CTAB法提取野野村菌基因组DNA

针对用常规方法难以提取野野村菌基因组DNA的问题,通过选用添加甘氨酸的不同培养基和不同培养时间获得的菌丝体,采用液氮研磨结合CTAB法提取野野村菌DNA,电泳检测及计算OD260/OD280值。结果表明,在添加0.3%甘氨酸的麦芽汁-酵母膏(YE)培养基中振荡培养培养3d的菌丝体适合于DNA提取,用CTAB法获得的基因组DNA,长度约为20kb,且OD260/OD280在1.8左右,达到基因组DNA-DNA杂交的要求。

野野村氏菌FIM02-765的分类鉴定及Simaomicinα的抗肿瘤活性

明确海洋沉积物来源的放线菌FIM02-765的分类地位,揭示其代谢产物Simaomicinα的抗肿瘤活性。通过形态学、生理生化特征、细胞糖分组成分析以及16S rRNA序列分析,对海洋放线菌FIM02-765进行菌种鉴定;通过大孔吸附树脂柱层析和Sephadex LH-20凝胶柱层析从该菌的发酵产物中分离得到稠环氧杂蒽酮类化合物Simaomicinα;通过MTT法对化合物Simaomicinα的体外抗肿瘤细胞活性进行了研究。结果表明,菌株FIM02-765属于野野村氏菌(Nonomuraea sp.),同时该菌产生的稠环氧杂蒽酮类化合物Simaomicinα具有较强体外抑制多种肿瘤细胞增殖的活性。研究表明1株经鉴定的海洋野野村氏菌FIM02-765产生稠环氧杂蒽酮类化合物Simaomicinα对肿瘤细胞具有较强体外抑制活性,为深入开展该菌的遗传育种以及Simaomicinα的生物合成研究提供参考。

4-羟基环孢菌素A衍生物[γHyMeLeu4]CyA生产菌的接合转移

将染色体整合型糖多孢红霉菌表达载体pZMW-tsr转入大肠杆菌ET12567(pUZ8002);以其作为供体,采用接合转移的方法将硫链丝菌素抗性基因tsr转入4-羟基环孢菌素A衍生物[γHyMeLeu4]CyA生产菌野野村菌CYA4OH。PCR结果表明,tsr基因已经整合到CYA4OH基因组上。研究表明pZMW载体能够在稀有放线菌野野村菌中有效表达外源基因。

Nonomuraea candida HMC10^(T)中新结构套索肽noncaromin生物合成基因簇的克隆及异源表达

【目的】本研究旨在通过定向克隆菌株Nonomuraea candida HMC10^(T)中一个新的Ⅱ型套索肽类生物合成基因簇,通过在放线菌底盘宿主中的异源表达,获得新结构套索肽noncaromin,并完成其抑菌活性分析。【方法】通过anti SMASH软件分析菌株N.candida HMC10^(T)全基因组序列,确定新的Ⅱ型套索肽noncaromin的生物合成基因簇(biosynthetic gene cluster of noncaromin,nonc-BGC)。然后,利用ExoCET重组技术(exonuclease combined with RecET recombination)获得完整的nonc-BGC,得到重组质粒pJQK652,并通过λ-Red重组技术改造得到整合型质粒pJQK653。采用接合转移方法,将该质粒分别导入白色链霉菌、2株变铅青链霉菌、2株天蓝色链霉菌和红色糖多孢菌宿主中进行异源表达,再通过发酵和分离纯化获得目标套索肽noncaromin。最后,利用QTOF-ESI-MS^(2)完成套索肽noncaromin的结构鉴定,并通过抗菌活性检测确定该化合物的生物活性。【结果】本研究利用ExoCET技术成功获得了完整的nonc-BGC,在6种放线菌宿主中成功异源表达,完成了noncaromin的结构鉴定,确定了其具有微弱的抗枯草芽孢杆菌活性。【结论】本研究在克隆得到新结构套索肽nonc-BGC的基础上,实现了该基因簇在6个放线菌底盘宿主中的成功表达,获得了1个具有微弱抑制枯草芽孢杆菌活性的新结构Ⅱ型套索肽noncaromin。本研究结果为发掘菌株N.candida HMC10~T及其他放线菌中的新结构化合物提供了借鉴。