沙门菌grOEL基因序列在系统发育分析和PCR-限制性片段多态性分析鉴定中的应用

目的探讨grOEL基因序列在沙门菌进化分析和分型鉴定中的应用。方法对8种血清群的沙门菌菌株进行PCR扩增、测序,然后用分子生物学软件Bioedit与DNAstar进行序列分析,同时用PCR-限制性片段多态性分析(RFLP)技术进行分型鉴定。结果8种沙门菌血清群grOEL基因保守序列与变异序列呈锯齿状排列,其grOEL氨基酸系统发育树与grOEL基因系统发育树结果不完全相同,但O8、O9、O10之间亲缘关系最近,PCR-RFLP分析有5种模式图。结论grOEL基因序列在沙门菌系统发育中可作为遗传标记,同时也可作为分型鉴定的靶序列。

IS6110限制性片段多态性分析标准方法的建立及其在结核分枝杆菌分子分型中的应用

目的建立IS6110限制性片段多态性分析（IS6110一RFLP）标准方法并评价该方法的分型能力。方法采用核酸提取、PCR、限制性内切酶分析、Southern杂交、琼脂糖凝胶电泳等技术，结合Gel—Proanalyzer3．1和BioNumerics（Version5．0）软件，对78株结核分枝杆菌插入序列IS6110-RFLP进行分析。结果确定标准化的IS6110-RFLP技术，包括核酸提取、PCR、限制性内切酶分析、Southern杂交、琼脂糖凝胶电泳等实验步骤及标化参数的相关数据分析软件的使用；采用该技术，将78株结核分枝杆菌分为75个不同的基因型，分别归属于11个基因簇，其中有52株归属于同一个基因簇，占菌株总数的66．7％（52／78）。结论建立标准化的IS6110-RFLP技术方案，该方法具有很强的基因分型和株水平鉴定能力，可用于结核病的病原学监测。

用PCR-限制性片段长度多态性分析法检测游泳池肉芽肿中海分枝杆菌

目的:探讨用PCR-限制性片段长度多态性(RFLP)分析法快速检测游泳池肉芽肿组织中海分枝杆菌。方法:对疑诊为游泳池肉芽肿患者5份皮损组织DNA进行PCR扩增,扩增产物分别用BstEⅡ和HaeⅢ两种限制性内切酶进行酶切,再用琼脂糖凝胶电泳进行RFLP分析,并与培养结果进行比较。结果:5份标本中均检测出海分枝杆菌,与培养结果一致。经过3～7个月治疗,4例患者治愈,1例患者好转。结论:用PCR-RFLP可以快速鉴定海分枝杆菌,有利于该类疾病的早期诊断和及时治疗。

限制性片段长度多态性分析(ARDRA)方法对重金属污染土壤中细菌群落多样性的研究

限制性片段长度多态性分析(ARDRA)是用限制性内切酶消化扩增后的细菌16SrDNA,通过凝胶电泳分析微生物种群多样性的分子标记技术,该技术在微生物生态学领域有着广泛的应用.实验采用2种途径评价了这种方法应用于研究土壤中细菌种群多样性的可行性.通过对未污染土壤细菌16SrDNA的克隆,获得了经内切酶HaeⅢ消化的不同16SrDNA的ARDRA类型,并对测序的19个克隆子建立了系统发育树.此外,还对不同Cd和Pb污染水平的土壤微生物进行了群落水平上的ARDRA分析.结果表明,5mg·kg-1Cd和500mg·kg-1Pb污染对微生物群落组成有一定影响,但此范围内的重金属含量对微生物群落多样性没有相关性影响.

梗阻性黄疸患者胆汁微生物群落限制性片段多态性分析

目的 探讨梗阻性黄疸患者胆汁中的微生物群落结构.方法 应用末端标记限制性片段长度多态性（T-RFLP）和克隆文库分析,对昆明医科大学第二附属医院肝胆胰外科三病区2010年10月至2013年10月期间诊断为梗阻性黄疸患者的胆汁进行细菌培养,培养结果为阴性的患者胆汁再进行微生物群落结构进行分析.结果 共117例患者的胆汁纳入研究,胆汁中细菌16S核糖体DNA （rDNA）阳性率为42.7％ （50/117）.不同梗阻原因胆汁中细菌16S rDNA阳性率（97.3％比17.5％）差异有统计学意义（P＜0.05）,而梗阻位置相同的细菌16S rDNA阳性率（43.3％比38.1％）差异无统计学意义（P＞0.05）.结论 采用T-RFLP方法分析16S rDNA克隆片段能够有效评估梗阻性黄疸患者胆汁中的细菌群落存在和多样性.

应用错配PCR和限制性片段长度多态性分析技术检测HBV YMDD变异株

目的 建立简便易行的检测乙型肝炎病毒 (HBV)多聚酶基因 (P基因 )上YMDD变异株的方法 ,评价运用拉米夫定治疗慢性乙型肝炎患者对此变异的影响。方法 采用套式 /错配聚合酶链反应 (PCR)结合限制性片段长度多态性 (RFLP)分析技术对 10 8例治疗前HBVDNA(PCR)阳性正在拉米夫定治疗中的慢性乙型肝炎患者的HBVYMDD变异情况进行检测。结果 运用上述技术能有效区分HBVYMDD野生株和变异株 ;上述 10 8例患者经拉米夫定治疗后 ,HBVDNA阴转者 63例 (5 8 3 % ) ,HBVYMDD野生株和变异株分别为 2 3例 (2 1 3 % )和 2 2例 (2 0 4% )。结论 建立的套式 /错配PCR -RFLP分析技术可用于HBVYMDD变异株的临床监测 ;

聚合酶链式反应-限制性片段长度多态性和芯片生物分析技术用于台湾海峡常见石斑鱼和鲷鱼的品种鉴定

应用聚合酶链式反应-限制性片段长度多态性分析(PCR-RFLP)和芯片生物分析系统建立了台湾海峡常见石斑鱼和鲷鱼的分子生物学品种鉴定新方法。首先提取鱼的基因组脱氧核糖核酸(DNA)进行细胞色素b基因特定片段的PCR扩增,然后用DdeⅠ、HaeⅢ和NlaⅢ3种限制性内切酶进行酶切,在Agilent DNA1000芯片上对酶切片段进行分离。该方法成功鉴定了台湾海峡常见的8种石斑鱼品种和5种鲷鱼品种,是一种快速、简便、有效的鱼类品种鉴定分析手段。

幽门螺杆菌尿素酶B基因的限制性片段长度多态性分型和生物信息学分析

目的：对不同来源野生型幽门螺杆菌（Hp）菌株的尿素酶B基因进行限制性片段长度多态性（RFLP）分型和生物信息学分析。方法：采用HaeⅢ单酶切法对国内临床分离的Hp菌株、动物模型适应株及国际标准Hp菌株尿素酶B（ureB）基因进行RFLP分型，同时进行基因测序和序列同源性对比及进化树分析等生物信息学研究。结果：HaeⅢ单酶切结果显示，14株Hp 1．7kb ureB基因均呈现出2～5种带型，可分为五组，其中两种国际标准株NCTC11637、NCTC11639和三种临床分离野生株拥有相同的RFLP带型，其他国内临床分离株和动物适应株分属于四种不同的RFLP带型组。ureB基因序列同源性比对表明，各种Hp菌株间核苷酸序列同源性均〉96．6％，氨基酸序列同源性均〉98％，其中CCS9801、CCS9806、M3及M10菌株之间的核苷酸和氨基酸序列同源性为100％。核苷酸序列进化树分析显示，2株国际标准株与国内临床分离株及动物适应株分处于不同进化分支，为平行进化关系；而在氨基酸序列进化树中转变为非平行关系。结论：不同Hp菌株尿素酶B在基因和蛋白质水平均高度保守和同源。

小鼠DNA的限制性片段长度多态性分析

用人类肌红蛋白基因内含子中３３ｂｐ的小卫星ＤＮＡ重复序列为探针，经ｐＢＲ３２２的ＥｃｏＲＩ正向测序引物和α３２ＰｄＣＴＰ在ＴａｑＤＮＡ聚合酶作用下做合成标记，与６种小鼠的ＤＮＡ限制性片段杂交。结果显示，每个品系平均出现可分辨带纹在１３条以上，不同品系小鼠间的杂交带纹表现出高度的多态性。多态性带纹主要分布在６～２３ｋｂ区段；同一近交系的不同个体间的带纹特点及分布完全一致；Ｃ５７与ＡＫＲ及二者与其他鼠间的亲缘关系更远；随机两种品系鼠间的平均相关机率为４１×１０－８。因此，认为此方法可用于不同品系近交系小鼠的亲缘关系鉴别和遗传监测。

广西壮族人群载脂蛋白B基因限制性片段长度多态性分析

目的 :探索广西地区壮、汉两族人群ApoB基因多态性的分布特点及其与冠心病、脑梗塞发病之间的关系。方法 :应用聚合酶链反应 (PCR)对广西壮族 17名冠心病患者 (CHD)、14名动脉粥样硬化性脑梗塞患者 (ACI)和 62名健康人的ApoB基因的XbaI、EcoRI位点的限制性片段长度多态性 (RFLP)进行了研究。结果 :无论是广西壮族人群冠心病组、脑梗塞组与正常对照组在XbaI位点以X- X- 为主要基因型 ,少见X+ X+ 、X+ X- 基因型 ;在EcoRI位点以E+ E+ 为主要基因型 ,少见E+ E- 、E- E- 基因型。X+ 等位基因在壮族三组人群中的频率分别为 :0 117、0 0 714、0 0 4 92 ,两两之间没有显著性差异 (P >0 0 5 ) ;E-在广西壮族三组人群中的频率为 :0 0 3 85、0 10 7、0 0 4 84 ,两两之间的差异未达统计学意义 (P >0 0 5 )。结论 :广西壮族人群冠心病、脑梗塞的发病与XbaI。

现代生物技术在环境微生物学中的应用:Ⅲ.限制性片段长度多态性分析、变性/温度梯度凝胶电泳和报道基因

这是现代生物技术在环境微生物学中的应用系列综述文章的第三篇 ,讨论限制性片段长度多态性 (RFLP)分析、变性梯度凝胶电泳 (DGGE)和温度梯度凝胶电泳 (TGGE)以及报道基因。

云贵两省三地带绦虫的分子鉴定——核糖体DNA第一内转录间隔区(ITS1)限制性酶切片段长度多态性(RFLP)分析

目的用PCR-RFLP方法对rDNA-ITS1片段进行分析,以进一步明确云贵地区是否存在牛带绦虫亚洲亚种,并建立一种快速鉴定方法。方法取贵州都匀株(DY)、贵州从江株(CJ)、云南大理株(DL)带绦虫及台湾株(TW)成虫标本,剪取孕节,抽提DNA,PCR扩增rDNA-ITS1片段,分别用4种限制性内切酶MspI、CfoI、AluI、RsaI对扩增片段作酶切分析。结果PCR产物经AluI、RsaI酶切后,TW、DL、DY和CJ株RFLP图谱一致;经MspI、CfoI酶切后,TW、DL和DY株RFLP图谱一致,CJ株显著不同。结论1)DL和DY株与TW株同属牛带绦虫亚洲亚种;而CJ株是传统牛带绦虫;2)rDNA-ITS1的PCR-RFLP分析方法简便,可以用于带绦虫的分类学研究。

癌细胞mtDNA限制性片段长度多态性分析

目的探讨人癌细胞ｍｔＤＮＡ与正常细胞ｍｔＤＮＡ一级结构的差异。方法采用一步法制备包括肺腺癌ＳＰＣ－Ａ－Ａ、ＰＬＡ－８０１Ｄ、Ａ５４９、Ａ５３１，肝细胞癌ＳＭＭＣ－７７２１，膀胱上皮癌ＥＪ共６个癌细胞系ｍｔＤＮＡ；用ＰｖｕⅡ、ＸｈｏⅠ、ＰｓｔⅠ、ＥｃｏＲⅠ、ＢｓｔＥⅡ、ＨｉｎｄⅢ、ＨｐａⅠ、Ｂｃ１Ⅰ、ＥｃｏＲⅤ、ＳｃａⅠ和ＸｂａⅠ共１１种限制性内切酶对所得ｍｔＤＮＡ进行ＲＦＬＰ分析；并用ＰＣＲ－ＲＦＬＰ方法分析了癌细胞ｍｔＤＮＡ非编码区结构变化。结果６个癌细胞系其ｍｔＤＮＡ基因编码区的３２个酶切位点均无变异，而有３个癌细胞系在其ｍｔＤＮＡ非编码区第１６２７６位核苷酸处出现了ＥｃｏＲⅤ新的酶切位点。结论提示癌细胞ｍｔＤＮＡ基因编码区一级结构相当稳定，而主要的核苷酸变异可能位于其ｍｔＤＮＡ非编码区。

117例梗阻性黄疸患者胆汁细菌群落限制性片段多态性分析

目的 分析梗阻性黄疸患者胆汁中的细菌群落结构.方法 选取2010年10月至2013年10月梗阻性黄疸患者117例,其胆汁细菌常规培养和厌氧菌培养结果均为阴性.每例抽取胆汁10 mL,提取胆汁细菌群落DNA,扩增胆汁细菌16S rDNA,进行终端限制性片段长度多态性（T-RFLP）分析,构建克隆文库并行测序和系统分析.研究数据行卡方检验.结果 117例患者中50例胆汁细菌16S rDNA为阳性,总阳性率为42.7％.结石和肿瘤引起的梗阻中胆汁细菌16S rDNA的阳性率分别为97.3％（36/37）和17.5％（14/80）,差异有统计学意义（x2=65.828,P＜0.01）.肝门部和肝门部以上及肝门部以下的梗阻中胆汁细菌16S rDNA的阳性率分别为43.3％（13/30）和42.5％（37/87）,差异无统计学意义（P＞0.05）.结石引起梗阻的细菌群落主要为肠杆菌科（埃希菌属、沙门菌属、克雷伯菌属、变形菌属）、链球菌科（链球菌属）、消化球菌科（消化菌属、消化链球菌属）、微球菌科（葡萄球菌属）、丙酸杆菌科（丙酸杆菌属）、奈瑟球菌科（不动杆菌属）.肿瘤引起梗阻的细菌群落主要为肠杆菌科（克雷伯菌属、埃希菌属、伤寒沙门菌）和微球菌科（葡萄球菌属）.结论 采用T-RFLP方法分析16S rDNA克隆片段能有效评估梗阻性黄疸患者胆汁中细菌群落的存在情况和多样性.

联合应用表型分析、热休克蛋白65限制性片段长度多态性分析和测序鉴定养鱼水中的非结核分枝杆菌

目的了解养鱼水中非结核分枝杆菌(NTM)的分布情况。方法采集30份市售养鱼水标本,通过分离培养和生化反应初步鉴定,然后从培养菌落中提取DNA,PCR扩增65kD分枝杆菌抗原,扩增产物:(1)分别应用两种限制性内切酶BstEⅡ和HaeⅢ酶切,然后进行琼脂糖凝胶电泳和限制性片段长度多态性分析(PRA);(2)直接测序。结果30份市售养鱼水中29份样本分枝杆菌培养阳性,其中6份样本分别生长出两种形态性状完全不同的菌落,共分离出35株分枝杆菌,表型特征均符合NTM。理化性质、PRA和测序鉴定发现,戈登分枝杆菌8株(23%)、龟-偶然分枝杆菌复合群8株(23%)、日内瓦分枝杆菌9株(26%)、不产色分枝杆菌1株,其余9株未鉴定到种。结论NTM广泛存在于市售养鱼水中,分子生物学方法与常规细菌学鉴定可互相补充,提高鉴定的正确性。

限制性片段长度多态性分析

不同个体在DNA结构上存在着差异,在不编码蛋白质的区域及没有重要调节功能的区域,DNA结构的个体差异更为明显。基因组中一个特定的基因座位(DNA序列)若存在两种或两种以上的状态(等位基因),而且其中任何一个等位基因在人群中的频率不低于1％,这一现象被称为多态性。DNA多态性本质上是染色体DNA中核苷酸数目或排列顺序的个体差异,这些差异多数为中性突变,不引起表型改变。DNA多态性可应用不同的方法进行检测,如DNA序列分析、PCR片段长度多态性(PCR-FLP),单链DNA构型多态性等。

骨科假体相关性感染的末端限制性片段长度多态性分析

背景:随着骨科假体植入的增加,假体相关性感染日益增多。只有深入研究感染中病原菌的分布特点,才能对假体相关性感染的机理和治疗方式有更全面的认识。目的:应用末端限制性片段长度多态性(T-RFLP)技术分析骨科假体相关性感染的细菌学特征。方法:选取骨科假体相关性感染患者的感染灶样本15例和非假体相关性感染患者的感染灶样本10例,提取样本总DNA,对其16S rDNA进行PCR扩增,应用T-RFLP技术分析样本中微生物群落分布情况。结果:假体相关性感染组检测阳性率为46.7%,非假体相关性感染组检测阳性率为20%;聚类分析结果显示相同解剖部位的感染中细菌群落分布均具有很高的相似性。结论:假体相关性感染检测阳性率高于非假体相关性感染;无论有无假体存在,相同解剖部位的感染中细菌群落的分布具有很高的相似性。

应用限制性片段长度多态性分析技术研究乙醇脱氢酶2的基因多态型

分子遗传学技术的发展使得我们对与遗传有关疾病的认识达到了新的境界。通过产前对个体所携有的基因多态型的研究可以对某些疾病进行早期预测，从而达到预防、优生优育的目的。酒精脱氢酶２基因就是一个鲜明的例子，个体带有的基因型不同其表现型也不同，它与胎儿酒精综合征、胎儿酒精效应及酒精相关疾病存在着一定联系。为此本文采用限制性片段长度多态性分析技术研究酒精脱氢酶２的基因，根据基因的变化。