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题名银色裂腹鱼线粒体基因组序列特征与系统进化分析
被引量:1
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作者
刘玉萍
胡建勇
宁子君
肖佩怡
杨天燕
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机构
浙江海洋大学水产学院
新疆维吾尔自治区水产科学研究所
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出处
《生物工程学报》
CAS
CSCD
北大核心
2023年第7期2965-2985,共21页
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基金
新疆土著鱼类种质工程技术研究中心补助资金(202210229)
浙江省大学生科技创新活动计划暨新苗人才计划(2021R411008)。
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文摘
银色裂腹鱼(Schizothorax argentatus)在我国仅分布于新疆地区的伊犁河流域,是我国裂腹鱼类中珍稀濒危品种之一,具有较高的科研和经济价值。本研究采用高通量测序技术获得了银色裂腹鱼长度为16580 bp的线粒体基因组全序列,其基因组成和排列顺序均与典型的脊椎动物相似,共有13个蛋白质编码基因、22个tRNA基因、2个rRNA基因和1个非编码区(D-loop)。碱基组成分别为A(30.25%)、G(17.28%)、C(27.20%)和T(25.27%),呈现明显的AT偏好性和反G偏倚。tRNA基因中仅tRNA-Ser(GCU)因缺少二氢尿嘧啶茎而无法形成典型的三叶草结构。ND6基因的AT-skew和GC-skew值波动最大,揭示该基因经历的选择和突变压力可能与其他基因不同。银色裂腹鱼线粒体控制区包含了3个不同的结构域:终止序列区(ETAS)、中央保守区(CSB-F、CSB-E、CSB-D和CSB-B)和保守序列区(CSB1、CSB2和CSB3),且在CSB3下游约50 bp处识别到鲤形目(Cypriniformes)鱼类中普遍存在的保守序列片段TT(AT)nGTG。基于28种裂腹鱼属鱼类线粒体基因组全序列构建的系统发育关系表明银色裂腹鱼分化时间较早,与其他类群亲缘关系较远,这可能与其所生活的水域地理位置和水文环境有密切关系。
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关键词
银色裂腹鱼
线粒体基因组
序列分析
系统进化
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Keywords
Schizothorax argenteus
mitochondrial genome
sequence analysis
phylogenetics
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分类号
S917.4
[农业科学—水产科学]
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