长链非编码RNA与骨性关节炎

背景:骨性关节炎作为中老年常见疾病,发病机制尚不清晰。长链非编码RNA通过多种途径参与骨性关节炎发病过程,如调控翻译、促进或者抑制mRNA表达、吸附miRNA等。目的:综述多种长链非编码RNA在骨性关节炎中的作用机制及研究进展。方法:检索中国知网、万方数据库、维普数据库、PubMed、Web of Science和Sciencedirect数据库,以“osteoarthritis,degenerative joint disease,degenerative arthritis,OA,LncRNA,long non-coding RNA,long noncoding RNA,long intergenic non-coding RNA”为英文检索词,以“骨性关节炎,骨关节炎,OA,长链非编码RNA,长链非编码核糖核酸,LncRNA”为中文检索词,检索1976年至2024年5月发表的所有相关文献,并对其进行筛选、归纳、分析、总结,最后纳入93篇文献进行综述。结果与结论:①收集了目前与骨性关节炎关系研究较多且较深入的25种长链非编码RNA;②长链非编码RNA可以充当miRNA的分子海绵,作为竞争性内源性RNA竞争性吸附miRNA,进而影响下游靶点;③长链非编码RNA可以调控软骨细胞的凋亡与增殖、软骨细胞外基质降解以及炎症反应等生理病理进程;④长链非编码RNA有望成为骨性关节炎临床诊断及治疗预后的生物标志物和潜在治疗靶点,未来可能会成为骨性关节炎临床治疗的新策略。

长链非编码RNA核富集转录本1对瘢痕成纤维细胞增殖、凋亡和迁移的影响

背景:已有研究阐明核富集转录本1(nuclear enriched abundant transcript 1,NEAT1)下调抑制了瘢痕成纤维细胞的进展,但具体机制尚不完全清楚。目的:探讨长链非编码RNA NEAT1调节miR-136-5p/泛素特异性蛋白酶4(ubiquitin specific protease 4,USP4)轴对瘢痕成纤维细胞生物学行为的影响。方法:将瘢痕成纤维细胞分为5组:si-NC组、空白对照组、si-NEAT1组、si-NEAT1+miR-136-5p inhibitor组、si-NEAT1+inhibitor-NC组,qRT-PCR检测NEAT1、miR-136-5p表达;CCK-8法及EDU染色检测细胞增殖能力;流式细胞术检测细胞凋亡情况;划痕愈合实验检测细胞迁移情况;Western blot检测USP4、p27、Bax、基质金属蛋白酶9、α-平滑肌肌动蛋白、Ⅰ型胶原蛋白α1链蛋白表达;双荧光素酶实验检测NEAT1与miR-136-5p、miR-136-5p与USP4的关系。结果与结论:①与si-NC组比较,si-NEAT1组NEAT1表达、A450值、EDU阳性细胞百分比、划痕愈合率以及USP4、基质金属蛋白酶9、α-平滑肌肌动蛋白、Ⅰ型胶原蛋白α1链蛋白表达降低(P<0.05),miR-136-5p表达、细胞凋亡率及p27、Bax蛋白表达升高(P<0.05);②miR-136-5p inhibitor逆转了沉默NEAT1对瘢痕成纤维细胞生物学行为的影响;③miR-136-5p与NEAT1、miR-136-5p与USP4存在靶向调控关系。结果表明,沉默NEAT1可能通过调控miR-136-5p/USP4轴抑制瘢痕成纤维细胞的增殖和迁移,诱导其凋亡。

储存血小板差异性长链非编码RNA表达谱研究

目的探讨机采血小板储存过程中差异性lncRNA表达谱变化及其差异表达的lncRNA在血小板储存损伤中潜在的生物学功能。方法收集13（人）份O型健康男性机采血小板各50 m L,于（22±2）℃下震荡储存,应用lncRNA芯片技术检测储存2、5、8 d机采血小板中lncRNA和mRNA表达谱变化;运用GO分析及KEGG分析预测差异表达的lncRNA功能分布,通过顺式调控分析预测lncRNA调控邻近蛋白编码基因表达的分子机制;采用实时PCR（RT-PCR）技术,验证8条lncRNA（MARCH2-2∶1、SLC2A2-1∶1、WBSCR16-3∶6、WEE1-2∶1、ENTPD6-2∶1、NKD2-1∶1、FOXS1-2∶1、MAPK13-3∶1）和4条mRNA（BCL2L1、CAPN2、MAPK14、VAMP8）的表达。结果芯片检测：血小板储存5与2 d相比,有162种lncRNA的表达量发生明显变化,表达升高的4种、降低的158种;8与2 d相比,有691种lncRNA表达量发生明显变化,表达升高的20种、降低的671种;8与5 d相比,246种lncRNA表达量发生明显变化,升高的2种,降低的244种。GO和KEGG分析：差异表达的lncRNA可能参与的生理过程有血小板激活、血小板聚集、内吞、凋亡、肌动蛋白纤维聚集、肌动蛋白骨架的调节;顺式调控分析：lncRNA具有调控血小板相关mRNA表达的功能,USP39-1调控VAMP8的表达、TMEM86B-2调控GP6的表达、FOXS1-2调控BCL2L1的表达等。RT-PCR验证：与芯片检测结果一致,其中lncRNA MARCH2-2∶1、WEE1-2∶1和NKD2-1∶1表达量升高,WBSCR16-3∶6、SLC2A2-1∶1、ENTPD6-2∶1、FOXS1-2∶1和MAPK13-3∶1表达量下降,BCL2L1,CAPN2,MAPK14和VAMP8的表达量也下降。结论血小板中含有大量的lncRNA,其表达量随着血小板储存时间延长而呈不同的变化趋势,总体来讲下调的lncRNA数量较多,且下调的幅度较大。部分变化的lncRNA可能与血小板生理功能密切相关,并且在血小板储存损伤中发挥作用。

急性缺血性脑卒中患者血清长链非编码RNA母系表达基因3和Zeste同源物增强子-2表达与神经功能损伤的相关性分析

目的探讨长链非编码RNA(lncRNA)母系表达基因3(MEG3)与Zeste同源物增强子-2(EZH2)在急性缺血性脑卒中(AIS)患者血清中的表达水平及其与神经功能损伤之间的关系。方法选取延安市人民医院2021年1月至2022年11月收治的92例AIS患者为脑卒中组,92例健康体检者为对照组,根据NIHSS评分将脑卒中组患者分为致残性损伤组19例,非致残性损伤组73例。采用实时荧光定量聚合酶链式反应、酶联免疫吸附法分别检测血清lncRNAMEG3、EZH2水平。采用Spearman相关分析法进行AIS患者血清lncRNAMEG3、EZH2表达水平与美国国立卫生研究院卒中量表(NIHSS)评分之间的相关性分析;采用多因素Logistic回归分析AIS患者合并神经功能致残性损伤的影响因素,并绘制受试者工作特征(ROC)曲线分析血清lncRNA MEG3、EZH2水平对AIS患者合并神经功能致残性损伤的诊断价值。结果脑卒中组患者血清lncRNA MEG3、EZH2表达水平均高于对照组(t=11.817、11.542,P<0.05)。Spearman相关分析显示,AIS患者血清lncRNA MEG3、EZH2水平与NIHSS评分均呈正相关(r=0.540、0.603,P<0.01)。致残性损伤组体质量指数、吸烟史占比、甘油三酯、总胆固醇、同型半胱氨酸、发病-到院时间(ODT)、lncRNAMEG3、EZH2水平均高于非致残性损伤组(t/χ2=2.103、5.050、9.121、5.585、2.276、5.448、4.638、4.682,P<0.05)。多因素Logistic回归分析显示,甘油三酯、总胆固醇、lncRNA MEG3、EZH2以及ODT均是AIS患者合并神经功能致残性损伤的影响因素(OR=4.853、4.277、2.674、3.052、3.901,P<0.05)。lncRNA MEG3、EZH2联合诊断AIS患者合并神经功能致残性损伤的曲线下面积(AUC)大于lncRNAMEG3以及EZH2单独诊断的AUC(Z=2.626、2.954,P<0.01),敏感度、特异度分别为94.74%、82.15%。结论AIS患者血清lncRNA MEG3、EZH2水平均上升,与AIS患者神经功能损伤程度均正相关,可用作AIS患者合并神经功能致残性损伤的诊断指标,且联合诊断效果更好。

长链非编码RNA TUG1和UCA1在结肠癌组织中的表达及临床意义

目的探究长链非编码RNA TUG1和UCA1在结肠癌组织中的表达及临床意义。方法选取2018年5月—2020年5月收治的80例结肠癌患者为研究对象,利用原位杂交与qRT-PCR法检测TUG1和UCA1的表达,对表达情况和患者病理特征及预后进行研究。结果UCA1和TUG1在结直肠癌组织表达过程中与性别、年龄以及病理情况关系较小(P>0.05),和患者肿瘤大小、是否存在淋巴结转移、疾病的分化情况以及分期情况高度相关(P<0.05)。UCA1和TUG1高表达患者肿瘤更大,淋巴结存在转移情况,分化程度较高且TNM分期以Ⅰ/Ⅱ为主;80例患者进行随访36个月,中位生存时间33.75个月,死亡人数16例,术后总生存率80.00%(64/80);Kaplan-Meier生存分析显示UCA1和TUG1高表达死亡12例,生存38例,生存率76.00%(38/50);UCA1和TUG1低表达死亡4例,生存26例,生存率86.66%(26/30)。结论直肠癌组织中lncRNA TUG1和UCA1高表达与低表达对患者疾病预后有一定影响。

类风湿关节炎患者血清长链非编码RNA表达谱的差异性分析

目的血清长链非编码RNA与类风湿关节炎(RA)的发展紧密相关。文中旨在探讨RA患者血清内lncRNA的差异性表达。方法收集2017年11月至2018年11月于东部战区总医院(原南京军区南京总医院)中西医结合科入院的RA患者和门诊健康体检人员血清标本。其中RA患者血清标本30份(RA组),健康体检人员的血清标本30份(对照组)。采用基因芯片技术对血清进行LncRNAs差异表达及生物信息学分析。结果共检出1693(23.67%)个存在差异表达的lncRNAs。基因芯片分析结果显示,在表达谱方面,RA组与对照组差异有统计学意义(P<0.05)。与对照组比较,RA组1693个lncRNAs表现出显著性差异表达,在总lncRNAs中占比为23.67%,其中376个lncRNAs的表达上调超过2倍,1317个lncRNAs表现为表达下调;11个lncRNAs表达上调超过了4倍;35个lncRNAs表达下调超过了7倍。GO富集分析显示,376个高表达基因影响到分子功能284项、生物学过程1455项以及细胞组成253项。KEGG Pathway分析显示,主要与脂肪酸的生物合成、胰岛素抵抗通路、腺苷酸活化蛋白激酶信号通路、内吞作用通路等有关。结论 RA患者血清中差异表达的lncRNAs对RA的发生和发展可能起到一定的作用。

长链的非编码RNA生长停滞特异性转录本5在骨关节炎中的研究进展

骨关节炎(OA)是一种以软骨退变、骨重建为主要病理特点的慢性关节疾病。目前没有可治愈该疾病的药物及手段,治疗策略有限的根本原因是对其潜在发病机制的认识不足。长链的非编码RNA(LncRNAs)被认为是许多疾病中的一类新的调控因子,是目前研究OA发病机制的一个重要切入点。LncRNA生长停滞特异性转录本5(Cas5)参与调控细胞的增殖、分化及凋亡,是一种在软骨细胞中特异性高表达的LncRNA。然而,由于LncRNA Cas5作用机制复杂,其与OA相关具体分子机制目前仍不明确。该文针对LncRNA Cas5在OA中的软骨细胞凋亡、软骨基质代谢成骨分化及治疗方面的作用进行综述。

颈动脉支架植入术后血清长链非编码RNA结直肠肿瘤差异表达基因水平及临床意义

目的探讨颈动脉支架植入术后血清长链非编码RNA(LncRNA)结直肠肿瘤差异表达基因(CRNDE)水平及临床意义。方法选取2018年1月至2019年6月在邢台市人民医院接受颈动脉支架植入术治疗的173例颈动脉狭窄性急性缺血性脑卒中(AIS)患者作为研究对象。采用实时荧光定量聚合酶链反应(RT-qPCR)法检测患者血清LncRNA CRNDE相对表达量,并分析其与预后的关系。结果173例颈动脉狭窄性AIS患者支架植入术后预后不良发生率为39.88%(69/173)。预后不良组患者血清LncRNA CRNDE相对表达量为(1.35±0.34)%,显著高于预后良好组[(0.93±0.19)%](P<0.001)。Logistic回归分析显示,出血转化、脑卒中病灶数、LncRNA CRNDE与颈动脉狭窄性AIS患者预后关系密切。模型B(出血转化+脑卒中病灶数+LncRNA CRNDE)评估颈动脉狭窄性AIS患者预后的效能,高于LncRNA CRNDE、模型A(出血转化+脑卒中病灶数)(Z=2.603,P=0.009;Z=2.945,P=0.003)。结论LncRNA CRNDE与颈动脉狭窄性AIS患者支架植入术后预后关系密切,检测血清LncRNA CRNDE表达有助于评估患者预后。

妊娠期糖尿病患者外周血长链非编码RNA表达谱的差异性分析

目的探讨妊娠期糖尿病(GDM)患者外周血中长链非编码RNA(lncRNAs)的差异表达谱及其功能。方法分别收集2020年7月至2021年12月在宣汉县人民医院妇产科入院治疗的妊娠期糖尿病患者(GDM组)、门诊健康体检孕妇(对照组)外周血标本各3例。使用高通量测序技术筛选获得差异表达的lncRNA,并通过GO富集分析和KEGG Pathway富集分析查明差异表达的lncRNAs靶向调控的m RNA转录本的生物信息学功能。结果与对照组比较,GDM组共筛选出差异表达的lncRNAs 333个,mRNA 2036个,其中上调的lncRNAs 169个,m RNA645个;下调的lncRNAs 164个,m RNA 1391个;GO生物学功能富集分析结果显示:差异表达的lncRNAs靶向调控的mRNA转录本主要富集在转录因子AP-1复合物、蛋白质复合物分解的调控、免疫系统调节、防御反应、细胞解剖实体、大分子代谢过程的调控、氮化合物代谢过程的调控、胞浆、代谢过程调节等;KEGG信号通路富集分析结果显示:差异表达的lncRNAs靶向调控的m RNA转录本参与的信号通路主要包括B细胞受体信号通路、泛素介导的蛋白质水解、破骨细胞分化、内质网中的蛋白质加工、人类T细胞白血病病毒1感染、雌激素信号通路、PD-L1和PD-1在癌症中的表达信号通路等。结论妊娠期糖尿病患者和门诊健康体检孕妇外周血中lncRNAs的表达存在较大差异,而差异表达的lncRNAs靶向调控的基因主要通过B细胞受体信号通路、泛素介导的蛋白质水解、破骨细胞分化、内质网中的蛋白质加工等信号通路参与GDM的发生发展。

外泌体来源的长链非编码RNA结直肠肿瘤差别表达基因在胶质瘤中的表达

目的:通过基因芯片分析长链非编码RNA(lnc RNA)-结直肠肿瘤差别表达基因(CRNDE)在多形性胶质母细胞瘤(GBM)中的表达,比较lnc RNA CRNDE差异表达与组织之间的表达谱差异。方法:应用基因芯片技术检测lnc RNA在GBM和正常脑组织的表达谱差异,并筛选出差异表达lnc RNA CRNDE进行分析。结果 :lnc RNA芯片的数据:GBM与正常脑组织比较,lnc RNA CRNDE表达上调3倍基因1201个,lnc RNA CRNDE表达下调3倍基因1206个(P<0.05)。其中5个lnc RNA CRNDE上调30倍以上,1个lnc RNAs下调超过30倍(P<0.01)。结论 :与正常脑组织相比,GBM组织lnc RNA CRNDE表达谱发生明显变化,其在胶质瘤的发生发展中可能具有重要作用。

长链非编码RNA 00941、微小RNA-145表达及转化生长因子β1/Smad通路相关因子在胃癌组织中的表达及意义

目的:探究长链非编码RNA00941(Linc00941)、微小RNA-145(miR-145)表达及转化生长因子β1/Smad(TGF-β1/Smad)通路相关因子在胃癌组织中的表达与意义。方法:选取收治的51例胃癌患者,手术治疗后经病理学检查确诊。收集其胃癌组织及其癌旁组织,比较其中Linc00941、miR-145及TGF-β1/Smad通路相关因子表达差异;提取患者的胃癌组织细胞进行组织培养,并对其进行Linc00941、miR-145基因的转染、沉默,分析其对胃癌细胞的增殖、迁移和侵袭能力的影响。结果:与癌旁组织比较较,胃癌组织患者的Linc00941及其信使核糖核酸(mRNA)相对表达水平升高,miR-145及其mRNA相对表达水平降低(均P<0.05)。胃癌组织中的TGF-β1、转化生长因子β受体Ⅱ(TGF-βRⅡ)及Smad2/3均较癌旁组织显著降低(均P<0.05)。NC组、Linc00941转染组及Linc00941沉默组三组间吸光值(A值)及凋亡率两两比较均存在统计学差异(均P<0.05),Linc00941沉默组在培养24、48、72 h时的A值低于NC组,凋亡率高于NC组;Linc00941转染组各时间的A值高于NC组,凋亡率低于NC组(均P<0.05)。与NC组比较较,Linc00941沉默组的细胞迁移数目及细胞侵袭数目均降低,Linc00941转染组均升高,组间两两比较差异存在统计学意义(均P<0.05)。与NC组比较较,miR-145转染组培养24、48、72 h的A值均降低,凋亡率升高;miR-145沉默组的A值升高,细胞凋亡率降低(均P<0.05)。与NC组比较较,miR-145转染组的细胞迁移数目及细胞侵袭数目均降低,miR-145沉默组均升高,组间两两比较差异存在统计学意义(均P<0.05)。结论:在胃癌组织中,Linc00941及其mRNA相对表达水平升高,miR-145及其mRNA相对表达水平降低,TGF-β1/Smad通路相关因子TGF-β1、TGF-βRⅡ及Smad2/3表达降低,且Linc00941、miR-145表达影响胃癌细胞的增殖、侵袭和迁移。

长链非编码RNA母系表达基因8通过微小RNA-495-3p调控急性髓性白血病细胞高迁移率族蛋白A1表达及对细胞增殖、凋亡的作用机制研究

目的:探讨长链非编码RNA(lncRNA)母系表达基因8(MEG8)通过微小RNA-495-3p(miR-495-3p)调控急性髓性白血病细胞(AML)高迁移率族蛋白A1(HMGA1)表达及对细胞增殖、凋亡的机制。方法:选取50例经确诊为AML患者的骨髓活检标本与52例健康骨髓捐赠者骨髓标本,常规培养人AML细胞株HL-60,采用实时荧光定量PCR(RT-qPCR)法骨髓单个核细胞中lncRNA MEG8 mRNA表达。将HL-60细胞分为六组,即HL-60组(HL-60细胞)、si-NC组(转染si-NC)、si-lncRNA MEG8组(转染si-lncRNA MEG8)、mimic-NC组(转染mimic-NC)、miR-495-3p mimic组(转染miR-495-3p mimic)、si-lncRNA MEG8+miR-495-3p mimic组(转染si-lncRNA MEG8+miR-495-3p mimic),CCK-8法检测培养24、48、72 h各组细胞增殖能力,流式细胞术检测细胞凋亡,Western blot法检测细胞中HMGA1表达,双荧光素酶报告基因实验验证lncRNA MEG8、miR-495-3p、HMGA1之间的关系。结果:与对照组相比,观察组lncRNA MEG8 mRNA表达升高(P<0.05)。与miR NC+MEG8 WT组比较,miR-495-3p mimic+MEG8 WT组荧光素酶活性下降(P<0.05),与miR NC+HMGA1 WT组比较,miR-495-3p mimic+HMGA1 WT组荧光素酶活性下降(P<0.05)。与HL-60组、si-NC组、mimic-NC组比较,si-lncRNA MEG8组、miR-495-3p mimic组和si-lncRNA MEG8+miR-495-3p mimic组24、48 h细胞增殖能力均显著下降,si-lncRNA MEG8+miR-495-3p mimic组细胞增殖率最低(P<0.05)。与HL-60组、si-NC组和mimic-NC组比较,si-lncRNA MEG8+miR-495-3p mimic组HL-60细胞凋亡率高于si-lncRNA MEG8组和miR-495-3p mimic组(均P<0.05)。与HL-60组、si-NC组和mimic-NC组比较,si-lncRNA MEG8+miR-495-3p mimic组HMGA1蛋白表达低于si-lncRNA MEG8组和miR-495-3p mimic组(均P<0.05)。结论:沉默lncRNA MEG8可能通过上调miR-495-3p来下调HMGB1,来抑制HL-60细胞的恶性生物学行为,可为探索AML潜在治疗靶点提供了新思路。

新疆维吾尔族溃疡性结肠炎患者相关的长链非编码RNA差异表达谱及功能研究

目的:利用微阵列芯片和生物信息学技术,分析溃疡性结肠炎(UC)中长链非编码RNA(lncRNA)表达特征。方法:选取医院确诊的3例维吾尔族UC患者,将其纳入观察组,另选3名维吾尔族健康体检者纳入对照组,运用lncRNA芯片检测两组结肠组织中lncRNAs和信使核糖核酸(mRNAs)表达谱,分析两组间差异表达的lncRNAs。运用在线生物信息学软件对差异lncRNAs的生物学功能和lncRNAs预测的靶向mRNAs进行全基因组关联分析。结果:芯片结果预处理分析中,两组的芯片结果在总体基因的表达一致。通过对lncRNA和mRNA的数据进行聚类分析发现,在两组样本中,lncRNA和mRNA的基因表达存在明显的差异。观察组患者病变结肠组织中表达的lnc RNAs筛选差异倍数≥2,共有1242个,其中表达上调579个,下调663个;差异表达的lncRNAs主要在免疫系统进展、炎症通路及B细胞的激活等功能上显著富集;基因座信息预测差异表达的lncRNA靶基因中有8个与UC发病机制相关的lncRNA-mRNA分子调控机制。结论:新疆维吾尔族UC患者与维吾尔族健康者的结肠组织存在差异表达的lncRNAs,且可能参与UC的致病调控过程。

子宫内膜癌差异表达长链非编码RNA的筛选及分析

目的筛选及分析子宫内膜癌中长链非编码RNA (lncRNA)及mRNA的差异表达谱,深入了解lncRNA在子宫内膜癌的发生和发展中的作用,为诊断和治疗拓展新思路提供更充实的理论依据。方法通过对各3例子宫内膜癌和子宫内膜良性病变组织lncRNA芯片检测,结合生物信息学方法筛选分析表达差异lncRNA及lncRNA潜在作用靶点。结结果子宫内膜癌组织中共筛选出显著差异lncRNA401个及mRNA 587个(P <0.05且|log2FC|> 1.5),包括:lncRNA显著上调250个,显著下调151个;mRNA显著上调424个,显著下调163个;其中:显著上调的mRNA在细胞周期、细胞分裂、细胞黏附等方面的基因表达更高,癌变趋势明显;而显著下调的mRNA使子宫内膜癌的卵泡发育、去膜极化、细胞分化、调节生长等正常生理过程受到抑制,促使癌变。鉴定出12个与子宫内膜癌相关的lncRNA:THRIL、MIR6835、LINC01348、RACGAP1P、RP11-254F7.4、RP11-433A10.3等,以及这些lncRNA共同调控的1个重要靶点TGM7,为子宫内膜癌的机制研究及分子标记鉴定奠定了基础。结论 lncRNA在子宫内膜癌癌组织中显示不同的表达模式;差异表达lncRNA可能在子宫内膜癌的发生和发展中发挥重要作用。

卵巢癌组织中长链非编码RNA生长阻滞特异性抑制物5、微小RNA-205的表达及意义

目的分析长链非编码RNA(lncRNA)生长阻滞特异性抑制物5(GAS5)、微小RNA-205(miR-205)在卵巢癌组织中的表达及其临床意义。方法前瞻性收集2019年1月至2020年6月收治的初诊卵巢癌患者于术中取其癌组织和癌旁组织(距肿瘤边缘>2cm);采用实时荧光定量PCR法检测lncRNA GAS5、miR-205表达情况;问卷调查法统计患者临床病理资料;术后随访2年(截止时间至2022年6月),统计患者生存时间。比较癌组织和癌旁组织lncRNA GAS5、miR-205表达,并采用Pearson相关分析lncRNA GAS5与miR-205的关系;以癌组织lncRNA GAS5、miR-205表达的中位数将卵巢癌患者分为lncRNA GAS5与miR-205高表达组和低表达组,比较不同病理特征卵巢癌患者lncRNA GAS5、miR-205高表达、低表达情况;比较不同lncRNA GAS5、miR-205表达情况的卵巢癌患者生存时间。结果共82例卵巢癌患者纳入本次研究,其中2例失访,最终80例患者进入本次研究。卵巢癌组织lncRNA GAS5相对表达量小于癌旁正常组织,miR-205相对表达量大于癌旁正常组织(P<0.05);Pearson相关分析显示,卵巢癌组织中lncRNA GAS5相对表达量与miR-205相对表达量呈负相关(r=-0.606,P<0.001)。lncRNA GAS5高表达45例,低表达35例;miR-205高表达40例,低表达40例。Ⅲ~Ⅳ期、伴淋巴结转移的卵巢癌患者的卵巢组织中lncRNA GAS5低表达率高于Ⅰ~Ⅱ期、无淋巴结转移患者(P<0.05);Ⅲ~Ⅳ期、伴淋巴结转移的卵巢癌患者的卵巢组织中miR-205高表达率高于Ⅰ~Ⅱ期、无淋巴结转移患者(P<0.05)。lncRNA GAS5低表达量卵巢癌患者2年生存时间(21.50±0.89)个月,低于高表达患者(23.89±0.09)个月(χ2=5.150,P=0.023)。miR-205高表达量卵巢癌患者2年生存时间(21.71±0.79)个月,低于低表达患者(23.98±0.03)个月(χ2=6.337,P=0.012)。结论lncRNA GAS5、miR-205在卵巢癌组织表达存在一定的差异,其中lncRNA GAS5低表达,miR-205高表达,并影响卵巢癌患者的临床病理特征和预后。

乳腺癌差异表达长链非编码RNA的筛选与分析

目的 通过乳腺癌差异表达长链非编码RNA(lncRNA)的筛选,探讨其在乳腺癌发生、发展中的作用及潜在功能。方法 收集2018年9月—11月新疆医科大学附属肿瘤医院5对女性乳腺癌组织标本及其癌旁正常组织(距肿瘤大于5 cm)标本,通过RNA提取、标记和杂交、芯片实验,以差异倍数(FC)≥2倍,t检验的P值<0.05作为筛选条件,筛选出差异表达的lncRNA。对筛选的lncRNA在正常乳腺组织和乳腺癌癌组织的表达量进行聚类分析。对差异lncRNA基因本体(Gene Ontology,GO)富集和京都基因与基因组百科全书(kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)信号通路分析获得lncRNA参与的生物学途径。结果 乳腺癌组织与癌旁组织相比,乳腺癌组织中具有2倍以上的差异表达(|log2FC|>1)lncRNA共有1 150条,其中上调lncRNA 551条,下调lncRNA 599条。下调lncRNA差异最显著的为XR_159043.1(FC=26.878,P<0.05),上调lncRNA差异最为显著的是ENST00000427451.1(FC=11.478,P<0.05)。通过GO富集分析发现,lncRNA广泛参与了包括RNA加工、DNA剪接、基因表达、含核碱基的化合物代谢、核酸转运mRNA剪接等生物学进程。KEGG信号通路富集分析发现,lncRNA参与了PI3K-AKT、RIG-I样受体信号通路,参与了癌症中的转录失调、病毒感染、雌激素信号通路等进程,并测出差异表达lncRNA有119种靶基因。结论 本研究是乳腺癌相关的lncRNA谱的补充,研究发现了一定数量差异表达的lncRNA,并预测其功能靶向基因和途径,有望为乳腺癌的靶向治疗和预后评估提供新的参考依据。

人脂肪干细胞脂向分化中长非编码RNA的差异表达

背景:肥胖导致了包括高血压、冠心病、脂肪肝、高脂血症、2型糖尿病在内的诸多疾病,因此深入理解脂肪细胞分化机制对于肥胖的防治具有深远意义。目前对于脂向分化机制的研究多集中在微小RNA上,对于长非编码RNA在脂向分化过程中的作用尚且知之甚少。目的:获得脂向分化过程中差异倍数明显的长非编码RNA,并进一步筛选在脂向分化过程中可能发挥重要作用的长非编码RNA进行验证。方法:取人腹部皮下脂肪,采用组织块培养法获取脂肪干细胞,传至第3代后进行成脂诱导分化,通过微阵列技术对脂向分化过程中0,5,12 d长非编码RNA及mRNA差异性表达量进行统计,并结合生物信息学报告筛选出呈现明显差异性表达的长非编码RNA,通过qRT-PCR进行验证。结果与结论:脂向分化过程中以差异倍数1.5(P<0.05)为标准,上调长非编码RNA的数量5 d vs.0 d 748个,12 d vs.0 d 847个,12 d vs.5 d 593个;下调长非编码RNA的数量5 d vs.0 d 828个,12 d vs.0 d 1 113个,12 d vs.5 d 750个;结合生物信息学分析结果,在与脂类代谢有关的28个长非编码RNA中根据诱导0,5,12 d差异表达倍数较高且其靶基因可能是已知的与成脂相关的基因中,筛选出3个长非编码RNA:AK304548、BP216319、DA852857。通过PCR验证结果显示AK304548、BP216319及其靶基因表达量呈现先下调后上调的趋势,与微阵列测序结果相符,预示其在脂向分化过程中起到调控作用。

长链非编码RNA癌症易感性候选物2与印记基因H19在肝外胆管癌中差异表达的分析

目的探讨肝外胆管癌(ECC)中长链非编码RNA(lncRNA)癌症易感性候选物2(CASC2)和印记基因H19表达及其潜在的功能作用。方法收集ECC患者样本4例,基于高通量测序技术进行转录组测序,分析lncRNA CASC2和H19的表达模式,并基于生物信息学方法预测潜在功能。另取22例ECC组织样本和不同分化程度的胆管癌细胞株(RBE、QBC939、HuH-28、HuCCT1)进行验证,分别以癌旁组织和正常胆管上皮细胞(HIBEC)作为对照,应用实时荧光定量聚合酶链反应(qRT-PCR)法分别检测癌组织、癌旁组织与细胞系中lncRNA CASC2和H19的表达水平。汇总患者临床指标并结合目标基因的差异表达进行相关性分析。结果4对ECC癌组织与癌旁组织中lncRNA CASC2和H19的表达差异有统计学意义(P均<0.05)。qRT-PCR结果显示,lncRNA CASC2在ECC癌组织中表达水平明显高于癌旁组织(t=1.262,P=0.025),而lncRNA H19在ECC癌组织中表达水平明显低于癌旁组织(t=1.285,P=0.005);细胞系QBC939(t=8.114,P=0.015)和HuH-28(t=9.202,P=0.012)中CASC2的表达水平显著高于对照组,而RBE(t=-10.244,P<0.001)、QBC939(t=-10.476,P<0.001)、HuH-28(t=-19.798,P<0.001)和HuCCT1(t=-16.193,P=0.004)中H19的表达水平均显著低于对照组。生物信息分析结果显示,CASC2主要参与代谢过程,而H19参与多细胞生物发展等过程,两者均与催化活性功能相关。相关性分析结果显示,lncRNA CASC2表达水平与病理中分化(χ^(2)=6.222,P=0.022)、淋巴结转移(χ^(2)=5.455,P=0.020)显著相关;而lncRNA H19表达水平与病理中分化(χ^(2)=1.174,P=0.029)、肿物大小(χ^(2)=-0.507,P=0.037)显著相关。结论ECC中lncRNA CASC2和H19均出现转录失调,其中lncRNA CASC2在癌组织中呈上调趋势,H19呈下调趋势,两者具有成为ECC新的分子标志物的潜力。

长链非编码RNA(lncRNA)-MSTRG.22610.1对BHV-1体外复制影响的研究

本研究室前期将牛疱疹病毒Ⅰ型(BHV-1)感染牛肾细胞(MDBK),通过转录组测序筛选到了转录显著差异的长链非编码RNA-MSTRG.22610.1(lncRNA-MSTRG.22610.1),为了探究其在MDBK中对BHV-1复制的影响,本研究采用CCK-8法筛选对细胞无毒性的聚凝胺、嘌呤霉素的最佳浓度;将重组慢病毒r ZHLV-U6-Zs Green1-puro-MSTRG.22610.1和r ZHLV-U6-Zs Green1-puro(对照慢病毒)按照不同的MOI分别感染MDBK细胞,48 h后观察荧光,采用Image J软件检测并计算各慢病毒感染细胞后出现绿色荧光细胞的比率,出现绿色荧光细胞的比率达80%的细胞对应的MOI即为最佳MOI。筛选结果显示聚凝胺与嘌呤霉素的最佳工作浓度分别为5μg/mL及3μg/m L,慢病毒感染的最适MOI为80。将r ZHLV-U6-Zs Green1-puro-MSTRG.22610.1和对照慢病毒分别以最佳条件感染MDBK细胞并培养及传代,传至8~10代,每代均观察细胞形态及细胞中的绿色荧光,并通过RT-q PCR检测第6、8、10代细胞中lncRNA-MSTRG.22610.1的转录水平,以构建并鉴定稳定表达lncRNA-MSTRG.22610.1的MDBK细胞系1T及对照细胞系1NC。结果显示,每代1T细胞、1NC细胞的状态均良好并均与阴性对照MDBK细胞的形态无差别,且每代1T及1NC细胞均出现绿色荧光。RT-q PCR结果显示,与1NC及阴性对照细胞相比,1T细胞系中lncRNA-MSTRG.22610.1的转录水平极显著升高(P<0.0001)。表明获得了高水平表达lncRNA-MSTRG.22610.1却不影响细胞增殖的细胞系,且该细胞系的遗传稳定性较强。将BHV-110倍倍比稀释后分别感染传至10代的1T与1NC细胞,24 h后采用Reed-Muench法计算各组细胞中的病毒滴度。结果显示,1T、1NC及MB细胞(感染BHV-1的MDBK细胞)的病毒滴度分别为105.15 TCID50/0.1 m L、104.41TCID50/0.1 m L及104.58 TCID50/0.1 m L。与MB和1NC细胞相比,1T细胞中的病毒滴度显著升高(P<0.05),表明lnc RNA-MSTRG.22610.1表达后促进BHV-1在MDBK细胞中的复制。本研究为进一步探究lncRNA-MSTRG.22610.1促进病毒复制的分子机制及深入了解BHV-1感染的分子机制提供参考依据。

胃癌患者长链非编码RNA的差异表达

目的研究胃癌患者癌组织长链非编码RNA(lncRNA)的差异表达。方法提取8例胃癌患者癌组织与癌旁对照样本中的总RNA,应用lncRNA表达谱芯片检测技术对两者之间差异表达的lncRNA进行分析。在差异表达倍数≥10的lncRNA中选择4个lncRNA(uc010lhn、uc.341、AK096257及BC048127),利用荧光定量RT-PCR技术在细胞水平对微阵列检测结果进行验证。结果胃癌患者癌组织与癌旁对照样本间差异表达的lncRNA共2 621个,其中1 215个表达上调,1 406个表达下调,差异表达倍数≥10的lncRNA 22个。荧光定量RTPCR验证结果显示,与正常胃上皮细胞系GES-1相比,4种lncRNA(uc010lhn、uc.341、AK096257及BC048127)在胃癌细胞系中的表达具有显著差异,与芯片检测结果一致。结论多种lncRNA在胃癌患者肿瘤组织中呈异常表达,其中uc010lhn及uc.341等在胃癌发生、发展过程中可能起一定的作用。