DNA序列新特征的提取方法及其在重组位点识别中的应用

为提升重组位点识别的预测性能,本文提出了一种新的特征提取方法来识别重组位点。分别利用Word2Vec模型编码的3-gram向量和DNA特性获得两组表示DNA序列的新特征,与已有的特征(FastText模型获取)进行组合来表示DNA序列,使用支持向量机为分类算法,在基准数据集上进行5倍交叉验证。研究表明,本文提出的方法在识别重组位点方面获得了93.88%的敏感性、95.08%的特异性、94.54%的准确率和0.8902的马修斯相关系数,以上指标均优于现有的方法,本文所提出的方法为解决生物学的序列信息提取问题提供了一种新思路。

染色体易位重组位点的自动识别方法研究

染色体易位重组位点的识别对很多染色体遗传性疾病的诊断有着重要的意义。本文基于实际诊断中采集到的24类染色体数据和9号正常与异常染色体数据,构建了一套自动识别染色体易位重组位点的模型和方法。首先,对染色体图像进行预处理,得到了方向梯度直方图特征(HOG)和局部二值模式特征(LBP),构建了基于纹理特征的染色体24分类多通道网络模型,分类准确率达到了95.99%;再与ResNet18模型(分类准确率95.86%)进行模型融合,最终分类准确率达到97.08%。其次,将染色体密度谱作为正常和异常染色体的分类特征,采用投票的方法集成支持向量机、随机森林和XGBoost模型,构建了正常和异常染色体的集成分类器,正常和异常9号染色体的分类准确率达到了100%。最后,对于易位的异常染色体,我们提出了基于动态时间规划(DTW)的易位重组位点自动识别算法,在异常染色体的密度谱曲线上找到了重组位点,并映射至染色体G显带模式图,得到标准诊断结果,通过与临床专家的诊断结果进行比较说明了自动识别结果的有效性。本文设计的一套自动识别染色体易位重组位点的模型方法对临床辅助诊断有很大的帮助,有望完善成为一套软件系统应用于临床诊断,提升相关疾病的诊断效率和准确率。

FLP/FRT位点特异性重组系统在高等真核生物中的研究进展

来源于酵母2μm质粒的FLP/FRT位点特异性重组系统已经被广泛应用于拟南芥、水稻、小鼠、果蝇、线虫等高等真核模式生物,正逐渐成为转基因动植物研究领域进行基因操作的强有力工具。笔者综述了FLP/FRT系统的重组原理及其在高等真核生物中的应用,系统地概述了该系统在转基因植物、哺乳动物、昆虫以及其它相关高等真核模式生物中的研究现状,讨论了FLP/FRT系统在研究中存在的主要问题、应用前景和发展方向。

Cre/lox位点特异性重组系统在高等真核生物中的研究进展

来自于P1噬菌体的Cre/lox系统通过位点特异性重组可以迅速而有效地实现各种生理环境下的基因定点插入、删除、替换和倒位等操作。Cre/lox系统作为目前基因打靶技术的核心工具,已被广泛应用于拟南芥、水稻、小鼠、果蝇、斑马鱼等高等真核模式生物。文章较为全面地介绍了Cre/lox系统的基本概况及其在高等真核生物中的应用,讨论了Cre/lox系统在研究中存在的主要问题和今后的发展方向,为利用该系统在不同高等生物中进行基因操作提供有用的参考。

Cre/loxP位点特异性重组系统在植物中应用的研究进展

Cre/loxP位点特异性重组系统自发现以来,在植物基因重组领域得到了广泛应用,已成为提高转基因植物安全性的有效方法。本文介绍了该系统的基本概况及其在转基因植物表达载体构建方面的应用,尤其是在基因删除、定点整合、多基因表达以及杂种优势利用等方面的应用做了重点阐述。

利用体外特异位点重组反应构建黄瓜灰霉菌cDNA文库

体外特异位点重组技术应用于cDNA文库的构建,克服了传统文库构建方法中的常见问题。本研究利用这一技术,以能够分离得到植物激活蛋白的黄瓜灰霉菌(B.cinerea)菌株为材料,用TRIZOL试剂提取总RNA,从中分离纯化出mRNA,用预先接有attB2位点的Oligo(dT)引物和SuperScriptTMⅡ反转录酶合成cDNA,双链cDNA与attB1接头连接,经重组、转化后构建了其cDNA文库。文库滴度为2.3×106pfu/mL,文库总容量达2.53×107。随机挑取24个克隆,经酶切检测,平均插入片断为1466bp,重组率达100%。

位点特异性重组技术研究进展

位点特异性重组技术是现代生命科学中研究基因敲除与靶向整合的工具。它的应用实现了外源基因可预测、可重复的高效表达;对于利用模型动物进行基因分析更是具有划时代的意义;在转基因植物中的运用价值同样不可忽视。

单子叶植物的FLP/frt位点特异性重组系统的构建

来自于啤酒酵母2μm质粒的FLP/frt位点特异性重组系统可用于转基因植物(细胞)筛选完成后去除选择标记基因.水稻肌动蛋白actin基因启动子和玉米泛素ubiquitin基因启动子可有效驱动单子叶植物中外源基因的转录.为培育去除选择标记基因的抗盐耐旱单子叶转基因植物,构建了适合于单子叶植物的FLP/frt位点特异性重组系统.该系统由含有FLP重组酶基因的植物表达载体pCAMBIA3300-Ubi-FLP-bar和含有frt位点的植物双抗(抗除草剂、抗盐耐旱)表达载体pCAMBIA1300-Ubi-TsPPasef-rt-alsf-rtm以及pCAMBIA1300-Actin1-AtNHX1f-rt-alsf-rtm组成.

Cre/loxP位点特异性重组系统及其在口腔医学领域中的应用

Cre/loxP位点特异性重组系统由Cre重组酶和loxP位点组成。Cre重组酶可识别loxP位点并催化2个loxP位点之间的DNA进行精确的位点特异性重组。该系统作用方式简单、重组效率高,可定时、定位地对基因进行修饰,已成为一种定向改变生物活体遗传信息的重要的试验工具。本文主要就Cre/loxP系统的结构、重组机制、特点及其在口腔医学领域中的应用作一综述。

位点特异性重组技术在繁殖普通核雄性不育系中的利用潜力

在作物杂种优势利用中普通核雄性不育性有着独特的优越性 ,但其不育系繁殖问题需要解决。通过利用普通核雄性不育性的可育基因 ,或利用人工核雄性不育性的不育基因和可育基因 ,借助位点特异性重组技术和遗传转化 ,可能实现普通核雄性不育系的商业化繁殖。

Cre/lox位点特异重组系统在植物基因工程中的应用

Cre/lox位点特异重组系统是植物基因工程中的重要工具,利用其可以在转基因植物中对目的基因实现精确删除和定点整合。概述Cre/lox系统的基本结构及作用方式,并以基因删除和定点整合为重点,详细介绍该系统在这两方面的应用。

利用Cre／loxP位点特异性重组酶系统从转基因植物生产非转基因食品

转基因植物中的外源基因是引起转基因植物食品安全性问题的主要原因。通过对Cre／loxP系统介导转基因植物中外源基因选择性切除的最新研究成果进行综述分析，指出利用果实、花粉等组织特异性启动子对重组酶基因的表达进行调控，将转基因植物食用部位的外源基因选择性的切除，是将转基因植物转化为非转基因食品的一条有效途径。

位点特异性重组系统及其应用

位点特异性重组系统可在重组酶参与下介导特异性位点间的 DNA发生切除、整合或易位 ,该系统可克服传统基因工程技术的一些局限性 ,对基因进行定时、定位的改造 ,并可进行大片段的染色体改造工程。应用较多的有 Cre/ lox P、FL P/FRT和 R/ RS系统 ,本文主要介绍了这三个系统的结构特点并以 Cre/ lox P系统为例介绍其在转基因小鼠、基因剔除小鼠、基因替换小鼠和染色体工程中的应用 。

XerCD/dif位点特异性重组

大约10%~15%的大肠杆菌在染色体复制过程中会形成染色体二聚体。大肠杆菌染色体编码的重组酶XerC和XerD作用于染色体复制终点区的dif序列,以同源重组的方式将染色体二聚体解离为单体,使细菌得以正常复制分裂。编码霍乱毒素的噬菌体CTXΦ以位点特异的方式整合入霍乱弧菌染色体,但其基因组中不含有任何重组酶基因,其整合过程需要细菌染色体编码的XerC和XerD重组酶,且整合位点与大肠杆菌dif序列相似。XerCD重组酶基因和dif位点在细菌染色体广泛存在,表明其可能是染色体二聚体解离,噬菌体及其他外源基因成分整合入染色体过程中一种广泛存在的途径。文章对XerCD/dif位点特异性重组在细菌染色体二聚体解离。

位点特异性重组技术在分子生物学中的应用

位点特异性重组技术系统通过对ＤＮＡ进行准确切割和重新连接，能够导致ＤＮＡ发生包括切离、倒位或相互易位等形式的重排，从而使得在染色体水平对真核生物基因组进行遗传改造，以及对转基因动物和植物中转基因的表达进行有效的控制成为可能。来自大肠杆菌Ｐ１噬菌体的Ｃ...

位点特异性重组酶Cre的克隆、表达、纯化及体外活性鉴定

克隆了Cre基因 ,分别构建了真核表达载体 pEF EBFP Cre和 pGEX Cre,在大肠杆菌中表达了Cre重组酶 ,并证明了重组酶的删除特性 。

Cre/lox位点特异重组系统在转基因植物中的应用

位点特异重组系统由重组酶和相应的重组酶识别位点组成,通过两者间的相互作用,实现外源基因精确整合与切除等一系列遗传操作.主要可分为Cre/lox系统、FLP/frt系统、R/RS系统和Gin/gix系统.目前,研究最充分应用最广泛的位点特异重组系统为Cre/lox系统.此系统为位点特异重组系统家族中的一员,由38.5kDCre重组酶和34bplox位点组成,最早被应用于动物转基因研究,包括基因敲除、基因激活、基因易位等.近年来,随着研究的深入,Cre/lox系统被逐步应用到植物研究中,并在诸多领域取得重大进展.本文总结归纳了Cre/lox系统在定点整合、定点切除以及叶绿体转化等方面的最新研究成果,旨在为利用Cre/lox系统构建环境安全和高效表达的植物遗传转化体系提供参考.

Cre／loxp位点特异性重组系统在转基因植物中的应用

位点特异性重组系统能够在植物遗传转化中更准确、可靠的操纵外源DNA的引入或删除,已成为植物遗传操作中的重要工具。本文简要介绍目前应用最为广泛的Cre/loxp位点特异性重组系统的重组机制,并着重阐述Cre/loxp系统在删除转基因植物中标记基因及定点整合等方面的应用。

热诱导的位点特异性重组植物表达载体构建及烟草转化

选择标记基因安全性问题是限制转基因植物商品化种植的重要因素。为了从转基因后代中诱导性剔除选择标记基因,本研究克隆了拟南芥热激蛋白Hsp18.2基因启动子,并构建了Hsp18.2启动子诱导表达的CinH/Rs位点特异性重组删除植物表达载体。结果表明,利用农杆菌介导法进行了烟草转化,转化后的烟草经过除草剂筛选和PCR检测,得到转基因阳性植株。本研究为利用位点特异性重组建立植物无标记基因转化体系奠定了基础。

柑桔基因工程位点特异性重组系统研究进展

基于位点特异性重组系统R/Rs和Cre/loxP的无选择标记基因转化体系已被成功用于marker-free转基因柑桔的创制。在柑桔中,R/Rs系统介导的选择标记基因的删除往往不精确且有嵌合体。对于Cre/loxP系统,基于化学诱导系统构建的删除系统能有效清除选择标记基因,但同样存在删除不完全的缺点。组成型表达启动子驱动Cre/loxP系统表现出极高的删除效率,且极少有嵌合体的发生。FLP/FRT系统已被成功用于转基因植物选择标记基因的删除,但在柑桔上还没有相关的报道。