基于铁死亡相关长链非编码RNA的肺腺癌临床预后模型构建和免疫相关分析

目的 通过癌症基因组图谱(the cancer genome atlas,TCGA)数据库,构建肺腺癌中铁死亡相关的长链非编码RNA(long non-coding RNA,Lnc RNA)的预后模型,并对模型中的高风险组和低风险组患者进行免疫相关性分析。方法 在TCGA数据库中获取肺腺癌肿瘤组织及正常肺组织的基因表达数据及临床数据,筛选出铁死亡相关的差异LncRNA。采用Cox风险回归模型筛选并建立LncRNA预后风险预测模型,根据模型对患者进行评分并对高风险组和低风险组免疫相关功能进行比较。结果 共得到55个铁死亡预后相关的差异LncRNA,基于Cox回归分析结果构建了由16个LncRNA的多因素预后风险预测模型。患者风险评分高提示预后差。高风险组的树突状细胞、B淋巴细胞、肥大细胞等免疫细胞浸润程度,抗原呈递细胞(antigen-presenting cells,APC)共抑制、APC共刺激、趋化因子受体、免疫检查点等免疫功能以及IDO2、HHLA2、CD276、BTLA等免疫检查点相关基因表达均与低风险组不同(均P <0.05)。结论 基于16个铁死亡相关LncRNA的预后模型可以对肺腺癌患者的预后进行预测,且研究中得到的参与模型构建的铁死亡相关LncRNA可能与免疫浸润水平有关,有望成为免疫检查点抑制剂治疗的新靶点。

基于铁死亡相关长链非编码RNA的卵巢癌预后模型的构建及分析

目的:探索铁死亡相关长链非编码RNA(lncRNA)与卵巢癌(OV)之间的相关性,并构建OV预后模型。方法:以TCGA数据库中OV转录数据及临床信息为资料,基于FerrDb采用共表达方法筛选铁死亡相关lncRNA,以Cox回归分析与OV预后相关的铁死亡lncRNA,并构建OV预后模型。依据OV样本风险值将纳入卵巢癌样本分为高、低风险组,采用生存分析和ROC曲线验证模型性能。结果:Cox回归筛选到10个与OV相关的lncRNA,高风险组生存时间低于低风险组(P<0.001),预后模型ROC曲线下面积为0.781。结论:本文成功构建了铁死亡相关lncRNA的OV预后模型。

基于生物信息学筛选并验证肺结核铁死亡相关长链非编码RNA及与免疫浸润的相关性分析

目的 基于生物信息学探讨肺结核铁死亡相关长链非编码RNA(lncRNA),并分析其与免疫细胞浸润的相关性。方法 收集2022年11月至2023年3月于成都市郫都区人民医院呼吸内科收治的13例肺结核患者及同期13名健康志愿者全血样本,随机选取3例肺结核患者和3名健康志愿者全血样本进行全基因组测序。对测序数据进行分析,筛选差异lncRNA和差异mRNA,并绘制火山图和热图。通过维恩图筛选肺结核铁死亡相关基因,进行基因本体富集分析和京都基因与基因组百科全书富集分析。筛选肺结核铁死亡关键基因,分析肺结核患者血液样本免疫细胞浸润情况。采用Spearman相关分析筛选获得肺结核铁死亡相关lncRNA,并采用外部数据集GSE54992进行验证及实时荧光定量聚合酶链反应进行检测,验证筛选lncRNA的表达情况和诊断价值。结果 全基因组测序显示,共得到636个差异lnc RNA和1 530个差异m RNA,与铁死亡基因取交集,得到133个共同基因。富集分析显示,肺结核铁死亡基因主要涉及细胞对化学压力的反应、应对氧化应激、铁死亡、自噬等信号通路。筛选出10个肺结核铁死亡关键基因,与之最相关的3个lnc RNA分别是MIATNB、LINC00667和LINC01465。肺结核组和对照组在17种免疫细胞中有表达。MIATNB与记忆B细胞(r=0.42)、单核细胞(r=0.49)呈正相关(P<0.05),LINC01465与记忆B细胞呈正相关(r=0.35,P<0.05),LINC00667与幼稚B细胞呈负相关(r=-0.42,P<0.05)。验证集GSE54992中,肺结核组MIATNB相对表达量高于对照组(P<0.05);受试者操作特征曲线分析显示,MIATNB在肺结核中有较好的诊断价值。试验组MIATNB相对表达量高于对照组(P<0.01)。结论 通过全基因组测序联合生物信息学筛选出肺结核铁死亡相关lncRNA MIATNB,该基因在肺结核患者中高表达,与细胞免疫浸润密切相关,可能是肺结核诊断和治疗的潜在分子生物标志物。

构建基于铁死亡相关长链非编码RNA的胆管癌预后模型

目的 在胆管癌(CCA)中用铁死亡相关长链非编码RNA(lncRNA)建立有较好的预测能力的预后模型。方法 从TCGA数据集下载CCA的转录组RNA-seq数据和相应的临床数据。采用Pearson相关法筛选与铁死亡相关的差异表达的lncRNAs。单因素Cox回归分析用来筛选与预后相关的lncRNAs。通过多因素回归分析构建预后模型,采用受试者工作特征曲线(ROC)下面积和Kaplan-Meier曲线对模型进行评价。结果 筛选出3个铁死亡相关的差异表达lncRNAs:LINC01714、LINC02997和LINC01621。基于这3个lncRNAs构建的预后模型,预测1年、3年、5年生存率的ROC曲线下面积分别为0.81、0.81和0.82。结论 本研究基于铁死亡相关lncRNAs建立了一个预后模型预测CCA患者的生存概率,挖掘了有潜力作为CCA患者预后标志物的lncRNAs。

基于铁死亡相关长链非编码RNA对子宫内膜癌的预后分析

目的利用子宫内膜癌(EC)的铁死亡相关长链非编码RNA(lncRNA),构建疾病预后模型,为EC提供治疗靶点。方法TCGA中下载EC数据,FerrDb数据库下载铁死亡基因。通过R软件将疾病数据与铁死亡基因取交集得到差异表达基因(DEGs),并对DEGs进行GO和KEGG富集分析。根据Pearson相关分析,得到的lncRNA,通过Lasso-Cox构建模型,筛选用于构建模型的lncRNA,计算风险评分,以中位数区分高、低风险组。利用Kaplan-Meier生存曲线、受试者操作特征(ROC)、决策曲线分析法(DCA)曲线等评估模型的风险评分及临床特征,预测生存效果。应用TIMER、CIBERSORT等算法,对高、低风险组免疫细胞及功能进行分析。用R软件对两组lncRNA进行免疫细胞、功能、检查点及m6A的相关mRNA差异表达分析。结果248个铁死亡基因,与铁死亡相关lncRNA有1616个,80个DEGs。GO分析结果显示,DEGs主要参与氧化应激、调控基底质膜、有机阴离子跨膜转运蛋白活性等。KEEG结果显示,DEGs主要参与铁死亡、谷胱甘肽代谢通路等过程。单因素Cox回归分析初步筛选出45个与铁死亡相关的lncRNA,经Lasso-Cox优化,最终确定14个lncRNA用于构建预后模型。Kaplan-Meier生存曲线显示,低风险组生存状况优于高风险组(P<0.01)。ROC、DCA曲线显示:风险评分预测的生存效果优于传统临床特征;1、2、3年的AUC值分别为0.696、0.715、0.747。单因素、多因素Cox回归分析结果显示,模型风险评分是预测EC患者生存的独立影响因素[HR(95%CI)=1.105(1.081~1.129);HR(95%CI)=1.108(1.081~1.135),均P<0.01]。高、低风险组免疫细胞分布热图显示,两组免疫细胞水平比较,差异有统计学意义(P<0.05)。免疫功能结果显示,高、低风险组APC共同刺激、CCR等比较,差异有统计学意义(P<0.05);免疫检查点结果显示,高、低风险组PDCD-1、CTLA-4比较,差异有统计学意义(P<0.05);m6A甲基化结果显示,高、低风险组YTHDF1、FTO比较,差异有统计学意义(P<0.05)。结论14种铁死亡相关lncRNA可能在EC的肿瘤免疫中发挥重要作用,为治疗疾病提供潜在靶点。

构建铁死亡相关长链非编码RNA模型预测卵巢癌患者预后及免疫微环境

目的构建一种可预测卵巢癌患者预后的铁死亡相关长链非编码RNA(lncRNA)模型,并探讨不同危险人群的免疫特征及免疫检查点相关基因的差异表达。方法构建铁死亡相关lncRNA的卵巢癌患者的预后模型,根据模型计算风险值(Riskscore)的中位值,将卵巢癌患者分为高风险组和低风险组。对患者的生存状态、肿瘤浸润的免疫细胞、免疫检查点抑制剂(ICI)相关基因表达量进行分析。结果构建出由5个lncRNA构成的预后模型。与低风险组患者相比,高风险组患者的生存时间明显缩短(P<0.001)。单因素Cox回归分析显示:年龄(HR=1.021,95%CI:[1.008,1.034],P=0.001)和Riskscore(HR=1.689,95%CI:[1.382,2.065],P<0.001)与卵巢癌患者的总生存预后相关;多因素Cox回归分析显示:Riskscore是总生存期的独立预测因素(HR=1.629,95%CI:[1.324,2.005],P<0.001)。多项免疫途径在两组之间的差异具有统计学意义。免疫检查点如程序性细胞死亡蛋白-1,程序性死亡配体-1,细胞毒性T淋巴细胞相关抗原-4等在两组中的表达也显著不同。结论基于铁死亡相关lncRNA的卵巢癌患者预后模型,可预测卵巢癌患者的预后和免疫状态,将有助于卵巢癌患者的个体化治疗。

联合免疫分型构建肺腺癌铁死亡相关长链非编码RNA风险评分模型

目的:依据肺腺癌(LUAD)患者铁死亡与长链非编码RNA(lncRNA)之间的相关性,结合免疫分型构建新型风险评分模型以评估LUAD患者的预后。方法:基于生物信息学技术下载TCGA数据库中LUAD样本转录组数据和临床数据,获取来自FerrDb数据库铁死亡相关的基因,通过“caret”包将整理后的504例LUAD样本随机分为50%训练集与50%验证集,采用Pearson相关性分析、单因素Cox回归得到与LUAD预后有关的铁死亡相关lncRNA,利用R软件的“ConensusClusterPlus”包和CIBERSORT软件进行免疫相关分析,LASSO回归分析建立铁死亡相关lncRNA模型,受试者工作特征(ROC)曲线及曲线下面积(AUC)评估预后模型的效能,并通过验证集进行验证。结果:单因素Cox及LASSO回归分析筛选出9个铁死亡相关lncRNA构成的风险评分模型。单因素以及多因素Cox回归分析均显示,本预后模型可以作为一个独立的预后因素(P<0.001),该模型在训练集、内部验证集及外部验证集中均具有较好的预测效能。结论:本研究构建的LUAD患者风险评分模型可作为一种新的独立预后评估手段,或可具有进一步应用的价值。

基于铜死亡相关长链非编码RNA的子宫颈癌预后模型构建及药物敏感性分析

目的 基于铜死亡相关长链非编码RNA(cuproptosis-related long noncoding RNA,CRL)构建子宫颈癌预后模型并分析不同风险组间药物敏感性差异,为子宫颈癌患者预后预测及个体化治疗提供理论依据。方法 从癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)数据库中下载304例子宫颈癌患者的基因表达谱、突变数据和临床数据,使用随机抽样的方法将患者分为训练集(n=152例)和测试集(n=152)。采用Pearson相关性分析鉴定CRL。应用单因素Cox、LASSO和多因素Cox回归分析在训练集中构建CRL风险评分模型,在测试集和整个队列中进行验证,并根据风险评分中位数将训练集和测试集患者分为高风险组(训练集76例和测试集83例)和低风险组(训练集76例和测试集69例)。使用Kaplan-Meier(K-M)生存分析、受试者工作特征(receiver operating characteristic,ROC)曲线、单因素与多因素Cox回归和主成分分析(principal component analysis,PCA)评估CRL风险评分模型,并构建结合临床病理特征和CRL风险评分模型的列线图和校准曲线。通过基因集富集分析(gene set enrichment analysis,GSEA)探索该模型的潜在分子机制。使用Spearman相关分析探讨免疫细胞浸润与风险评分之间的相关性。绘制子宫颈癌患者基因突变图谱,分析CRL风险评分模型与体细胞变异之间的相关性。分析免疫治疗药物的敏感性和20种化疗药物在不同风险群体中的半抑制浓度(half maximal inhibitory concentration,IC50)值差异。结果 共获得704个CRL,经单因素Cox、LASSO和多因素Cox回归分析最终构建包含6个CRL(AC103591.4、AC021851.1、MNX1-AS1、FAM27E3、AL603832.1和AC097505.1)的风险评分预测模型。K-M生存曲线、ROC曲线下面积(area under the curve,AUC)和PCA分析均验证该模型具有良好的预测能力。多因素Cox回归显示,CRL风险评分可作为独立预后因子(P<0.05)。列线图对子宫颈癌患者的1、3和5年总生存(overall survival,OS)具有较好的预测能力。GSEA结果显示,高风险组与癌症通路相关。免疫细胞浸润结果表明,多数免疫细胞与CRL风险评分呈正相关(均r>0,均P<0.05)。免疫检查点分析结果显示,低风险组患者免疫检查点表达较高。基因突变图谱结果表明,高低风险组间肿瘤突变负荷(tumor mutation burden,TMB)比较,差异无统计学意义(P>0.05)。药物敏感性分析结果显示,免疫治疗药物细胞毒T淋巴细胞相关抗原4对低风险组患者疗效较好,阿卡地新、二甲基草酰甘氨酸、多柔比星、索拉非尼和阿糖胞苷5种药物的IC50值在高低风险组间比较,差异均具有统计学意义(均P<0.05)。结论 6个CRL的风险评分特征可独立预测子宫颈癌患者的预后,有助于阐明子宫颈癌中CRL的机制,并为患者临床个体化治疗提供理论指导。

基于铜死亡相关长链非编码RNA模型评估胰腺癌预后、免疫浸润及中药预测

目的利用与铜死亡基因有关的长链非编码RNA(cuproptosis-related long noncoding RNA,CRL)构建胰腺癌预后模型,以此预测靶向药物的敏感性,并预测可能调控铜死亡相关基因(cuproptosis-related gene,CRG)的中药。方法采用癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)数据库收集183例胰腺癌的RNA序列和临床信息,借助Cox回归、Pearson相关分析、Lasso回归等统计学方法对CRL进行筛查,建立胰腺癌预后的风险模型,通过风险评估和临床属性特征构建诺谟图(Nomogram)。模型的准确性主要采用受试者操作特征曲线(receiver operator characteristic curve,ROC曲线)以及C-指数进行评估。利用风险评分评估免疫浸润和化疗/靶向药的相关性,利用Coremine Medical数据库来预测可能影响CRG的中药。结果基于筛选出的6个CRL(MIR1915HG、PRECSIT、AC004982.1、AC023043.4、AC010999.2、FOXCUT)构建的胰腺癌风险模型,在预测胰腺癌患者1、3、5年生存率时,ROC曲线下面积(area under curve,AUC)分别达到了0.782、0.786、0.912,其预测结果显著优于年龄、Grade分级和TNM分期等指标。风险评分与肿瘤浸润淋巴细胞、调节性T细胞等免疫细胞富集程度及14种化疗/靶向药的敏感性相关。98种中药具有潜在调节CRG的功效,主要以清热解毒、清热泻火为主,归肝、脾、肺经。其中通关藤可能存在对铜死亡机制的关键基因FDX1调控作用。结论以6个CRL构建的风险模型能够评估胰腺癌的预后和免疫情况,通关藤可能在调控铜死亡机制方面发挥重要作用。

构建双硫死亡相关长链非编码RNA模型预测胃癌患者预后及免疫相关分析

目的构建双硫死亡相关长链非编码RNA(lncRNA)特征的胃癌预后模型,分析lncRNA与胃癌的肿瘤免疫微环境之间的关联并评估可能的免疫治疗。方法下载TCGA-STAD的RNA测序数据和临床资料。使用共表达网络分析、Cox回归分析和LASSO回归建立与双硫死亡相关的lncRNA风险预后模型;使用受试者操作特征曲线等方法验证模型的预测能力;利用GSEA富集分析分析各组之间生物学功能的差异;评估与肿瘤微环境、免疫细胞、免疫功能间的关系。结果收集了24个双硫死亡相关的基因,9种双硫死亡相关lncRNA用于创建预后模型。将患者分为高、低风险2个亚组,从生存曲线显示2组患者之间的总生存率差异有统计学意义(P<0.001),预测模型1、3、5年的受试者操作特征曲线下面积分别为0.681、0.703和0.789,显示有较强的预测能力,Cox回归分析显示风险评分是影响预后的独立因素(P<0.001)。高、低风险组在部分免疫细胞及免疫功能之间差异有统计学意义(P<0.05)。结论基于9个双硫死亡相关lncRNA的风险评分模型有助于预测胃癌患者预后及免疫反应,可为患者的个体化治疗提供参考依据。

长链非编码RNA生长停滞特异性转录因子5通过调控铁死亡在急性心肌梗死后心力衰竭中的研究

目的研究心肌细胞铁死亡对急性心肌梗死(AMI)后心力衰竭的影响及其与长链非编码RNA生长停滞特异性转录因子5(lncRNA GAS5)表达的关系。方法选取6~8周龄SD雄性大鼠18只,构建大鼠AMI模型,随机分为空白对照组、假手术组、模型组,每组6只。术后2周心脏彩超检测大鼠心功能,利用氯化三苯四氮唑染色检测大鼠心肌梗死面积,苏木精-伊红染色检测心肌细胞组织病理改变,原位末端标记法检测心肌细胞凋亡情况,铁离子检测试剂盒检测血清铁离子(Fe^(2+))浓度,实时荧光定量聚合酶链反应(QT-PCR)检测心肌组织中lncRNA GAS5、核因子E2相关因子2(Nrf2)、谷胱甘肽过氧化物酶4(GPX4)表达;线性相关性分析lncRNA GAS5、Nrf2、GPX4表达和Fe^(2+)浓度关系,蛋白质免疫印迹(WB)检测心肌组织中铁死亡相关蛋白GPX4、Nrf2、葡萄糖调节蛋白78(GRP78)、半胱氨酸天冬氨酸蛋白酶12(Caspase-12)表达。结果WB检测结果显示,与假手术组比较,模型组心肌组织中促铁死亡相关蛋白GRP78、Caspase-12表达水平显著升高[(1.11±0.13)vs(0.51±0.08),P<0.01;(1.23±0.05)vs(0.92±0.07),P<0.05],铁死亡抑制相关蛋白GPX4、Nrf2表达水平显著降低[(0.27±0.11)vs(0.68±0.10),P<0.01;(0.30±0.12)vs(0.58±0.04),P<0.05]。QT-PCR检测结果显示,与假手术组比较,模型组心肌组织中GPX4 mRNA、Nrf2 mRNA表达水平显著降低(P<0.01),心肌细胞发生铁死亡;QT-PCR检测发现,与假手术组比较,模型组心肌组织中lncRNA GAS5 mRNA表达水平显著升高(P<0.01),且与血清Fe2+浓度呈正相关(P<0.05)。结论AMI与心肌细胞铁死亡的发生密切相关,lncRNA GAS5可能通过Nrf2/GPX4信号通路介导心肌细胞铁死亡在AMI后心力衰竭中的发生。

长链非编码RNA肺腺癌转移相关转录本1在急性冠状动脉综合征患者外周血中的表达及临床意义

目的:探讨长链非编码RNA(lncRNA)肺腺癌转移相关转录本1(MALAT1)在急性冠状动脉综合征(ACS)患者外周血中的表达及临床意义。方法:连续选取2015年1月至2018年12月就诊于新疆医科大学第一附属医院心脏中心并确诊为ACS的患者159例为ACS组,另选取本院体检中心同时期进行健康体检、冠状动脉增强CT检查证实无冠心病的患者148例为对照组。提取两组患者的外周血单个核细胞,采用实时荧光定量多聚酶链式反应(qRT-PCR)法检测MALAT1的表达水平,并分析MALAT1表达水平与ACS的相关性及其对ACS的诊断预后预测价值。结果:与对照组相比,ACS组患者外周血MALAT1表达水平明显升高,差异有统计学意义(P<0.05)。多因素Logistic回归分析显示,外周血MALAT1表达水平与ACS独立相关(OR=1.193,95%CI:1.037~1.372,P=0.014)。ROC曲线分析显示,外周血MALAT1表达水平对于ACS的诊断具有一定的价值(AUC=0.664,95%CI:0.600~0.720)。Kaplan-Meier生存曲线分析显示,平均随访(558±223)d期间,外周血MALAT1高表达水平(≥0.816)ACS患者的MACE累积发生率高于外周血MALAT1低表达水平(<0.816)ACS患者(39.05%vs.30.61%,P<0.05)。结论:ACS患者外周血中MALAT1的表达水平显著升高,外周血MALAT1表达水平对于ACS的诊断及预后预测具有潜在的临床价值。

铜死亡相关长链非编码RNA预测喉癌的预后和调控机制

目的探讨铜死亡相关的长链非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA)在喉癌临床预后预测和免疫治疗中的作用。方法使用癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)数据库中的基因组和临床数据,通过LASSO分析和Cox回归分析构建预后模型,使用主成分分析、时间依赖性受试者工作特征(receiver operating characteristic,ROC)曲线和一致性指数评估其临床效能;从肿瘤突变负荷、肿瘤免疫功能障碍和排除、肿瘤干性指数等多个维度分析风险模型的预后价值;最后通过基因集富集分析(gene set enrichment analysis,GESA)探索模型高风险组的细胞功能和通路富集。结果共得到5个与铜死亡相关的lncRNA预后模型。主成分分析、ROC曲线下面积(area under the curve,AUC)超过0.8、一致性指数表明所建立的风险模型具备出色的预测能力;在高低风险患者中,风险曲线与免疫相关功能无显著相关性,与RNA干性评分呈负相关(r=-0.21,P=0.025);富集分析表明,lncRNA的生物学功能与WNT信号通路有关。结论铜死亡相关的lncRNA可能是一种新的预测喉癌预后的生物标志物,并可能为喉癌的治疗提供新途径。

依据铁死亡相关长链非编码RNA特征对结肠癌患者进行预后分析

目的探讨应用基于铁死亡相关长链非编码RNA(lncRNA)构建的预后模型预测结肠癌患者预后的价值。方法从FerrDb数据库下载铁死亡相关基因,从癌症基因组图谱(TCGA)数据库下载建库至2021年11月结肠癌患者RNA测序基因数据和临床数据。应用R3.6.3软件对从TCGA数据库获取的结肠癌基因表达数据与FerrDb数据库铁死亡相关基因进行分析,获取结肠癌与正常组织差异表达的铁死亡相关基因;应用R3.6.3软件计算结肠癌铁死亡相关基因和lncRNA之间表达的相关性,确定结肠癌铁死亡相关lncRNA。筛选出与生存相关的差异表达铁死亡相关lncRNA,将其纳入多因素Cox比例风险模型,构建结肠癌预后模型;根据lncRNA表达量,通过预后模型计算结肠癌患者预后的风险评分。根据中位风险评分,将从TCGA数据库收集的临床病例分为高风险组和低风险组,各223例,对两组进行Kaplan-Meier生存分析。应用受试者工作特征(ROC)曲线分析应用预后模型风险评分及临床特征预测所有患者生存的效果。应用GSEA 4.1.0软件对高风险组和低风险组lncRNA进行基因集富集分析(GSEA),采用R3.6.3软件的ggpubr程序包对高风险组和低风险组间差异表达lncRNA进行免疫细胞及免疫功能的单样本基因集富集分析(ssGSEA)。结果依据数据库获取的铁死亡相关基因和差异表达基因的交集获得了65个差异表达的铁死亡相关基因,分析最终纳入24个结肠癌预后相关lncRNA,基于这些lncRNA构建了预后模型。Kaplan-Meier生存分析显示低风险组的生存优于高风险组(P<0.001);ROC曲线分析显示,应用预后模型风险评分预测所有患者1、2、3年生存的曲线下面积(AUC)均>0.750,风险评分预测所有患者1年生存的AUC大于年龄、性别、美国综合癌症网络(NCCN)临床分期、T分期、N分期、M分期。GSEA结果显示,高风险组和低风险组差异表达lncRNA集中在肿瘤和免疫相关通路;ssGSEA结果显示,高风险组和低风险组间T细胞、巨噬细胞、肥大细胞、中性粒细胞、免疫刺激、人白细胞抗原(HLA)及Ⅰ型、Ⅱ型干扰素反应方面均存在差异(均P<0.05),其中免疫检查位点的CD200、TNFRSF14表达量差异明显(均P<0.01)。结论铁死亡相关lncRNA可能在结肠癌的肿瘤免疫中发挥重要作用,其可用于结肠癌患者的预后分析。

血清长链非编码RNA肺癌相关转录本1、微RNA-514b-3p、甲胎蛋白检测对早期肝癌根治术后复发的预测价值分析

目的探究血清长链非编码RNA肺癌相关转录本1(lncRNA LUCAT1)、微RNA-514b-3p(miR-514b-3p)、甲胎蛋白(AFP)表达水平对预测早期肝细胞癌(HCC)病人根治术后复发的临床价值。方法选取2016年3月至2019年6月西安市中心医院诊治的130例Ⅰ~Ⅱ期HCC病人为研究对象,对所有早期HCC病人随访3年,按其行根治术后是否复发分为未复发组(n=92)和复发组(n=38)。检测并比较复发组、未复发组早期HCC病人血清lncRNA LUCAT1、miR-514b-3p、AFP水平;受试者操作特征曲线(ROC曲线)分析血清lncRNA LUCAT1、miR-514b-3p、AFP对早期HCC病人根治术后复发的预测价值;多因素logistic回归分析早期HCC病人根治术后复发的影响因素;Pearson法分析根治术后复发的早期HCC病人血清lncRNA LUCAT1表达水平与miR-514b-3p的关系。结果与未复发组[0.99±0.33、(17.42±3.67)μg/L、1.01±0.34]相比,复发组早期HCC病人血清lncRNA LUCAT1(1.87±0.63)、AFP水平(25.38±5.18)μg/L升高(P<0.05),miR-514b-3p水平(0.56±0.19)降低(P<0.05)。血清lncRNA LUCAT1、miR-514b-3p、AFP预测早期HCC病人根治术后复发的曲线下面积(AUC)分别为0.81、0.68、0.83,且血清lncRNA LUCAT1、AFP联合预测早期HCC病人根治术后复发的AUC为0.93,灵敏度为93.8%,特异度为84.8%。血清lncRNA LUCAT1、miR-514b-3p联合预测AFP阴性病人根治术后复发的AUC为0.91,高于二者单独预测(P<0.05);血清lncRNA LUCAT1、miR-514b-3p单独及联合预测AFP阳性病人根治术后复发的AUC与AFP单独预测相比,差异无统计学意义(P>0.05)。AFP、lncRNA LUCAT1是影响早期HCC病人根治术后复发的独立危险因素(P<0.05),miR-514b-3p是独立保护因素(P<0.05)。根治术后复发的早期HCC病人血清lncRNA LUCAT1水平与miR-514b-3p水平呈负相关(P<0.05),且lncRNA LUCAT1与miR-514b-3p存在结合位点。结论根治术后复发的早期HCC病人血清lncRNA LUCAT1水平较高,miR-514b-3p水平较低,血清lncRNA LUCAT1与AFP联合检测更有利于临床预测早期HCC病人根治术后复发情况,且血清lncRNA LUCAT1、miR-514b-3p联合预测AFP阴性病人根治术后复发的效能更高。

非小细胞肺癌患者血清长链非编码RNA及血管内皮生长因子的表达变化及相关性研究

目的:探究非小细胞肺癌患者血清长链非编码RNA(lncRNA)及血管内皮生长因子(VEGF)的表达变化及相关性。方法:2020年1月—2023年5月武汉科技大学附属天佑医院收治的90例非小细胞肺癌患者为观察组,同时期收治的40例肺部良性病变患者为对照组。检测及比较两组血清lncRNA(lncRNA H19、lncRNA DANCR及lncRNA ANRIL)及VEGF(VEGF-A、VEGF-C及VEGF-D)的表达水平,并比较观察组中不同性别、年龄、疾病分期、分化程度及淋巴结转移情况患者的血清lncRNA及VEGF表达水平,采用Pearson相关性分析非小细胞肺癌患者上述血清lncRNA与VEGF的相关性。结果:观察组血清lncRNA与血清VEGF均显著高于对照组(P<0.05);观察组中不同疾病分期及淋巴结转移情况患者的血清lncRNA与VEGF比较,差异均有统计学意义(P<0.05);Pearson相关性分析显示,非小细胞肺癌患者的血清lncRNA与VEGF均呈正相关(P<0.05)。结论:非小细胞肺癌患者lncRNA H19、lncRNA DANCR及lncRNA ANRIL及VEGF均呈现高表达状态,且上述lncRNA与VEGF均呈正相关,在非小细胞肺癌早期诊断中具有一定价值。

铁死亡基因及相关长链非编码RNA在肝细胞癌发生与预后中的作用

目的探讨肝细胞癌中铁死亡的作用机制及其相关长链非编码RNA(lncRNA)的预后价值。方法从TCGA数据库下载肝癌转录组数据,筛选铁死亡差异基因并进行富集分析;相关性检验获取与铁死亡相关的lncRNA;使用Cox回归分析构建预后模型。根据风险评分公式计算风险得分,并将队列中的肝癌患者分为高、低风险组,并对其进行生存分析及免疫差异分析。结果筛选出84个铁死亡差异基因。富集分析显示与mTOR代谢、糖酵解、γ干扰素应答等相关,纳入17个铁死亡lncRNA构建预后模型。低风险组预后优于高风险组(P<0.01);受试者操作特征曲线表明该模型具有良好的预测能力。免疫微环境分析发现,多种免疫细胞具有浸润差异,且鉴定出17个具有表达差异的免疫检查点。结论铁死亡基因及相关lncRNA在肝癌中都起着重要的调控作用,且免疫微环境的变化也是肝癌治疗的潜在靶标。

长链非编码RNA尿路上皮癌相关1基因与脓毒症患者炎症因子严重程度及预后的关系

目的探索长链非编码RNA尿路上皮癌相关1(lncRNA UCA1)基因与脓毒症患者炎症因子、严重程度及28天死亡关系。方法收集2022年1月至2023年12月期间中国人民解放军联勤保障部队第九六○医院收治的174例脓毒症患者临床资料。按照与脓毒症患者性别相同,年龄相差1岁之内1∶1配对收集同期健康体检者作为对照组。通过实时荧光定量(RT-qPCR)法检测外周血单核细胞中lncRNA UCA1水平。酶联免疫吸附(ELISA)法检测血清中肿瘤坏死因子(TNF)-α、白细胞介素(IL)-6、IL-17、细胞间黏附分子1(ICAM1)和血管细胞黏附分子1(VCAM1)水平。使用COX风险比例回归模型分析影响脓毒症患者28天病死率相关危险因素。绘制受试者工作特征(ROC)曲线,评估独立危险因素预测脓毒症患者28天死亡的效能。结果与对照组比较,脓毒症患者lncRNA UCA1水平更高(Z=76.235,P<0.001)。脓毒症患者lncRNA UCA1与TNF-α(r=0.384)、IL-6(r=0.308)、IL-17(r=0.472)、ICAM1(r=0.361)和VCAM1(r=0.492)水平、APACHEⅡ(r=0.393)和SOFA评分(r=0.427)均呈正相关(P均<0.001),而对照组中lncRNA UCA1与上述参数均无相关性(P均>0.05)。LncRNA UCA1水平升高(HR=2.186,P=0.007)、年龄增加(HR=1.245,P=0.011)、真菌感染(HR=19.259,P=0.010),C-反应蛋白(CRP)升高(HR=1.334,P=0.036)及APACHEⅡ评分增加(HR=1.245,P=0.017)是脓毒症患者28天死亡的独立危险因素。ROC曲线分析可见lncRNA UCA1(AUC=0.757)、APACHEⅡ评分(AUC=0.865)、CRP(AUC=0.731)及年龄(AUC=0.616)均可预测脓毒症患者28天死亡情况。结论脓毒症患者lncRNA UCA1水平升高,IncRNA UCA1与多种促炎细胞因子、疾病严重程度和不良预后相关。

长链非编码RNA UCA1表达与老年食管鳞癌患者放疗敏感性的相关性

目的 探索长链非编码RNA(lncRNA) UCA1表达与食管鳞癌患者放疗敏感性的相关性。方法 选取2020年2月—2022年2月新疆医科大学附属肿瘤医院收治的80例食管鳞癌患者作为食管癌组,选取同期在本院进行健康体检的50例受试者作为对照组。实时荧光定量PCR检测所有受试者的血浆lncRNA UCA1表达水平并进行比较,分析食管癌患者lncRNA UCA1水平与临床病理指标的关系及与放疗敏感性的关系。结果 食管癌组血浆lncRNA UCA1水平高于对照组,差异有统计学意义(P<0.05)。不同性别、年龄及是否淋巴结转移的患者血浆lncRNA UCA1水平比较,差异均无统计学意义(P>0.05);TNM分期Ⅲ+Ⅳ期的食管鳞癌患者血浆lncRNA UCA1水平高于Ⅰ+Ⅱ期的患者,差异有统计学意义(P<0.05)。将血浆lncRNA UCA1水平进行三等分后,使用logistic回归分析血浆lncRNA UCA1水平与食管鳞癌放疗敏感性之间的关系,结果显示,经多因素校正后,与低水平组(血浆lncRNA UCA1水平<0.12)的患者比较,中水平组(血浆lncRNA UCA1水平为0.12~0.23)和高水平组(血浆lncRNA UCA1水平>2.31)的患者对放疗的敏感性均显著降低(P<0.05)。结论 血浆lncRNA UCA1是预测食管鳞癌患者放疗敏感性的独立影响因素,有助于临床上对食管癌鳞患者的放疗敏感性进行早期预测,为食管鳞癌的治疗提供了新的思路和目标。

长基因间非蛋白编码RNA 472对阿尔茨海默病神经元铁死亡的作用机制研究

目的探究长基因间非蛋白编码RNA 472(LINC00472)对阿尔茨海默病(AD)神经元铁死亡的作用机制,为临床治疗提供参考。方法选取雄性昆明种小鼠30只,随机分为空白组、模型组、模型+加药组,各10只。空白组小鼠腹腔注射等量的生理盐水和灌胃等量的双蒸水,模型组小鼠灌胃人β淀粉样蛋白1-42(Aβ1-42)5 mg/kg(双蒸水配制)建立AD模型,模型+加药组小鼠在模型组基础上腹腔注射环磷酸腺苷(camp)筛选出的抑制LINC00472靶向药物。比较3组小鼠迷宫测试结果,脑组织炎症因子水平、β淀粉样蛋白(Aβ)mRNA水平、微管相关蛋白(tau)mRNA水平、谷胱甘肽过氧化物酶4(GPX4)mRNA水平、甲基转移酶3(METTL3)水平、凋亡信号调节激酶1(ASK1)水平及3组小鼠的Aβ、tau、GPX4免疫组化检测结果。结果空白组、模型+加药组小鼠Y形迷宫觅食时间、莫里斯水迷宫(MWM)逃逸时间均短于模型组,且空白组均短于模型+加药组;空白组、模型+加药组小鼠MWM有效区域停留时间均长于模型组,且空白组长于模型+加药组(均P<0.05)。空白组、模型+加药组小鼠白细胞介素-6(IL-6)、单核细胞趋化蛋白(MCP-1)、白细胞介素-1β(IL-1β)、AβmRNA、tau mRNA、METT3 mRNA、ASK1水平均低于模型组,且空白组均低于模型+加药组;空白组、模型+加药组小鼠GPX4 mRNA水平均高于模型组,且空白组高于模型+加药组(均P<0.05)。模型组小鼠海马体Aβ1-42沉积增加,模型+加药组Aβ1-42表达水平低于模型组;模型组小鼠海马体tau磷酸化增加,模型+加药组海马体tau磷酸化程度低于模型组;模型组小鼠海马体GPX4表达减少,模型+加药组海马体GPX4表达高于模型组。结论LINC00472抑制有助于减轻神经炎症,减少Aβ沉积、tau磷酸化,并提高GPX4表达,进而通过抑制AD神经元铁死亡改善神经功能,且AD神经元铁死亡的作用机制与METT3/ASK1通路有关。