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蛋白大数据键价法统计分析固氮酶金属簇的几何和电子结构
1
作者 金婉婷 袁畅 +1 位作者 陈洪斌 周朝晖 《厦门大学学报(自然科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2023年第1期2-15,共14页
键价法是根据化学键键长来计算阳离子价态的方法,其键价理论源于鲍林规则.它是一种半经验的理论,已在无机晶体的小分子结构中得到广泛应用,然而关于生物金属酶氧化态的计算和几何构型的研究很少.该文以固氮酶中3个典型的原子簇M、P、F为... 键价法是根据化学键键长来计算阳离子价态的方法,其键价理论源于鲍林规则.它是一种半经验的理论,已在无机晶体的小分子结构中得到广泛应用,然而关于生物金属酶氧化态的计算和几何构型的研究很少.该文以固氮酶中3个典型的原子簇M、P、F为例,详细介绍蛋白大数据键价法统计分析在固氮酶研究中的应用.键价计算得到M簇Mo、V的氧化态为Mo(Ⅲ)、V(Ⅲ),同时给出静息态和底物络合状态下M簇Fe原子的氧化态.有趣的是,键价计算结果显示静息态P N簇并非之前认同的钼铁蛋白P簇全亚铁还原态,而是双氧化铁态2Fe^(3+)6Fe^(2+),从而使人们对固氮酶电子传递中间体有了全新的理解. 展开更多
关键词 统计分析 键价法 固氮酶 M簇 P簇 电子结构
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价键法融合分子轨道理论及轨道杂化概念对O_3分子结构和性质的阐释 被引量:1
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作者 张文广 彭春玉 《化学世界》 CAS CSCD 2017年第8期509-511,共3页
物质性构相依是化学的重要学科思想。根据现代价键理论,并融合轨道杂化的概念及分子轨道理论的处理方法,分析讨论了O_3的分子结构,阐释了该分子各键参数的特点及分子理化性质的内在原因。
关键词 臭氧 分子结构 分子轨道理论 轨道杂化概念
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有机化学中的价键法理论
3
作者 宋小平 《阜阳师范学院学报(自然科学版)》 1996年第1期32-36,共5页
本文介绍了建立在价键法基础上的共振论,并根据价键法理论对有机分子的共振能,电荷密度、键级和自由价等性质作了详细的描述。
关键词 共振论 电荷密度 共振能 有机化学
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通过氢分子的价键法处理讨论共价键本质
4
作者 刘妍 《邯郸师专学报》 2000年第3期52-55,共4页
根据氢分子的基态波函数利用 FORTRAN语言编程得出数据和图形,较全面地分析了共价键的形成原因,得出共价键的本质.
关键词 本质 氢分子 功能 能量 离域效应 收缩效 基态波函数 量子力学 形成原因
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价键法在有机化学中的运用
5
作者 陈世华 《中学生数理化(高二数学、高考数学)》 2006年第2X期62-63,共2页
价键法是利用物质的化学键找出化学键数目与成键原子之间的关系从而解决化学问题的方法,这种方法在有机化学中被广泛运用.分析物质化学键可得出如下规律:(1)
关键词 氢原子 原子数 最外层电子数 共用电子对 结构简式 分合 环丙烷
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氧化物超导材料的键价计算 被引量:1
6
作者 蔡俊修 罗捷 《厦门大学学报(自然科学版)》 CAS CSCD 北大核心 1990年第4期416-420,共5页
Y-Ba-Cu—O和Tl(Bi)-Ba-Cu-O氧化物体系的晶体结构与其超导转化温度T_c存在密切关系。以统计法则为基础的键价计算结果表明,具有超导性的 Y系、Tl系氧化物晶体中各离子接近其正常价态,CuO-维链与CuO_2二维面中的铜离子的价态无显著差异... Y-Ba-Cu—O和Tl(Bi)-Ba-Cu-O氧化物体系的晶体结构与其超导转化温度T_c存在密切关系。以统计法则为基础的键价计算结果表明,具有超导性的 Y系、Tl系氧化物晶体中各离子接近其正常价态,CuO-维链与CuO_2二维面中的铜离子的价态无显著差异。这和对Y-Ba-Cu-O 系进行的紧束缚带电子结构计算的结果不同,所以CuO-维链的存在与否对氧化物超导性的出现不一定必需,Tl(Bi)系不存在CuO-一链,而它的T_c甚至比Y系更高就是个很好的实例。 展开更多
关键词 超导体 计算 氧化物超导体
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Gaussian软件在H_2分子的结构和价键理论教学中的应用 被引量:5
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作者 赵一丹 廖奕 《首都师范大学学报(自然科学版)》 2011年第S1期53-55,65,共4页
价键法解H2的结构是结构化学教学中的一个重要内容,本文通过借助Gaussian软件对H2分子进行了势能面扫描,描绘了其能量曲线,并且比较了价键法(VB)和分子轨道法(MO)计算得到的电子云分布,将复杂的线性变分法解波函数简单化,增加了课堂生动... 价键法解H2的结构是结构化学教学中的一个重要内容,本文通过借助Gaussian软件对H2分子进行了势能面扫描,描绘了其能量曲线,并且比较了价键法(VB)和分子轨道法(MO)计算得到的电子云分布,将复杂的线性变分法解波函数简单化,增加了课堂生动性,提高了教学质量. 展开更多
关键词 GAUSSIAN 氢分子结构
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異腈与羟基形成氢鍵的研究——Ⅱ.共价成鍵作用的計算
8
作者 刘若莊 《北京师范大学学报(自然科学版)》 CAS 1964年第1期29-35,共7页
将O—H…:C体系近似地看成四电子体系用价鍵法計算了这个氢鍵体系的“离位能”。取下列三个“价鍵式”波函数的綫性組合作为四电子体系的波函数:积分H_(μμ),H_(μν)的值用Coulson及Danielsson所建議的半經验法估計。計算了在L(O—H…... 将O—H…:C体系近似地看成四电子体系用价鍵法計算了这个氢鍵体系的“离位能”。取下列三个“价鍵式”波函数的綫性組合作为四电子体系的波函数:积分H_(μμ),H_(μν)的值用Coulson及Danielsson所建議的半經验法估計。計算了在L(O—H…:C)=2.80,L(O—O)=0.99时,体系O—H…:C的离位能为8.0仟卡。将这个值与O—H…:O体系的离位能6.8千卡(Coulson及Danielsson的估計)对比,可以得出結論:異腈的碳原子由于具有独对电子可以作为質子接受体形成氢鍵。 展开更多
关键词 离位 接受体 碳原子 电子自旋 近似 积分表示 所建
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有机物通式的确定方法探析
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作者 余寿坤 《中学生数理化(高二数学、高考数学)》 2007年第2S期64-66,共3页
许多有机物有相似的组成和结构,可用相同的通式表示.掌握确定它们的通式的方法,对解决这类物质的有关问题会带来诸多的方便.一、确定有机物通式的常用方法1.
关键词 常见元素 确定 一元醇 氢原子 金属钠 碳原子 结构简式 通项公式 原子数
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E.Huckel规则在稠环上应用的经验式 被引量:1
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作者 张建功 《大学化学》 CAS 1989年第1期26-29,共4页
适用于平面单环多烯的E.Huckel 4n+2规则,能否适用于稠环体系?众说不一.作者在前人工作的基础上,根据“六电子芳香体系”这一概念,通过对稠环体系三种不同情况的研究,导出了一个适用于稠环体系的经验式,经验证明例外甚少.
关键词 经验式 E.Huckel 稠环 多烯 芳香性 分子轨道 中性分子 杂环化合物 离域
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共振论的应用及研究进展
11
作者 龙云 关汝昌 《辽宁医学院学报》 CAS 1990年第4期335-339,共5页
在科学上最使人感兴趣的一些问题是那些在生物学上重要的物质的结构和性质问题。我很少怀疑.在这个领域内,共振和氢键具有巨大意义,并且人们将会发现这两种结构特点在肌肉收缩,沿神经系统和脑内刺激的传递等生理现象中起到重要作用。共... 在科学上最使人感兴趣的一些问题是那些在生物学上重要的物质的结构和性质问题。我很少怀疑.在这个领域内,共振和氢键具有巨大意义,并且人们将会发现这两种结构特点在肌肉收缩,沿神经系统和脑内刺激的传递等生理现象中起到重要作用。共振论提出至今已近六十年了,但由于历史的原因,在我国不仅是医学领域对其陌生,即使是从事化学工作的绝大多数人也了解甚微。曾有人预言“ 展开更多
关键词 共振论 分子轨道 鲍林 肌肉收缩 医学领域 未成对电子 电荷分布 杂化 电子结构
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现代化学的一个新分支——稀有气体化学简介
12
作者 蔡蓂青 《上饶师范学院学报》 1988年第5期71-80,共10页
稀有气体化学的形成和发展不仅填补了化学领域里的旷日持久的一项空白,对基础理论和实际应用等方面也有很重要的意义,本文试图对稀有气体化学的形成过程,现状和发展前景作一番简单介绍和探讨。
关键词 分子轨道 轨道杂化 发展前景 正八面体 PHENOL 孤电子对 路易斯酸 三中心
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分子轨道的性质与组成
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作者 滕本博 齐衡 《张家口师专学报(自然科学版)》 1992年第1期89-96,共8页
关键词 分子轨道 组成 量子力学计算 分子轨道 有机反应论 有机电子论
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共振论在有机化学中的应用
14
作者 蔡新安 《景德镇高专学报》 1994年第2期33-38,50,共7页
共振论作为分子结构理论之一,在理论化学发展中有着重大作用。在某种意义上说,共振论可以认为是价键理论的图形化,其共振结构虽然是假想的,不存在的,但并不是任意画出的,实际上它具有一定的相对真实性。通过举例说明,共振论虽然有某些缺... 共振论作为分子结构理论之一,在理论化学发展中有着重大作用。在某种意义上说,共振论可以认为是价键理论的图形化,其共振结构虽然是假想的,不存在的,但并不是任意画出的,实际上它具有一定的相对真实性。通过举例说明,共振论虽然有某些缺陷,但应用其说明有机化合物,尤其是共轭分子的一些性质时,有着简单、直观的特点。 展开更多
关键词 共振论 共振结构式 共振式 有机化学 共振规则 对硝基苯胺 芳烃 下共振 分子轨道
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介绍和应用“共振论”应贯穿于有机化学教学中
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作者 马梅玉 《新疆教育学院学报》 1994年第1期102-105,共4页
关键词 共振论 有机化学教学 亲电取代反应 共振结构 定位效应 分子轨道理论 分子轨道 基础有机化学 孤对电子
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Surface Modification of Polycarbonate Urethane by Covalent Linkage of Heparin with a PEG Spacer 被引量:1
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作者 冯亚凯 田鸿 +3 位作者 谭明奇 张鹏飞 陈庆良 刘建实 《Transactions of Tianjin University》 EI CAS 2013年第1期58-65,共8页
Heparin was grafted onto polycarbonate urethane (PCU) surface via a three-step procedure utilizing α, ωdiamino-poly(ethylene glycol) (APEG, M n =2 000) as a spacer. In the first step, isocyanate functional groups we... Heparin was grafted onto polycarbonate urethane (PCU) surface via a three-step procedure utilizing α, ωdiamino-poly(ethylene glycol) (APEG, M n =2 000) as a spacer. In the first step, isocyanate functional groups were introduced onto PCU surface by the treatment of hexamethylene diisocyanate (HDI) in the presence of di-n-butyltin dilaurate (DBTDL) as a catalyst. In the second step, APEG was linked to the PCU surface to obtain the APEG conjugated PCU surface (PCU-APEG). In the third step, heparin was covalently coupled with PCU-APEG in the presence of N-hydroxysuccinimide (NHS) and 1-ethyl-3-(3-dimethylamidopropyl) carbodiimide (EDAC). The amount of heparin (1.639 μg/cm 2 ) covalently immobilized on the PCU-APEG surface was determined by the toluidine blue method. The modified surface was characterized by water contact angle, attenuated total reflection Fourier transform infrared spectroscopy (ATR-FTIR), X-ray photoelectron spectroscopy (XPS), and atomic force microscopy (AFM). The hemocompatibility was preliminarily studied by platelet adhesion test. The results indicated that heparin was successfully grafted onto the PCU surface, and meanwhile the hydrophilicity and hemocompatibility of the modified PCU surface were improved significantly compared with the blank PCU surface. 展开更多
关键词 polycarbonate urethane surface modification heparin hemocompatibility poly(ethylene glycol)
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VBEFP/PCM: a QM/MM/PCM approach for valence-bond method and its application for the vertical excitations of formaldehyde and acetone in aqueous solution
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作者 HUANG Jing YING FuMing +1 位作者 SU PeiFeng WU Wei 《Science China Chemistry》 SCIE EI CAS 2014年第10期1409-1417,共9页
In this paper, a combined QM/MM/PCM approach, named VBEFP/PCM, is presented for ab initio VB study with a solvent effect incorporated. In VBEFP/PCM, both short-range and long-range solvent effects are taken into accou... In this paper, a combined QM/MM/PCM approach, named VBEFP/PCM, is presented for ab initio VB study with a solvent effect incorporated. In VBEFP/PCM, both short-range and long-range solvent effects are taken into account by effective fragment potential(EFP) and polarizable continuum model(PCM), respectively, while the solute molecules are described by valence bond(VB) wave function. Furthermore, VBEFP/PCM, along with VBPCM and VBEFP, is employed for the n??* vertical excitation of formaldehyde and acetone molecules in aqueous solution. The computational results show that VBEFP/PCM can provide the appropriate solvent shifts, whereas VBPCM underestimates the solvent shifts due to its lack of short-range solvent effect. The VBEFP results strongly rely upon the description of the short-range solvent effect. To explore the role of the solute's electronic structure in the solvent shift, resonance energy analysis during the excitation is performed. It was found that the solute's electronic polarization plays the most important role in the solvent shift. The ? resonance controls the variation of the solute's wave function during the n→?* vertical excitation, which leads to the blue solvent shifts. 展开更多
关键词 ab initio valence bond solvent effects VBEFP/PCM solvent shifts
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