表达序列标签数据库搜索鉴定小鼠UBAP1基因及其数字化表达分析

UBAP1(ubiquitinassociatedprotein 1)基因是最近克隆的一个定位于人类染色体 9p2 1 2 2鼻咽癌杂合性丢失高频区的泛肽相关蛋白家族新成员 .为了深入研究UBAP1基因的功能 ,利用计算机对表达序列标签(expressedsequencetag ,EST)、UniGene等数据库进行综合搜索分析 ,结合cDNA克隆测序的方法 ,成功地获得了UBAP1基因在小鼠中的同源基因 .小鼠UBAP1基因cDNA全长为 2 6 76bp ,编码一个由 44 1个氨基酸组成的蛋白质 ,在其蛋白质C端只有一个泛肽相关功能域 (UBAdomain) .与人UBAP1基因相比 ,两者编码的氨基酸序列有 89%相同 .基于EST的数字化表达分析显示UBAP1基因在小鼠正常组织中广泛高表达 .

基于表达序列标签(EST)的基因克隆和基因表达分析研究进展

表达序列标签 (expressed sequence tag,EST)是在生物体特定时空表达基因的一段 c DNA序列。随着生物信息学的发展 ,EST已成为基因定位、基因克隆、基因表达分析的有力工具。文章对应用 EST克隆基因和分析基因表达的研究进展进行了综述 ,并讨论了利用

甜菜幼苗低温和长日照诱导表达基因的克隆和序列分析

以代表性差异分析cDNA-RDA(representationaldifferenceanalysisofcDNA)方法获得在低温和长日照诱导甜菜(BetavulgarisL)幼苗茎尖中差异表达的基因片段DP3,并进行了cDNA的末端快速扩增(rapidamplificationofcDNAends),经RT-PCR扩增和基因组DNA中PCR扩增,克隆测序后获得1个全长609bp的cDNA和855bp的DNA序列,分别命名为Ty7Br600和Ty7Br900,并在GenBank注册,登录号分别为AY324115和AY324114。在GenBank中比较未发现同源序列,可能为新基因。序列分析发现,Ty7Br600具有1个编码136个氨基酸的开放读码框(ORF),Ty7Br900序列中存在1个内含子。分别以克隆的低温诱导甜菜幼苗cDNA为探针,分别进行Northern印记和Southern印记杂交。结果表明,cDNA差异片段只在低温诱导的甜菜中表达,在甜菜基因组中以2个拷贝或低拷贝形式存在。

植物基因组表达序列标签(EST)计划研究进展

植物表达序列标签 (EST)计划是随机挑选cDNA克隆 ,并对其 3′或 5′端进行大规模一次性测序 ,将得到的 15 0～ 5 0 0bp长度的DNA片段与数据库中的序列进行比较 ,获得对基因组结构、组织、表达等认识的基因组研究策略 .就近年来国际植物EST计划的实施情况、植物EST计划的研究范围、生物信息学在EST研究中的应用、EST数据库及查询。

表达序列标签(EST)在基因组学研究中的应用

表达序列标签 (expressedsequencetags)是一种快捷、高效的揭示基因组信息的方法。本文对EST的产生、概念。

表达序列标签数据库搜索克隆斑马鱼QM基因及其数字化差异显示分析

QM基因是一种与肿瘤抑制、细胞生长、分化、发育和凋亡等有关的重要基因,已在人类及许多物种中得到了克隆,但鱼类中尚无报道.我们利用表达序列标签数据库和电子克隆等技术,成功克隆了斑马鱼QM基因,并对该基因的结构进行了系统分析.结果显示,斑马鱼QM基因cDNA全长769 bp,含648 bp开放阅读框架,编码215个氨基酸,5'UTR 25 bp,3'UTR122 bp,所编码的QM多肽分子量24.6 kDa,等电点(pI)10.6,含潜在的蛋白酶C磷酸化位点、N-酰基化位点和酰胺化位点.比较斑马鱼QM和人等13个物种QM的同源性,发现其氨基酸序列相似性为66%～92%.数字化差异显示分析结果表明,QM基因在斑马鱼胚胎及成体多种组织中均有广泛表达.研究结果为今后利用生物信息学快速克隆新的鱼类功能基因打下了方法学基础,也为进一步研究鱼类QM基因功能提供了依据.

日本血吸虫149个表达序列标签和18个全长cDNA的获取和分析

目的从日本血吸虫成虫cDNA文库中分离、鉴定和分析表达基因序列,为日本血吸虫病的防治提供侯选疫苗和药物靶点。方法构建日本血吸虫成虫cDNA文库,随机挑取重组阳性克隆进行测序,将获取的表达序列标签(ExpressedSequenceTag,EST)登录GenBank;对某些感兴趣的序列进行步移法测序获取全长cDNA,并进行生物信息学分析和登录。结果随机挑取382个阳性克隆进行测序,获得149个EST,同源性比较发现,部分序列与血吸虫的生活史的不同阶段和不同性别序列有一定的同源性。共获取18个日本血吸虫全长cDNA,大部分为管家基因,其中部分可作为日本血吸虫的候选疫苗分析和药物靶点。结论EST技术有助于快速、经济地获取日本血吸虫表达序列。

表达序列标签在寄生虫功能基因组学研究中的应用

随着后基因组时代的到来,基因组学已从结构基因组学向功能基因组学领域拓展。表达序列标签(expressed sequence tags,EST)是一种快捷、高效地揭示基因组功能信息的方法。本文就EST在寄生虫功能基因组学研究中的应用作一综述。

表达序列标签及基因芯片技术在植物抗性基因研究中的应用

表达序列标签和基因芯片技术是基因组学研究的重要手段。表达序列标签是cDNA的3’或5’端的一段序列,通过表达序列标签可以寻找在某种胁迫条件下特异表达的基因并推测其可能的功能。基因芯片技术是指将大量基因探针分子固定于载体上并与标记的样品分子进行杂交,通过检测每个探针分子的杂交信号强度获取样品分子数量和序列信息,通过基因芯片技术,可以研究基因在不同的条件下的表达量,进而研究植物抗性机理。

日本血吸虫基因表达序列标签的获得和分析

为寻找日本血吸虫新基因并进行血吸虫基因功能研究 ,随机挑选日本血吸虫 (中国大陆株 )成虫 c DNA文库克隆 ,培养后提取噬菌体 DNA作模板 ,进行 PCR反应扩增 ,将扩增产物部分测序产生表达序列标签 (EST) ,并将 EST输入Gen Bank和 EMBL,运用分子生物学软件比较其同源性 ,推导其蛋白序列并进行分析 ,结果得到 75个未曾登录的新基因 ,并对其中一些基因进行功能推测研究 ,认为表达序列标签是快速有效寻找基因的方法 。

一个在梅山猪×大白猪杂交组合的背最长肌中差异表达的新基因的分离、cDNA序列分析及组织表达谱

为了揭示猪杂种优势的分子机理,用mRNA差异显示技术从梅山猪×大白猪杂交组合的背最长肌中分离到一个差异表达的基因,并用半定量RT—PCR进行鉴定,随后通过cDNA末端快速扩增法(RACE)得到该基因的cDNA全长.经与GenBank进行Blast比较,这个基因与猪的已知的基因没有明显的同源性.基因预测显示这个基因编码一个由188个氨基酸组成的蛋白质,且该蛋白质具有保守的PRA1familyprotein的结构域,同时该蛋白质和人、大鼠、小鼠的PRA1familyprotein3分别具有88%,88%,87%的同源性,因此将这个基因命名为猪的PRA1familyprotein3基因.进化树分析表明猪的PRA1familyprotein3和人的PRA1familyprotein3具有比大鼠、小鼠的PRA1faroilyprotein3更近的亲缘关系.组织表达谱分析显示这个基因在肌肉与脂肪组织中表达丰富,在脾中中等表达,在心、肾、卵巢、肺中少量表达,在肝与小肠中几乎不表达.同时对这个基因的功能及与猪的杂种优势的关系进行了讨论.

表达序列标签分析在血吸虫基因组研究中的应用

表达序列标签分析是借助于 10 0～ 40 0个核苷酸长度的标记引物 ,在随机选取cDNA克隆 ,进行 5’端或(和 ) 3’端进行大规模一次性测序 。

日本血吸虫表达序列标签和新基因的获取和分析

目的分离、鉴定和分析日本血吸虫表达基因序列,为日本血吸虫病提供侯选疫苗分子和药物靶点。方法筛选日本血吸虫成虫 cDNA 文库,对重组阳性克隆进行测序以获取的 EST;对可能成为新基金的克隆进行步移法测序获取全长 cDNA,并进行生物信息学分析。结果共获得149个 EST,分析发现某些 EST 与血吸虫的生活史的不同阶段和不同性别序列有一定的同源性。共获取18个日本血吸虫新基因,大部分为管家基因,其中部分基因可作为日本血吸虫的侯选疫苗分析和药物靶点。结论EST 技术可用于快速、经济地发现日本血吸虫成虫新基因。

中国卤虫(Artemia sinica)早期胚胎发育相关基因表达序列标签(ESTs)分析

以mRNA差异显示技术分析了中国两性生殖卤虫早期胚胎发育相关基因的表达序列标签(ESTs),共回收了2000条差异条带并进行了克隆、测序,在GenBank/DDBJ/EMBL数据库中用BLASTX和BLASTN软件分别与NCBI上的非冗余核酸序列数据库进行同源性比对,得到分值较高、长度在100bp—2kb以内的ESTs序列133条。所发现的133条ESTs的生物学功能分类为:能量代谢占24%、细胞生长、分裂相关基因占23%、RNA相关占17%、体节形成占12%、蛋白质合成占3%、转录因子占3%、离子转运占5%、细胞信号转导占4%、未知占9%。对所发现的ESTs进行了RT-PCR测定,排除假阳性能够提供足够数量的信息用于获取其全长cDNA,进而获得其全长基因序列以用于功能研究。另外,研究发现了包括小热休克蛋白基因家族、Hox基因家族的abdA和Dfd基因、A-trh基因(排盐器官及盐调节基因)、HIF(缺氧诱导因子)、CK-M2(肌肉型磷酸激酶基因)和GRP基因(富甘氨酸蛋白基因)等20个具有明显功能的相关基因的ESTs和完整基因序列和开放阅读框(ORF)。经初步推断这些ESTs和基因的功能大多为与卤虫发育的生理、生化相关的基因有关。所研究的133条ESTs基本代表了卤虫早期胚胎发育相关功能基因的表达谱。

表达序列标签法寻找日本血吸虫新基因

目的 运用表达序列标签(expressed sequence tag，EST)技术，从日本血吸虫成虫eDNA文库中筛选和鉴定日本血吸虫新基因，为寻找日本血吸虫新的候选疫苗奠定基础。方法 转化日本血吸虫成虫eDNA文库，随机挑取重组阳性克隆进行测序，获得Esr；用NCBI站点的GenBank对所获得的新基因序列进行同源性检索；利用BLASTP程序对同源性高的基因进行核苷酸和氨基酸水平的同源性比较。结果 发现xzw000008克隆的eDNA序列为日本血吸虫新基因并获得GenBank登录号。该eDNA序列与曼氏血吸虫polyubiquitin基因高度同源，核苷酸水平的同一性为87％；氨基酸水平的同一性为98％。结论 用EST寻找日本血吸虫新基因是一种可行的方法，所筛选到的日本血吸虫新基因长575bp，编码191个氨基酸，与曼氏血吸虫polyubiquifin基因高度同源，为进一步研究该基因的全序列及功能作准备。

家蚕母性基因的表达序列标签分析

为了研究家蚕Bombyxmori卵中储存的母性遗传信息 ,以未受精的肾脏型和正常型蚕卵为材料构建了cDNA文库 ,并对其随机测序 ,共获得 391条表达序列标签 (EST)序列 ,经拼接后得到 374条非重复序列。生物信息学分析发现 ,172个非重复序列与国际数据库GenBank和silkbase中的已知基因具有较高的相似性。除 3个已知母性基因外 ,其余主要与DNA复制、能量代谢、信号转导、转录、蛋白质结构以及胚胎发育中个体形成等相关。

大眼长蝽卵黄原蛋白基因克隆、序列分析及表达研究

旨在为研究大眼长蝽(Geoco ris pallidipennis)卵黄原蛋白(Vitellogenin,Vg)分子特性及其基因生理功能。利用RT-PCR、RACE及ELISA方法对大眼长蝽Vg基因进行克隆、序列分析和表达研究。该基因c DNA全长5 667 bp(Gen Bank登录号:KP688587),编码1 848个氨基酸残基,N-末端的前19个氨基酸为信号肽。氨基酸序列中有两个保守的多聚丝氨酸区域和RXXR酶切位点,接近C-末端有GLAG基序,其后有5个保守的半胱氨酸残基,DGYR基序位于GLAG上游18个氨基酸残基处。该基因编码氨基酸序列与其它半翅目昆虫Vg氨基酸序列相似度较高,氨基酸序列分析显示它有Vg的典型特征,表明克隆的c DNA序列是大眼长蝽的Vg基因序列。ELISA检测发现随着发育时间的延长,卵黄原蛋白表达量逐渐增加,羽化后22 d达到高峰,随后开始下降,结果表明大眼长蝽雌虫卵黄原蛋白的表达量与大眼长蝽产卵量紧密相关。

西洋参cDNA文库构建及表达序列标签(EST)分析

为研究西洋参根的基因表达谱和挖掘其功能基因,采用表达序列标签(EST)技术首次建立了四年生西洋参根的EST文库。通过BLAST与Gene Ontology分析获得与人参皂苷生物合成相关、编码P450和糖基转移酶等的基因序列11个,与生长素调节生长发育相关、编码生长素响应因子4和生长素调节蛋白等的基因6个,与水分胁迫相关、编码蛋白dehydrin和DC2.15 like蛋白等的基因7个,与编码抗氧化酶如peroxidase和catalase相关的基因6个。另外,从西洋参根的EST文库获得抗病基因12个,分别编码转录因子WRKY家族蛋白和ribonuclease蛋白家族,62个EST是其他物种尚未报道的新基因。可见,EST技术作为功能基因组研究的重要手段可在西洋参功能基因的开发与研究中发挥重要作用,这些基因的发现为进一步克隆基因全长、研究基因功能、改良西洋参品质、阐明西洋参生长缓慢的分子机制等方面奠定了基础。