1997-1998泰国的全国样本结核分枝杆菌限制性内切酶片段长度多态性研究

地点:1997-1998 年间,作为全球项目的一部分,在泰国进行了全国性的抗结核药物耐药监测。目的:评价 IS6110 杂交带谱和成簇的水平,由于样本收集时间较短,预计不会太高。设计:共计 828 株分离株可做标准的 IS6110 杂交指纹分析。结果:随着地理位置、病人年龄、对利福平和链霉素耐药的变化,限制性片段长度多态性也随之变化。北京株在青年病人中常见,离曼谷越远,其流行率也越低,但只有一个杂交带的分离株则正好相反。排除含有 5 个以下拷贝 IS6110 的菌株,26.4%的菌株成簇。成簇在女性患者中更普遍。成簇菌株常常来自不同省份,如果有耐药,它们的耐药谱也不同。结论:在泰国某些地区用 IS6110 杂交带谱的成簇性来推断近期传播的可靠性值得怀疑。在结核病高流行国家进行全国性的近期传播研究的评价应该谨慎。

利用12S rRNA基因的限制性酶切末端片段长度多态性鉴定动物种类

目的:建立一种精确可靠的鉴定常见的10种动物(猪、狗、牛、山羊、绵羊、马、鸡、鼠、三文鱼和鹿)的方法。方法:利用12SrRNA基因的限制性酶切末端片段长度多态性(terminal restriction fragment length polymorphism,T-RFLP)鉴别动物种类。将线粒体12S rRNA基因通过引物的5'端用FAM荧光标记,从基因组DNA中扩增450bp的目的片段。引物对1(下游引物FAM标记,上游引物不标记)扩增的PCR产物用限制性内切酶AluⅠ酶切。引物对2(上游引物FAM标记,下游引物不标记)扩增的PCR产物用限制性内切酶Tru9Ⅰ酶切。得到的酶切产物分别在遗传分析仪ABI3100上进行毛细管电泳,片段大小用Peak Scanner 1.0软件分析。结果:根据AluⅠ酶切图谱能够区分鸡、马、猪和三文鱼,而鹿和牛、山羊和绵羊、鼠和狗因酶切图谱相同无法分开。根据Tru9Ⅰ酶切图谱,能够进一步将鹿和牛、山羊和绵羊、鼠和狗分开。同一种动物不同个体的酶切图谱完全相同,结果具有可重复性。没有出现物种内多态的现象。大多数情况下,实际得到的末端片段长度与理论值非常接近,只存在2～5bp的差异。结论:该方法操作简单、结果精确,适用于鉴定动物种类。

双创造酶切位点聚合酶链反应-限制性片段长度多态性检测MGMT基因多态性的应用

目的建立简便易行、经济适用的MGMT基因4个单核苷酸多态性位点的检测方法。方法应用碱基错配创造酶切位点原理设计引物,通过聚合酶链反应-限制性片段长度多态性(PCR-RFLP)技术判断MGMT基因四个SNP位点多态性。结果设计一对引物PCR扩增含MGMT84多态位点的DNA片段,另一对引物PCR扩增含MGMT基因143、160、178三个多态位点的DNA片段,使用4种限制性内切酶分别酶切判断4个位点多态性,PCR和酶切效果均较好。结论应用创造酶切位点PCR-RFLP原理建立的MGMT四个多态位点的检测方法具备简便、经济、快速的特点。

采用限制性酶切片段长度多态性和PCR指印技术对牛结核分枝杆菌分型研究

5株牛结核分枝杆菌DNA经PvuⅡ消化后 ,用来自IS10 81中的 2 48bp荧光探针杂交后进行限制性酶切片段长度多态性 (RFLP)分型 ,5株牛分离株中有 4株具有相同杂交带型 ,剩余的 1株在 3.6kb处多了 1条带。将 2 48bp探针对北京牛结核分枝杆菌分离株的RFLP分型法结果与直接反向PCR分型法对上述分离株分型结果比较发现 :5株牛结核分枝杆菌分离株中有 2株具有相同的PCR指印带型 ,剩余 3株牛结核分枝杆菌分离株则PCR指印带型各不相同 ,上述结果显示出 ,直接反向PCR分型法较标准的RFLP分型法分型能力强。直接PCR法对新疆牛结核分枝杆菌分离株的分型结果显示出 ,PCR指印带型中带数较少 ,且与北京牛结核分枝杆菌分离株的PCR指印带型截然不同。

应用限制性酶切片段长度多态性及变性高效液相色谱法筛选胶质瘤易感基因ERCC2的单核苷酸多态性比较

目的利用限制性酶切片段长度多态性(RFLP)及变性高效液相色谱法(DHPLC)筛选和鉴定脑胶质瘤易感基因———切除修复鼠缺陷交叉互补基因2 (ERCC2)的单核苷酸多态性(SNPs)。方法应用PCR扩增179例胶质瘤病人肿瘤及血液标本和44例正常对照组血液标本ERCC2基因第23外显子及其邻近的部分内含子序列,采用限制性酶切及DHPLC技术对扩增片段进行基因变异检测,直接测序不同类型的PCR片段,并与参考序列进行对比分析。结果在此片段中验证了一个已知白种人存在的SNP位点。结论黄种人亦存在rs13181,并影响蛋白编码;可能与胶质瘤的发病有关联。DHPLC相对于RFLP来说是一种高效、经济、简便、可靠的SNPs筛选方法。

末端限制性酶切片段长度多态性分析技术进展

末端限制性酶切片段长度多态性分析(Terminal Restriction Fragment LengthPolymorphism,T-RFLP)是近年来发展起来的、不依赖于培养的微生物群落分析方法之一.由于其在微生物群落结构分析方面的特点,包括分辨率高、易于实现自动化及互联网海量数据共享等优势,自1997年最先被报道以来得到了广泛的应用,成为环境微生物群落分析的最强有力的工具之一.类似于其他的分子微生物生态学技术,T-RFLP也有自身的缺陷,本文详细介绍了T-RFLP技术的原理及其解析环境微生物群落的基本流程,简述了近年来T-RFLP技术在群落分析中的研究进展,重点讨论了该技术的局限性及相应的解决办法.

家蚕卵线粒体DNA限制性内切酶长度多态性研究

利用 2 9种限制性内切酶对 34个不同品种家蚕卵mtDNA进行酶切分析 ,发现一化、二化品种与多化品种的HaeⅢ酶切图谱有差异 ,但不同的地理品种间没有出现酶切多态性现象。另外 ,一些家蚕品种的受精卵和非受精卵mtDNA在BglⅠ和PstⅠ酶切下 ,呈现不同的酶切带型。同时 。

聚合酶链式反应-限制性片段长度多态性和芯片生物分析技术用于台湾海峡常见石斑鱼和鲷鱼的品种鉴定

应用聚合酶链式反应-限制性片段长度多态性分析(PCR-RFLP)和芯片生物分析系统建立了台湾海峡常见石斑鱼和鲷鱼的分子生物学品种鉴定新方法。首先提取鱼的基因组脱氧核糖核酸(DNA)进行细胞色素b基因特定片段的PCR扩增,然后用DdeⅠ、HaeⅢ和NlaⅢ3种限制性内切酶进行酶切,在Agilent DNA1000芯片上对酶切片段进行分离。该方法成功鉴定了台湾海峡常见的8种石斑鱼品种和5种鲷鱼品种,是一种快速、简便、有效的鱼类品种鉴定分析手段。

幽门螺杆菌尿素酶B基因的限制性片段长度多态性分型和生物信息学分析

目的：对不同来源野生型幽门螺杆菌（Hp）菌株的尿素酶B基因进行限制性片段长度多态性（RFLP）分型和生物信息学分析。方法：采用HaeⅢ单酶切法对国内临床分离的Hp菌株、动物模型适应株及国际标准Hp菌株尿素酶B（ureB）基因进行RFLP分型，同时进行基因测序和序列同源性对比及进化树分析等生物信息学研究。结果：HaeⅢ单酶切结果显示，14株Hp 1．7kb ureB基因均呈现出2～5种带型，可分为五组，其中两种国际标准株NCTC11637、NCTC11639和三种临床分离野生株拥有相同的RFLP带型，其他国内临床分离株和动物适应株分属于四种不同的RFLP带型组。ureB基因序列同源性比对表明，各种Hp菌株间核苷酸序列同源性均〉96．6％，氨基酸序列同源性均〉98％，其中CCS9801、CCS9806、M3及M10菌株之间的核苷酸和氨基酸序列同源性为100％。核苷酸序列进化树分析显示，2株国际标准株与国内临床分离株及动物适应株分处于不同进化分支，为平行进化关系；而在氨基酸序列进化树中转变为非平行关系。结论：不同Hp菌株尿素酶B在基因和蛋白质水平均高度保守和同源。

限制性片段长度多态性分析酶切条件的优化

目的：对结核分枝杆菌RFLP—DNA分型技术的各个环节进行优化，以提高DNA指纹的清晰度和稳定性。方法：提取结核分枝杆菌DNA，经PvuII酶切后进行琼脂糖凝胶电泳、southern转印，并用经地高辛随机引物标记试剂盒标记IS6110的245bp探针进行杂交。结果：用于结核分枝杆菌DNARFLP分析的最佳DNA浓度是2μg，内切酶浓度为2u／μgDNA，酶切反应时间为4h。结论：RFLP的酶切条件经过合理优化，可以在消耗最低的情况下取得最佳的实验效果。

聚合酶链式反应-限制性片段长度多态性方法对太白贝母鉴别检验的适用性探讨

目的:探讨聚合酶链式反应-限制性片段长度多态性方法(PCR-RFLP)对于太白贝母的适用性。方法:采集太白贝母野生及栽培品,收集市场上太白贝母伪品,利用性状、PCR-RFLP鉴别法、DNA序列分析三种方法分析太白贝母与常见伪品的区别。结果:从性状上看,太白贝母栽培品与伪品往往非常相似,较难辨别;通过PCRRFLP方法可以正确、客观的鉴别太白贝母与常见伪品,基于ITS2的DNA条形码方法进一步验证了PCR-RFLP法的准确性。市场上太白贝母的伪品多为伊犁贝母。结论:PCR-RFLP鉴别法可准确鉴别太白贝母与其伪品;市场上太白贝母伪品较多,应加强监管。

限制性片段长度多态性聚合酶链反应法检测人细胞色素氧化酶2D6药物代谢相关基因位点多态性

目的建立测定人细胞色素氧化酶2D6(CYP2D6)基因多态性的限制性片段长度多态性聚合酶链反应(polymerase chain reaction restriction fragment length polymorphism,PCR RFLP)检测方法。方法通过增加PCR扩增体系中DNA模板上样体积、降低引物浓度以及减少限制性内切酶的用量等方法改进、优化实验条件,建立以PCR RFLP法为基础的肝药酶CYP2D6基因型检测方法。结果采用PCR RFLP法能够检测CYP2D6?2、CYP2D6?10和CYP2D6?14基因型,且过程简便,经济实用。结论该方法检测CYP2D6药物代谢相关基因位点基因型具有简便、高效、准确和经济的特点,可在临床及实验室推广使用。

60株临床分离犬小孢子菌的聚合酶链反应-限制性片段长度多态性鉴定

目的探索采用聚合酶链反应-限制性片段长度多态性(PCR-RFLP)方法进行犬小孢子菌的快速鉴定。方法采用真菌通用引物第1内转录间隔区(ITS-1)与第4内转录间隔区(ITS-4)对60株犬小孢子菌进行PCR扩增,然后利用限制性内切酶TaqⅠ和HinfⅠ分别对PCR产物进行酶切分析。结果真菌通用引物ITS-1和ITS-4在60株犬小孢子菌中均扩增出1条长约750 bp的DNA条带;2种内切酶HinfⅠ和TaqⅠ各自显示相同的酶切结果,酶切片段稳定而清晰。结论应用PCR-RFLP方法可以快速、敏感、特异地鉴定犬小孢子菌。

胃癌及其高危人群胃蛋白酶原C基因限制性片段长度多态性研究

目的探讨胃蛋白酶原Ｃ基因多态性在不同人群中分布的差异，探讨其在胃癌高危人群筛选中的应用价值，以期明确其作为胃癌基因诊断指标的可靠性并为探索胃癌遗传学病因及发病机理提供理论依据．方法本研究共分两部分，第１部分为正常人及胃癌患者胃蛋白酶原Ｃ基因多态性研究，第２部分为胃癌高发家族成员胃蛋白酶原Ｃ基因多态性研究及追踪随访．实验对象共计４０例，包括正常献血员１１例，胃癌患者１０例，胃癌高系家族成员１９例．主要实验方法为Ｓｏｕｔｈｅｒｎｂｌｏｔ．探针采用ＰＧＣ３０１，限制性内切酶为ＥｃｏＲⅠ．追踪随访采用胃镜及胃粘膜活检等手段．结果①在正常人体，常见ＰＧＣＥｃｏＲⅠ等位片段有三种，分别为２０Ｋｂ、５７Ｋｂ及３６Ｋｂ，稀有片段有一种，３５Ｋｂ，在胃癌患者，未发现与正常人体不同的多态片段，但是，稀有片段及稀有杂交带型的出现频率明显高于正常组．②胃癌高系家族成员ＰＧＣ稀有片段及稀有杂交带型的出现频率略高于正常人体．利用胃镜病理手段对其进行长达３年的追踪随访中发现，携带ＰＧＣＥｃｏＲⅠ稀有片段４例胃癌高系家族成员中，有１例罹患早期胃癌．③ＥｃｏＲⅠ常见等位片段在胃癌组织杂交信号减弱甚至缺失．结论ＰＧＣＥｃｏＲⅠ稀有片段及?

聚合酶链反应-限制性片段长度多态性检测肿瘤坏死因子β基因多态性

目的 建立聚合酶链反应限制性片段长度多态性(PCR—RFLP)检测肿瘤坏死因β(TNFβ)多态性的方法。方法 采用PCR方法扩增TNFβ第一外显子到第二外显子包含G→A突变在内的DNA片段,扩增产物用限制性内切酶Nco I酶切后电泳,分析TNFβ的基因型。结果 TNFβ检测到3种基因型,分别为TNFβ*1/1、TNFβ*1/2和TNFβ*2/2。结论PCR—RFLP检测肿瘤坏死因子β多态性方法快速、简便、准确、可靠,适合普通实验室开展及大规模研究。

应用限制性片段长度多态性分析技术研究乙醇脱氢酶2的基因多态型

分子遗传学技术的发展使得我们对与遗传有关疾病的认识达到了新的境界。通过产前对个体所携有的基因多态型的研究可以对某些疾病进行早期预测，从而达到预防、优生优育的目的。酒精脱氢酶２基因就是一个鲜明的例子，个体带有的基因型不同其表现型也不同，它与胎儿酒精综合征、胎儿酒精效应及酒精相关疾病存在着一定联系。为此本文采用限制性片段长度多态性分析技术研究酒精脱氢酶２的基因，根据基因的变化。

聚合酶链式反应-限制性片段长度多态性和芯片生物分析技术用于渤海地区鱼种鉴定

以渤海湾具有重要商业价值的9种海鱼(小黄鱼、花鲈、蓝点马鲛、鲐、钝吻黄盖鲽、棘头梅童鱼、许氏平鲉、高眼鲽和长蛇鲻)为研究对象,利用聚合酶链式反应(PCR)-限制性片段长度多态性(RFLP)和芯片生物分析技术对其进行鱼种鉴定。首先提取其基因组脱氧核糖核酸(DNA),对其细胞色素b的特定片段(464bp)进行扩增,然后选择DdeⅠ、HaeⅢ和NlaⅢ3种限制性内切酶进行酶切,并利用芯片生物分析技术得到酶切产物的特异图谱和确切的片段大小,从而有效区分了9种海鱼。研究结果表明,PCR-RFLP和芯片生物分析技术在鱼种鉴定上具有精确、鉴别和快速三大优势,可为鱼类食品检测提供科学依据。

聚合酶链反应限制性片段长度多态性快速检测模拟尿标本中致病念珠菌的研究

目的研究常见的致病性念珠菌的分子生物学鉴定方法,为深部念珠菌的分子诊断奠定基础。方法用白色念珠菌、热带念珠菌、净平滑念珠菌和克柔念珠菌的标准菌株制备模拟尿标本,对其核糖体DNA内转录间隔区进行聚合酶链反应扩增,对扩增产物进行内切酶MspⅠ的酶切分析。结果4种念珠菌经聚合酶链反应后产生4种不同分子量的条带,扩增产物经酶切后产生4种特异性带型。结论聚合酶链反应—限制性片段长度多态分析方法是一种可靠、稳定、特异的鉴定常见致病念珠菌的方法。

用DNA限制性片段长度多态性鉴定中国旋毛虫3个分离株

以旋毛虫国际标准虫株Ｔ．ｓｐｉｒａｌｉｓ（Ｔｓ）、Ｔ．ｎａｔｉｖａ（Ｔｎ）和Ｔ．ｎｅｌｓｏｎｉ（Ｔｎｅ）作对照，利用限制性片段长度多态性（ＲＦＬＰ）差异对分离自我国黑龙江省３株旋毛虫进行虫种归属鉴定。５种内切酶实验结果显示：黑龙江猪株（ＨＬ）与Ｔｓ酶切图谱相同；犬株（ＷＣ）与Ｔｎ酶谱相同；猫株（ＳＷ）与Ｔｎ的ＤｒａⅠ，ＰｓｔⅠ，ＨａｅⅢ酶谱相近，而与Ｔｎｅ酶谱差异显著。提示：黑龙江猪株系Ｔｓ；犬株系Ｔｎ；猫株在分类归属上似乎与Ｔｎ靠近。