基于生物信息学分析筛选镍变应性接触性皮炎的关键基因

目的利用生物信息学方法分析镍变应性接触性皮炎(Ni-ACD)皮损与正常皮肤的差异基因,筛选关键基因,并进行治疗药物预测。方法由基因表达数据库(GEO)检索得到GSE60028及GSE168735数据集,采用R语言对数据进行校正、筛选差异表达基因、基因本体(GO)功能分析和京都基因与基因组百科全书数据库(KEGG)通路富集分析,并对2个数据集交集的差异基因进行蛋白-蛋白相互作用(PPI)分析,通过Cytoscape分析得到关键基因,将12个关键基因输入Connectivity Map(CMap)中预测治疗Ni-ACD的潜在化合物。结果本研究筛选获得GSE60028和GSE168735数据集交集差异表达基因417个,关键基因MX1、ISG15、IRF7、XAF1、BST2、IRF1、IFI35、OAS2、RSAD2、IFIT3、ISG20和OASL共12个。GO及KEGG分析结果表明,差异表达基因主要参与白细胞的细胞-细胞黏附、细胞因子介导的信号通路、白细胞迁移、T细胞激活的调节和白细胞的细胞-细胞黏附的调节等生物过程,主要富集在细胞因子及免疫相关通路上。预测得到10种化合物,可能对Ni-ACD具有潜在的治疗作用。结论本研究基于生物信息学方法筛选Ni-ACD关键基因,并预测潜在的治疗药物,为临床及药物研究提供参考。