欧美高度选育马的马术表演,行为和运动显著相关的基因(IGFBP3、IGFBP1、HSD7A和ADCY1)。该研究为进一步保护地方马种的种质资源提供科学依据,并揭示人工培育马种的选择方向。

基于全基因组重测序对赣州番鸭的群体进化分析

为了深入了解赣州番鸭的群体结构和遗传差异,本研究采集20只福建番鸭(FJ)、20只贵州天柱番鸭(TZ)、20只赣西北番鸭(GXB)和40只赣州番鸭(GZ)的血样用于全基因组重测序,测序深度为10×。随后,从NCBI数据库下载15只北京鸭(PK)、15只绿头鸭(MD)、10只樱桃谷鸭(CV)和2只法国番鸭(FF)4个品种的序列数据。使用上述8个群体的序列数据,进行了主成分分析、系统进化树构建、杂合度分析、群体分化分析、基因流分析、群体连锁不平衡分析。结果表明,主成分分析中,法国番鸭、天柱番鸭、赣西北番鸭按照第二和第三主成分无法完全区分开来,它们之间可能存在杂交现象。系统进化树分析中,赣州番鸭与其他品种鸭群体非常明显的聚集成不同的分支,其在遗传上表现出明显的独特性,与其他群体存在差异。杂合度分析中,除法国番鸭外,所有群体的观测杂合度均低于期望值,说明包括赣州番鸭在内的7个群体存在遗传多样性下降的现象。群体分化分析中,赣州番鸭与其他群体分化程度由高到低分别为北京鸭、樱桃谷鸭、绿头鸭、法国番鸭、福建番鸭、天柱番鸭、赣西北番鸭。基因流分析中,赣州番鸭与法国番鸭、天柱番鸭和福建番鸭之间不存在单独的基因迁移,与其他群体之间也没有过多的基因交流。群体遗传结构分析中,当K=3时,赣州番鸭作为一个独立的群体被识别出来,显示了其独特的遗传背景。连锁不平衡分析中,赣州番鸭表现出最低程度的连锁不平衡,表明其具有低近亲交配程度、更高的遗传多样性和更强的环境适应性。综上说明,赣州番鸭可区别于其他7个鸭群体,可作为一个独立的遗传资源群体。

基于基因组重测序的藏羚Y染色体多态性遗传位点筛选

藏羚Pantholops hodgsonii是藏羚属Pantholops现存的唯一物种,由于Y染色体基因较保守,基于近缘物种的Y染色体多态性遗传位点筛选受到了很大的限制。本研究对15份藏羚新鲜组织样品进行基因组重测序,生物信息分析筛选出Y染色体雄性特异区(MSY)对应的scaffolds,对部分SNP及SSR位点进行多态性验证。共比对出44个scaffolds,以其中序列最长、候选变异位点最多且最完整的KE113803.1为参考,对其中190个SNP变异位点设计引物进行验证,共获得45条MSY DNA序列,其中15对引物扩增到的11898 bp DNA序列中检测到27个SNP位点;同时对KE113803.1中除单核苷酸重复以外的134个SSR位点设计引物并验证多态性,筛选出56个Y-SSR位点,其中5个具有多态性。本研究结果为后续分析藏羚Y染色体遗传多样性及父系遗传奠定了良好基础。

基于全基因组重测序技术对平菇白色变异菌株的鉴定及遗传变异研究

以生产上收集的一个平菇白色变异菌株(Po50)、黑色出发菌株(Po51)和一个白色生产菌株(Po9)为材料,采用拮抗、酯酶同工酶和全基因组重测序方法对3个菌株进行鉴定。拮抗和酯酶同工酶结果表明,白色变异菌株和黑色出发菌株之间无明显拮抗和酶谱差异,与生产平菇白色菌株差异较大;进一步通过全基因组重测序技术鉴定结果表明,3个菌株鉴定出大量的SNP(单核苷酸多态性位点)、InDel(插入缺失位点)、SV(结构变异位点)。平菇白色变异菌株Po50检测到SNP、InDel突变总数为1504391个,生产菌株Po9检测到SNP、InDel突变总数为1371818个,黑色出发菌株Po51检测到SNP、InDel突变总数为1501877个,通过生物信息手段分析白色变异菌株黑色出发菌株以及对照菌株Po9基因组间的结构差异,获得遗传变异图谱,可以对变异菌株进行快速精准鉴定。