隔指孢属rDNA ITS区间限制性片断长度多态性(RFLP)分析

利用ＰＣＲ－ＲＦＬＰ方法对捕食线虫真菌隔指孢属进行了系统发育研究。以 ＩＴＳ１和ＩＴＳ４为引物对该属８种８个菌株的核糖体ＤＮＡ转录间区（ＩＴＳ）进行了 ＰＣＲ扩增， ４种内切酶（ ＡｌｕⅠ、 Ｈａｅ Ⅲ、 Ｈｐａ Ⅱ、 ＴａｑⅠ）酶切。结果表明该属的 ＩＴＳ区长度没有明显差异，其长度范围在５６４～５９５之间，酶切图谱能体现不同种 间的多态性。根据４种内切酶酶切结果，利用ＵＰＧＭＡ法构建的隔指孢属分子系 统树，基本体现了属内不同种间的亲缘关系，从分子水平证明了隔指孢属形态分类 上的合理性。

烟草根结线虫生防菌限制性片断长度多态性(RFLP)分析

利用PCR RFLP方法对烟草根结线虫生防菌单顶孢属进行了系统发育研究。以ITS1和ITS4 为引物对该属 12种14个菌株的核糖体DNA转录间区 (ITS)进行了PCR扩增 ,4种内切酶 (AluⅠ、HaeⅢ、HpaⅡ、TaqⅠ )酶切。结果表明 ,该属的ITS区长度没有明显差异 ,其长度范围在 60 8～ 675之间。酶切图谱能体现不同种间的多态性 ,根据 4种内切酶酶切结果 ,利用UPGMA法构建的单顶孢属分子系统树 ,基本体现了属内不同种间的亲缘关系 。

用PCR-限制性片段长度多态性分析法检测游泳池肉芽肿中海分枝杆菌

目的:探讨用PCR-限制性片段长度多态性(RFLP)分析法快速检测游泳池肉芽肿组织中海分枝杆菌。方法:对疑诊为游泳池肉芽肿患者5份皮损组织DNA进行PCR扩增,扩增产物分别用BstEⅡ和HaeⅢ两种限制性内切酶进行酶切,再用琼脂糖凝胶电泳进行RFLP分析,并与培养结果进行比较。结果:5份标本中均检测出海分枝杆菌,与培养结果一致。经过3～7个月治疗,4例患者治愈,1例患者好转。结论:用PCR-RFLP可以快速鉴定海分枝杆菌,有利于该类疾病的早期诊断和及时治疗。

限制性片段长度多态性分析(ARDRA)方法对重金属污染土壤中细菌群落多样性的研究

限制性片段长度多态性分析(ARDRA)是用限制性内切酶消化扩增后的细菌16SrDNA,通过凝胶电泳分析微生物种群多样性的分子标记技术,该技术在微生物生态学领域有着广泛的应用.实验采用2种途径评价了这种方法应用于研究土壤中细菌种群多样性的可行性.通过对未污染土壤细菌16SrDNA的克隆,获得了经内切酶HaeⅢ消化的不同16SrDNA的ARDRA类型,并对测序的19个克隆子建立了系统发育树.此外,还对不同Cd和Pb污染水平的土壤微生物进行了群落水平上的ARDRA分析.结果表明,5mg·kg-1Cd和500mg·kg-1Pb污染对微生物群落组成有一定影响,但此范围内的重金属含量对微生物群落多样性没有相关性影响.

末端限制性酶切片段长度多态性分析技术进展

末端限制性酶切片段长度多态性分析(Terminal Restriction Fragment LengthPolymorphism,T-RFLP)是近年来发展起来的、不依赖于培养的微生物群落分析方法之一.由于其在微生物群落结构分析方面的特点,包括分辨率高、易于实现自动化及互联网海量数据共享等优势,自1997年最先被报道以来得到了广泛的应用,成为环境微生物群落分析的最强有力的工具之一.类似于其他的分子微生物生态学技术,T-RFLP也有自身的缺陷,本文详细介绍了T-RFLP技术的原理及其解析环境微生物群落的基本流程,简述了近年来T-RFLP技术在群落分析中的研究进展,重点讨论了该技术的局限性及相应的解决办法.

现代生物技术在环境微生物学中的应用:Ⅲ.限制性片段长度多态性分析、变性/温度梯度凝胶电泳和报道基因

这是现代生物技术在环境微生物学中的应用系列综述文章的第三篇 ,讨论限制性片段长度多态性 (RFLP)分析、变性梯度凝胶电泳 (DGGE)和温度梯度凝胶电泳 (TGGE)以及报道基因。

骨科假体相关性感染的末端限制性片段长度多态性分析

背景:随着骨科假体植入的增加,假体相关性感染日益增多。只有深入研究感染中病原菌的分布特点,才能对假体相关性感染的机理和治疗方式有更全面的认识。目的:应用末端限制性片段长度多态性(T-RFLP)技术分析骨科假体相关性感染的细菌学特征。方法:选取骨科假体相关性感染患者的感染灶样本15例和非假体相关性感染患者的感染灶样本10例,提取样本总DNA,对其16S rDNA进行PCR扩增,应用T-RFLP技术分析样本中微生物群落分布情况。结果:假体相关性感染组检测阳性率为46.7%,非假体相关性感染组检测阳性率为20%;聚类分析结果显示相同解剖部位的感染中细菌群落分布均具有很高的相似性。结论:假体相关性感染检测阳性率高于非假体相关性感染;无论有无假体存在,相同解剖部位的感染中细菌群落的分布具有很高的相似性。

限制性末端片段长度多态性分析技术及其在肠道微生物研究中的应用

限制性末端片段长度多态性分析技术(Terminal Restriction Fragment Length Polymorphism,T-RFLP)具有高通量,低成本,低劳动力等特点,是微生物生态学家在探索群落结构,功能及其动态变化中的一项实用方便的工具。自2012年至今,T-RFLP在肠道微生物领域研究方向不断拓宽,随后T-RFLP技术被更多的应用于人体相关疾病与肠道微生物关系的研究中。尽管T-RFLP技术仍存在不足,但随着16Sr RNA基因序列数据库和引物的改进,数据生成和分析统计工具的运用,T-RFLP最终将能在各个领域体现其价值,为人类疾病研究事业带来贡献。

云南马关县矮马线粒体DNA的限制性片段长度多态性分析

云南马关县矮马线粒体ＤＮＡ的限制性片段长度多态性分析云南省畜牧兽医科学研究所解德文中科院昆明动物研究所刘爱华，林世英高等动物线粒体ＤＮＡ（ｍｔＤＮＡ）是共价闭合环状的核外遗传物质，而核外遗传又是母体遗传，不发生重组，ｍｔＤＮＡ对于研究亲缘关系较近的群...

限制性片段长度多态性分析酶切条件的优化

目的：对结核分枝杆菌RFLP—DNA分型技术的各个环节进行优化，以提高DNA指纹的清晰度和稳定性。方法：提取结核分枝杆菌DNA，经PvuII酶切后进行琼脂糖凝胶电泳、southern转印，并用经地高辛随机引物标记试剂盒标记IS6110的245bp探针进行杂交。结果：用于结核分枝杆菌DNARFLP分析的最佳DNA浓度是2μg，内切酶浓度为2u／μgDNA，酶切反应时间为4h。结论：RFLP的酶切条件经过合理优化，可以在消耗最低的情况下取得最佳的实验效果。

用M13噬菌体作探针进行人的DNA限制性片段长度多态性分析

用M13噬菌体作为探针,可以检测人和动物基因组DNA中高度可变的小卫星区域,其有效顺序是该噬菌体基因Ⅲ中的两组15bp的串联重复。本文介绍的是采用随机引物与PCR过程相结合的方法标记M13噬菌体,得到高比活性的探针,与经HinfⅠ消化的人DNA杂交,产生具有高度多态性的DNA图谱,并与33.15探针杂交的DNA图谱进行了比较,证明M13噬菌体是进行DNA多态性分析的一种非常有用的探针。

聚合酶链式反应-限制性片段长度多态性分析复方川贝散中川贝母成分

目的采用聚合酶链式反应-限制性片段长度多态性(PCR-RFLP)分析复方川贝散中川贝母成分。方法研究起止时间为2019年2月至2019年5月。新型快速植物基因组DNA提取试剂盒分别提取复方川贝母和蛇胆川贝液中DNA,PCR扩增后采用SmaⅠ限制性内切酶酶切,并进行琼脂糖凝胶电泳分析。同时,对川贝母含量为0%-40%的样本进行PCR-RFLP检测。结果复方川贝散和蛇胆川贝液PCR扩增后均出现特异性条带,但经SmaⅠ酶切后复方川贝散在100-250 bp出现两条特异性酶切条带,而蛇胆川贝液无特异性条带。川贝母含量为4%时,经PCR-RFLP分析在100-250 bp得到两条特异性DNA条带。结论PCR-RFLP可有效分析复方川贝散中川贝母成分,且对含量超过4%的样本可有效检出。

限制性片段长度多态性聚合酶链反应法检测人细胞色素氧化酶2D6药物代谢相关基因位点多态性

目的建立测定人细胞色素氧化酶2D6(CYP2D6)基因多态性的限制性片段长度多态性聚合酶链反应(polymerase chain reaction restriction fragment length polymorphism,PCR RFLP)检测方法。方法通过增加PCR扩增体系中DNA模板上样体积、降低引物浓度以及减少限制性内切酶的用量等方法改进、优化实验条件,建立以PCR RFLP法为基础的肝药酶CYP2D6基因型检测方法。结果采用PCR RFLP法能够检测CYP2D6?2、CYP2D6?10和CYP2D6?14基因型,且过程简便,经济实用。结论该方法检测CYP2D6药物代谢相关基因位点基因型具有简便、高效、准确和经济的特点,可在临床及实验室推广使用。

逆转录—聚合酶链反应结合限制性片段长度多态性分析对我国肾综合征出血热病毒分型的研究

建立准确、快速、灵敏的汉坦病毒基因分型方法，可弥补传统血清学方法的不足，对防治该病毒所致的肾综合征出血热（HFRS）具有重要意义。本试验采用逆转录－聚合酶反应（RT－PCR）和限制性片段长度多态性（RFLP）和限制性片段长度多态性（RFLP）方法，对流行于我国的两型汉坦病毒代表株－汉滩型（HTNV）76－118 和汉城型（SEOV）R22株进行基因分析。根据病毒DNA序列的电脑软件分析。不同HFRSV囊膜糖蛋白编码基因M节段1199－1497间核苷酸序列上RsaI,TaqI和HindⅢ的酶切位点存在差异（Fig.I),可用于进行限制性内切酶基因多态性分析，以确定HFRV的型别。首先，以一对引物扩增该片段（Fig.2)。然后，分析用这三种内切酶（Fig.3,4,5)进行酶切分型，共分析了从我国不同地区，不同宿主分离的毒株18株，及国际标准毒株2株，酶切图谱显示，这些毒株可以被分为三组（Table.a)：9株可定为HTNV型，8株可定为SEOV型，3株无法确定其型别（X型），该法分型结构与血清学经典的空斑减数中和试验分型结构基本一致，说明该酶切分型方法具有一定的可行性。

GRB7基因在5个猪群体内的多态性分析

采用聚合酶链式反应-限制性片段长度多态性(PCR-RFLP)分析GRB7基因在杜洛克猪、长白猪、大白猪、梅山猪和申农猪群体内的多态性。结果表明:猪GRB7基因片段长度为626 bp,检测发现该片段的163 bp和243 bp处存在突变位点。163位点突变在杜洛克猪群体内CC基因型较多,在长白猪、大白猪和申农猪群体内CT基因型较多,在梅山猪群体内TT基因型较多。243位点突变在杜洛克猪、长白猪和大白猪群体内CT基因型较多,在申农猪和梅山猪群体内TT基因型较多。GRB7基因TTTT合并基因型在申农猪和梅山猪群体内为优势基因型,在杜洛克猪和长白猪群体内CCTC合并基因型频率较高,在大白猪群体内CTCT合并基因型频率较高。

延吉市土壤中分离的棘阿米巴CJY/S3线粒体DNA限制性片段长度多态性

[目的]观察棘阿米巴土壤分离株CJY/S3的线粒体DNA限制性片段长度多态性.[方法]从棘阿米巴CJY/S3提取线粒体DNA,用EcoRI进行酶切,与广东地区土壤分离株CG/S1进行比较观察限制性片段长度多态性.[结果]延吉市土壤分离株CJY/S3与广东地区土壤分离株CG/S1具有相同的片段模式.[结论]延吉市棘阿米巴土壤分离株CJY/S3与CG/S1具有密切的亲缘关系,而线粒体DNA限制性片段长度多态性分析是棘阿米巴分类简便且有效的方法.

PEAR1基因多态性与缺血性脑卒中复发易感性的关系研究

目的分析血小板内皮聚集受体1(PEAR1)基因多态性与缺血性脑卒中复发的相关性,为防治缺血性脑卒中复发提供依据。方法选取该院神经内科门急诊和住院确诊为急性缺血性脑卒中的150例患者作为研究对象,根据是否为脑卒中复发分为初发脑卒中组(127例)和复发脑卒中组(23例)。应用聚合酶链反应-限制性片断长度多态性(PCR-RFLP)方法分析PEAR1基因rs12041331位点单核苷酸多态性,并测序验证基因型。结果初发脑卒中组和复发脑卒中组PEAR1基因rs12041331G>A位点GG、GA、AA基因型和G、A等位基因频率比较,差异有统计学意义(P<0.05);复发脑卒中组的年龄较初发脑卒中组高,差异有统计学意义(P<0.05)。Logistic回归分析显示,年龄、PEAR1基因rs12041331位点AA基因型与缺血性脑卒中复发有关,是缺血性脑卒中复发的危险因素(P<0.05)。结论PEAR1基因rs12041331G>A位点多态性与缺血性脑卒中复发相关。PEAR1基因纯合突变可能是缺血性脑卒中复发的危险因素,PEAR1基因可能是缺血性脑卒中复发风险预测的候选基因。

急性胰腺炎患者Toll样受体4基因多态性分析研究

目的研究Toll样受体4(TLR4)突变与急性胰腺炎(AP)发展及预后的相关性。方法采用错配聚合酶链反应(PCR)-限制性片段长度多态性分析方法在AP和健康志愿者人群中检测TLR4(896A>G)的突变频率。结果①所有TLR4的突变均为杂合子;②AP组TLR4(-/+)基因型频率在轻症AP组和重症AP中呈轻度升高,与健康志愿者组比较差异无统计学意义(P>0.05);③在AP组中,TLR4(-/+)基因型频率呈波浪形升高趋势,并在胰腺组织坏死合并感染组达到峰值;与健康志愿者组相比,胰腺组织坏死合并感染组TLR4(-/+)等位基因型频率差异有统计学意义(P<0.05);④与无胰腺组织坏死组相比,胰腺组织坏死组TLR4(-/+)基因型频率明显升高,差异有统计学意义(P<0.05)。结论TLR4错义突变(TLR4 896A>G)在AP发生发展中具有重要的作用,TLR4的基因突变可以损害机体的防御反应。