白色念珠菌中逆转座子长末端重复序列的分布

白色念珠菌逆转座于长末端重复序列α、β、γ、κ用作探针,对25株白色念珠菌进行Southern杂交分析,测定了α、β、γ、κ在染色体中的分布。在SC5314菌株中,Northern杂交能检测到α、β、γ的转录产物,而且,它们的转录与培养条件相关,κ则没有转录活性。我们的结果表明白色念珠菌中存在多种逆转座子,不同菌株之间这些逆转座子的数量与分布不同,这些逆转座子可用作分子标记物对白色念珠菌进行分析鉴定。

内源性逆转录病毒长末端重复序列在嗜酸性粒细胞增多症的基因表达及核苷酸序列分析

探索人内源性逆转录病毒长末端重复序列(LTR)基因及表达与嗜酸性粒细胞增多症发生的关系。PCR法检测嗜酸性粒细胞增多症患者外周血中内源性逆转录病毒长末端重复序列基因,RT-PCR法检测内源性逆转录病毒基因表达。变性高效液相分析和序列测定LTR片段核苷酸序列,对不同株基因序列作同源性的比较分析。PCR结果显示:20例嗜酸性粒细胞增多症患者细胞中均获得内源性逆转录病毒长末端重复序列扩增产物,嗜酸性粒细胞增多症组中长末端重复序列基因有高的表达,而正常人表达为阴性。与HERV-K家族LTR基因相应区域核苷酸序列比较;嗜酸性粒细胞增多组长末端重复序列U3、R、U5区同源性分析有核苷酸的改变,与淋巴瘤对照比较没有大片段的缺失。人类基因组中普遍存在逆转录病毒长末端重复序列。正常人和嗜酸性粒细胞增多症患者中长末端重复序列有不同程度核苷酸碱基的变异,但是,二者比较,这种改变与嗜酸性粒细胞的增多没有明显的相关性。在嗜酸性粒细胞增多症患者中有高的基因表达而正常人中没有可检出的病毒基因的表达,嗜酸粒细胞的增多可能与逆转录病毒基因表达水平有关,其诱导嗜酸粒细胞增多的机制需进一步的研究。

猪内源性逆转录病毒(PERV)γ1长末端重复序列(LTRs)的分子特性及鉴定

猪基因组中的猪内源性逆转录病毒(PERV)γ1可能是异种移植(从猪到人)中的有害因子。众所周知,长末端重复序列(LTRs)是强启动元件,能够控制PERV元件和邻近功能基因片段的转录活性。本试验通过生物信息学和试验分析对猪组织中PERVγ1 LTRs的转录活性进行了研究。经RT-PCR扩增及测序鉴定出69个不同的LTR转录元件。并根据种内变异将69个LTR元件分为6个类型(15个亚型),包括串联重复序列,插入和缺失(INDEL)。更值得注意的是,所有的种内变异都发生在LTR元件的U3区域。本试验结果表明,不同PERV LTR转录体的分子特性及鉴定为进一步研究PERV及其转录奠定了基础。

罗田甜柿Ty1-copia类逆转座子RNaseH-LTR序列的分离和特性分析

逆转座子序列信息的获得,对了解其在基因组中的行为及系统学研究有重要价值。本试验从罗田甜柿(Diospyros kaki Thunb.‘Luotian-tianshi’)基因组中分离出31个RNaseH-LTR(long terminal repeat,长末端重复)序列,并利用逆转座子间扩增多态性(inter-retrotransposon amplified polymorphism,IRAP)技术对部分序列相应的逆转座子家族在柿属植物中的转座活性及分布情况进行初步探讨。序列分析结果表明,至少有10个Ty1-copia类逆转座子家族得到扩增;其家族间普遍表现高度异质,碱基替换、插入或缺失突变,以及翻译成氨基酸后发生不同程度的终止密码子突变、氨基酸取代和移框突变等,是产生高异质性的原因;此外,其家族内部某些序列间的相似性极高,可能是寄主基因组与逆转座子间互惠关系的体现。应用部分逆转座子引物的IRAP分析结果表明,相应的逆转座子家族在柿属植物中普遍存在,其分布广泛,拷贝数高,转座活性强,具有进一步开发为多种逆转座子分子标记的潜力。

逆转座子序列插入——海湾扇贝过氧化物还原酶V第1内含子分析

根据海湾扇贝(Argopecten irradians)过氧化物还原酶V(AiPrxV)的cDNA序列和部分基因组DNA序列设计引物,采用基因组步移方法扩增获得其第1内含子(I1)完整序列,并通过Blast比对、DNAMAN和RepFind搜索进行序列分析。AiPrxV I1长8 565bp,占AiPrxV基因全长的68%,AT%显著高于GC%。在5 900-6 700bp的区域中包含了不完整的编码区,经分析与文昌鱼、海胆的逆转录酶有极高的相似性,其N端与多种动植物逆转座子的逆转录酶C端具有相似特征。此外,发现AiPrxV I1中包含283个重复序列,在3 500-4 000bp和6 800-7 200bp区域尤为密集。以上特点提示海湾扇贝过氧化物还原酶V第1内含子可能是由一个非长末端重复元件逆转座子(non-LTR retrotransposons)插入,逐渐演变而形成的。

大规模基因组重复序列识别与分类研究进展

重复序列在基因组中普遍存在,大量实验证实其在生物进化过程中起着重要作用。目前,重复序列的发现与识别技术已经成为基因组学的研究热点,文章分类总结了有关这方面的研究进展,并对相关工具的功能特点进行了简要分析,同时对重复序列发展趋势进行了总结和展望。

植物活性长末端重复序列反转录转座子研究进展

长末端重复序列(Long terminal repeat,LTR)反转录转座子是真核生物基因组中普遍存在的一类可移动的DNA序列,它们以RNA为媒介,通过"复制粘贴"机制在基因组中不断自我复制。在高等植物中,许多活性的LTR反转录转座子已被详尽研究并应用于分子标记技术、基因标签、插入型突变及基因功能等分析。本文对植物活性LTR反转录转座子进行全面的调查,并对其结构、拷贝数和分布以及转座特性进行系统的归纳,分析了植物活性LTR反转录转座子的gag(种属特异抗原)和pol(聚合酶)序列特征,以及LTR序列中顺式调控元件的分布。研究发现自主有活性的LTR反转录转座子必须具备LTR区域以及编码Gag、Pr、Int、Rt和Rh蛋白的基因区。其中两端LTR区域具有高度同源性且富含顺式调控元件;Rt蛋白必备RVT结构域;Rh蛋白必备RNase_H1_RT结构域。这些结果为后续植物活性LTR反转录转座子的鉴定和功能分析奠定了重要基础。

人内源性逆转录病毒长末端重复序列功能研究进展

人内源性逆转录病毒(human endogenous retroviruses,HERVs)元件广泛分布在人类基因组中,约占人类基因组的8%。HERVs元件参与多种人体生理功能,其异常表达与多种疾病的发生发展密切相关。HERVs两端的长末端重复序列(long terminal repeats,LTR)上含有的启动子、增强子和转录因子结合位点,与特定的转录因子结合后发挥调节HERVs本身及临近宿主基因的作用。本文介绍了HERVs LTR的结构及分布特点,总结了HERVs LTR相关转录因子的研究进展,旨在阐明HERVs LTR在人体生理病理过程中发挥的调控机制及作用。

毛竹全长LTR逆转座子的鉴定和进化分析

转座子和逆转座子的大量插入,是高等植物基因组进化的重要动力。作为植物基因组研究热点的禾本科植物之一,毛竹基因组大小约为2 Gb,60%为重复序列,长末端重复序列型逆转座子（LTR逆转座子）则占全部重复序列的一半以上,然而目前对毛竹基因组中LTR逆转座子及进化情况知之甚少。本研究利用已发表的毛竹基因组序列,首次通过大数据筛查预测获得9 436个平均长度10.3 kb的全长LTR逆转座子。通过分析,我们估算出毛竹LTR逆转座子插入基因组的时间主要分布于200~500万年前,晚于毛竹基因组四倍化的时间。研究还发现了29个位于全长LTR逆转座子内部、有转录组序列支持的蛋白编码基因,这些毛竹基因均不符合所在基因组区段的毛竹-水稻基因共线性关系,且位于LTR逆转座子内部的基因与存在于染色体其他位置的同源基因在表达模式上有着较大差异。本研究首次尝试从LTR逆转座子的角度探索毛竹基因的进化历程,也为今后的植物基因组研究提供了重要的基础数据。

HHLA2及其受体TMIGD2在卵巢癌组织中的表达及其临床意义

目的:探讨人类内源性逆转录病毒-H长末端重复序列结合蛋白2(HHLA2)和其受体穿膜和免疫球蛋白结构域2(TMIGD2在卵巢癌组织中的表达,分析其与卵巢癌患者临床病理特征及预后的关系。方法:通过免疫组织化学方法在包含154点/154例卵巢癌组织的芯片中分别检测HHLA2和其受体TMIGD2的表达,分析其表达水平与患者临床病理特征的关联性及其对预后的影响。结果:HHLA2的表达与卵巢癌病理分型有关(P<0.05)。Kaplan-Merier生存分析表明,在Ⅰ型卵巢癌中,HHLA2和TMIGD2高表达患者OS较短(P<0.05,P<0.01)。单因素Cox比例风险模型显示,卵巢癌Ⅱ型、FIGO分期Ⅲ和Ⅳ期、存在淋巴转移及远处转移者预后更差。多因素Cox风险模型分析显示,TMIGD2高表达、FIGO分期Ⅲ和Ⅳ期、存在淋巴转移、淋巴转移阳性可能是导致卵巢癌患者预后较差的独立影响因素,且HHLA2与TMIGD2表达呈正相关(r=0.603,P<0.01)。结论:HHLA2及其受体TMIGD2在卵巢癌组织中高表达且与患者的预后相关联,有望成为卵巢癌患者的预后预测指标。

基于生物信息学的HERV研究现状与发展趋势

近年来研究证实,人内源性逆转录病毒(HERV)中长末端重复序列(LTR)和囊膜蛋白基因(env)与基因异常表达关系密切。本文阐述了HERV国内外研究现状与发展动态。从生物信息学角度对LTR中启动子、多聚腺苷化(PolyA)信号和增强子等顺式作用元件以及env中的免疫抑制区(ISD)进行了重点分析。指出上述元件和潜在功能区在基因的异常表达和囊膜蛋白的免疫抑制中起关键作用,必将成为HERV与基因异常表达关系研究的热点与趋势。通过此类研究,以期为癌症疾病的早期诊断和治疗靶位点的选择奠定理论基础。

HERV参与肿瘤发生的研究进展

人类内源性逆转录病毒(human endogenous retrovirus,HERV)是外源型逆转录病毒侵入并整合人类基因组中的残余物。HERV及长末端段重复序列(LTR)约占了整个基因组的8%。HERV的遗传不稳定性使HERV在基因组中分布广泛,HERV LTR的结构特性可以诱发产生新的基因、调节病毒的编码基因与相邻宿主基因的异常表达。而病毒基因的功能及相邻的肿瘤基因的异常表达是肿瘤发生的重要因素。本文从HERV的起源、结构、分布出发探讨HERV参与肿瘤病理发生的现状及分子机制。

微小RNA对人类免疫缺陷病毒感染和复制的影响

获得性免疫缺陷综合征（acquired immune deficiency syndrome,AIDS）,即艾滋病,是由于感染人类免疫缺陷病毒（human immunodeficiency virus,HIV）而引起的一种严重危害人类健康的致死性传染病。AIDS在全球传播已有三十余年,现有的抗逆转录病毒药物针对病毒生命周期的不同阶段。目前,抗逆转录病毒药物联合治疗（combination anti-retroviral therapy，cART）可以控制大多数患者的病毒复制。

HTLV－I与成人T细胞白血病细胞特性

ＨＴＬＶ－Ｉ与成人Ｔ细胞白血病细胞特性［日］／服部俊夫／／医学．－１９９４；１７１（５）．－４６７～４６９成人Ｔ细胞白血病（ＡＴＬ）细胞表面抗原为ＣＤ３＋ＣＤ４＋（ＴＨ），并有ＨＬＡ－ＤＲ和ＣＤ２５活化抗原表达，这些均是正常特异性免疫反应中不可缺少的...