基因组中的重复DNA序列

综述了基因组中常见的重复DNA序列 ,介绍了其可能的产生机理、分布情况和生物学功能。

重复DNA顺序pRRD9在稻属中的拷贝数测定

本文应用狭缝印渍杂交方法,把水稻基因组总DNA和含水稻中度重复顺序片段的质粒(pRRD9)DNA分别转移到尼龙膜上形成狭缝印渍、然后用^(32)P标记的 pRRD9插入片段进行杂交、根据各狭缝印渍的放射性强度,测定水稻(Oryza)一些栽培种和野生种基因组中重复DNA顺序的拷贝数,并就拷贝数与水稻进化关系及基因组型的联系进行讨论.

鲫鱼HindⅢ高重复DNA序列的分子克隆(英文)

基因组DNA高重复序列的研究有助于解释许多重要的生命现象 ,如基因调节、基因转座、基因进化等 ,还可以用于进行种群的遗传分析。鱼类的DNA高重复序列研究资料较少 ,曾在鲤科鱼类发现HindⅢ高重复序列家族。本研究用HindⅢ内切酶消化 ,从鲫鱼 (Carassiusauratusauratus)基因组DNA也克隆出一种独特的高重复序列。序列测定揭示该重复序列长度为 175bp ,在单倍体基因组的拷贝数为 1× 10 5。鲫鱼HindⅢ高重复序列与鲫鱼属 (Carassius)其它同类已知的高重复序列存在某种程度的变异 。

水稻重复DNA顺序克隆pRRD3的研究

用ＤＮＡ复性动力学方法克隆到一个水稻（ＯｒｙｚａｓａｔｉｖａＬ．）中度重复ＤＮＡ顺序。不同限制性内切酶消化和Ｓｏｕｔｈｅｒｎ杂交分析显示，这段重复ＤＮＡ顺序以串联加散布的形式存在于水稻基因组中；序列分析表明在它内部含有一个典型的植物启动子序列ＴＧＴＡＴＡＡＡＴＡ；以ｐＲＲＤ３克隆片段作探针，对水稻３４个品种进行拷贝数测定，在野生稻与栽培稻、籼稻与粳稻之间均存在拷贝数上的明显差异；对ＡＡ基因组不同亚型水稻ＤＮＡ进行Ｓｏｕｔｈｅｒｎ杂交分析，得到基因组亚型特异的杂交带谱，说明该重复顺序是研究水稻进化和分类的一个有用探针。

一些水稻的重复DNA顺序在稻属和其它禾本科植物中的多态性

重复DNA顺序是真核生物基因组的特征,很多重复DNA顺序已从小麦、拟南芥菜、燕麦、水稻、玉米等植物的基因组中克隆出来,还发现有一些重复DNA顺序具有基因组特异性,用它们作探针可以分析同属或同科物种的起源和亲缘关系,并建立系统进化树。小卫星DNA或微小卫星DNA所产生的指纹图谱可作为一种遗传学标志来研究系统进化、染色体的精细结构和物种的鉴定。一些中度重复DNA序列还可以作为组织培养株系和细胞杂交筛选的分子标志。稻属已发现并定名的有22个种,根据杂交亲和性、细胞遗传学和生理生化等将它分为6个二倍体组型(AA、BB、CC、DD、EE和FF)和2个四倍体组型(BBCC和CCDD)。现多把禾本科分作5个亚科:竹亚科、稻亚科、早熟禾亚科。

一种能表现水稻基因组DNA分化特征的重复DNA顺序

用ＤＮＡ 复性动力学方法克隆到一个水稻中度重复顺序。Ｓｏｕｔｈｅｒｎ 杂交、限制性内切酶分析及序列分析资料表明，该重复顺序在水稻基因组中具有串联重复和散布状态两种存在方式。以该ＤＮＡ 片段作探针，用Ｓｏｕｔｈｅｒｎ 杂交方法分析了多种野生稻种和栽培稻品种的基因组分化特征。某些限制性内切酶消化过的水稻ＤＮＡ，其图谱呈现出多达４０ 条以上的杂交带，包括强杂交带和弱杂交带两种类型。重复实验结果证明，强杂交带表现为ＢＢＣＣ染色体组型特异而弱带则在栽培稻各品种间显示出丰富的多态性。

利什曼原虫—DNA重复序列在虫种鉴定上的价值分析

目的 通过分析和比较我国利什曼原虫分离株与相应的利什曼原虫世界卫生组织(WHO)参照株在一种DNA重复序列上的同源性以考察这一DNA重复序列应用于鉴别我国利什曼原虫的价值。方法 PCR扩增各利什曼原虫分离株的DNA重复序列片段并测序,用GENEDOC软件比较扩增的各分离株DNA重复序列的同源性。结果 该DNA重复序列在种内各利什曼原虫分离株间完全同源或高度同源(99%～10 0 % ) ,且碱基变异具有高度稳定性,而在种间则显示相当的差异(一般同源性小于90 % )。结论 该DNA重复序列在我国利什曼原虫的鉴定上有较好的实用价值。

高等植物DNA重复序列的主要类型和特点

高等植物核基因组的一个显著特征是其内含有大量的 Ｄ Ｎ Ａ 重复序列，因此它们在核基因组结构和功能研究中居于举足轻重的地位。一些 Ｄ Ｎ Ａ 重复序列已被日趋广泛地作为分子标记用于构建遗传图谱、鉴别品种、研究进化和分离目标基因等。主要介绍高等植物几类重要 Ｄ Ｎ Ａ 重复序列，如卫星 Ｄ Ｎ Ａ、微卫星 Ｄ Ｎ Ａ、核糖体 Ｒ Ｎ Ａ 基因。

小麦及其近缘种中基因组特异性DNA重复序列的研究进展

本文对小麦族植物中基因组特异性DNA重复序列的分类、基本特征、分离和鉴定方法、在小麦遗传改良中的应用以及未来研究的发展趋势进行了简述。综合已有的研究结果可以看出基因组特异性DNA重复序列是小麦族植物基因组特异性形成的重要构成部分。对基因组特异性DNA重复序列的研究是认识小麦族植物基因组的有效途径之一,基因组特异性DNA重复序列的应用将进一步促进小麦族植物分子细胞遗传学和普通小麦遗传改良研究的进展。

日本血吸虫中国大陆株雌性特异性DNA片段及重复序列的分离与鉴定

目的 分离鉴定日本血吸虫基因组 DNA的雌性特异性片段及 DNA重复序列。方法 分别提取雌、雄日本血吸虫基因组 DNA ,制备检测子和驱动子 ;利用代表性差异分析 (RDA)及 PCR进行扣除杂交 ,获得目的 DNA片段 ;对所获目的 DNA片段用低熔点凝胶回收 ;转质粒载体、重组质粒载体的阳性克隆筛选、测序 ;用 Southern blotting对目的 DNA片段进行鉴定。结果 RDA及 PCR获得 5个目的 DNA片段 ;并转质粒载体测定了 5个目的 DNA片段 (P1～ P5 )的序列。 Southern blotting显示 DNA片段 P1和 P2均与雌、雄基因组 DNA强烈杂交 ;DNA片段 P3与雌性基因组 DNA的杂交强度明显高于与雄性基因组 DNA的杂交强度 ;DNA片段 P4和 P5仅与雌性基因组 DNA杂交 ,但不与雄性基因组 DNA杂交。结论 DNA片段 P1和 P2为日本血吸虫 DNA重复序列 ,并以多拷贝存在于日本血吸虫基因组 DNA中 ;DNA片段 P3存在于日本血吸虫性染色体 W和 Z上 ,在性染色体 W的拷贝数多于在性染色体 Z上的拷贝数 ;DNA片段 P4和 P5仅存在于日本血吸虫性染色体 W上 ,为日本血吸虫雌性特异性片段。

用物种专化DNA重复序列作分子标记检测导入小麦的大赖草染色质

pLrNAU344,pLrNAU426和pLrNAU647是我们新近从大赖草中克隆到的3个物种专化DNA重复序列。它们都大量存在于赖草属,而小麦中却很少。Southern杂交证明,pLrNAU426和pLrNAU647对导入小麦的8条不同的大赖草染色体(其中3条携带有小麦赤霉病抗性基因)和两条染色体臂都有检测效果,据此可用其作为赖草属染色质的分子标记进一步研究和利用。

一种检测端粒DNA重复序列相对长度的新方法—PCR法

目的 :为了观察补肾益精方药对端粒DNA重复序列长度的影响 ,创建一种新的简便的测定端粒DNA重复序列相对长度的方法。方法 :其原理是端粒DNA重复序列越长 ,其扩增产物越多 ,反之就少。根据端粒DNA重复序列 ,设计合成特殊的引物 ,引物 1为 5′CCCTAA3′ ,引物 2为 5′ ,TTAGGG3′ ,同时使用Taq和PfuDNA聚合酶 ,对端粒DNA重复序列进行PCR扩增。结果 :琼脂糖凝胶电泳结果表明 ,端粒DNA重复序列得到扩增 ,λDNA对照没有扩增。结论 :端粒DNA重复序列确实得到了扩增 ,创建的此方法获得了成功。

多聚酶链式反应扩增日本血吸虫基因组DNA重复序列

目的 探索日本血吸虫基因组内是否存在DNA重复序列。方法 分别根据曼氏血吸虫基因组特异的DNA重复序列单位Sm1- 7和埃及血吸虫基因组特异的DNA重复序列单位TheDraIRepeat设计并合成了寡核苷酸引物 ,然后以日本血吸虫基因组DNA为模板 ,用自备的多达 12种的反应缓冲液进行多聚酶链式反应 (PCR)优化扩增。结果 分别成功地从日本血吸虫基因组中扩增出与曼氏血吸虫基因组“特异的”DNA重复序列单位Sm1- 7和埃及血吸虫基因组“特异的”DNA重复序列单位TheDraIRepeat同源的DNA重复序列。PCR反应提示该两种重复序列在日本血吸虫基因组内的拷贝数均较低。同时 ,日本血吸虫与曼氏血吸虫表现出较好的同源性。结论 日本血吸虫基因组内可能存在着长度为 12 1bp的DNA重复序列 。

大赖草和新麦草物种专化DNA重复序列研究 Ⅱ 在小麦族中分布的多态性

大赖草和新麦草中克隆的５个ＤＮＡ重复序列与小麦族不同物种ＤＮＡ进行Ｓｏｕｔｈｅｒｎ杂交。结果表明，这５个重复序列在Ｌｅｙｍｕｓ属（赖草属）和Ｐｓａｔｈｙｒｏｓｔａｃｈｙｓ属（新麦草属）中的丰度与小麦、大麦和黑麦相差悬殊，可以作为这２个属染色体的分子标记检测其导入小麦、大麦和黑麦后的踪迹，尤其是ｐＬｒ６４７对这２个属专化性更强，应优先选用。另外，结合本研究结果对小麦族有关种属染色体组的进化问题进行了讨论。

高重复序列DNA的分离与分析方法

本文介绍了一种简便快速分离动物高重复序列ＤＮＡ的技术，以及与之相关的Ｃｏｔ值的测定方法。

随机扰动下DNA三核苷酸重复序列的弯曲和柔性

利用统计力学模型讨论了与人类遗传病有关的 DNA三核苷酸重复序列的弯曲和柔性 .提出随机扰动模型来近似表示 DNA序列和蛋白质的相互作用 .发现弯曲很小的三核苷重复序列在有随机扰动的情况下 ,可以出现大角度的弯曲 ,且随扰动强度的加大出现大角度弯曲的概率增加 .求出了十二种三核苷重复序列的柔性及其长度依赖 ,发现当序列长度大于 1 50 bp时 ,柔性的变化开始显著 ,CTG和 CGG具有最大的柔性 .研究了柔性在有随机扰动时下的变化 ,发现在序列上不同位置施加扰动 ,柔性的变化程度不同 ,对于 60 0 bp长的序列 ,在 390

早期有丝分裂抑制因子1对DNA损伤后人乳头瘤病毒16亚型E7基因介导的DNA重复复制的调控作用

目的探索DNA损伤后人乳头瘤病毒16亚型E7致癌基因(HPV-16 E7)引起的DNA重复复制的分子机制。方法首先在稳定表达HPV-16 E7的RPE1 E7细胞及对照空载细胞RPE1 Vector中利用流式细胞术检测DNA损伤前后细胞周期改变情况;然后利用免疫印迹检测DNA损伤前后早期有丝分裂抑制物1(Emi1)在RPE1 E7及RPE1 Vector细胞中的蛋白表达水平;最后在DNA损伤后的RPE1 E7细胞中利用小干扰RNA干扰Emi1的表达后,通过流式细胞术检测细胞多倍体的比例变化。结果与对照细胞相比,DNA损伤后的RPE1 E7细胞中多倍体比例显著增高(t=6.397,P=0.0031);在DNA损伤后的RPE1 E7细胞中Emi1的蛋白表达水平显著增高(t=8.241,P=0.0012);在DNA损伤后的RPE1 E7细胞中应用2条独立的小干扰RNA干扰Emi1的表达后,多倍体细胞比例均显著降低(t=2.916,P=0.0434;t=3.452,P=0.0260)。结论DNA损伤后HPV-16 E7可通过Emi1介导DNA重复复制。

与人遗传病相关的DNA重复序列的体外核小体定位特性

目的研究与人遗传病相关的DNA重复序列的体外核小体定位。方法构建含有(GAA)42、(ATTCT)43、(GCCT)18和601序列的重组质粒,体外利用盐透析将质粒与组蛋白八聚体组装形成染色质结构,微球菌核酸酶消化后,用琼脂糖凝胶电泳分析染色质的结构。结果含有ATTCT重复序列的质粒较含GAA重复序列质粒在体外易于形成核小体。结论在重组质粒中,由于引入的重复序列片段形成核小体能力的不同会影响其局部染色质结构。