糖多孢红霉菌同源片段长度与染色体重组率关系的研究

为了探索同源片段长度与糖多孢红霉菌染色体同源重组率的关系 ,化学合成或用重叠PCR合成带有突变位点、在突变位点两侧长度为 (2 6bp +2 7bp)、(5 0 0bp +5 76bp)和 (190 8bp +174 9bp)的同源序列 ,克隆于糖多孢红霉菌同源重组载体pWHM3后 ,分别构建了pWHM1113、pWHM1116和pWHM1119质粒。以PEG介导转化糖多孢红霉菌A2 2 6原生质体 ,3个质粒分别获得每皿 30个、6 9个和 170个转化子 ,但pWHM1113质粒不能与染色体有效整合 ,pWHM1116质粒与染色体整合率为转化子的 2 % ,而pWHM1119质粒与染色体整合率达到转化子的 19%。pWHM1116和pWHM1119质粒均可进行有效的染色体二次重组 ,将突变位位点引入染色体。因此 ,同源片段长度为(5 0 0bp +5 76bp)或更长时 ,可与糖多孢红霉菌染色体进行有效的单重组和双重组。

群居性啮齿动物集群重组率的估算

提出了一种定量估算群居性啮齿动物的集群重组率的方法。此法以特定时期集群中动物个体之间的异源概率 (即来源于不同家族的概率 )作为衡量群居性啮齿动物的“混合”程度 (即重组率 )的定量指标 ,并与平均重组率 (即重组期望 )进行比较 ,进而判断动物在集群过程中的选择倾向。按照这种方法估算了内蒙古典型草原区布氏田鼠越冬集群的重组率。结果表明 ,该鼠的越冬集群重组率很低 ,仅在 0 1左右 ,集群个体多数来源于相同的家族。此外 ,该鼠的集群重组率远低于其重组期望值 ,表明该鼠在秋季集群中 ,有强烈的选择同源个体的倾向。

菌落PCR快速分析抗体库重组率时的假阳性现象

目的 评价菌落PCR法鉴定噬菌体抗体库阳性重组率的可靠性。方法 鼠抗体基因Lc片段、Fd片段经酶切、纯化后 ,依次克隆入pComb3载体上相应的酶切位点 ,电转化XL1 blue菌后建立鼠源性Fab噬菌体抗体库。比较菌落PCR法、质粒PCR法及质粒酶切法鉴定转化菌阳性重组率的一致性。同时用空菌、空载体、空载体菌等作模板为对照PCR ,以排除相关组分的干扰。结果 建立的Lc库的库容为 1.175×10 6CFU ,Fab库的库容为 1.0 2×10 6CFU。 3种方法鉴定的阳性重组率不同 (Lc的重组率依次为 10 0 %、78%、78% ,Fd的重组率依次为 90 %、6 6 %、6 6 % ,Lc与Fd同时插入的重组率依次为 90 %、5 0 %、5 0 % )。菌落PCR法鉴定的重组率偏高 ,存在假阳性现象。对照PCR提示 ,XL1 blue菌本身可能是导致假阳性扩增的原因。结论 用菌落PCR法不能准确鉴定噬菌体抗体库的重组率 。

RIL群体中分子标记与QTL间重组率的矩估计

根据重组近交系（ＲＩＬ）群体的遗传特性，由矩估计，获得了该类群体中分子标记（ＭＬ）与数量性状座位（ＱＴＬ）间重组率估计、以及ＱＴＬ基因型数量表现的均值和方差估计的理论公式与方法．

两对互作基因重组率EM算法估计的模拟研究

推导出存在上位性互作的两对连锁基因在F2 群体中各表型的概率和条件概率以便利用EM (expectationandmaximization :期望最大化 )算法估计重组率 ,还获得了重组率的标准误公式。通过MonteCarlo模拟发现 :用EM算法和Fisher法估计重组率时其结果一致 ;前者易推广到两基因间具有上位性互作的情形 。

真重组率与ELOD值和检验能力的关系

本文讨论了信息配子数为50时 ,ELOD值与检验能力随着真重组率变化的趋势 ,结果表明当2个基因座之间的真重组率小于或等于0 15时 ,连锁分析得到的结果比较可靠。

人类基因组中加工假基因分布与重组率和基因密度的关系

分析了人类加工假基因在染色体上的分布,发现加工假基因密度与重组率负相关,而与基因密度正相关。加工假基因在低重组区的积累与插入有害模型和异位重组模型相吻合:在插入有害模型下,低重组区的选择强度由于Hill-Robertson干涉而变弱,所以加工假基因较多地插入到低重组区;在异位重组模型下,同源加工假基因家族(包括同源祖先基因)之内可能发生异位重组而对机体造成危害,所以加工假基因在高重组区的插入受到较强的负选择,导致加工假基因较多地分布在低重组区。除以上两种模型以外,加工假基因还可能通过降低重组率的方式对加工假基因密度与重组率的负相关有所贡献。加工假基因偏好分布在基因密区,这可能与异位重组在该区较少发生有关。

分子标记与QTL间重组率的估计及Monte Carlo模拟

描述了分子标记－数量性状基因座位（ＱＴＬ）之间重组率的矩估计法和最大似然估计法，两种方法都考虑了ＱＴＬ基因型间数量性状方差的同质性和异质性。ＭｏｎｔｅＣａｒｌｏ模拟表明，采用最大似然法能比矩估计法获得更为准确的重组率估计值，标记－ＱＴＬ之间的松驰连锁通常与重组率及有关参数估值的偏倚有关，将ＬＯＤ值与似然比检验相结合，为重组率估值及连锁强度的相互比较提供了有效的方法。

缺失数据下遗传重组率估计的EM方法

EM算法是在不完全信息资料下实现参数估计的一种通用迭代方法,其在现代科学的许多领域已有着广泛的应用。文章导出了双位点不同标记类型,包括共显性—共显性,共显性—显性和显性—显性三种模式下,部分个体缺失标记基因型时,重组率估计率的EM算法。用编制的SAS/IML程序进行了Monte Carlo模拟研究,验证了文章所述方法在遗传连锁分析中的有效性和实用性。

重组率、交换率和图距之辨析及其蕴含的思政元素

重组率、交换率和图距这三个名词是进行基因定位分析的重要概念,但很多教科书将重组率和交换率混为一谈,从而导致利用图距作连锁图时出现错误;文章根据相关文献资料及作者十多年的教学体会阐明重组率与交换率之间的区别以及二者与图距之间的关系;同时利用连锁图中蕴含的思政元素,加强学生对这些概念的理解和掌握。

基于EM算法的遗传重组率估计方法

EM算法是在不完全信息资料下实现参数极大似然估计的一种通用方法．本文导出了双位点不同标记类型,包括共显性-共显性,共显性-显性和显性-显性3种模式下,估计遗传重组率的EM算法,以及获得重组率抽样方差的Bootstrap方法;并将之推广到部分个体缺失标记基因型(未检测到电泳谱带)下的重组率估计．通过大量Monte Carlo模拟研究发现: (1)连锁紧密时,样本容量对重组率的估计影响不大;连锁松散时,需要较大样本容量才可检测到连锁以及实现重组率的较精确估计．(2)用包含缺失标记的所有个体估计重组率比仅用其中的非缺失标记个体估计更准确,且可显著提高连锁检测的统计功效．

粳型广亲和系与籼粳品种杂交中色原基因与糯性基因重组率的差异

粳稻品种中，色原基因Ｃ和糯性基因ｗｘ的重组率为２３％左右，这已为人们长期以来所熟知。然而，在粳稻与爪哇稻ＫｅｔａｎＮａｎｇａ（ＫＮ）的杂交中，重组率却为１５．１～１８．９％．ＫＮ具有配子败育中性基因即广亲和基因Ｓ－５ｎ，该基因位于Ｃ和ｗｘ两位点之间．在ＫＮ和籼稻品种ＩＲ３６的杂交中，基因Ｃ和ｗｘ的重组率约为３０％．将ＫＮ中Ｃ—Ｓ－５ｎ染色体片断导入粳稻品种，通过两次回交育成了热研１号，通过三次回交育成了热研２号．用这两个粳稻品系代替ＫＮ对重组率变异进行测定．在粳稻品种Ｍｉｙｕｋｉｍｏｃｈｉ（ＭＭ）与热研１号的杂交中，Ｃ和ｗｘ的重组率为１６．ｌ±４．８％，而在热研２号与籼稻品种ＩＲ３６的杂交中重组率却为３０．３＋６．４％．因此，用导入了ＫＮ中Ｃ—Ｓ－５ｎ片断的粳稻品系所进行的试验，也看到了同样的重组率差异．在评价重组率时，还证实了基因８—５ｎ和Ｃ的作用．重组率受Ｃ－８－５ｎ染色体片断中遗传因于的影响，这一事实将有利于研究重组机制和建立水稻分子图谱．

同一群体育成品种重组率高于未经选择的品系

任何作物要通过育种进行改良都需要在后代中创造和选择亲本所包含的遗传变异的等位基因的新组合。这些新的组合来自染色体的独立分配或者是同源染色体的重组。如果优良基因位于不同的染色体（无连锁）上，那么只有通过独立分配产生变异来取得育种进展。

遗传基因定位试题的解法推广与反思——巧用交换值与重组率

从一道遗传拓展题出发,对交换值和重组率进行辨析,利用重组率往往低于交换值的不等式来确定中间基因,完成三基因定位。同时对遗传基因定位试题的解法进行推广与反思,以期对一线教师和遗传学学习者的教与学提供参考。

约束下多子女家系数据重组率的最大似然估计

本文针对相型信息未知的三回交家系,讨论了在自然的序约束下重组率的估计问题.考虑了多后代数据的后代表型分类问题,给出了后代表型分类数的一个具体公式.基于表型分类所得数据,采用约束EM算法(REM)估计了两位点重组率.鉴于交换干扰的存在可能会影响到基因定位的精度,基于该估计,进一步考虑了有关生物体基因组中交换干扰的统计推断问题.实例和模拟研究均显示REM算法要优于无约束算法,并证实了多后代家庭会提供更多连锁信息这一观点.

人类基因组信息量的扩增速率受重组的影响

减数分裂重组是基因组进化的重要驱动力,揭示基因组在与重组有关进化压力下的进化规律是基因组进化研究领域的重要课题.一系列证据表明基因组编码信息量在进化过程中随时间增加.重组率与自然选择效率成正比,因此,在进化过程中基因组信息量的增加速率可能会受到重组率的影响.本文定义表征编码信息量增加速率的信息参数,以人类基因组为研究对象,分析基因组信息量的增加速率与重组率的关系,发现二者显著正相关,表明重组可能是加快基因组信息量增长的重要途径.

统计基因组学中的作图函数和重组率(Ⅰ)

重组率的估计是遗传图谱中的关键步骤。对于连锁图谱的构建,必须将非加性重组分数转换为加性图谱距离。两种最常用的转换是Kosambi和Haldane的映射函数。通过报告与估算重组率,Kosambi距离和Haldane距离相关的计算细节,可以作为研究者学习统计基因组学中的作图函数和重组率的基础。

统计基因组学中的作图函数和重组率(Ⅱ)

重组率的估计是遗传图谱中的关键步骤。对于连锁图谱的构建,必须将非加性重组分数转换为加性图谱距离。两种最常用的转换是Kosambi和Haldane的映射函数。通过报告与估算重组率,Kosambi距离和Haldane距离相关的计算细节。可以作为研究者学习统计基因组学中的作图函数和重组率的基础。

贴壁及悬浮培养的Trex-293细胞生长及其重组腺病毒制备产率的比较分析

为了提高病毒产率并避免制备的重组腺病毒产物中残留的动物血清,将贴壁生长的Trex-293细胞用无动物血清的CD293培养基在搅拌式培养瓶中悬浮培养。分析比较其生长特征及不同条件下的病毒产率。结果表明悬浮培养的细胞生长为稳定状态的时间比贴壁培养时稍长,但每次以(4—6)×105cells/mL密度传代。(3—4)d后基本达到2×106cells/mL,21 d达3×106cells/mL以上,比贴壁细胞密度约高3倍。培养初期,悬浮细胞存活率稍低,培养14 d开始维持90%以上,细胞倍增时间约32 h。而贴壁细胞存活率是基本维持在95%以上。重组腺病毒以200,500和1 000 VP/cell的比例感染悬浮细胞所获产率均值各为18 000,14 000和990 VP/cell,而1 000 VP/cell的比例感染贴壁细胞所获产率均值为10 500 VP/cell。结论为Trex-293细胞用无动物血清的培养基在搅拌式培养瓶中可悬浮培养,当重组腺病毒感染比例为200 VP/cell,感染后48 h,细胞存活率50%时收获有利于提高病毒产率,且高于感染贴壁细胞所获产率。