限制性内切酶酶切后去磷酸化联合蓝白斑筛选检测KRAS基因第12位稀有突变

目的研究限制性内切酶酶切后去磷酸化联合蓝白斑筛选检测KRAS基因第12位密码子稀有突变的可行性。方法将采用限制性内切酶酶切后去磷酸化联合蓝白斑筛选检测方法作为实验组,限制性内切酶酶切联合蓝白斑筛选检测方法作为对照组。对照组将KRAS基因第12位密码子突变型(MUT)/野生型(WT)(MUT/WT 12)质粒按0∶1、1∶300、1∶1000、1∶3000的比例混合,限制性内切酶酶切PCR产物,酶切后产物进行蓝白斑筛选。实验组将MUT/WT 12质粒按0∶1、1∶3000、1∶10000、1∶30000的比例混合,在对照组方法的基础上酶切产物去磷酸化后再蓝白斑筛选。比较两组蓝白斑克隆数。限制性内切酶酶切鉴定实验组MUT/WT 12为1∶30000的阳性克隆,一代测序阳性克隆验证插入片段的序列。采用限制性内切酶酶切后去磷酸化联合蓝白斑筛选验证26例肺癌病例游离DNA的KRAS基因第12位稀有突变。结果对照组1∶3000的培养皿上白色克隆17个,蓝色克隆2329个,白色/蓝色克隆为1/137;而实验组1∶30000的培养皿上白色克隆23个,蓝色克隆394个,白色/蓝色克隆为1/17,1∶30000实验组白色/蓝色克隆比例明显高于1∶3000对照组。实验组1∶30000培养血上5个阳性克隆酶切鉴定出3个阳性,其插入片段为KRAS第12位突变片段。限制性内切酶酶切后去磷酸化联合蓝白斑筛选26例肺癌病例可检测出2例为KRAS基因第12位密码子突变。结论采用限制性内切酶酶切后去磷酸化联合蓝白斑筛选可检测出1∶30000 KRAS基因稀有突变。

常用限制性内切酶和DNA聚合酶的规范编排

一、限制性内切酶限制酶的命名,1973年由Smith和Nathans提出:用属名的头1个字母和种名的头2个字母,组成3个字母的略语,表示寄主菌的物种名称;如有菌株名,再加上一个字母,即第4个字母表示菌株;1种特殊的菌株,具有几个不同的限制与修饰体系,则以罗马数字表示在该菌株中发现某种酶的先后次序。例如:Eco R I,第1个大写字母E为大肠杆菌Escherichia coli的属名的第1个字母;第2、3两个小写字母co为其种名的2个字母;第4个字母大写R表示所用大肠杆菌的菌株编号。再如,流感嗜血菌(Haemophilus influenzae)用Hin表示。例如,从流感嗜血杆菌d株(Haemophilus influenzad d)中先后分离到3种限制酶,则分别命名为Hin d I、Hin dⅡ和Hin dⅢ。

低温β-1,4-内切葡聚糖酶的基因挖掘、异源表达及其酶学性质表征

β-1,4-内切葡聚糖酶在洗涤行业有着广泛的应用价值,其中具有较好的低温和碱性耐受能力是其实现工业应用的重要前提。该论文通过基因挖掘获得一株具有低温耐受能力的Deinococcus cellulosilyticus来源新型β-1,4-内切葡聚糖酶基因EgDC,并将其在大肠杆菌中实现了可溶性表达,其中大部分存在于周质空间,少部分分泌至胞外。对EgDC酶的酶学性质进行了表征,发现该酶的最适温度和最适pH值分别为40℃和pH 6.5,其在20℃能保持70%以上活力,且在pH 8.0和pH 9.0的半衰期分别达到83.43 min和53.79 min。EgDC酶具有较好的催化性质,其比酶活力k_(cat)/K_(m)值分别为(26.38±1.43)U/mg和(520.03±17.07)s^(-1)/mg,且对于金属离子以及表面活性剂均具有较强耐受能力。由此可见,新型β-1,4-内切葡聚糖酶EgDC具有较好的催化能力,且在低温、碱性以及存在表面活性剂环境下较为稳定,因此具有潜在的工业应用价值。

限制性内切酶的无细胞快速制备研究

限制性内切酶在分子生物学研究中是一类重要的工具酶,目前主要由异源生物合成的方式进行表达与生产,由于它们对特定的DNA序列(即酶切位点)具有切割活性,在异源表达时会对宿主产生较高的细胞毒性。而无细胞生物合成体系具有操作快捷、灵活高效、无细胞毒性等优势,因此,本研究利用无细胞蛋白合成(cellfree protein synthesis,CFPS)技术进行限制性内切酶的表达制备。本课题组选择3种限制性内切酶Eco RⅠ、BamHⅠ和BsaⅠ作为研究对象,构建线性DNA为表达模板,无需甲基化酶对宿主的保护,在6 h内即可完成蛋白表达。经亲和色谱与凝胶色谱两步纯化,得到了纯度高(95%左右)、酶活相当(EcoRⅠ3.7×10^(5)~3.7×10^(6)U/mg,BamHⅠ8.3×10^(2)~4.1×10^(3)U/mg,BsaⅠ4.4×10^(5)~4.4×10^(6)U/mg)的目标蛋白。同时,建立了限制性内切酶的实时酶活检测方法,将有助于限制性内切酶的催化和快速筛选研究。本研究所开发的限制性内切酶无细胞表达制备体系,从基因模板构建到纯化蛋白所需时间短(1~2 d)、蛋白产量高(32.5~130 mg/L无细胞反应)、制备效率高(1.3×10^(5)~5.7×10^(8)U/L无细胞反应),具有较好的普适性,为限制性内切酶的研发与制备生产提供了新的思路。

HBV P区聚合酶基因变异株的检测及限制性内切酶分析

目的 建立HBV聚合酶基因变异株DNA检测技术 ,探讨变异株的变异规律及其临床意义。方法 采用限制性内切酶酶切位点引入法设计引物检测YIDD、YVDD ,内切酶分析 ,PAGE电泳法检测DMHD、LMLL、LMAQ基因变异。结果 应用SSPⅠ及ApaL内切酶可准确地检测出YIDD和YVDD。 2 3例HBVDNA阳性病例中 ,9例YMDD未变异 ,BstNⅠ切点保持着野生型序列与参考序列相同 ;6例YMDD未变异 ,BstNⅠ切点发生变异 ;2例YMDD未变异 ,LMLL变异、BstNⅠ切点消失 ,并伴随有YAAV 4个氧基酸发生变异 ;1例YMDD未变异 ,DMHD发生变异 ;2例YIDD变异株伴随LMAQ变异、BstNⅠ切点变异 ;另 1例YIDD变异株在 50 2位 544位伴随YQHG、YKHG和SNLY、SHLY变异 ;3例YIDD和 2例YVDD病例的BstNⅠ切点均有变异。结论 研究结果发现 ,在YMDD未变异株中 50 % ( 9/1 8)为野生株 ,50 % ( 9/1 8)有基因变异 ,提示LMAQ、YIDD、YVDD变异 (W 2～W 1 2 )

利用12S rRNA基因的限制性酶切末端片段长度多态性鉴定动物种类

目的:建立一种精确可靠的鉴定常见的10种动物(猪、狗、牛、山羊、绵羊、马、鸡、鼠、三文鱼和鹿)的方法。方法:利用12SrRNA基因的限制性酶切末端片段长度多态性(terminal restriction fragment length polymorphism,T-RFLP)鉴别动物种类。将线粒体12S rRNA基因通过引物的5'端用FAM荧光标记,从基因组DNA中扩增450bp的目的片段。引物对1(下游引物FAM标记,上游引物不标记)扩增的PCR产物用限制性内切酶AluⅠ酶切。引物对2(上游引物FAM标记,下游引物不标记)扩增的PCR产物用限制性内切酶Tru9Ⅰ酶切。得到的酶切产物分别在遗传分析仪ABI3100上进行毛细管电泳,片段大小用Peak Scanner 1.0软件分析。结果:根据AluⅠ酶切图谱能够区分鸡、马、猪和三文鱼,而鹿和牛、山羊和绵羊、鼠和狗因酶切图谱相同无法分开。根据Tru9Ⅰ酶切图谱,能够进一步将鹿和牛、山羊和绵羊、鼠和狗分开。同一种动物不同个体的酶切图谱完全相同,结果具有可重复性。没有出现物种内多态的现象。大多数情况下,实际得到的末端片段长度与理论值非常接近,只存在2～5bp的差异。结论:该方法操作简单、结果精确,适用于鉴定动物种类。

鱼类基因组结构研究——Ⅰ.染色体的限制性内切酶显带

本文报道了1种新的鱼类染色体研究方法——限制性内切酶显带技术。我们应用限制性内切酶Bsp631等分别对黄鳝和长春鳊的染色体进行显带处理,结果表明,Bsp631能使这两种鱼的染色体发生稳定的带纹分化:适度的处理产生多重的G-带状带型,而过度的处理则产生特殊的限制性内切酶抗性带型。根据显带结果分析,我们对鱼类染色体限制性内切酶显带的可行性和实用价值进行了讨论。

鸭瘟病毒基因组的提取和限制性酶切分析

利用高渗缓冲液裂解感染鸭瘟病毒的鸭胚成纤维细胞,加入核酸酶消化细胞DNA,再抽提病毒DNA的方法提取鸭瘟病毒基因组,结果证明,这种方法可以最大限度地消除细胞DNA的污染,得到纯净的病毒基因组DNA。用10种限制性内切酶对鸭瘟病毒疫苗株和分离株的基因组进行酶切分析,酶切产物电泳结果表明,SmaⅠ、SalⅠ、PstⅠ、NotⅠ、HindⅢ、EcoRⅤ和BamHⅠ7种限制酶产生酶切图谱二者几乎完全一致,EcoRⅠ和SacⅠ仅有个别条带不同,BglⅡ产生的条带迁移率差别较大,但条带数量相同。

利用同序异尾限制性内切酶快速克隆多基因片段的新方法

介绍一种可以快速进行多基因片段克隆的新方法——同序异尾限制性内切酶(isoschizomer-heterotailrestrictionendonuclease,IHRE)一步克隆法,该方法可以一步完成多达6个DNA片段的连接,具有简单快速、节省试剂、成功率高、不引入非目的基因序列等很多优点.应用该方法已经成功完成对人肠激酶轻链多基因克隆、HSV多表位DNA疫苗的构建等.

优化的热启动PCR-限制性酶切法检测冠心病患者载脂蛋白E基因型

改进传统的载脂蛋白Ｅ（Ａｐｏ Ｅ）基因多态性检测方法，建立热启动聚合酶链反应 （ＰＣＲ）－限制性片段长度多态性（ＲＦＬＰ）检测分析方法。方法：应用热启动ＰＣＲ－限制性内切酶酶 切－聚丙烯酸胺凝胶电泳（ＰＡＧＥ）－固定银染法测定１５８例冠心病（ＣＨＤ）患者和１１６例正常对照者 的 Ａｐｏ Ｅ基因型。结果：检测结果清晰，非特异扩增极少。共检测出 ５种 Ａｐｏ Ｅ基因型，分别为 Ｅ３／ ３、Ｅ３／２、Ｅ４／３、Ｅ４／２及 Ｅ４／４。 ＣＨＤ组 Ａｐｏ Ｅ４／３基因型和４等位基因频率均高于对照组（Ｐ＜ ０．０５）。结论：Ａｐｏ Ｅ基因多态性与ＣＨＤ发生密切相关，４等位基因似是ＣＨＤ重要的遗传易患因 素。

常用限制性内切酶和DNA聚合酶的规范编排

一、限制性内切酶限制酶的命名,1973年由Smith和Nathans提出:用属名的头1个字母和种名的头2个字母,组成3个字母的略语,表示寄主菌的物种名称;如有菌株名,再加上一个字母,即第4个字母表示菌株;1种特殊的菌株,具有几个不同的限制与修饰体系,则以罗马数字表示在该菌株中发现某种酶的先后次序。

限制性内切酶结合半巢式PCR法检测人肝癌P16抑癌基因启动子区甲基化研究

目的建立甲基化敏感的限制性内切酶结合半巢式降落PCR方法,研究原发性肝癌P 16基因启动子区甲基化状态。方法针对P 16基因启动子区富含CpG的序列,设计3条引物,进行半巢式降落PCR扩增,检测原发性肝癌P 16基因启动子区甲基化状态;并将P 16基因启动子区340 bp片段克隆到pM D 18-T载体,E.coli JM 109扩增此质粒后经CpG甲基化酶M.S ssⅠ处理,再用Hp aⅡ酶切验证获得P 16基因启动子区甲基化阳性的质粒P 16Pm+并进行特异性和灵敏度实验。以此甲基化敏感的限制性内切酶结合半巢式降落PCR方法检测40例人原发性肝癌和3例正常人肝组织DNA样品的P 16基因启动子区甲基化状态。结果所采用的Hp aⅡ酶切后半巢式PCR方法的特异性强,灵敏度达100 fg;对40例人原发性肝癌组织DNA样品P 16基因的启动子区甲基化状态检测显示甲基化阳性率为30%(12/40),3例正常人肝组织均为阴性(0/3)。结论P 16抑癌基因启动子区甲基化可能与肝癌发生发展有关。本实验方法简便、成本低廉,并有高度的特异性与灵敏度,在大规模检查中有实际应用价值。

常用限制性内切酶和DNA聚合酶的规范编排

一、限制性内切酶限制酶的命名,1973年由Smith和Nathans提出:用属名的头1个字母和种名的头2个字母,组成3个字母的略语,表示寄主菌的物种名称;如有菌株名,再加上一个字母,即第4个字母表示菌株;1种特殊的菌株,具有几个不同的限制与修饰体系,则以罗马数字表示在该菌株中发现某种酶的先后次序。例如:Eco R I,第1个大写字母E为大肠杆菌Escherichia coli的属名的第1个字母;第2、3两个小写字母co为其种名的2个字母;第4个字母大写R表示所用大肠杆菌的菌株编号。再如,流感嗜血菌(Haemophilus influenzae)用Hin表示。例如,从流感嗜血杆菌d株(Haemophilus influenzad d)中先后分离到3种限制酶,则分别命名为Hin d I、Hin dⅡ和Hin dⅢ。

基于识别重叠序列特性的限制性内切酶的重组表达策略研究

甲基转移酶可以保护宿主基因组DNA免受限制性内切酶的消化,根据这一特性,经典的限制性内切酶制备策略是首先通过表达与其配对的甲基转移酶来保护宿主菌株,然后再共表达限制性内切酶,即“一对一”的重组表达模式。作者设计了一个新的策略:通过共表达识别重叠序列的甲基转移酶来保护宿主菌株,以制备限制性内切酶。首先将识别重叠序列的甲基转移酶转入大肠杆菌ER2566,以保护宿主基因组DNA,然后将能识别重叠序列的多个限制性内切酶分别转入该宿主菌株,以进行限制性内切酶的重组表达,即“一对多”的重组表达模式。根据这一方法,利用甲基转移酶M.Esa Dix5 I、M.Alu I和M.Hha I实现了识别重叠序列(TTAA、AGCT和GCGC)的一系列限制性内切酶的重组表达,还利用甲基转移酶M.Alu I成功实现了两个新的R.Sac I同裂酶R.Eco SP4ORF25090P和R.Gma5ORF28P的重组表达。该方法简化了对抵抗限制性内切酶消化的宿主菌株的大量筛选工作,并提供了大规模制备限制性内切酶的能力。这一方法也可用于发现其他微生物中新的同工酶或同裂酶。

限制性核酸内切酶Asc I蛋白质的表达纯化、酶活测定及小角散射结构解析

限制-修饰系统(RMS)是细菌为了防御外来DNA入侵而进化产生的一种保护机制。RMS系统可分为Ⅰ型、Ⅱ型、Ⅲ型和Ⅳ型。Asc I是一种Ⅱ型限制性核酸内切酶,能识别8-bp DNA基序。尽管Asc I已经被广泛应用于分子克隆研究中,然而目前尚无关于Asc I蛋白质的表达、纯化以及结构机制等方面的研究报道。本研究基于大肠杆菌重组表达体系建立了Asc I重组蛋白质的高效表达和纯化方法,从每升细菌培养物中可获得约2.5 mg纯度大于95%的Asc I蛋白质。进一步的酶学性质研究表明,Asc I酶切反应的最适温度是37℃,最适pH为7.5~8.5,反应依赖于Mg^(2+)和Mn^(2+)等二价金属离子。基于小角X射线散射(SAXS)分析技术,我们还建立了Asc I蛋白质及其与底物DNA复合物在溶液状态下的三维空间模型,并结合点突变对该模型进行了验证。总之,本研究对Asc I蛋白质的重组表达、纯化、酶活性质以及结构机制进行了比较系统地研究,为了解RMS系统的工作机制提供了结构基础,同时也为Asc I作为分子克隆工具酶的进一步开发和改造提供了理论依据。

EoNPV的限制性酶切图谱及polyhedrin基因和egt基因的定位

用８种限制性内切酶酶解茶尺蠖Ｅｃｔｒｏｐｉｓｏｂｌｉｑｕａ核型多角体病毒（ＥｏＮＰＶ）基因组ＤＮＡ，获得大于０．８８ｋｂ的片段数分别为７、３８、１９、１７、１６、９、３２和１４．由此统计，基因组平均大小大于１１８．５ｋｂ，即Ｍｒ约大于７８．６×１０６．用ＢｍＮＰＶ的多角体蛋白（ｐｈ）基因和ＡｃＭＮＰＶ的ｅｇｔ基因为探针，应用Ｓｏｕｔｈｅｒｎ杂交方法，将ＥｏＮＰＶ的ｐｈ基因定位于ＢａｍＨＩＡ、ＣｌａＩＤ、ＥｃｏＲＩＭ、ＥｃｏＲＶＬ、ＨｉｎｄⅢＦ、ＰｓｔＩＡ、ＳａｌＩＨ和ＸｈｏＩＢ片段上，将ｅｇｔ基因定位于ＢａｍＨＩＡ、ＣｌａＩｌ、ＥｃｏＲＩＫ、ＥｃｏＲＶＡ、ＨｉｎｄⅢＨ、ＰｓｔＩＡ、ＳａｌＩＢ、ＸｈｏＩＩ片段上．通过克隆和酶切鉴定ＥｃｏＲＩＭ和ＥｃｏＲＶＬ片段，测定ｐｈ基因部分序列，并以ＥｃｏＲＩＭ为探针对基因组酶切印迹进行杂交，制作了ＥｏＮＰＶｐｈ基因和ｅｇｔ基因区的酶切图谱，推定ｅｇｔ基因保守区位于ｐｈ基因上游约４．５５ｋｂ处．

限制性内切酶Bsa I的分离纯化与结晶及其硒代衍生物的制备

目的:筛选并优化限制性内切酶Bsa I的三维结构样品制备的方法。方法:本课题采用大肠杆菌表达系统表达Bsa I蛋白及其硒代衍生物。首先构建重组表达载体pBAD-Bsa I,转化到大肠杆菌(E.coli)ER2566中进行表达,并采用亲和层析和阴离子交换层析进行纯化。然后利用质谱、圆二色谱的方法测试硒代蛋白衍生情况,并对其进行酶活测定。最后采用坐滴法进行初步的晶体生长研究。结果:通过两步纯化方法获得了纯度大于90%的重组Bsa I和Se-Bsa I硒代蛋白;经质谱检测发现重组Se-Bsa I蛋白中的11个甲硫氨酸全部硒代,圆二色谱检测和酶活测试确定了硒代对Bsa I蛋白的结构和活性无明显影响。结晶实验显示重组Bsa I蛋白不仅可以在0.2 mol/L酸镁四水合物、pH6.5的0.1 mol/L二甲胂酸钠三水合物、20%聚乙二醇8000的条件下生长出颗粒状结晶,而且可以在pH4.6的0.1 mol/L三水醋酸钠、2 mol/L硫酸铵的条件下生长出球状结构晶体。结论:本研究成功实现了BsaI蛋白及其硒代蛋白的重组表达,并对蛋白晶体条件进行初筛,旨为解析BsaI蛋白三维结构提供一定的参考。

EcoRⅡ限制性内切酶和甲基化酶基因克隆、表达和缺失突变分析

目的 同时克隆 Eco R 限制性内切酶基因 (eco R R)和 Eco R 甲基化酶基因 (eco R M) ,初步探讨该限制 -修饰系统的协同表达机制。方法 采用外切酶 删除法构建单向缺失亚克隆 ,根据亚克隆的酶活性对上述两种基因进行初步定位 ,经核酸序列测定确定亚克隆的缺失部位 ,再以 S1核酸酶保护分析法测定基因的转录起始点。结果 克隆片段上含完整的 eco R R基因和 eco R M基因 ,eco R R基因有两个转录起始点 ;eco R R基因 3′端 132 bp→ 45 8bp和 eco R M基因 3′端 2 0 2 bp为表达活性所必需 ,一个基因的编码区及旁侧序列的缺失并不影响另一基因的表达 ,仅有 eco R R基因表达的缺失体对 dcm+的宿主有致死作用。结论 eco R M基因的有效表达对系统的维持是至关重要的 ,控制 eco R R基因与 eco R

限制性内切酶MluⅠ基因的合成、克隆和初步表达

在已知基因序列但缺乏DNA模版的情况下,人工设计合成多条引物,采用重叠PCR技术体外人工合成899bp的MluⅠ基因和1 312bp的M.MluⅠ基因.并将合成的MluⅠ基因连接到表达载体pet30a上,重组表达载体构成pet30a-MluⅠ,将M.MluⅠ基因连接到表达载体PUC19上,重组表达载体构成PUC19-M.MluⅠ.测序结果显示,载体构建成功后利用体外重组转化技术,将pet30a-MluⅠ和PUC19-M.MluⅠ转入T7expression E.coli表达菌株中.重组工程菌经IPTG诱导,用SDS-PAGE鉴定,发现限制性内切酶MluⅠ成功表达.该酶的成功表达不仅为后续研究提供了材料,而且为实验室制备限制性内切酶在方法上开辟了新的途径,为更多新发现的内切酶基因的成功克隆提供了参考.

等位基因特异性-PCR联合限制性内切酶消化法检测JAK2V617F突变

目的:建立敏感特异的JAK2V617F点突变的临床检测方法。方法:基因组DNA从HEL细胞或正常志愿者外周血中提取。采用等位基因特异性-PCR(Allele specific-PCR,AS-PCR)和限制性内切酶消化的方法检测基因组中JAK2V617F突变。结果:本AS-PCR法可对JAK2基因扩增出364bp的内参照条带,当存在JAK2V617F突变时,又可以扩增出203bp的突变条带。只有野生型内参照条带364bp可被BsaXⅠ消化切割。结论:AS-PCR法和限制性内切酶法是检测JAK2V617F突变的敏感特异的检测方法,可以成功应用于临床检测。