目的探讨土壤细菌群体多样性的末端限制性片段长度多态性(terminal restriction fragment length poly-morphism,T-RFLP)分析在法庭科学应用的相关问题。方法依据不同土壤中的细菌群体存在多样性和差异,联合利用细菌16S rDNA序列、末端...目的探讨土壤细菌群体多样性的末端限制性片段长度多态性(terminal restriction fragment length poly-morphism,T-RFLP)分析在法庭科学应用的相关问题。方法依据不同土壤中的细菌群体存在多样性和差异,联合利用细菌16S rDNA序列、末端限制性片段长度多态性(terminal restriction fragment length polymorphism,T-RFLP)方法对5个来源不同的土壤样品和4个同一来源土壤样品的细菌群体多样性进行比较分析,计算土壤样品间的相似系数。结果不同来源的5个土壤样品间相似系数,最大者为0.44,最小为0.3;同一来源的4个土壤样品相似系数,最大为0.87,最小为0.76。结论不同来源土壤的细菌群体多样性存在差异。展开更多
背景:肠道菌群失调在溃疡性结肠炎(UC)发病机制中的作用备受关注,末端限制性片段长度多态性(TRFLP)分析已广泛用于UC肠黏膜菌群多样性的研究,但采集肠黏膜标本前清洁肠道对T-RFLP分析黏膜菌群多样性的影响尚未明确。目的:探讨肠道清洁对...背景:肠道菌群失调在溃疡性结肠炎(UC)发病机制中的作用备受关注,末端限制性片段长度多态性(TRFLP)分析已广泛用于UC肠黏膜菌群多样性的研究,但采集肠黏膜标本前清洁肠道对T-RFLP分析黏膜菌群多样性的影响尚未明确。目的:探讨肠道清洁对T-RFLP分析UC患者肠黏膜菌群多样性的影响。方法:纳入UC患者38例,根据结肠镜检查前是否行肠道清洁将患者分为洗肠组和未洗肠组,分别于结肠镜下取直肠、乙状结肠交界处黏膜组织,以T-RFLP分析肠黏膜细菌多样性。结果:聚类分析显示,洗肠组、未洗肠组菌落构成成分相似。洗肠组与未洗肠组的丰度、Simpson指数、均匀度指数相比差异无统计学意义(P>0.05),未洗肠组Shannon-Wiener指数较洗肠组显著增高(P<0.05)。MspⅠ酶切结果显示,281 bp为未洗肠组特有优势末端限制片段(T-RF),37 bp为洗肠组特有优势T-RF。两组共有优势T-RF的曲线下面积(AUC)比较显示,洗肠组490 bp T-RF较未洗肠组显著增高(P<0.05),其余优势T-RF的AUC差异无统计学意义(P>0.05)。结论:肠道清洁对T-RFLP分析UC肠黏膜菌群多样性总体无明显影响,但可能会造成部分罕见菌群减少。展开更多
目的:建立一种高效的末端限制性片段长度多态性(T-RFLP)方法,检测工程土壤细菌。方法:以深圳和香港两地不同土层(0.5,10,20和30 m)的工程土壤为研究对象,提取并纯化总DNA,利用细菌16S r DNA基因通用引物8f-FAM/1492r进行PCR扩增,扩增产...目的:建立一种高效的末端限制性片段长度多态性(T-RFLP)方法,检测工程土壤细菌。方法:以深圳和香港两地不同土层(0.5,10,20和30 m)的工程土壤为研究对象,提取并纯化总DNA,利用细菌16S r DNA基因通用引物8f-FAM/1492r进行PCR扩增,扩增产物分别用HhaⅠ、HaeⅢ和MspⅠ限制性内切酶酶切,酶切产物经毛细管电泳测序,序列上传至数据库进行分析。结果:经过比对分析,香港段土壤中大约存在细菌141属,235种;深圳段大约存在132属,206种;32个细菌种属只在香港土壤中有分布,3个细菌种属只在深圳土壤中有分布;植物病原细菌有14个种属。结论:建立的T-RFLP方法能够高效、快速地分析工程土壤细菌。展开更多
文摘目的探讨土壤细菌群体多样性的末端限制性片段长度多态性(terminal restriction fragment length poly-morphism,T-RFLP)分析在法庭科学应用的相关问题。方法依据不同土壤中的细菌群体存在多样性和差异,联合利用细菌16S rDNA序列、末端限制性片段长度多态性(terminal restriction fragment length polymorphism,T-RFLP)方法对5个来源不同的土壤样品和4个同一来源土壤样品的细菌群体多样性进行比较分析,计算土壤样品间的相似系数。结果不同来源的5个土壤样品间相似系数,最大者为0.44,最小为0.3;同一来源的4个土壤样品相似系数,最大为0.87,最小为0.76。结论不同来源土壤的细菌群体多样性存在差异。
文摘背景:肠道菌群失调在溃疡性结肠炎(UC)发病机制中的作用备受关注,末端限制性片段长度多态性(TRFLP)分析已广泛用于UC肠黏膜菌群多样性的研究,但采集肠黏膜标本前清洁肠道对T-RFLP分析黏膜菌群多样性的影响尚未明确。目的:探讨肠道清洁对T-RFLP分析UC患者肠黏膜菌群多样性的影响。方法:纳入UC患者38例,根据结肠镜检查前是否行肠道清洁将患者分为洗肠组和未洗肠组,分别于结肠镜下取直肠、乙状结肠交界处黏膜组织,以T-RFLP分析肠黏膜细菌多样性。结果:聚类分析显示,洗肠组、未洗肠组菌落构成成分相似。洗肠组与未洗肠组的丰度、Simpson指数、均匀度指数相比差异无统计学意义(P>0.05),未洗肠组Shannon-Wiener指数较洗肠组显著增高(P<0.05)。MspⅠ酶切结果显示,281 bp为未洗肠组特有优势末端限制片段(T-RF),37 bp为洗肠组特有优势T-RF。两组共有优势T-RF的曲线下面积(AUC)比较显示,洗肠组490 bp T-RF较未洗肠组显著增高(P<0.05),其余优势T-RF的AUC差异无统计学意义(P>0.05)。结论:肠道清洁对T-RFLP分析UC肠黏膜菌群多样性总体无明显影响,但可能会造成部分罕见菌群减少。
文摘目的:建立一种高效的末端限制性片段长度多态性(T-RFLP)方法,检测工程土壤细菌。方法:以深圳和香港两地不同土层(0.5,10,20和30 m)的工程土壤为研究对象,提取并纯化总DNA,利用细菌16S r DNA基因通用引物8f-FAM/1492r进行PCR扩增,扩增产物分别用HhaⅠ、HaeⅢ和MspⅠ限制性内切酶酶切,酶切产物经毛细管电泳测序,序列上传至数据库进行分析。结果:经过比对分析,香港段土壤中大约存在细菌141属,235种;深圳段大约存在132属,206种;32个细菌种属只在香港土壤中有分布,3个细菌种属只在深圳土壤中有分布;植物病原细菌有14个种属。结论:建立的T-RFLP方法能够高效、快速地分析工程土壤细菌。
