锈毛钝果寄生叶绿体基因组的序列特征和系统发育分析

目的 以药用植物锈毛钝果寄生Taxilluslevinei为材料,在高通量测序、组装的基础上,明确叶绿体因组的结构、序列特征和系统发育关系。方法 利用SDS法提取基因组DNA,采用Illumina HiSeq X Ten进行高通量测序,用Novo Plasty组装叶绿体基因组,借助PhyML生成系统发育树。结果 锈毛钝果寄生的叶绿体基因组全长为122 208 bp,GC值为37.3%,大单拷贝区(large single copy region,LSC)、小单拷贝区(small single copy region,SSC)和反向重复区(inverted repeat region,IR)的长度分别为70 522、6084和22 801 bp;锈毛钝果寄生的叶绿体基因组共有基因108个,其中的编码蛋白基因、t RNA与r RNA分别为66、29和8个,另有5个假基因;inf A基因、所有的ndh基因及6个t RNA发生丢失。序列比对结果表明,锈毛钝果寄生与桑寄生T. sutchuenensis (Lecomte) Danser叶绿体基因组之间的相似性最高,达96.7%。系统发育分析结果表明,7种植物在发育树上分成5组,其中,锈毛钝果寄生与桑寄生和广寄生聚于一组。结论 锈毛钝果寄生叶绿体基因组的组装、序列分析和系统发育分析,为后续开展遗传结构和遗传多样性研究奠定了基础,并为桑寄生科植物的进化和系统发育研究提供了依据。