链特异性RT-PCR方法检测口蹄疫病毒负链RNA

旨在建立一种快速、灵敏、特异的检测口蹄疫病毒在复制过程中产生的负链RNA的方法。根据口蹄疫病毒(foot-and-mouth disease virus,FMDV)病毒5'-非编码区(5'-UTR)基因序列,设计了5条引物链特异性RT-PCR引物,建立检测口蹄疫病毒负链RNA的链特异性RT-PCR方法。提取FMD病毒RNA,应用设计的正向引物T1-H1做反转录引物,经反转录和RNA酶A消化后,再经两轮链特异性PCR扩增,可特异性地检测FMDV在复制过程中产生的负链RNA。所建立的检测口蹄疫病毒负链RNA的链特异性RT-PCR方法是一种可靠的方法,在确定细胞培养物和动物感染FMDV的病毒复制和了解病毒的致病性研究中具有应用前景。

运用链特异性RT-PCR法进行脊髓灰质炎灭活疫苗的灭活验证

运用链特异性逆转录聚合酶链式反应法(RT-PCR)建立了一种快速、灵敏、特异的脊髓灰质炎灭活疫苗(IPV)的灭活验证体系.以Sabin株脊髓灰质炎病毒悬液作为阳性对照,对脊髓灰质炎灭活疫苗进行检测.结果表明,链特异性RT-PCR法对具有活性的脊髓灰质炎病毒检测为阳性,而对脊髓灰质炎灭活疫苗的检测结果为阴性.链特异性RT-PCR法可作为一种简便、快速、灵敏的脊髓灰质炎灭活疫苗灭活验证方法,大大缩短了检测周期,在脊髓灰质炎灭活疫苗灭活验证的常规检测中具有较好的实际应用价值.

细胞培养/链特异性RT-PCR方法检测甲型肝炎减毒活疫苗病毒滴度

目的建立检测甲型肝炎减毒活疫苗病毒滴度的细胞培养/链特异性逆转录聚合酶链式反应(strand-specific reverse transcriptase-polymerase chain reaction,strand-specific RT-PCR)方法。方法根据甲型肝炎病毒(HAV)L-A-1株基因组序列,设计5条特异性引物。将甲型肝炎减毒活疫苗原液感染2BS细胞,收获增殖高峰期的HAV,提取RNA,进行2轮链特异性PCR扩增,检测HAV复制过程中的负链RNA,通过Reed-Muench公式计算HAV病毒滴度,并对建立的细胞培养/链特异性RT-PCR法进行特异性及敏感性验证,同时用该方法检测4批冻干甲型肝炎减毒活疫苗病毒滴度,并与《中国药典》三部(2010版)中甲型肝炎减毒活疫苗病毒滴度检测方法(细胞培养时间为28 d/ELISA法)进行比较。结果 HAV负链RNA经2轮扩增获得阳性扩增条带,大小与预期相符。该方法检测HAV复制过程中的负链RNA,特异性、敏感度均较好。两种方法检测的病毒滴度接近,差异无统计学意义(P>0.05)。结论建立的细胞培养/链特异性RT-PCR方法检测周期短,灵敏度、特异性好,可用于疫苗的滴度检测。

口蹄疫病毒链特异性荧光定量RT-PCR检测方法的建立

为了定量检测口蹄疫病毒(FMDV)的正链和负链RNA,揭示FMDV复制的分子机制,试验采用链特异性荧光定量RT-PCR(ssqRT-PCR)方法提取了FMDV的RNA,在FMDV链特异性反转录引物的5'端引入非病毒基因序列标签进行反转录,再经链特异性ssqRT-PCR扩增进行灵敏性、特异性、重复性检测。结果表明:FMDV基因组正链、负链RNA的链特异性ssqRT-PCR方法构建成功,该方法对FMDV正链和负链RNA检测的灵敏度达到1×101拷贝,具有较好的重复性和特异性。

长链的非编码RNA生长停滞特异性转录本5在骨关节炎中的研究进展

骨关节炎(OA)是一种以软骨退变、骨重建为主要病理特点的慢性关节疾病。目前没有可治愈该疾病的药物及手段,治疗策略有限的根本原因是对其潜在发病机制的认识不足。长链的非编码RNA(LncRNAs)被认为是许多疾病中的一类新的调控因子,是目前研究OA发病机制的一个重要切入点。LncRNA生长停滞特异性转录本5(Cas5)参与调控细胞的增殖、分化及凋亡,是一种在软骨细胞中特异性高表达的LncRNA。然而,由于LncRNA Cas5作用机制复杂,其与OA相关具体分子机制目前仍不明确。该文针对LncRNA Cas5在OA中的软骨细胞凋亡、软骨基质代谢成骨分化及治疗方面的作用进行综述。

巯基乙酸修饰的CdTe量子点对聚合酶链反应特异性的影响

合成了巯基乙酸（TGA）修饰的量子点,X衍射分析证实CdTe相的存在,高分辨电子显微镜分析表明量子点的直径为3 nm,Zeta电位表征表明量子点表面带有负电荷.把TGA修饰的CdTe量子点加入到聚合酶链反应（PCR）反应液中,使用brcaa1基因载体作为PCR反应的模板,进行两轮PCR反应.最终的PCR产物通过w=1%的琼脂糖凝胶电泳进行分析,结果表明,在0-1.33 g/L范围内,随着量子点的量逐渐增加,非特异性的扩增条带逐渐消失,荧光（PL）光谱表明PCR反应后的量子点荧光强度降低.X射线光电子能谱（XPS）证实PCR反应前后Cd元素和Te元素的能谱峰并没有出现化学位移,吸收光谱（UV-vis）表明了PCR反应之后的吸收强度增强.因此,TGA修饰的CdTe量子点置于PCR反应液之中,能提高PCR的特异性,可以应用于超灵敏DNA检测、光电生物传感器.

牛布鲁菌O链A抗原的提纯鉴定及种特异性单克隆抗体的研制

应用热酚法提纯牛布鲁菌544A的O链,经Sephades G-50纯化后,琼脂糖凝胶免疫扩散和SDS聚丙烯酰胺凝胶进行电泳鉴定,用牛布鲁菌544A株全菌体免疫BALB/c小鼠,用纯化的O链筛选出4株针对O链表面A抗原的种特异性单克隆抗体的杂交瘤细胞株4B8、1C9、1G9和1E2,4株单克隆抗体均不与羊布鲁菌16 M、大肠杆菌O157、小肠结肠炎耶尔森菌O9、鼠伤寒沙门菌、放线杆菌发生交叉反应,具有高特异性,其中4B8的亲和常数达到了8.99×108M-1,适合用于鉴定牛种布鲁菌的研究。

竞争性RT-PCR法定量检测糖基化磷脂酰肌醇特异性磷脂酶D基因的表达

目的 :建立一种定量检测糖基化磷脂酰肌醇特异性磷脂酶D(GPI PLD)基因表达水平的竞争性RT PCR方法 ,以研究GPI PLD与白血病等疾病的关系。方法 :首先用PCR定点诱变法构建GPI PLD的竞争性cDNA模板 ,该模板与靶cDNA具有相同的引物结合区 ,但在长度上要比靶cDNA少 2 0个碱基。把该竞争性cD NA模板在体外转录出的竞争性RNA作为RT PCR的内标准 ,与白血病细胞株K5 6 2细胞的总RNA在同一体系内进行逆转录和PCR扩增 ,二者的PCR产物因长度不同可经电泳区分开 ,然后对电泳图像进行光密度扫描 ,根据已知的竞争性RNA模板的量计算出GPI PLDmRNA的量 ,从而得到GPI PLD基因的绝对表达量。结果 :构建和制备了长度为 198bp的GPI PLD竞争性RNA模板 ,该模板与靶模板呈明显的竞争性RT PCR反应 ;测得K5 6 2细胞GPI PLD基因的表达水平为每纳克 (44 0± 2 0 )拷贝。结论 :成功地建立了一种定量检测GPI PLD基因表达水平的竞争性RT PCR方法 ,该方法具有灵敏、准确等优点。

丙型肝炎病毒型特异性聚合酶链反应基因分型的临床应用

目的 探索丙型肝炎病毒 (HCV)基因型在不同人群中的分布规律及流行优势型。方法 分别对健康体检者、住院患者和血液透析患者抗HCVIgG阳性标本 ,用自行设计的 5’非编码区 (5’ NCR) 1、2、3、1b型特异性引物进行扩增和基因分型。结果 3组人群中血液透析患者HCV感染率最高 ,抗HCVIgG和HCVRNA阳性率分别为 5 5 .37%和 38.84%。基因型以 1b亚型为主 ,1b及 1b的相关型占 91.6 7%。结论 本地区HCV流行优势型为 1b亚型。

序列特异性引物多聚酶链反应方法进行大样本多基因的多态性鉴定(英文)

目的建立多个基因同时进行多态性分析的序列特异性引物多聚酶链反应(PCR-SSP)方法,以满足其在临床检验中进行基因多态性鉴定时的应用。方法应用优化后的PCR-SSP的方法分析以下基因的多态性:TNF-α-308A/G和-238G/A变异、IL-6-174G/C变异、CYP2D6*10B外显子第188位的C/T变异。结果应用同一个PCR扩增程序,可同时对多个基因、多个临床样本的基因多态性同时进行分析,基因型清晰,而且基因分型快速、准确。结论优化后的PCR-SSP适合对大样本、多个基因的单核苷酸位点变异进行多态性分析,值得在临床检验的应用中推广。

RT-PCR法检测甲状腺特异性转录因子-1 mRNA

ＲＴ┐ＰＣＲ法检测甲状腺特异性转录因子┐１ｍＲＮＡ林玲１大野诚２远藤登代志２女屋敏正２１．福建医科大学附属第二医院内科（泉州３６２０００）２．日本山梨医科大学第三内科本文工作系第一作者在日本山梨医科大学研修期间完成（１９９５～１９９６年）关键词转录因...

16SrRNA在多聚酶链反应麻风诊断中的特异性研究

目的 了解用 16SrRNA作引物 ,多聚酶链反应 (PCR)技术检测麻风病的特异性。方法 用 16SrRNA分子片段作引物 ,用多聚酶链反应技术检测 2 0余株非麻风分枝杆菌 ,麻风分枝杆菌标准菌株及 4例传统方法确诊的麻风病患者。结果 麻风标准菌株和 4例中的 3例患者检测为阳性 ,其余 2 0余株非麻风分枝杆菌均为阴性。结论 16SrRNA作引物 。

聚合酶链反应-序列特异性引物方法检测儿科疾病基因多态性

目的建立多个基因多态性分型的聚合酶链反应-序列特异性引物(PCR-SSP)的方法,以推广其在儿科疾病分子水平研究中的应用。方法应用PCR-SSP的方法分析以下基因的多态性,TNF-α-308A/G和-238G/A变异,IL-6-174G/C变异。结果应用同一个PCR扩增程序,可同时对多个基因、多个临床样本的多态性进行分析,基因型清晰,且基因分型快速、准确。结论PCR-SSP适合对大样本、多基因的多态性进行分析,成本低、快速、准确,在儿科疾病分子水平研究中前景良好。

心肌肌凝蛋白重链启动子的心血管组织特异性基因表达及其活性

目的 探讨心肌肌凝蛋白重链 (cMHC)基因启动子的心血管组织特异性及其表达活性 ,构建心血管组织靶向性表达的基因载体。方法 分别采用PCR法合成大鼠cMHC基因启动子片段 (- 16 0 0～ +32 )和酶切法获得CMV启动子片段 ,以取代 pAdSV4nlacZ载体中的LTR启动子 ,获得pAdSV4nlacZ、pAdMHCnlacZ和 pAdCMVnlacZ。上述载体分别转染培养的大鼠血管平滑肌细胞(VSMC)、心肌细胞 (CM )、心肌成纤维细胞 (CF)和人胚肾细胞 (2 93细胞 ) ,观察lacZ基因在上述细胞中的表达活性。结果 β-半乳糖苷酶活性在 pAdSV4nlacZ和 pAdCMVnlacZ转染的各组细胞间无显著差异 ;pAdMHCnlacZ在转染的CM中lacZ基因的表达明显高于其他各组细胞 ,β -半乳糖苷酶活性在VSMC组低于CM组 ,高于CF和 2 93细胞 (P <0 0 1) ,在CF和 2 93细胞间无差异 (P >0 0 5 )。结论 cMHC启动子的转录活性相对低于CMV启动子和LTR启动子 ,而在CM和VSMC中的表达活性高于CF和 2 93细胞 ,具有良好的心血管组织定向表达能力 ,适合用于心血管疾病的基因治疗。

应用甲基化特异性聚合酶链反应分析P15基因对成人急性白血病微小残留病灶的检测价值

目的 :评价由甲基化特异性聚合酶链反应分析P15基因甲基化对成人急性白血病微小残留病灶的检测价值。方法 :运用甲基化特异性聚合酶链反应 ,分析了 38例各种类型的急性白血病在初诊时和缓解后的不同阶段P15基因的甲基化状态。结果 :①甲基化特异性聚合酶链反应检测P15基因甲基化的敏感性为 2 .0× 10 -4。② 38例急性白血病初诊时的P15基因甲基化的出现率为 6 8.4 % ,正常对照组无甲基化。③P15基因甲基化可能与疾病的预后有关。经治疗后P15基因甲基化消失的病人与P15基因甲基化持续存在的病人复发率之间的差异有显著性 (0 %比 6 8.8% ,P <0 .0 1)。结论 :P15基因甲基化状态在急性白血病中有较高的检出率 (达 6 8.4 % )。应用甲基化特异性聚合酶链反应分析急性白血病P15基因甲基化状态的特异性和敏感性高。该指标可监测急性白血病微小残留病灶相关的情况 ,值得在临床上推广。

逆转录聚合酶链反应检测Ⅲ型登革病毒的敏感性和特异性研究

本文应用逆转录聚合酶链反应(RT-PCR)方法,检测Ⅲ型登革病毒基因。所设计引物在E基因组,引物2位于核苷酸序列的1139～1158位,引物1位于1453～1471位,反应产物为333bp,内含1个HindⅢ限制性内切酶位点,酶切后有128 bp和199 bp两个片段。产物在含溴化乙锭的2％琼脂糖中电泳。采用RT-PCR法可测出少至5个半数组织细胞培养感染量(TCID_so)的病毒RNA。

聚合酶链反应顺序特异性寡聚核苷酸探针反向杂交法在HLA-DRB_1分型中的应用

目的:探讨聚合酶链反应顺序特异性寡聚核苷酸探针(polymerasechainreaction-sequencespe-cificoligonucleotideprobes,PCR-SSOP)反向杂交法应用于人类白细胞抗原(humanleukocyteantigen,HLA)-DRB1配型的可行性。方法:随机选取25例已行聚合酶链反应顺序特异性引物(polymerasechainreac-tion-sequencespecificprimers,PCR-SSP)法HLA-DRB1配型的肾移植受者的血标本,采用PCR-SSOP反向杂交法再次配型,并与PCR-SSP法的结果比较。结果:两法的一致性达92%。2例不一致的患者经再次PCR-SSOP反向杂交法配型后,其中1例与PCR-SSP结果一致,PCR-SSOP反向杂交法的平均操作时间为4小时30分。结论:PCR-SSOP反向杂交法是一种能以中等分辨度进行等位基因分型的方法,操作较简单,结果解读客观,适用于临床肾移植配型。

卵巢癌组织中长链非编码RNA生长阻滞特异性抑制物5、微小RNA-205的表达及意义

目的分析长链非编码RNA(lncRNA)生长阻滞特异性抑制物5(GAS5)、微小RNA-205(miR-205)在卵巢癌组织中的表达及其临床意义。方法前瞻性收集2019年1月至2020年6月收治的初诊卵巢癌患者于术中取其癌组织和癌旁组织(距肿瘤边缘>2cm);采用实时荧光定量PCR法检测lncRNA GAS5、miR-205表达情况;问卷调查法统计患者临床病理资料;术后随访2年(截止时间至2022年6月),统计患者生存时间。比较癌组织和癌旁组织lncRNA GAS5、miR-205表达,并采用Pearson相关分析lncRNA GAS5与miR-205的关系;以癌组织lncRNA GAS5、miR-205表达的中位数将卵巢癌患者分为lncRNA GAS5与miR-205高表达组和低表达组,比较不同病理特征卵巢癌患者lncRNA GAS5、miR-205高表达、低表达情况;比较不同lncRNA GAS5、miR-205表达情况的卵巢癌患者生存时间。结果共82例卵巢癌患者纳入本次研究,其中2例失访,最终80例患者进入本次研究。卵巢癌组织lncRNA GAS5相对表达量小于癌旁正常组织,miR-205相对表达量大于癌旁正常组织(P<0.05);Pearson相关分析显示,卵巢癌组织中lncRNA GAS5相对表达量与miR-205相对表达量呈负相关(r=-0.606,P<0.001)。lncRNA GAS5高表达45例,低表达35例;miR-205高表达40例,低表达40例。Ⅲ~Ⅳ期、伴淋巴结转移的卵巢癌患者的卵巢组织中lncRNA GAS5低表达率高于Ⅰ~Ⅱ期、无淋巴结转移患者(P<0.05);Ⅲ~Ⅳ期、伴淋巴结转移的卵巢癌患者的卵巢组织中miR-205高表达率高于Ⅰ~Ⅱ期、无淋巴结转移患者(P<0.05)。lncRNA GAS5低表达量卵巢癌患者2年生存时间(21.50±0.89)个月,低于高表达患者(23.89±0.09)个月(χ2=5.150,P=0.023)。miR-205高表达量卵巢癌患者2年生存时间(21.71±0.79)个月,低于低表达患者(23.98±0.03)个月(χ2=6.337,P=0.012)。结论lncRNA GAS5、miR-205在卵巢癌组织表达存在一定的差异,其中lncRNA GAS5低表达,miR-205高表达,并影响卵巢癌患者的临床病理特征和预后。

基于多特征融合的细胞特异性lncRNA的亚细胞定位预测

长链非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA)在细胞生物学过程和疾病发展中扮演着关键性角色。由于lncRNA的亚细胞定位和其生物学功能密切相关,因此确定lncRNA的亚细胞定位具有重要意义。目前已有一些基于机器学习的方法来识别lncRNA的亚细胞位置,但在识别人类lncRNA的细胞特异性定位方面的相关工作仍然有限。该模型对人类细胞系lncRNA亚细胞定位问题进行了研究,提取了k-mer、CKSNAP、SRS和TSS特征信息,并对各类特征信息进行了融合,基于XGBoost和LightGBM结合的算法来预测人类细胞系lncRNA的亚细胞位置,并通过10倍交叉检验对模型进行了评估。结果表明,该模型预测人类细胞系lncRNA亚细胞定位的方法与现有的预测方法相比,预测成功率均有一定改进,其基准数据集的AUROC值最高达到92.26%。