金荞麦种质资源及其生态调查研究

金荞麦(Fagopyrum dibotrys (D.Don.) Hara.)是我国民间的一种传统中草药,野生种质资源丰富,目前尚未进行大规模栽培生产。随着近年来金荞麦资源量的迅速减少,有必要对金荞麦的种质资源、地理分布、生态环境等重新进行实地调查研究,为其保护利用提供理论基础和科学依据。

金荞麦转录组SSR位点分析及分子标记开发

金荞麦具有较高的医疗保健价值,目前缺乏相应的分子工具用于系统评价金荞麦资源以保护及利用种质资源,SSR标记能够应用于植物多样性评价、品种鉴定以及遗传图谱构建等领域。为揭示金荞麦根系转录组SSR分布特征,开发更多有价值的SSR标记,本研究利用Krait软件对其46923个Uingenes序列的SSR位点进行检索和标记开发。结果显示,在1783个Unigenes序列中包含1961个SSR位点,SSR分布频率为3.80%,平均分布间距为1/17.00 kb;其中三核苷酸重复基序数量最多(54.92%),其次是单核苷酸重复基序(23.36%)和二核苷酸重复基序(10.76%);共发现104种重复基序,其中A/T的出现频率最高(23.10%),其次是AAG/CTT(16.32%)和AG/CT(5.61%)。随机合成了115对SSR引物,基于12份金荞麦种质资源检测其多态性,结果得出98对引物(85.2%)能扩增出目标条带,其中36对引物有多态性。单个SSR引物平均能检测到3.83个变异位点,多态信息含量(PIC)为0.15~0.96,平均为0.53;12个金荞麦之间的遗传相似系数为0.47~0.76,平均值为0.55,表明12个金荞麦种质具有一定的遗传多样性。本研究鉴定金荞麦根系转录组SSR标记,有效增加了金荞麦遗传多样性评价、品种鉴定和重要性状遗传机制的解析等研究中可用的分子标记,为金荞麦分子育种的深入研究奠定了基础。